genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   

This is table  114  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22221868--22221901	17	1.9	17	88	5	50	2	11	0	85	0.71
22224307--22224332	8	3.2	8	100	0	52	38	11	23	26	1.89
22227407--22227493	34	2.6	33	85	8	106	50	10	6	32	1.63
22227431--22227761	55	6.0	55	72	14	227	54	9	5	30	1.55
22227586--22227720	31	4.7	31	71	19	112	54	8	5	31	1.56
22227539--22227761	83	2.7	81	88	6	290	54	9	5	30	1.56
22227640--22227698	22	2.8	22	76	16	63	54	11	5	28	1.58
22227732--22227795	33	2.0	32	93	3	110	54	10	4	29	1.55
22227757--22227939	24	8.0	24	75	15	149	55	8	3	31	1.48
22227562--22227761	83	2.4	83	94	1	294	54	10	5	30	1.56
22227779--22227939	24	7.0	24	74	16	162	55	8	3	31	1.48
22227777--22227939	71	2.4	67	84	9	206	55	8	3	31	1.47
22227909--22227965	17	3.4	17	72	11	55	52	8	7	31	1.59
22227772--22227939	66	2.5	68	77	14	186	55	8	3	32	1.47
22230589--22230629	13	3.1	13	85	3	55	60	0	0	39	0.96
22231161--22231199	12	3.4	11	83	13	51	2	15	2	79	0.95
22232440--22232489	17	2.9	18	82	11	61	66	0	4	30	1.10
22232442--22232479	18	2.1	18	90	9	60	71	0	5	23	1.07
22232504--22232529	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
22234148--22234193	24	1.9	24	86	0	65	23	4	10	60	1.47
22236090--22236141	21	2.5	22	84	9	72	32	21	11	34	1.89
22238558--22238797	6	39.3	6	69	18	90	70	1	6	21	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22238580--22238797	19	11.7	18	69	25	75	70	0	7	21	1.17
22238631--22238743	3	37.7	3	69	25	62	70	0	6	23	1.09
22238626--22238688	33	1.9	32	87	9	92	73	0	7	19	1.08
22238524--22238762	75	3.1	74	80	15	243	70	0	6	22	1.14
22238580--22238762	75	2.4	75	88	8	275	71	0	6	21	1.13
22239888--22240044	65	2.4	65	84	4	192	47	7	19	26	1.76
22243371--22243409	2	19.5	2	89	0	60	56	0	0	43	0.99
22243852--22243922	37	1.9	37	94	0	124	23	21	14	40	1.89
22243925--22243985	32	1.9	32	93	0	104	37	14	13	34	1.85
22244254--22244289	19	1.9	18	88	5	54	80	2	13	2	0.93
22244540--22244598	22	2.8	21	80	10	75	30	28	16	23	1.97
22245245--22245348	22	4.8	21	75	8	82	33	17	12	36	1.87
22245243--22245348	44	2.4	44	84	7	144	34	16	12	35	1.87
22245357--22245596	82	2.9	81	81	8	279	38	18	11	31	1.86
22245584--22245664	22	3.7	22	86	0	108	30	23	12	33	1.92
22245943--22245984	14	3.0	14	82	10	50	78	9	2	9	1.05
22248641--22248668	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22253847--22254002	53	3.0	53	86	4	212	25	23	8	42	1.81
22255377--22255410	2	16.5	2	87	6	50	47	5	0	47	1.26
22255417--22255730	153	2.0	154	86	2	434	42	8	5	43	1.58
22257510--22257613	15	6.5	16	80	7	95	21	1	30	46	1.62
22257520--22257612	16	5.9	15	81	9	78	21	1	30	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22257520--22257612	31	2.9	32	83	3	125	21	1	30	47	1.58
22258637--22258683	21	2.3	20	86	13	62	4	2	8	85	0.81
22259234--22259320	39	2.3	38	78	7	95	47	25	18	9	1.78
22259305--22259396	37	2.5	37	78	3	96	48	20	17	13	1.80
22259419--22259614	87	2.3	86	83	5	234	38	16	20	23	1.92
22259522--22259723	109	1.9	109	86	4	291	37	21	20	20	1.94
22259362--22259810	196	2.3	196	83	2	542	39	19	20	21	1.93
22259615--22259880	87	3.1	87	86	1	372	38	20	22	19	1.94
22260473--22261292	33	24.7	32	75	10	393	33	15	20	30	1.94
22260457--22261404	66	14.1	65	75	12	677	33	15	20	30	1.93
22260473--22261403	131	6.9	131	79	8	779	33	15	20	30	1.94
22260816--22260840	12	2.1	12	100	0	50	32	16	8	44	1.76
22260877--22261296	230	1.8	230	86	2	619	33	15	21	30	1.94
22260828--22261300	33	14.4	33	82	4	526	33	15	20	31	1.93
22261288--22261312	12	2.1	12	100	0	50	32	16	8	44	1.76
22261253--22261345	45	2.1	45	83	4	116	34	16	16	33	1.91
22261192--22261403	111	1.9	110	87	2	309	34	15	19	30	1.93
22261300--22261404	33	3.2	33	87	2	131	36	14	20	29	1.92
22262698--22262763	16	3.8	16	72	18	51	0	7	10	81	0.86
22263406--22263441	14	2.6	14	86	0	54	5	11	2	80	0.98
22263406--22263441	13	2.5	15	91	8	58	5	11	2	80	0.98
22268884--22268915	15	2.1	15	94	0	55	40	3	0	56	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22269335--22269387	21	2.5	20	82	14	63	11	0	33	54	1.36
22269406--22269602	16	12.7	14	66	17	61	22	2	30	45	1.64
22269496--22269607	16	7.0	16	77	7	102	21	0	29	48	1.56
22269489--22269607	17	7.4	17	77	11	101	21	1	29	47	1.60
22273535--22273596	22	2.8	22	82	4	63	48	4	8	38	1.54
22273558--22273705	22	6.8	22	72	6	86	54	6	7	32	1.53
22273775--22273835	22	2.8	22	79	0	68	55	6	6	31	1.51
22274241--22274530	137	2.1	134	95	1	517	49	4	7	38	1.52
22274211--22274853	22	29.3	22	71	9	269	47	5	8	37	1.59
22274350--22274522	11	15.5	11	62	9	55	50	4	6	38	1.47
22274514--22274544	16	1.9	16	100	0	62	51	3	6	38	1.44
22274477--22274592	60	1.9	60	84	3	153	50	3	6	38	1.46
22274533--22274737	89	2.3	87	78	9	211	46	6	8	38	1.60
22274799--22274861	22	2.9	22	74	6	56	46	7	11	34	1.69
22274855--22274919	22	3.0	22	88	0	85	43	3	10	43	1.55
22274918--22275015	44	2.2	44	85	0	124	46	10	5	37	1.60
22274833--22275015	96	1.9	95	80	8	210	45	8	7	38	1.61
22274962--22275110	66	2.3	66	80	9	169	44	5	8	41	1.58
22274931--22275081	22	6.9	22	78	6	126	45	8	5	39	1.59
22275002--22275101	44	2.3	44	84	3	121	43	3	9	45	1.51
22275006--22275110	22	4.8	22	77	6	79	42	3	10	42	1.57
22275356--22275430	22	3.4	22	77	3	78	49	6	6	37	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22275601--22275661	22	2.8	22	84	0	77	42	6	6	44	1.56
22275854--22275886	17	1.9	17	93	0	57	54	6	9	30	1.56
22275930--22275972	22	2.0	22	85	0	59	41	4	6	46	1.51
22277829--22277860	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22280977--22281032	27	2.1	27	96	0	103	60	10	8	19	1.55
22283708--22283758	16	3.1	16	77	13	50	72	1	23	1	1.05
22283726--22283758	17	2.0	17	94	5	59	78	0	21	0	0.75
22286746--22286883	60	2.3	60	82	3	163	26	21	5	47	1.71
22290523--22290944	125	3.3	123	74	11	370	51	9	18	20	1.74
22291879--22292173	86	3.5	84	78	5	247	41	18	10	28	1.84
22291952--22292168	85	2.5	86	79	5	215	41	19	11	27	1.87
22292826--22292879	22	2.5	22	84	0	72	27	25	22	24	2.00
22293296--22293373	41	1.9	41	86	0	111	38	15	11	34	1.83
22293517--22293614	22	4.5	22	81	0	124	37	23	7	31	1.82
22293517--22293615	44	2.2	44	87	3	137	37	23	7	32	1.82
22293690--22293762	7	10.6	7	74	22	50	71	0	2	26	1.00
22293717--22293762	8	6.7	7	80	19	53	76	0	2	21	0.90
22293724--22293767	13	3.5	12	84	9	61	79	0	2	18	0.83
22293690--22293763	36	2.1	35	85	14	100	71	0	2	25	0.99
22294048--22294117	24	2.9	24	84	0	95	28	42	12	15	1.84
22295426--22295478	21	2.6	21	93	3	90	58	22	0	18	1.39
22295426--22295484	21	2.8	20	87	12	84	57	22	0	20	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22295454--22295587	30	4.5	31	79	10	147	44	31	2	21	1.64
22295459--22295587	60	2.2	60	91	5	208	44	31	2	22	1.65
22295459--22295607	30	5.0	28	76	9	102	43	30	4	21	1.71
22295459--22295607	60	2.5	60	86	4	194	43	30	4	21	1.71
22295695--22295766	15	4.8	16	80	10	64	56	22	0	20	1.42
22296888--22297214	104	3.2	103	82	4	392	37	18	11	32	1.87
22297520--22297602	26	3.3	24	79	15	80	77	10	2	9	1.09
22297520--22297602	27	3.3	23	79	12	76	77	10	2	9	1.09
22299513--22299565	27	2.1	26	82	10	65	37	1	18	41	1.62
22302345--22302383	16	2.4	17	87	12	55	58	0	2	38	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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