genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

This is table  6  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1512749--1512827	24	3.3	24	65	19	65	25	2	48	24	1.64
1512845--1512921	21	3.4	21	69	19	64	20	1	57	20	1.48
1513440--1513514	21	3.0	26	64	20	61	21	8	49	21	1.75
1517769--1517885	60	2.0	60	87	3	173	26	4	51	17	1.64
1517827--1518365	48	11.2	48	87	0	765	28	4	47	19	1.69
1517827--1518365	144	3.7	144	92	0	846	28	4	47	19	1.69
1518140--1518434	69	4.2	69	72	10	256	28	3	48	19	1.66
1518337--1518386	21	2.4	21	86	6	66	22	0	60	18	1.37
1518190--1518530	165	2.1	165	90	2	533	27	3	49	19	1.65
1518355--1519186	48	17.3	48	83	3	765	25	5	49	19	1.68
1518241--1518482	117	2.1	117	85	1	324	26	3	50	19	1.63
1518355--1519187	144	5.7	144	82	2	846	25	5	49	19	1.68
1518140--1518569	213	2.0	213	88	0	637	28	3	48	19	1.66
1518690--1518769	24	3.3	24	66	19	67	23	5	56	15	1.59
1518712--1518890	27	7.3	27	62	21	97	23	5	51	19	1.68
1518996--1519109	54	2.1	54	81	0	129	21	3	50	24	1.64
1519076--1519105	15	2.0	15	93	0	51	23	0	56	20	1.42
1519147--1519247	30	3.4	30	77	0	94	18	5	49	25	1.70
1521860--1521903	23	1.9	23	86	9	63	47	11	2	38	1.52
1526725--1526756	14	2.3	14	94	0	55	62	0	0	37	0.95
1526401--1527400	500	2.0	500	100	0	2000	38	10	12	38	1.79
1527225--1527256	14	2.3	14	94	0	55	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1528234--1528272	8	4.9	8	87	12	62	61	0	0	38	0.96
1528995--1529066	34	2.1	34	100	0	144	44	5	0	50	1.25
1532498--1532527	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1536742--1536776	18	1.9	18	88	0	52	34	0	8	57	1.29
1537468--1537507	19	2.2	19	86	4	55	42	2	0	55	1.13
1540147--1540753	210	2.9	205	80	6	584	40	7	14	37	1.74
1550457--1550490	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
1552099--1552148	16	3.2	16	75	11	50	36	2	0	62	1.07
1553039--1553074	18	2.0	19	89	10	58	50	0	0	50	1.00
1553150--1553315	89	1.9	89	86	5	237	39	15	8	36	1.78
1553158--1553402	87	2.8	88	79	7	225	39	17	9	33	1.82
1553529--1553566	20	1.9	20	88	0	58	57	0	0	42	0.98
1554415--1554457	21	2.0	21	95	0	77	41	6	27	23	1.80
1574653--1574678	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
1582001--1582044	21	2.0	22	91	4	72	36	0	0	63	0.95
1582677--1582709	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
1583348--1583619	133	2.0	134	98	0	528	38	16	2	42	1.63
1592662--1592699	19	2.0	19	89	0	58	36	5	5	52	1.47
1619100--1619126	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
1619982--1620055	29	2.6	29	95	0	130	35	18	9	36	1.84
1619985--1620081	29	3.3	29	85	0	77	39	17	10	32	1.84
1621842--1621915	31	2.4	31	71	8	78	41	16	18	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1622602--1622683	33	2.5	33	76	7	87	40	19	3	36	1.69
1624023--1624062	19	2.1	19	85	0	53	32	0	5	62	1.17
1627966--1628231	137	1.9	138	87	2	392	51	10	12	25	1.72
1644014--1644056	20	2.2	20	100	0	86	18	13	30	37	1.90
1646979--1647018	21	2.0	21	85	5	55	42	7	7	42	1.61
1648446--1648505	31	2.0	30	86	3	84	46	6	11	35	1.67
1656288--1656458	66	2.6	65	90	3	261	34	4	11	50	1.57
1656410--1656465	28	2.0	28	89	3	85	35	3	10	50	1.55
1657246--1657297	16	3.2	16	91	0	77	30	0	34	34	1.58
1657278--1657372	45	2.1	44	88	1	136	32	6	27	33	1.82
1657533--1657567	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1657519--1657626	34	3.2	34	66	21	82	49	1	0	48	1.18
1657576--1657636	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
1657511--1657638	68	1.9	69	90	4	206	48	3	0	46	1.26
1657579--1657760	93	2.0	92	90	3	285	47	4	3	44	1.39
1661422--1661478	30	2.0	29	86	6	80	52	1	1	43	1.21
1667948--1668010	29	2.1	30	82	8	76	44	6	6	42	1.55
1667957--1668034	29	2.6	29	78	8	77	44	8	8	37	1.67
1670529--1670611	29	2.8	29	85	5	85	42	16	10	30	1.83
1670546--1670611	31	2.2	31	91	5	109	45	18	10	25	1.81
1674825--1674876	9	5.9	8	86	10	59	38	25	11	25	1.89
1674832--1674876	18	2.5	18	88	0	72	37	26	11	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1674917--1674942	8	3.2	8	100	0	52	57	0	0	42	0.98
1675041--1675070	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
1675847--1675942	31	3.1	31	80	0	120	16	5	17	60	1.53
1680638--1680664	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1686512--1686576	34	1.9	34	96	0	121	29	15	12	43	1.83
1695882--1695931	20	2.4	22	80	12	61	58	0	0	42	0.98
1701791--1701826	18	1.9	18	88	5	54	50	2	0	47	1.15
1703534--1703569	18	1.9	18	88	5	54	50	2	0	47	1.15
1705084--1705108	4	6.2	4	100	0	50	24	24	28	24	2.00
1716959--1716984	10	2.6	10	100	0	52	26	0	19	53	1.45
1720106--1720130	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
1721682--1721723	22	2.0	21	85	4	57	52	9	4	33	1.55
1731068--1731120	1	53.0	1	96	0	97	0	0	1	98	0.14
1738022--1738046	10	2.5	10	100	0	50	68	8	0	24	1.16
1738182--1738206	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
1738412--1738446	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
1751459--1751498	3	13.3	3	100	0	80	32	32	0	35	1.58
1757888--1758133	111	2.2	111	86	4	327	38	21	16	23	1.93
1759948--1759991	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
1761522--1761582	13	4.7	13	83	0	59	37	24	8	29	1.84
1761519--1761582	26	2.5	26	81	0	83	35	23	7	32	1.84
1761843--1761883	20	2.0	21	86	9	59	19	0	7	73	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1762666--1762732	29	2.3	29	76	7	73	44	11	4	38	1.62
1763040--1763139	31	3.3	31	87	5	125	44	17	13	26	1.84
1770749--1770800	10	5.6	9	82	15	52	1	7	0	90	0.53
1770748--1770793	1	46.0	1	91	0	65	0	6	0	93	0.35
1777249--1777304	28	2.0	28	92	0	94	39	8	12	39	1.75
1777906--1777965	30	2.0	30	100	0	120	33	16	16	33	1.92
1777913--1777962	15	3.3	15	69	20	50	36	14	16	34	1.88
1787358--1787421	33	1.9	33	93	0	110	42	7	21	28	1.81
1798918--1798962	21	2.1	21	88	8	65	31	0	11	57	1.33
1806920--1807082	86	1.9	86	89	0	254	27	14	17	40	1.88
1808230--1808392	86	1.9	86	89	0	254	27	14	17	40	1.88
1814106--1814135	15	1.9	16	93	6	53	36	3	0	60	1.14
1814641--1814670	13	2.3	13	94	0	51	80	0	20	0	0.72
1815751--1815787	6	6.2	6	100	0	74	83	0	16	0	0.64
1817423--1817451	6	4.8	6	100	0	58	34	0	17	48	1.47
1821065--1821396	168	2.0	168	88	3	490	49	7	10	33	1.64
1821620--1821649	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
1829710--1829765	28	2.0	28	100	0	112	39	14	17	28	1.89
1846324--1846362	20	2.0	20	89	0	60	28	0	5	66	1.12
1848435--1848489	15	3.7	15	77	15	60	65	0	3	30	1.10
1856184--1856261	29	2.6	29	83	4	93	47	14	14	24	1.80
1856209--1856282	29	2.5	29	86	4	94	50	16	13	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1857443--1857503	30	2.0	31	93	3	106	54	0	4	40	1.22
1857443--1857492	16	3.2	16	66	11	50	54	0	4	42	1.19
1887060--1887093	12	2.8	12	86	0	50	61	0	0	38	0.96
1891217--1891254	14	2.9	13	81	11	51	28	0	0	71	0.87
1907593--1907622	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1919174--1919333	77	2.1	77	93	0	284	33	22	8	35	1.85
1924234--1924267	16	2.1	16	88	0	50	20	17	17	44	1.87
1936401--1936451	26	1.9	27	84	11	70	64	7	3	23	1.37
1944640--1944668	14	2.1	14	93	6	51	0	13	0	86	0.58
1945051--1945082	13	2.5	13	100	0	64	25	6	21	46	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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