genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28863723--28863760	20	1.9	20	88	0	58	47	0	5	47	1.24
28863833--28863863	16	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
28865158--28865188	16	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
28869776--28869844	32	2.2	32	97	0	129	10	14	28	46	1.77
28875921--28875969	20	2.5	20	86	0	62	4	14	10	71	1.27
28876392--28876446	21	2.6	21	76	0	56	45	20	20	14	1.85
28876416--28876536	42	2.9	41	80	4	143	40	14	23	20	1.90
28876615--28876662	24	2.0	24	95	0	87	27	25	6	41	1.79
28881130--28881194	25	2.6	25	85	4	87	24	18	20	36	1.94
28888782--28888845	29	2.2	29	80	2	67	23	17	20	39	1.92
28895161--28895221	18	3.4	18	65	17	54	32	9	22	34	1.87
28903236--28903278	21	2.0	21	86	8	61	41	0	2	55	1.12
28903245--28903287	21	2.2	20	83	8	52	44	0	2	53	1.13
28903845--28903883	17	2.3	17	86	0	60	79	0	20	0	0.73
28903836--28903881	22	2.0	23	87	12	67	80	0	19	0	0.71
28904044--28904162	60	2.0	60	94	0	211	33	0	12	53	1.39
28904643--28905044	202	2.0	202	99	0	795	29	9	16	45	1.78
28906574--28906615	6	7.0	6	88	0	66	30	30	35	2	1.71
28906754--28906856	33	3.1	34	77	4	95	13	40	14	31	1.85
28910313--28910370	27	2.2	26	87	3	80	20	31	22	25	1.98
28910409--28910791	192	2.0	194	90	3	603	42	10	12	33	1.78
28912855--28912882	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28915814--28915853	7	5.7	7	81	0	53	27	15	0	57	1.38
28915807--28915860	21	2.6	21	75	0	63	27	22	0	50	1.50
28917596--28917825	54	4.1	54	75	9	208	30	32	7	29	1.85
28917659--28917862	63	3.4	61	75	13	226	31	32	7	27	1.85
28917588--28917866	117	2.4	117	93	0	468	31	32	7	27	1.85
28919886--28919954	30	2.3	30	92	0	120	33	11	11	43	1.77
28921950--28922053	37	2.7	37	74	5	91	34	19	17	28	1.94
28922922--28922956	13	2.6	14	91	8	56	0	22	0	77	0.78
28924357--28924456	50	2.0	50	100	0	200	42	16	12	30	1.84
28926689--28926756	25	2.6	25	79	11	75	35	19	22	23	1.96
28926689--28926779	25	3.6	25	75	13	69	34	19	24	21	1.97
28926841--28926900	25	2.4	25	83	8	77	23	20	30	26	1.98
28926979--28927048	25	2.9	24	72	16	63	35	21	27	15	1.94
28927998--28928269	136	2.0	136	99	0	535	38	13	7	40	1.73
28946211--28946345	37	3.4	40	74	9	134	31	25	17	25	1.97
28947221--28947278	14	3.9	14	73	20	55	5	17	1	75	1.06
28952457--28952551	50	2.0	48	85	8	131	44	10	7	37	1.67
28953231--28953350	10	13.1	9	77	11	86	65	0	3	30	1.15
28953231--28953385	20	8.2	19	70	17	92	63	0	3	32	1.15
28953457--28953481	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
28953738--28953772	11	3.2	11	87	0	52	22	5	2	68	1.24
28953701--28953760	19	3.2	19	66	17	52	30	6	1	61	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28953729--28953772	22	2.0	22	82	4	54	29	4	2	63	1.26
28953815--28953860	19	2.3	20	85	3	58	32	4	4	58	1.37
28956722--28956770	19	2.7	18	81	12	55	55	2	0	42	1.11
28959274--28959314	3	13.7	3	100	0	82	34	65	0	0	0.93
28961526--28961591	23	2.9	23	78	10	64	40	19	9	30	1.83
28961591--28961634	23	1.9	23	90	0	70	40	11	15	31	1.83
28961591--28961642	23	2.3	23	86	0	68	38	11	17	32	1.85
28961665--28961806	23	6.1	23	79	7	162	42	13	18	26	1.87
28961623--28961744	47	2.6	48	81	3	131	41	17	16	24	1.89
28961665--28961806	70	2.0	69	91	1	230	42	13	18	26	1.87
28962653--28962777	43	2.9	42	76	15	121	28	26	20	24	1.99
28963922--28963950	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
28983601--28983651	24	2.2	23	92	3	84	43	7	17	31	1.78
28993234--28993270	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
28993777--28993802	12	2.2	12	100	0	52	15	7	19	57	1.62
28995617--28995649	14	2.4	14	90	5	50	27	3	0	69	1.03
28997567--28997631	32	2.0	33	96	3	123	46	9	6	38	1.61
29018307--29018387	34	2.5	31	77	14	92	58	3	3	34	1.34
29018788--29018836	21	2.5	20	93	6	82	38	14	10	36	1.80
29018823--29018848	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
29018962--29018991	14	2.1	14	93	0	51	13	0	16	70	1.18
29030900--29030924	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29042971--29043156	50	3.7	50	81	2	196	22	25	25	26	2.00
29047153--29047177	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
29048109--29048143	18	2.0	18	94	5	63	11	45	31	11	1.76
29053660--29053952	22	13.3	22	100	0	586	27	32	0	40	1.57
29053924--29054036	51	2.2	51	95	0	199	28	29	0	41	1.62
29054051--29054102	10	5.1	10	76	4	50	30	1	0	67	1.02
29054038--29054102	31	2.1	31	94	0	112	33	1	1	63	1.13
29054836--29054874	20	1.9	19	85	10	51	28	2	15	53	1.55
29055045--29055069	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
29055721--29055755	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
29057507--29057650	29	5.6	25	75	18	129	47	28	0	23	1.52
29057573--29057614	18	2.3	18	91	0	66	52	23	0	23	1.47
29057544--29057643	47	2.1	47	90	0	155	50	25	0	25	1.50
29057515--29057726	76	2.8	79	84	9	271	45	30	0	23	1.57
29057586--29057679	35	3.0	30	83	12	109	46	29	1	22	1.59
29056413--29057596	29	40.4	29	96	2	2152	45	28	0	26	1.54
29057670--29057701	6	5.5	6	92	7	57	37	46	0	15	1.46
29061581--29061916	124	2.7	124	97	0	620	30	21	16	31	1.95
29062160--29062225	28	2.3	29	82	5	73	45	19	13	21	1.85
29064452--29064485	17	2.1	16	88	5	50	14	2	5	76	1.09
29066837--29066911	22	3.4	21	75	13	71	73	1	1	24	0.99
29070598--29070773	51	3.5	50	80	6	192	32	25	12	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29078203--29078423	51	4.4	50	78	8	200	30	26	13	28	1.94
29078240--29078430	51	3.8	49	82	5	231	31	26	14	27	1.95
29087579--29087774	51	3.9	50	75	4	196	31	28	15	23	1.96
29087585--29087766	101	1.8	99	86	5	249	32	28	14	23	1.94
29093189--29093266	27	2.9	27	74	11	79	52	26	2	17	1.58
29093274--29093303	14	2.1	14	93	0	51	16	6	30	46	1.73
29093303--29093368	32	2.1	32	85	0	87	16	6	33	43	1.73
29093334--29093388	26	2.1	26	83	6	67	21	12	27	38	1.90
29093856--29093909	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
29093845--29093916	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
29093856--29093932	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
29094056--29094098	19	2.3	19	95	0	77	44	6	13	34	1.72
29098974--29099031	6	9.2	6	74	10	53	79	0	18	1	0.82
29098972--29099020	13	3.8	12	86	10	62	83	0	14	2	0.73
29100045--29100131	44	2.0	44	88	0	129	26	16	25	32	1.96
29100132--29100522	167	2.3	167	84	2	489	27	19	27	26	1.99
29100486--29100927	101	4.6	92	82	10	555	28	21	23	26	1.99
29100541--29100940	101	4.1	100	84	6	557	29	21	23	26	1.99
29100461--29100927	192	2.4	192	95	0	837	28	22	23	25	1.99
29100781--29100940	50	3.2	50	66	1	131	30	21	23	24	1.99
29101461--29101514	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
29111141--29111174	17	1.9	18	88	5	52	20	17	26	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29112551--29112585	3	11.7	3	100	0	70	34	0	65	0	0.93
29113562--29113765	101	2.0	103	98	1	394	32	23	6	37	1.81
29121853--29122022	27	6.4	25	72	9	124	16	17	32	33	1.92
29121853--29122022	80	2.1	80	89	2	261	16	17	32	33	1.92
29136655--29137225	44	13.0	44	71	15	264	26	23	20	29	1.99
29136678--29137265	221	2.7	217	88	2	903	27	23	20	28	1.99
29153633--29153755	23	5.5	22	80	9	117	44	25	18	11	1.83
29153633--29153743	44	2.5	45	82	5	118	46	23	18	11	1.81
29153657--29153755	44	2.3	43	84	7	119	43	27	19	10	1.82
29154598--29154645	24	2.0	24	100	0	96	54	4	12	29	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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