genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
631--803	44	3.9	44	80	1	204	30	20	21	27	1.98
2621--2645	11	2.3	11	100	0	50	84	8	0	8	0.79
2750--2783	13	2.5	13	90	4	50	26	20	0	52	1.46
2759--2786	13	2.2	13	100	0	56	21	32	0	46	1.52
2906--2943	16	2.3	17	86	4	51	31	13	2	52	1.54
8076--8105	4	7.5	4	92	0	51	73	0	3	23	0.98
19661--19718	24	2.4	24	88	0	80	31	12	27	29	1.92
20032--20371	88	3.9	88	92	1	547	29	20	22	27	1.98
25556--25597	21	2.0	21	85	0	57	45	11	4	38	1.62
25921--26213	88	3.3	88	88	0	390	25	17	25	30	1.97
25921--26262	88	3.9	88	82	3	231	27	18	24	29	1.98
26455--26523	36	1.9	36	85	5	95	30	17	21	30	1.96
26553--26759	90	2.3	88	82	3	236	28	21	22	28	1.99
26557--26759	44	4.6	44	82	4	228	28	21	22	27	1.99
26647--26807	44	3.7	44	85	5	155	26	18	25	30	1.98
26849--27102	44	5.7	44	77	7	190	32	19	20	27	1.97
27026--27362	44	7.5	44	70	12	123	32	20	19	28	1.97
26929--27425	226	2.2	226	85	1	672	32	20	19	27	1.97
27981--28033	3	17.7	3	78	21	58	30	1	0	67	1.01
27996--28079	27	3.0	27	79	8	80	29	2	2	65	1.18
37261--37311	13	3.8	13	78	14	59	74	5	5	13	1.19
37261--37315	27	2.0	27	86	6	76	74	7	5	12	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37918--37956	15	2.6	15	79	0	51	82	7	0	10	0.86
55762--55819	26	2.3	26	81	3	73	22	5	15	56	1.58
57740--57820	40	2.0	40	100	0	162	29	12	12	45	1.78
58545--58600	25	2.2	26	81	12	62	16	5	3	75	1.13
58552--58601	25	2.0	26	88	11	77	12	6	2	80	0.98
58554--58607	5	10.8	5	84	11	67	12	3	1	81	0.91
59577--59710	64	2.1	64	91	0	214	41	17	11	29	1.84
62990--63020	15	2.1	15	93	0	53	19	9	6	64	1.45
63227--63274	23	2.1	23	96	0	87	20	12	25	41	1.87
74255--74709	44	10.6	44	65	14	135	30	19	23	27	1.98
74250--74711	122	3.6	131	85	5	647	30	19	23	26	1.98
74698--74874	44	4.2	41	70	13	142	29	21	22	26	1.99
76749--76790	21	2.0	21	86	9	59	33	14	4	47	1.65
82757--82892	44	3.0	45	78	2	166	27	25	24	23	2.00
82897--83403	100	5.1	100	91	1	777	29	23	21	24	1.99
85124--85176	3	17.7	3	80	0	52	30	5	1	62	1.29
85365--85407	17	2.6	17	85	10	54	20	0	4	74	1.00
93171--93212	12	3.6	12	87	12	61	16	4	0	78	0.91
100244--100309	32	2.0	33	82	8	82	60	1	4	33	1.26
100333--100389	27	2.1	27	83	6	71	61	1	1	35	1.17
100355--100391	17	2.1	18	85	14	51	64	0	0	35	0.94
100489--100528	21	1.9	21	84	0	53	27	7	5	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107580--107604	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
110895--110939	22	2.0	22	83	8	56	46	13	6	33	1.69
115381--115421	18	2.2	19	86	4	57	2	21	2	73	1.07
123721--123780	27	2.2	27	93	0	102	30	8	20	41	1.81
123728--123781	27	2.0	27	100	0	108	29	7	22	40	1.81
128833--128872	18	2.2	19	86	4	55	50	5	0	45	1.23
134732--134766	9	3.9	9	100	0	70	22	45	0	31	1.53
142049--142086	19	2.0	19	89	0	58	50	7	5	36	1.54
142182--142268	22	3.7	22	92	7	129	54	13	0	32	1.40
142316--142387	27	2.7	27	93	0	117	34	0	12	52	1.39
142814--142849	19	1.9	18	94	5	63	61	2	0	36	1.11
150748--150888	40	3.6	40	74	10	119	32	23	17	26	1.97
178627--178692	32	1.9	35	85	11	93	50	0	4	45	1.22
183466--183786	45	7.4	45	83	8	380	20	18	19	41	1.91
183650--183719	35	1.9	36	88	5	106	22	22	20	34	1.97
186651--186765	25	4.6	25	75	5	81	34	20	20	24	1.96
191005--191048	18	2.2	20	84	11	56	27	6	2	63	1.31
191666--191695	10	3.0	10	95	0	51	0	20	16	63	1.31
198384--198446	23	2.8	22	78	7	63	46	4	6	42	1.50
199738--199777	20	2.0	20	95	0	71	52	10	10	27	1.66
199726--199792	34	1.9	35	87	3	100	47	11	8	31	1.71
201523--201566	14	3.2	14	80	3	54	52	2	11	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203305--203557	127	2.0	126	97	0	479	24	17	29	28	1.97
214318--214352	18	1.9	18	88	0	52	54	0	5	40	1.24
226099--226151	23	2.3	23	81	12	63	50	5	1	41	1.36
229684--229731	10	4.8	10	78	17	55	29	2	2	66	1.14
233803--233836	17	1.9	18	88	5	52	2	8	8	79	1.03
234942--235147	97	2.1	98	97	2	389	48	5	4	41	1.49
235707--235912	69	3.0	68	82	2	277	29	16	14	40	1.87
238308--238429	47	2.6	47	89	0	181	49	12	4	33	1.62
241018--241202	68	2.7	68	77	3	201	34	12	8	44	1.73
247811--247901	47	1.9	47	93	0	155	45	15	6	32	1.72
247977--248023	13	3.6	13	94	0	85	25	8	25	40	1.84
248240--248286	20	2.5	19	75	6	51	55	2	2	40	1.24
249585--249859	58	4.7	58	99	0	541	41	18	14	25	1.89
258578--258663	21	4.0	22	80	8	97	34	25	23	16	1.95
258976--259031	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
259674--259706	16	2.0	17	94	5	59	48	0	3	48	1.17
259676--259713	16	2.3	17	86	4	51	55	0	2	42	1.14
259832--259869	15	2.5	15	86	0	58	55	0	0	44	0.99
259829--259882	11	4.5	12	79	20	60	53	0	0	46	1.00
273978--274084	55	2.0	54	90	5	171	42	14	11	31	1.80
274347--274502	69	2.3	69	84	2	197	32	16	7	43	1.76
274345--274526	69	2.6	68	78	6	195	32	14	9	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277193--277314	51	2.4	51	84	0	145	40	15	24	18	1.90
278856--279884	513	2.0	513	99	0	2013	31	20	18	29	1.96
282223--282256	16	2.1	17	94	5	61	17	0	2	79	0.86
282968--283010	22	2.0	22	90	0	68	25	13	6	53	1.65
283032--283062	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
286681--286714	16	2.1	16	94	0	59	50	0	0	50	1.00
286607--286781	89	2.0	90	86	3	246	50	6	2	41	1.40
287440--287621	69	2.6	69	84	3	224	30	14	13	41	1.84
300036--300071	14	2.6	14	86	0	54	33	50	11	5	1.61
304656--304710	9	5.5	10	80	10	60	50	1	3	43	1.30
304667--304710	19	2.3	19	92	0	70	52	0	4	43	1.22
304679--304741	21	3.1	19	78	13	63	53	0	9	36	1.33
304967--305049	20	4.0	21	72	16	59	38	2	0	59	1.11
304998--305049	20	2.5	21	79	14	63	38	3	0	57	1.17
308422--308463	6	6.7	6	89	10	66	47	19	2	30	1.62
308523--308551	11	2.7	11	94	5	51	44	34	0	20	1.52
312646--312679	18	1.9	17	94	5	59	29	8	8	52	1.62
314390--314447	29	2.0	30	86	3	82	34	1	8	55	1.41
314463--314487	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
314641--314697	30	2.0	29	86	10	82	47	7	5	40	1.53
318501--318779	94	2.9	94	84	3	344	28	15	8	48	1.74
319439--319476	17	2.2	17	100	0	76	31	5	15	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324613--324641	13	2.1	14	93	6	51	48	13	6	31	1.69
326786--326837	20	2.5	20	76	14	52	21	1	3	73	1.10
327506--327546	15	2.5	17	80	11	59	63	0	2	34	1.08
327512--327574	23	2.8	22	73	15	56	53	1	1	42	1.19
328429--328496	28	2.4	29	90	7	106	41	10	1	47	1.47
328562--328629	27	2.5	27	95	0	118	26	26	27	19	1.99
328681--328758	28	2.6	30	84	13	106	69	0	29	1	0.97
328678--328805	38	3.3	39	78	14	129	66	0	32	1	1.01
328678--328790	28	4.2	27	75	10	90	67	0	30	1	1.01
328684--328753	4	17.5	4	75	11	63	70	0	28	1	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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