genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   

This is table  127  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24582441--24582469	9	3.2	9	100	0	58	37	0	20	41	1.53
24582690--24582799	27	4.1	27	97	0	184	30	16	20	32	1.94
24584244--24584466	59	3.7	58	84	11	286	34	13	6	45	1.70
24584244--24584501	66	4.1	64	81	11	277	34	12	6	46	1.68
24584548--24584606	13	4.8	12	78	15	50	79	3	1	15	0.94
24584551--24584602	7	7.4	7	79	12	54	80	3	1	13	0.93
24585900--24585981	1	82.0	1	76	0	65	6	0	7	86	0.70
24585900--24585981	8	10.2	8	81	16	82	6	0	7	86	0.70
24585899--24585981	32	2.6	32	83	12	93	7	0	7	85	0.74
24585990--24586480	42	11.9	41	93	4	814	37	23	16	21	1.94
24585990--24586480	165	3.0	165	94	4	850	37	23	16	21	1.94
24587685--24587741	1	57.0	1	78	0	60	1	8	0	89	0.55
24587664--24587733	9	8.1	9	75	19	60	2	12	0	84	0.73
24587668--24587730	25	2.6	23	82	12	72	3	11	0	85	0.70
24587671--24587741	18	3.8	18	88	9	99	4	9	0	85	0.71
24587671--24587735	10	6.6	10	81	12	73	3	10	0	86	0.69
24587666--24587741	17	4.4	17	88	4	100	3	10	0	85	0.72
24591585--24591885	60	4.9	57	84	12	361	33	12	8	45	1.73
24591585--24591882	59	4.8	60	85	11	333	33	13	8	45	1.73
24591585--24591869	119	2.3	124	90	5	438	33	13	8	44	1.73
24591951--24592008	12	4.8	12	80	14	50	79	3	1	15	0.95
24591954--24592005	7	7.4	7	79	12	54	80	3	1	13	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24596033--24596086	24	2.3	24	93	3	92	59	3	1	35	1.26
24599618--24599647	13	2.3	13	94	0	51	26	63	3	6	1.35
24600743--24600786	20	2.4	18	85	11	54	70	2	0	27	0.99
24601039--24601138	30	3.3	29	73	8	85	47	29	0	24	1.52
24601063--24601111	14	3.4	14	81	10	62	48	34	0	16	1.46
24605973--24606078	54	2.0	53	87	3	151	30	21	17	30	1.97
24610232--24610282	25	2.1	24	85	10	68	45	0	11	43	1.40
24610463--24610506	21	2.1	21	87	8	63	40	0	0	59	0.98
24615767--24615812	21	2.2	21	96	0	83	32	2	19	45	1.62
24616179--24616207	2	14.5	2	100	0	58	48	51	0	0	1.00
24620441--24620479	19	2.1	19	100	0	78	46	12	0	41	1.42
24627770--24627833	33	1.9	34	87	3	94	46	1	14	37	1.53
24629357--24629431	31	2.4	31	82	6	80	49	2	0	48	1.15
24629438--24629485	10	4.7	10	78	12	53	41	0	0	58	0.98
24630421--24630453	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24637942--24638226	146	2.0	146	95	0	516	28	15	26	29	1.96
24642646--24642672	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24642987--24643011	13	1.9	13	100	0	50	40	12	32	16	1.84
24643810--24643861	24	2.3	22	83	6	59	67	1	1	28	1.12
24644708--24644772	22	2.9	22	75	13	69	32	3	1	63	1.19
24645495--24645526	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24646428--24646593	82	2.0	82	100	0	332	39	14	12	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24647167--24647370	30	6.9	30	78	8	188	20	1	30	47	1.61
24647163--24647369	59	3.5	57	79	10	222	19	1	30	47	1.60
24647168--24647369	88	2.3	88	83	6	241	20	1	30	47	1.61
24647167--24647370	29	6.9	29	77	10	184	20	1	30	47	1.61
24647201--24647443	14	16.8	14	67	13	91	20	1	29	48	1.57
24647319--24647412	42	2.2	41	81	7	109	19	1	29	50	1.55
24647744--24647803	3	18.3	3	85	10	57	31	3	0	65	1.09
24649047--24649096	13	3.8	13	73	23	50	36	0	0	64	0.94
24649427--24649608	70	2.6	71	79	4	208	52	10	14	21	1.72
24649559--24649942	71	5.4	71	72	11	225	49	10	17	22	1.77
24649672--24649942	35	7.7	35	74	11	142	49	8	19	23	1.75
24649733--24649960	106	2.2	106	85	3	314	48	7	19	24	1.74
24649959--24650123	71	2.4	71	83	4	210	53	14	15	16	1.72
24649847--24650084	123	1.9	123	85	1	325	51	12	16	19	1.76
24650069--24650182	61	1.9	60	83	5	149	50	14	17	17	1.77
24650149--24650307	70	2.3	70	81	4	178	55	9	13	21	1.66
24650315--24650440	36	3.5	37	73	8	118	47	10	19	23	1.79
24650327--24650515	71	2.7	70	80	2	191	47	12	17	23	1.81
24650377--24650521	35	4.1	35	69	5	94	48	12	16	22	1.79
24650401--24650568	70	2.4	70	79	2	176	49	10	17	23	1.76
24650553--24650635	34	2.5	33	82	5	94	51	7	20	20	1.70
24652547--24652782	115	2.1	115	89	0	355	34	12	19	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24654419--24654475	23	2.5	22	75	11	60	17	1	7	73	1.14
24654419--24654515	17	5.5	17	72	17	65	19	2	6	72	1.16
24655500--24655639	14	9.3	14	67	22	54	17	4	4	73	1.16
24655496--24655609	18	6.2	18	70	20	60	17	2	4	75	1.08
24655556--24655639	17	4.9	17	76	12	75	14	5	2	77	1.06
24655557--24655621	11	5.8	12	79	15	59	13	6	1	78	1.01
24655557--24655629	22	3.3	21	78	16	60	13	5	2	78	1.04
24655663--24655933	59	4.6	58	82	8	334	42	7	13	36	1.72
24655654--24655933	120	2.4	115	90	4	434	43	6	13	36	1.70
24668608--24668635	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24671713--24671765	27	2.0	27	85	7	72	18	20	37	22	1.94
24674518--24674547	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
24674520--24674549	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
24676135--24676164	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
24677238--24677273	17	2.1	18	89	5	56	61	0	2	36	1.11
24677222--24677281	27	2.3	26	85	2	75	61	0	3	35	1.12
24677312--24677356	22	2.0	22	83	8	56	46	0	0	53	1.00
24695774--24695842	25	2.7	26	82	8	79	65	1	2	30	1.16
24699224--24699658	57	7.5	58	88	3	601	45	7	13	34	1.71
24702555--24702597	23	1.9	23	90	4	70	76	0	13	9	1.01
24702547--24702636	29	3.1	28	78	12	101	72	0	18	8	1.10
24702547--24702605	30	2.0	30	90	6	93	74	0	16	8	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24702550--24702634	30	2.9	29	78	13	77	74	0	18	7	1.04
24703869--24704045	83	2.1	82	90	4	275	27	16	18	37	1.92
24703869--24704045	42	4.3	42	90	4	279	27	16	18	37	1.92
24724876--24724905	16	1.9	15	93	6	51	50	6	3	40	1.45
24725696--24725753	25	2.3	25	82	8	82	48	0	6	44	1.29
24725748--24725807	28	2.1	28	84	6	77	40	0	3	56	1.16
24768403--24768449	21	2.1	23	84	7	62	31	2	0	65	1.04
24768403--24768455	21	2.4	21	84	6	61	32	1	0	66	1.03
24768418--24768451	16	2.2	16	94	5	61	29	0	0	70	0.87
24770492--24770525	17	2.0	17	88	11	52	44	0	0	55	0.99
24770588--24770629	18	2.3	18	87	4	57	38	0	7	54	1.28
24771297--24771334	14	2.6	15	83	8	51	55	5	0	39	1.23
24771848--24771889	20	2.0	21	90	4	68	28	7	30	33	1.84
24780338--24780380	16	2.6	16	88	7	59	65	0	0	34	0.93
24780329--24780373	13	3.8	12	88	8	65	64	0	0	35	0.94
24790238--24790282	20	2.3	20	80	3	56	75	6	15	2	1.11
24792253--24792308	22	2.5	23	82	11	71	57	3	0	39	1.16
24792515--24792561	18	2.6	18	83	12	60	65	0	2	31	1.04
24792515--24792557	20	2.2	20	88	8	63	67	0	2	30	1.03
24795319--24795381	29	2.4	23	80	19	63	14	9	12	63	1.52
24802971--24803174	109	1.9	109	88	2	311	37	11	6	44	1.68
24803197--24803595	206	1.9	205	93	0	690	43	12	9	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24814740--24814836	29	3.4	30	73	10	96	50	5	3	41	1.40
24824699--24824760	32	1.9	32	83	0	79	43	4	3	48	1.40
24830788--24830830	22	2.0	22	90	4	70	67	4	13	13	1.38
24831236--24831303	25	2.7	25	70	20	70	36	0	2	60	1.12
24832110--24832137	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24835894--24835935	21	2.0	21	85	0	57	50	11	0	38	1.40
24838332--24838370	17	2.3	17	86	8	53	82	0	7	10	0.86
24862659--24862694	18	2.0	18	100	0	72	22	38	16	22	1.93
24877734--24877796	24	2.5	24	74	5	63	60	1	3	34	1.22
24878669--24878698	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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