genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8159870--8159898	14	2.0	15	93	6	51	55	0	44	0	0.99
8165111--8165180	30	2.2	32	82	5	90	64	7	5	22	1.40
8169036--8169066	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
8173528--8173596	32	2.2	32	100	0	138	42	2	20	34	1.67
8176902--8176930	13	2.3	13	94	5	51	0	13	0	86	0.58
8176957--8176988	6	5.3	6	96	0	55	15	46	0	37	1.46
8178614--8179368	378	2.0	380	95	1	1372	38	10	11	39	1.76
8179389--8179421	17	1.9	17	88	11	50	0	21	0	78	0.75
8179434--8179467	8	4.4	8	85	7	52	0	14	0	85	0.60
8179436--8179473	15	2.5	15	91	8	60	0	21	0	78	0.74
8182384--8182457	31	2.4	30	84	10	96	36	6	8	48	1.59
8186808--8186876	28	2.4	28	92	2	111	36	0	0	63	0.94
8193604--8193669	26	2.4	27	85	7	80	24	3	7	65	1.33
8193643--8193683	19	2.2	19	86	8	57	24	2	4	68	1.22
8198216--8198416	92	2.2	92	83	7	239	42	15	19	21	1.88
8198216--8198356	31	4.5	31	71	5	106	41	15	20	22	1.90
8199328--8199528	92	2.2	92	83	7	239	42	15	19	21	1.88
8199328--8199468	31	4.5	31	71	5	106	41	15	20	22	1.90
8213343--8213494	75	2.0	75	100	0	304	29	18	14	37	1.90
8217958--8218004	24	2.0	24	86	0	67	38	34	19	8	1.82
8219049--8219078	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
8220882--8220925	19	2.3	20	84	7	56	27	22	9	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8233270--8233316	24	2.0	24	86	0	67	38	34	19	8	1.82
8233709--8233737	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
8233800--8233840	3	13.7	3	94	0	73	34	2	0	63	1.08
8246710--8246734	10	2.5	10	100	0	50	64	8	8	20	1.46
8249289--8249328	17	2.3	18	83	12	57	65	12	0	22	1.26
8270610--8270671	31	2.0	31	87	6	90	51	4	8	35	1.53
8272512--8272625	40	2.8	41	86	6	142	35	26	13	24	1.92
8273519--8273624	53	2.0	53	96	0	194	35	16	8	38	1.80
8273520--8273602	26	3.2	26	62	21	64	34	19	7	38	1.79
8286685--8286741	10	5.4	10	74	12	51	38	0	1	59	1.08
8288806--8288853	14	3.2	15	82	14	55	35	6	14	43	1.71
8288837--8288882	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
8296662--8296700	18	2.1	19	86	13	55	53	2	38	5	1.37
8299412--8299479	34	2.0	34	97	0	127	17	25	17	39	1.91
8301250--8301330	40	2.0	40	95	0	144	24	12	4	58	1.54
8301256--8301319	21	3.2	20	67	24	53	23	12	4	59	1.52
8301264--8301327	20	3.2	20	70	16	69	23	9	6	60	1.50
8311311--8311353	22	2.0	22	81	9	52	58	13	11	16	1.64
8320790--8320827	16	2.4	16	82	8	51	44	0	10	44	1.38
8334796--8334864	24	2.7	27	78	10	65	30	24	1	43	1.63
8335496--8335541	14	3.3	14	93	0	83	56	2	0	41	1.11
8339318--8339792	237	2.0	238	99	0	943	42	11	5	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8340746--8340775	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8347359--8347400	21	2.0	21	86	9	59	54	0	0	45	0.99
8347655--8347688	11	3.1	11	100	0	68	26	29	17	26	1.98
8350415--8350439	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8352811--8352835	12	2.1	12	100	0	50	8	0	32	60	1.26
8359557--8359582	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
8368509--8368895	192	2.0	192	100	0	774	37	16	6	38	1.76
8379162--8379208	10	4.7	10	76	7	51	51	2	0	46	1.13
8379729--8379758	6	5.0	6	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8387973--8388009	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
8394643--8394742	42	2.4	42	94	0	173	38	10	26	26	1.87
8396823--8397052	40	5.8	40	83	0	253	26	23	21	29	1.99
8396824--8397052	80	2.9	80	87	0	305	26	23	20	29	1.99
8396823--8397039	120	1.8	120	83	2	292	26	23	21	29	1.99
8404548--8404616	31	2.3	31	75	7	72	42	0	1	56	1.08
8420847--8420896	15	3.3	15	72	5	55	28	16	6	50	1.68
8420845--8420897	16	3.4	16	75	15	65	28	15	5	50	1.66
8420836--8420898	31	2.0	31	100	0	126	28	15	6	49	1.69
8446006--8446055	26	1.9	26	84	8	66	58	10	2	30	1.42
8457603--8457819	108	2.0	109	99	0	427	52	8	3	35	1.49
8469936--8470109	93	1.9	92	84	5	235	29	9	16	44	1.80
8470214--8470268	27	2.0	27	89	7	83	61	7	1	29	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8471219--8471356	37	3.7	37	70	13	111	31	5	13	50	1.65
8471218--8471383	76	2.2	77	82	7	205	31	5	12	50	1.63
8477567--8478279	151	4.7	153	80	9	746	29	10	7	52	1.64
8478601--8478705	4	26.2	4	76	22	82	0	24	0	74	0.88
8478605--8478697	34	2.7	34	96	0	168	1	24	0	74	0.89
8478601--8478707	14	7.0	14	77	20	99	0	25	0	73	0.89
8478610--8478718	14	7.7	13	77	17	78	0	28	0	70	0.93
8480994--8481025	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8481377--8481415	19	2.0	20	85	5	53	43	5	7	43	1.55
8483483--8483512	15	1.9	16	93	6	53	53	3	0	43	1.17
8483475--8483522	16	2.9	17	79	20	57	56	2	2	39	1.23
8487699--8487724	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8487952--8488357	219	1.9	219	93	0	704	17	28	19	35	1.94
8489064--8489092	12	2.5	12	94	5	51	37	0	0	62	0.96
8489729--8489915	55	3.4	55	75	7	171	25	5	20	48	1.72
8492530--8492605	37	2.1	37	87	0	107	32	23	14	28	1.94
8494258--8496025	884	2.0	884	100	0	3536	37	11	14	36	1.82
8508772--8508845	34	2.1	35	85	9	98	36	20	10	32	1.87
8509017--8509254	41	5.8	40	85	4	289	23	27	20	28	1.99
8509017--8509226	82	2.5	82	90	1	330	23	27	20	28	1.99
8509823--8510131	155	2.0	158	81	8	373	43	15	3	37	1.65
8509930--8510131	78	2.6	78	93	3	343	43	14	3	38	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8515778--8515808	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8523932--8524088	38	4.1	38	100	0	314	36	15	20	26	1.93
8534030--8534066	17	2.3	17	86	9	51	56	5	0	37	1.22
8538231--8538262	12	2.7	12	95	0	55	28	25	0	46	1.53
8548430--8548470	20	2.1	19	86	13	57	24	4	2	68	1.22
8549783--8549812	12	2.4	13	94	5	53	40	0	0	60	0.97
8550182--8550247	29	2.2	31	84	10	84	36	12	0	51	1.39
8552653--8552745	46	2.0	46	95	0	168	44	15	6	34	1.72
8557220--8557249	9	3.3	9	90	0	51	33	13	20	33	1.91
8558668--8558827	77	2.1	78	98	1	313	41	10	15	33	1.80
8559196--8559240	22	2.1	22	87	4	65	11	15	28	44	1.81
8559283--8559510	43	5.3	44	82	4	234	29	31	17	22	1.96
8559283--8559490	86	2.4	86	83	3	258	28	31	17	23	1.97
8561521--8561550	15	2.0	15	93	0	51	63	20	3	13	1.43
8563722--8563883	41	4.0	41	94	0	270	30	24	20	24	1.99
8564229--8564267	19	2.0	19	85	5	51	53	15	20	10	1.70
8564537--8564580	12	3.7	12	81	0	52	22	0	11	65	1.24
8565365--8565407	18	2.4	18	80	0	50	32	4	41	20	1.73
8570749--8570836	24	3.5	24	68	22	72	54	11	4	29	1.56
8570895--8570967	35	2.1	34	82	12	87	0	30	0	69	0.88
8571107--8571153	25	1.9	25	95	4	87	55	0	8	36	1.31
8577732--8577784	22	2.4	22	78	9	54	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8578253--8578325	34	2.1	34	100	0	146	34	10	9	45	1.72
8582605--8582682	28	2.8	28	90	0	120	43	8	24	23	1.82
8582668--8582945	138	2.0	138	97	0	529	29	18	12	39	1.87
8596444--8596488	21	2.0	21	83	8	54	44	15	2	37	1.59
8596537--8596632	48	2.0	48	95	0	174	28	19	13	38	1.90
8600620--8600710	45	2.0	45	83	8	114	43	5	20	29	1.74
8606588--8607172	300	1.9	301	88	1	879	31	15	19	33	1.92
8611844--8612130	50	5.9	50	82	6	354	20	31	22	26	1.98
8614972--8615070	15	6.1	16	73	13	69	61	2	9	27	1.37
8615958--8616038	36	2.2	36	91	0	126	12	20	39	27	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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