genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   

This is table  124  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23941956--23941987	16	2.0	17	88	11	50	53	0	6	40	1.26
23945549--23945576	14	2.0	14	100	0	56	21	35	14	28	1.92
23949857--23949904	14	3.4	14	75	11	53	27	6	4	62	1.38
23953108--23953159	23	2.3	23	86	3	70	53	7	0	38	1.30
23962673--23962703	15	2.1	15	100	0	62	12	0	54	32	1.38
23967806--23967830	13	1.9	13	100	0	50	0	28	8	64	1.22
23975184--23975270	27	3.5	25	68	26	69	48	0	0	51	1.00
23980536--23980601	30	2.2	30	89	5	98	12	9	51	27	1.69
23980797--23980918	21	5.2	21	64	21	64	18	9	54	17	1.70
23980644--23981008	48	7.6	48	93	0	534	17	8	53	20	1.69
23997368--23997401	14	2.5	13	90	9	50	44	2	8	44	1.50
23997397--23997453	30	1.9	30	86	13	82	56	3	1	38	1.27
23997962--23997986	12	2.1	12	100	0	50	24	8	32	36	1.84
24005415--24005462	21	2.3	21	78	7	53	35	0	0	64	0.94
24005739--24005896	89	1.9	87	83	11	211	36	6	5	50	1.53
24014520--24014573	21	2.6	21	96	0	99	27	44	18	9	1.80
24018005--24018057	19	2.7	21	75	13	51	24	3	13	58	1.51
24039153--24039251	51	1.9	52	87	2	146	39	10	16	34	1.82
24039906--24040053	73	2.0	73	96	0	269	42	16	6	33	1.75
24042438--24042527	24	3.6	27	84	13	113	32	2	0	65	1.05
24042488--24042571	37	2.3	35	82	8	105	30	3	0	65	1.10
24042446--24042544	52	2.0	52	82	7	125	33	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24043813--24043913	30	3.6	29	80	15	122	70	0	1	27	0.98
24043779--24043854	37	2.0	40	87	7	113	67	0	3	28	1.09
24043809--24043912	54	2.0	55	85	9	146	69	0	1	28	0.99
24043813--24043926	12	9.5	12	69	20	60	70	0	1	27	1.03
24043801--24043913	26	4.0	28	80	12	117	69	0	2	28	1.02
24043812--24043917	24	4.4	24	79	11	76	70	0	1	27	0.97
24044112--24044371	44	5.9	44	79	5	224	45	17	13	23	1.85
24044295--24044402	42	2.6	42	89	0	135	40	18	12	27	1.87
24044352--24044471	59	2.0	59	95	0	213	45	18	10	25	1.81
24044412--24044559	41	3.5	42	84	4	199	45	18	10	25	1.81
24045969--24046186	113	1.9	113	90	0	346	25	21	12	41	1.88
24046216--24046277	10	6.6	10	80	14	78	6	11	1	80	0.96
24046217--24046277	9	6.7	9	85	9	79	6	11	1	80	0.97
24046218--24046279	27	2.3	27	88	5	99	8	12	1	77	1.06
24046228--24046274	17	2.6	18	83	6	60	6	12	2	78	1.02
24050353--24050665	58	5.4	57	79	10	278	37	9	4	48	1.55
24050361--24050661	118	2.6	114	80	8	322	38	9	4	47	1.56
24050710--24050766	20	2.9	19	74	23	55	75	14	0	10	1.05
24050699--24050769	32	2.2	31	80	9	81	74	12	0	12	1.07
24051622--24051742	4	30.5	4	69	20	51	67	0	2	29	1.03
24051650--24051747	3	30.7	3	71	20	58	66	0	2	31	1.03
24051622--24051751	7	17.4	7	72	20	79	68	0	2	29	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24051637--24051747	24	4.8	23	85	10	131	68	0	1	29	1.00
24051609--24051743	21	6.3	21	71	19	91	68	0	2	29	1.02
24051899--24051951	28	1.9	27	84	3	70	50	11	5	32	1.61
24051978--24052069	47	1.9	48	86	2	132	43	15	5	35	1.69
24055735--24055833	52	1.9	52	91	0	162	25	23	7	44	1.78
24054605--24056695	779	2.7	777	85	2	2728	33	21	9	35	1.86
24056528--24056561	17	1.9	18	88	5	52	23	11	2	61	1.43
24059164--24059192	11	2.6	11	100	0	58	51	20	0	27	1.47
24063357--24063470	18	6.5	18	73	9	101	26	4	34	35	1.76
24063822--24063870	6	8.2	6	84	8	55	32	46	0	20	1.51
24064525--24064557	15	2.1	16	88	5	50	75	3	0	21	0.93
24067700--24067737	19	2.0	19	85	10	51	5	23	0	71	1.07
24071721--24071745	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
24073848--24074162	125	2.6	118	79	5	301	38	13	13	34	1.83
24073848--24074162	120	2.6	125	80	5	299	38	13	13	34	1.83
24074278--24074453	64	2.8	63	81	9	214	39	13	14	33	1.84
24076400--24076434	13	2.7	13	95	0	61	60	14	2	22	1.48
24076458--24076494	19	2.0	19	89	5	58	45	16	5	32	1.70
24087123--24087148	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24087331--24087386	19	2.9	19	84	7	78	78	1	0	19	0.84
24087331--24087386	9	6.3	9	75	17	55	78	1	0	19	0.84
24091927--24091987	8	7.9	7	87	12	68	81	3	0	14	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24091927--24091987	16	3.9	15	85	8	77	81	3	0	14	0.80
24093240--24093285	22	2.1	22	95	0	83	32	8	15	43	1.77
24093249--24093315	30	2.2	30	86	5	91	28	8	17	44	1.79
24093304--24093371	21	3.0	21	73	19	66	38	11	11	38	1.79
24093418--24093477	21	2.9	21	84	0	84	43	11	10	35	1.75
24093346--24093543	100	2.0	100	85	2	272	39	11	15	33	1.83
24093446--24093616	80	2.2	79	84	5	211	39	9	16	34	1.82
24093578--24093618	20	2.0	20	90	0	64	36	17	17	29	1.92
24093849--24093984	43	3.2	42	83	3	166	25	9	19	46	1.79
24093849--24093991	42	3.4	42	82	3	180	25	9	18	45	1.80
24093878--24094015	42	3.3	41	78	9	136	26	10	20	42	1.84
24094428--24094482	24	2.3	23	90	9	85	78	5	0	16	0.93
24094431--24094487	17	3.5	17	81	13	59	77	3	0	19	0.92
24103226--24103518	57	5.1	57	82	7	335	40	12	5	42	1.64
24103226--24103518	58	5.1	57	81	6	317	40	12	5	42	1.64
24103514--24103567	5	10.4	5	82	9	56	79	1	3	14	0.95
24103515--24103573	27	2.2	27	80	20	70	77	1	5	15	1.01
24104455--24104570	16	7.1	17	76	13	93	62	0	4	32	1.21
24104459--24104576	31	4.4	26	75	16	91	63	0	4	31	1.19
24104471--24104576	31	3.9	29	78	14	102	63	0	3	32	1.19
24104512--24104580	4	17.2	4	75	19	56	68	0	1	30	0.99
24104437--24104527	47	1.9	47	86	8	132	62	1	5	30	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24104574--24104605	7	4.7	7	96	3	57	75	9	0	15	1.05
24104841--24105213	42	8.7	44	80	6	326	43	19	13	24	1.87
24104833--24105147	86	3.6	89	81	4	313	44	18	13	23	1.84
24105098--24105243	41	3.5	40	84	9	161	36	20	15	28	1.93
24106259--24106306	12	4.1	11	78	10	51	4	12	2	81	0.93
24106259--24106306	11	4.2	11	82	15	53	4	12	2	81	0.93
24111778--24111886	53	2.1	53	96	3	202	26	16	3	53	1.60
24118598--24118636	17	2.4	16	87	8	53	43	0	12	43	1.42
24137482--24137507	6	4.3	6	100	0	52	15	34	0	50	1.45
24137482--24137516	18	1.9	18	88	0	52	17	37	0	45	1.48
24138118--24138161	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
24138309--24138393	23	3.6	23	88	4	125	14	28	20	37	1.91
24142038--24142081	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
24144144--24144209	21	3.1	21	88	0	105	34	0	6	59	1.22
24144144--24144192	11	4.6	11	76	16	50	34	0	8	57	1.29
24144377--24144678	22	13.8	22	72	7	166	40	9	5	44	1.60
24144395--24144678	44	6.5	44	72	8	184	40	9	4	44	1.58
24144395--24144594	66	3.0	65	79	6	190	41	10	4	45	1.56
24144712--24144818	22	4.9	21	70	14	74	34	4	6	54	1.47
24144758--24144818	11	5.6	10	74	14	50	31	3	4	60	1.34
24144699--24144840	44	3.2	43	72	18	121	34	5	5	54	1.48
24144960--24145040	11	7.5	11	67	18	53	40	7	2	49	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24144957--24145116	22	7.3	20	67	18	79	39	8	3	48	1.51
24144941--24145061	44	2.7	43	80	10	127	38	6	4	50	1.50
24144962--24145119	67	2.4	65	79	12	169	38	8	3	48	1.52
24145099--24145154	11	5.1	11	72	8	51	39	10	3	46	1.56
24144957--24145154	22	9.0	22	71	11	77	39	9	4	47	1.54
24145487--24145551	22	3.0	22	84	4	60	33	7	13	44	1.73
24145602--24145641	21	1.9	21	85	10	55	42	12	2	42	1.56
24145652--24145712	22	2.7	22	79	2	59	42	8	4	44	1.55
24145868--24145940	22	3.3	21	81	14	85	38	12	1	47	1.50
24145868--24145956	22	4.0	22	72	16	58	38	12	1	48	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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