genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

This is table  79  of  141  ( 16825 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25885571--25885628	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
25885584--25885681	19	4.8	19	85	9	106	38	16	8	36	1.78
25885618--25885680	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
25885966--25886217	128	2.0	129	81	3	303	28	21	19	29	1.98
25886110--25886217	44	2.5	44	84	3	137	29	22	21	26	1.99
25886524--25886902	44	8.7	44	78	13	383	27	25	18	28	1.98
25886570--25886902	82	3.9	84	85	7	386	28	24	18	29	1.98
25886524--25886862	126	2.6	126	88	5	455	27	25	18	28	1.98
25886902--25887215	88	3.6	88	89	0	441	21	25	27	26	1.99
25886935--25887166	44	5.3	44	64	6	128	21	26	27	24	2.00
25888469--25888496	6	4.7	6	100	0	56	0	28	0	71	0.86
25893079--25893178	52	1.9	51	82	9	123	55	8	7	30	1.56
25893446--25893501	15	3.9	14	79	13	53	66	1	1	30	1.12
25893708--25893746	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
25893908--25893952	23	2.0	23	91	4	74	46	13	4	35	1.63
25893918--25893962	23	2.0	23	86	4	65	40	15	4	40	1.67
25893941--25894015	19	3.8	19	82	6	78	37	12	9	41	1.74
25893952--25894014	21	3.1	21	93	4	103	38	9	9	42	1.70
25895218--25895263	19	2.3	20	81	7	58	67	0	6	26	1.15
25910700--25910745	16	2.7	17	75	21	51	30	0	6	63	1.20
25916358--25916476	40	3.0	40	80	7	134	35	20	20	24	1.96
25916930--25917294	116	3.2	116	85	0	471	26	12	20	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25917398--25917519	23	5.3	23	78	11	133	18	39	1	40	1.60
25917398--25917521	46	2.7	46	92	0	203	19	38	1	40	1.61
25917646--25917679	12	2.8	12	90	4	50	5	8	20	64	1.43
25918578--25918665	46	1.9	45	84	6	115	36	13	1	48	1.50
25918886--25918938	20	2.5	21	87	6	72	39	9	0	50	1.35
25919046--25919304	9	27.7	9	70	16	127	45	20	0	32	1.57
25919073--25919177	48	2.2	47	94	1	183	45	21	0	32	1.52
25919115--25919252	39	3.6	39	86	7	194	45	21	0	32	1.52
25919098--25919168	14	4.6	14	69	24	54	45	25	0	29	1.54
25921648--25921676	14	2.1	14	93	6	51	27	0	17	55	1.42
25922454--25922655	43	4.7	43	75	8	142	29	20	20	29	1.98
25923884--25923928	24	2.0	23	87	12	67	42	4	0	53	1.21
25926227--25926261	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
25926843--25926944	45	2.3	45	84	3	125	45	16	17	20	1.86
25926931--25927146	45	4.8	44	87	2	279	37	16	19	25	1.92
25926889--25927087	90	2.2	90	83	1	238	40	15	20	24	1.90
25926931--25927148	90	2.4	90	89	0	328	38	16	20	25	1.92
25926886--25927145	135	1.9	134	82	1	306	39	15	19	25	1.91
25928116--25928216	50	2.0	50	100	0	202	18	21	27	31	1.97
25928915--25928956	21	2.0	21	95	0	75	40	9	16	33	1.81
25947404--25947469	26	2.5	26	85	0	87	40	12	13	33	1.82
25947404--25947479	26	2.9	25	80	7	80	42	10	15	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25957370--25957437	25	2.7	26	84	6	88	36	7	25	30	1.83
25958373--25958404	9	3.4	9	91	8	55	53	0	0	46	1.00
25958375--25958405	10	3.2	10	95	4	55	48	0	0	51	1.00
25958831--25958964	69	2.0	68	87	1	196	41	2	5	50	1.39
25962662--25962698	17	2.2	17	100	0	74	29	5	24	40	1.77
25967002--25967054	14	3.7	13	81	16	52	66	1	1	30	1.13
25967002--25967052	16	3.4	14	77	17	50	66	1	1	29	1.13
25970813--25970840	13	2.2	13	100	0	56	32	7	21	39	1.80
25971232--25971401	90	1.9	91	82	3	218	43	10	18	28	1.82
25982647--25982699	15	3.5	15	69	5	52	54	11	3	30	1.53
25982647--25982708	31	2.0	31	100	0	124	58	9	3	29	1.46
25982707--25982735	13	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
25985547--25987416	934	2.0	934	99	0	3731	40	12	11	35	1.79
25988884--25989637	377	2.0	377	90	2	1203	36	13	14	34	1.87
25999040--25999121	26	3.2	26	82	3	103	18	21	17	42	1.89
25999046--25999250	24	8.3	23	67	13	74	20	23	18	38	1.94
26001573--26001641	27	2.6	27	88	0	93	20	28	15	34	1.94
26003460--26003498	20	1.9	21	89	5	62	35	25	2	35	1.70
26005212--26005263	27	1.9	27	84	7	70	42	7	3	46	1.51
26008457--26008501	16	2.6	17	89	6	65	37	4	6	51	1.49
26009266--26009290	11	2.3	11	100	0	50	28	24	16	32	1.96
26030227--26030317	42	2.1	43	84	6	114	21	24	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26030239--26030338	42	2.4	42	81	6	105	21	26	32	21	1.98
26033215--26033248	18	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
26034785--26035392	50	12.1	50	68	8	320	23	19	23	33	1.97
26034785--26035442	100	6.7	100	82	7	690	23	19	22	33	1.97
26036680--26036748	7	10.1	7	72	21	58	13	15	1	69	1.26
26036680--26036748	13	5.1	13	79	13	68	13	15	1	69	1.26
26036680--26036717	19	2.0	19	89	0	58	13	15	0	71	1.16
26036689--26036730	19	2.2	18	84	16	50	9	16	2	71	1.23
26042283--26042319	14	2.5	15	91	8	58	56	0	8	35	1.29
26060533--26060558	9	2.9	9	100	0	52	0	0	30	69	0.89
26066724--26066767	20	2.3	20	84	7	56	70	2	0	27	0.99
26072940--26073031	25	3.7	25	79	5	114	28	23	21	26	1.99
26073444--26074398	477	2.0	478	96	0	1770	26	9	22	42	1.83
26076133--26076184	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
26076636--26076675	19	2.1	19	85	0	53	37	2	5	55	1.35
26078050--26078095	15	2.9	17	75	18	53	41	2	0	56	1.11
26080068--26080135	28	2.4	28	92	0	109	35	23	17	23	1.95
26080246--26080300	26	2.1	26	89	0	83	34	20	21	23	1.97
26080444--26080579	54	2.5	53	83	4	184	17	18	20	43	1.88
26080437--26080579	27	5.3	26	81	6	144	18	18	20	43	1.88
26083080--26083237	69	2.3	69	92	0	262	23	23	17	36	1.95
26085215--26085332	42	2.7	45	73	11	120	31	19	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26085224--26085604	90	4.3	90	79	2	290	29	19	14	36	1.92
26085342--26085578	90	2.6	90	85	0	330	27	18	14	38	1.91
26091451--26091837	39	9.9	39	81	5	381	18	18	29	34	1.95
26091451--26091837	117	3.3	116	83	2	454	18	18	29	34	1.95
26098444--26098493	17	3.0	17	73	21	52	38	0	16	46	1.47
26098808--26099234	39	11.0	40	86	5	513	15	17	31	35	1.92
26098807--26099234	78	5.5	78	87	3	585	15	17	31	35	1.92
26098808--26099234	117	3.7	117	86	3	583	15	17	31	35	1.92
26102849--26102886	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
26104990--26105050	22	2.8	22	80	7	61	32	6	22	37	1.80
26106259--26106296	19	2.0	19	100	0	76	42	10	10	36	1.74
26110330--26110354	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
26111431--26111668	41	5.8	41	81	5	266	22	21	26	29	1.99
26111431--26111662	123	1.9	122	83	5	297	22	20	26	30	1.98
26113663--26113728	27	2.4	28	76	2	71	18	1	37	42	1.59
26113662--26113728	7	9.7	7	80	3	64	17	1	38	41	1.59
26118136--26118377	43	5.6	43	90	1	360	23	16	31	28	1.96
26121611--26121667	23	2.4	24	94	2	98	40	10	1	47	1.48
26122642--26122704	27	2.3	27	91	0	99	49	9	31	9	1.68
26123337--26123488	35	4.3	35	89	0	214	40	29	15	14	1.86
26133748--26133782	15	2.4	15	90	4	54	34	8	0	57	1.29
26134079--26134136	22	2.8	19	73	19	53	34	12	1	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26134236--26134646	107	3.9	106	87	1	590	30	17	19	33	1.95
26150580--26150627	20	2.3	22	85	7	64	54	12	0	33	1.38
26151317--26151345	12	2.4	12	100	0	58	37	6	0	55	1.27
26155759--26155807	23	2.1	23	88	0	71	44	22	6	26	1.76
26165215--26165448	43	5.4	43	87	2	290	26	29	17	27	1.97
26165788--26165969	86	2.1	87	86	3	260	13	28	17	40	1.88
26167543--26167627	9	9.4	9	81	7	75	41	24	11	22	1.87
26167543--26167627	36	2.4	35	78	7	91	41	24	11	22	1.87
26170679--26170911	50	4.7	50	83	5	253	22	27	21	28	1.99
26170679--26170919	100	2.4	97	85	6	297	22	27	21	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141