genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  67  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21801062--21801306	85	2.9	84	94	2	420	34	23	19	22	1.97
21810841--21810927	44	2.0	44	81	0	102	36	18	17	27	1.93
21812797--21812832	18	2.0	18	89	10	56	69	5	0	25	1.10
21812801--21812840	18	2.2	19	86	4	55	70	5	0	25	1.08
21813028--21813100	39	1.9	38	83	5	94	26	24	17	31	1.97
21812976--21813479	114	4.4	113	75	6	405	27	24	17	30	1.97
21816909--21816980	35	2.1	35	97	0	135	45	19	15	19	1.85
21817695--21817860	66	2.6	65	82	6	185	39	15	19	25	1.91
21817914--21818099	64	2.8	65	72	3	167	40	17	20	22	1.91
21817908--21818116	66	3.2	65	72	4	197	39	17	19	22	1.92
21820995--21821055	25	2.4	26	81	10	72	52	4	4	37	1.45
21826307--21826356	9	5.6	9	82	0	64	44	0	30	26	1.55
21828535--21828597	32	2.0	32	93	0	108	39	0	9	50	1.35
21830956--21830991	16	2.2	16	95	0	63	38	2	5	52	1.39
21831001--21831031	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
21831166--21831466	83	3.6	82	81	4	302	27	14	13	44	1.82
21831168--21831466	165	1.8	164	81	5	379	27	14	13	44	1.82
21831286--21831549	89	3.0	89	78	7	197	28	12	13	45	1.80
21836585--21836631	22	2.0	24	88	8	71	42	2	6	48	1.40
21836606--21836641	16	2.2	16	90	0	54	41	2	2	52	1.30
21836668--21836704	6	6.2	6	100	0	74	32	0	0	67	0.91
21840275--21840319	22	2.0	22	83	8	56	40	6	0	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21842182--21842232	21	2.5	21	83	3	68	39	7	15	37	1.77
21847132--21847178	18	2.6	18	86	0	58	74	17	0	8	1.05
21852137--21852245	29	3.8	29	77	2	103	41	17	21	20	1.91
21852136--21852261	58	2.2	59	81	4	139	42	16	19	21	1.90
21852431--21852516	26	3.3	26	85	0	82	40	16	13	29	1.87
21852418--21852521	52	2.0	52	84	0	136	39	17	17	25	1.91
21855638--21855694	26	2.2	26	96	0	105	19	14	21	45	1.85
21855646--21855706	26	2.3	26	94	0	104	26	13	19	40	1.88
21857125--21858040	60	15.3	60	100	0	1832	31	16	16	35	1.92
21876602--21876796	50	3.8	50	79	6	185	27	22	28	22	1.99
21876929--21876990	25	2.5	25	86	0	97	50	8	19	22	1.74
21885315--21885344	15	1.9	16	93	6	53	46	10	3	40	1.54
21885760--21885805	24	1.9	24	90	0	74	30	15	26	28	1.96
21895156--21895192	17	2.2	17	90	0	56	48	8	18	24	1.75
21909079--21909305	44	5.2	44	62	8	129	26	26	25	21	1.99
21908944--21909594	88	7.4	88	91	0	1018	28	27	23	20	1.99
21910060--21910168	44	2.5	44	82	5	123	30	18	24	26	1.98
21910626--21910678	21	2.5	21	96	0	97	35	11	15	37	1.83
21916681--21916795	36	3.2	36	75	2	106	31	27	12	28	1.92
21916689--21916795	18	5.9	18	75	0	79	31	27	12	28	1.92
21929686--21929746	31	2.0	30	81	9	70	65	3	3	27	1.24
21941873--21941925	13	4.1	13	76	9	54	41	28	3	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21943319--21943414	40	2.3	40	81	10	106	20	23	20	34	1.97
21943343--21943406	20	3.2	20	70	0	56	15	21	23	39	1.92
21946501--21946530	15	2.0	15	100	0	60	46	20	13	20	1.83
21955730--21955869	51	2.8	50	76	3	138	31	15	19	33	1.93
21959246--21959319	24	3.1	24	80	0	85	24	22	8	44	1.80
21959807--21959839	13	2.5	14	85	14	52	42	12	0	45	1.41
21972532--21972668	50	2.7	50	81	0	139	26	20	29	24	1.99
21986210--21986270	25	2.4	25	81	10	72	39	3	0	57	1.15
21987157--21987184	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
22000103--22000200	27	3.6	27	81	0	88	18	27	20	33	1.96
22000285--22000400	40	2.7	43	84	6	148	25	21	11	41	1.86
22004638--22004761	62	2.0	62	95	0	221	37	19	17	25	1.94
22005119--22005257	61	2.3	61	87	2	199	20	17	22	39	1.92
22005377--22005454	30	2.6	30	86	8	97	17	19	24	38	1.93
22012445--22012962	277	1.9	281	85	2	731	35	12	11	39	1.80
22019719--22019776	27	2.2	27	87	3	82	36	15	25	22	1.94
22024087--22024172	45	1.9	45	95	0	154	33	24	16	25	1.95
22024181--22024364	101	1.8	101	83	4	246	33	24	16	25	1.96
22026932--22026973	21	2.0	21	100	0	84	52	0	4	42	1.22
22031178--22031224	24	2.0	23	84	12	60	55	4	6	34	1.45
22031226--22031295	24	2.8	24	82	10	70	54	1	8	35	1.40
22032576--22033105	86	6.3	83	77	8	446	29	21	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22032580--22033105	168	3.1	168	75	10	455	29	21	19	30	1.97
22032749--22033241	127	3.9	127	92	0	801	27	20	20	31	1.98
22032749--22033241	253	1.9	253	91	0	808	27	20	20	31	1.98
22037939--22037973	16	2.2	16	94	0	61	42	20	17	20	1.89
22039750--22039796	24	2.0	23	84	12	60	55	4	6	34	1.45
22040441--22040504	31	2.1	31	82	5	76	73	4	12	9	1.23
22040485--22040517	15	2.1	16	94	5	59	84	3	0	12	0.72
22045026--22045189	90	1.8	90	84	2	222	31	9	19	39	1.83
22046186--22046227	22	1.9	22	85	9	59	47	7	23	21	1.75
22047842--22047948	34	3.1	34	62	19	78	41	20	9	28	1.83
22047817--22047955	68	2.0	68	97	0	260	40	23	8	28	1.84
22054694--22054740	24	1.9	25	91	4	78	23	8	8	59	1.54
22056298--22056343	18	2.5	19	82	13	60	19	2	26	52	1.58
22060587--22060642	9	6.2	9	82	0	76	41	26	12	19	1.87
22066020--22066245	117	1.9	118	97	0	427	41	7	23	26	1.81
22066186--22066301	57	2.0	57	94	0	205	37	6	24	32	1.80
22066260--22066378	39	2.8	45	72	16	124	36	8	21	34	1.83
22066255--22066390	46	3.1	46	71	18	144	33	8	22	36	1.83
22072433--22072484	23	2.3	23	93	3	88	34	7	25	32	1.84
22075350--22075395	20	2.3	21	81	11	60	63	4	8	23	1.42
22083935--22083972	19	2.0	19	85	10	51	39	5	13	42	1.66
22089961--22090027	33	2.0	33	94	0	116	28	7	22	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22091328--22091387	3	20.0	3	96	0	111	33	1	33	31	1.68
22092321--22092490	82	2.1	81	82	4	198	38	15	7	38	1.77
22096032--22096096	34	1.9	34	96	0	121	27	24	23	24	2.00
22096373--22096548	27	6.6	27	88	3	257	36	13	15	33	1.87
22096375--22096548	80	2.2	81	87	3	253	36	13	15	33	1.87
22118091--22118123	11	3.0	11	83	16	50	36	27	0	36	1.57
22119527--22119568	22	2.0	20	90	4	57	35	9	14	40	1.78
22127537--22127590	22	2.4	23	84	9	76	40	18	27	12	1.87
22128621--22128667	24	2.0	24	86	0	67	34	8	6	51	1.58
22128689--22128759	36	2.0	36	97	0	133	19	16	9	53	1.71
22136986--22137373	193	2.0	195	94	1	681	30	17	14	37	1.89
22149605--22149655	12	4.2	12	78	7	59	52	5	21	19	1.66
22149615--22149653	20	2.0	20	89	0	60	51	5	23	20	1.67
22150201--22150239	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
22150985--22151023	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
22152573--22152611	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
22151660--22153300	787	2.1	783	92	1	2788	34	10	19	35	1.86
22154593--22154643	12	4.2	12	78	7	59	52	5	23	17	1.66
22154603--22154641	20	2.0	20	89	0	60	51	5	25	17	1.66
22155189--22155227	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
22155156--22156698	782	2.0	783	92	1	2601	34	10	19	35	1.86
22160319--22160421	51	2.0	51	88	0	152	46	11	20	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22169849--22169899	21	2.4	21	96	0	93	33	9	17	39	1.83
22172959--22173000	2	21.0	2	95	0	75	50	2	47	0	1.14
22173922--22173972	21	2.4	21	96	0	93	33	9	17	39	1.83
22177032--22177073	2	21.0	2	95	0	75	50	2	47	0	1.14
22181610--22181656	21	2.2	21	85	7	60	10	21	31	36	1.88
22182588--22182637	7	6.7	7	86	13	73	56	16	0	28	1.41
22182806--22182843	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
22183681--22184360	339	2.0	339	100	0	1360	39	9	22	28	1.86
22185466--22185526	9	6.8	9	76	14	54	67	0	1	31	1.01
22185789--22185908	9	12.7	9	66	19	57	28	2	2	66	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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