genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24707033--24707121	18	4.8	18	80	14	101	42	1	12	43	1.49
24707061--24707121	17	3.5	17	86	4	86	42	0	13	44	1.43
24707025--24707121	39	2.6	37	85	12	135	44	1	11	43	1.47
24707018--24707230	105	2.0	106	84	6	281	42	2	12	43	1.55
24707144--24707207	13	4.8	13	76	17	60	39	1	14	45	1.54
24707069--24707269	105	1.9	104	82	9	248	41	2	13	42	1.58
24707842--24708103	78	3.4	79	87	10	421	46	19	11	22	1.81
24708694--24709816	338	3.3	335	80	5	1176	34	17	17	30	1.93
24711095--24711133	21	1.9	20	89	5	60	43	35	0	20	1.52
24711178--24711269	41	2.2	41	80	3	96	39	31	16	13	1.86
24711265--24711527	89	3.0	89	89	2	401	20	22	22	34	1.97
24713261--24713309	16	3.1	16	75	19	50	53	0	2	44	1.12
24720633--24720672	16	2.4	17	83	12	55	55	0	35	10	1.34
24722560--24722660	41	2.5	41	86	0	148	30	13	23	31	1.94
24724355--24724390	17	2.1	18	89	5	56	30	2	5	61	1.33
24724611--24724671	24	2.7	24	83	16	69	16	6	6	70	1.30
24724773--24724807	15	2.3	15	95	0	61	22	0	11	65	1.24
24736308--24737673	44	31.6	43	71	14	624	29	20	22	27	1.99
24736303--24737460	89	13.4	86	71	14	491	29	20	23	26	1.99
24736302--24736723	215	2.0	216	92	0	702	28	21	23	26	1.99
24736393--24737027	304	2.1	304	97	0	1207	29	20	23	25	1.99
24736697--24737680	217	4.5	217	89	2	1376	29	20	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24737261--24737415	83	1.8	84	84	10	210	26	20	23	29	1.99
24736697--24737627	216	4.3	217	90	2	1388	29	20	22	27	1.99
24736697--24737627	433	2.1	433	89	2	1397	29	20	22	27	1.99
24738927--24738982	24	2.3	24	90	0	85	25	16	28	30	1.96
24739018--24739063	21	2.2	21	81	14	51	26	6	2	65	1.28
24739305--24739340	17	2.1	18	89	5	56	30	2	5	61	1.33
24739528--24739578	25	2.0	25	96	0	93	52	3	9	33	1.53
24740325--24740933	303	2.0	302	97	0	1157	31	16	15	37	1.89
24743029--24743076	21	2.3	21	96	0	87	43	2	16	37	1.60
24744648--24744751	39	2.7	39	81	0	127	29	3	20	46	1.68
24749668--24749693	9	2.9	9	100	0	52	23	0	7	69	1.14
24750407--24750442	10	3.5	10	85	7	54	77	2	2	16	1.00
24751604--24751651	3	15.7	3	80	4	51	56	0	6	37	1.25
24753095--24753159	33	2.0	33	100	0	130	24	30	12	32	1.92
24756063--24756118	29	1.9	29	100	0	112	41	16	14	28	1.87
24757069--24757108	20	1.9	21	85	10	55	12	10	22	55	1.67
24757377--24757415	5	7.8	5	100	0	78	38	0	0	61	0.96
24759779--24759819	12	3.4	12	82	0	55	26	9	17	46	1.79
24760485--24760545	20	3.3	18	80	13	61	42	3	4	49	1.40
24763423--24763457	17	2.1	17	89	10	54	20	2	5	71	1.19
24763912--24764106	98	2.0	98	95	0	354	35	25	10	28	1.89
24765215--24765329	19	5.7	21	75	15	62	40	14	6	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24765215--24765272	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
24765251--24765335	19	4.5	19	87	0	134	38	12	9	38	1.76
24765228--24765335	38	2.7	38	84	5	135	39	13	8	37	1.75
24772633--24772747	33	3.6	32	68	17	87	54	2	1	40	1.24
24772939--24773041	51	2.0	51	92	3	172	32	26	2	38	1.71
24773804--24773914	22	4.9	22	72	17	84	44	0	1	53	1.17
24773861--24773948	26	3.3	26	73	9	86	46	2	1	50	1.21
24773823--24773950	55	2.2	58	87	5	181	46	2	0	50	1.19
24775983--24776024	22	1.9	22	90	0	66	7	2	11	78	1.04
24776106--24776170	30	2.2	30	97	0	121	23	3	15	58	1.51
24776251--24776288	18	2.1	18	85	9	51	23	0	10	65	1.23
24778040--24778090	18	2.8	18	88	5	68	5	37	0	56	1.23
24785937--24786047	51	2.2	51	93	0	186	31	21	14	32	1.93
24787401--24787434	12	2.8	12	100	0	68	55	0	0	44	0.99
24795084--24795112	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
24798646--24798770	62	2.0	61	86	3	171	15	15	18	51	1.77
24802990--24803166	53	3.3	53	79	7	164	34	12	24	27	1.92
24803349--24803453	28	3.7	28	78	7	95	29	16	22	31	1.96
24805590--24805621	6	5.3	6	96	0	55	34	12	0	53	1.39
24808370--24808740	63	6.0	62	83	8	450	43	16	5	33	1.71
24808370--24808740	123	3.0	122	88	3	510	43	16	5	33	1.71
24813308--24813343	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24815197--24815258	5	12.0	5	73	13	54	75	0	3	20	0.94
24815190--24815295	11	9.9	10	75	9	77	76	1	1	19	0.98
24821718--24821773	29	1.9	29	82	7	69	46	7	0	46	1.30
24829099--24829147	24	2.0	24	100	0	98	38	20	16	24	1.92
24834405--24834634	100	2.2	101	82	9	286	23	29	21	24	1.99
24834405--24834634	50	4.4	53	77	13	239	23	29	21	24	1.99
24834983--24835040	30	1.9	30	82	6	73	31	22	5	41	1.76
24836590--24836678	29	3.1	29	88	0	133	31	21	10	37	1.87
24838151--24838206	14	3.9	14	77	11	60	8	0	37	53	1.32
24838147--24838207	8	8.4	8	76	20	55	11	0	36	52	1.38
24838202--24838516	96	3.3	95	80	9	266	41	2	17	37	1.64
24838303--24838516	96	2.2	95	87	4	306	43	2	17	35	1.62
24838565--24838854	126	2.3	125	91	3	465	30	20	21	27	1.98
24841393--24841503	43	2.6	42	80	2	123	36	23	18	22	1.95
24841510--24841656	41	3.6	41	88	0	213	25	23	17	33	1.96
24843549--24843616	34	2.0	35	94	2	120	47	8	2	41	1.50
24843747--24843794	21	2.3	22	82	17	66	10	16	37	35	1.83
24844699--24844724	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
24845890--24845915	11	2.4	11	100	0	52	38	0	38	23	1.55
24846685--24846977	111	2.7	109	86	7	384	38	14	19	27	1.90
24846685--24846977	109	2.7	107	86	8	344	38	14	19	27	1.90
24846978--24847176	105	1.9	106	87	3	294	23	23	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24847090--24847205	59	2.0	59	91	3	189	24	25	14	35	1.94
24847387--24847425	19	2.1	19	85	9	53	23	0	15	61	1.33
24847712--24847765	25	2.1	26	86	10	76	46	0	5	48	1.25
24850013--24850095	31	2.7	30	79	3	87	45	8	16	28	1.77
24851148--24851194	22	2.1	22	84	0	58	31	0	4	63	1.13
24855087--24855179	20	4.4	21	73	17	68	44	0	3	52	1.17
24855136--24855180	5	9.0	5	100	0	90	40	0	0	60	0.97
24856159--24856238	22	3.5	22	72	5	61	16	23	20	40	1.91
24858065--24858144	22	3.5	22	72	5	61	16	23	20	40	1.91
24859812--24859859	17	2.9	17	78	3	53	45	8	20	25	1.79
24881260--24881344	33	2.5	33	82	3	107	12	8	37	41	1.74
24883967--24884007	20	2.0	20	86	9	57	78	0	4	17	0.93
24886352--24886387	14	2.6	14	90	0	54	36	5	19	38	1.75
24887223--24887248	10	2.6	10	100	0	52	57	23	0	19	1.40
24888975--24889053	39	2.1	39	80	7	90	55	17	11	15	1.68
24890847--24890890	21	2.1	21	83	8	54	65	9	2	22	1.32
24892001--24892035	7	4.9	7	86	6	52	54	0	31	14	1.40
24894688--24894730	20	2.2	20	100	0	86	23	16	13	46	1.83
24895413--24895476	26	2.5	26	92	0	110	34	21	26	17	1.95
24895654--24895879	27	8.4	27	86	4	296	21	17	17	43	1.87
24895654--24895903	81	3.1	81	89	1	369	22	16	17	43	1.88
24896825--24896864	18	2.2	19	86	8	57	70	5	25	0	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24902532--24902569	20	1.9	20	88	0	58	31	15	7	44	1.75
24902538--24902576	20	2.0	20	94	0	69	28	15	10	46	1.78
24903268--24903345	32	2.4	32	93	0	138	30	14	17	37	1.90
24903422--24903590	27	6.3	27	81	10	168	23	16	15	44	1.86
24903422--24903590	54	3.1	54	83	7	193	23	16	15	44	1.86
24903422--24903590	81	2.1	80	86	5	234	23	16	15	44	1.86
24911874--24911932	24	2.5	24	88	5	93	18	32	16	32	1.94
24911874--24911941	24	2.8	24	81	16	79	17	30	17	33	1.94
24911944--24912013	24	2.8	25	78	2	70	24	25	15	34	1.95
24916091--24916138	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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