genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

This is table  84  of  141  ( 16825 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27396916--27396953	10	3.7	10	83	16	51	0	21	0	78	0.74
27396966--27397033	8	8.2	8	91	4	109	11	0	10	77	0.98
27396958--27397033	25	3.2	23	88	7	82	11	1	10	76	1.09
27401080--27401193	3	39.3	3	82	10	139	64	0	3	32	1.11
27401227--27401530	152	2.0	152	99	0	599	45	19	24	11	1.82
27401249--27401562	152	2.1	152	92	2	515	48	17	21	12	1.80
27404060--27404084	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27404835--27404885	21	2.4	22	83	6	70	27	7	19	45	1.78
27406074--27406125	24	2.0	26	82	10	63	55	1	0	42	1.10
27406074--27406125	25	2.0	25	85	3	68	55	1	0	42	1.10
27406637--27406678	11	3.7	12	90	9	70	50	0	4	45	1.23
27408056--27408177	40	3.0	40	94	3	210	62	0	3	34	1.12
27408061--27408127	11	6.4	11	70	20	54	61	0	2	35	1.12
27419359--27419406	20	2.5	19	86	3	60	37	6	2	54	1.38
27421272--27421300	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
27421845--27421878	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
27423662--27423730	31	2.4	27	79	11	75	42	5	15	36	1.72
27425293--27425434	73	2.0	71	90	5	223	33	16	19	30	1.95
27427080--27427121	13	3.3	13	83	3	50	9	2	40	47	1.49
27427174--27427217	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
27428800--27428864	29	2.3	29	79	15	73	70	4	1	23	1.14
27428802--27428862	9	6.6	9	74	12	52	72	4	1	21	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27430239--27430509	89	3.1	89	82	2	375	31	22	14	30	1.94
27430238--27430509	44	6.1	44	80	3	276	31	22	14	30	1.94
27430503--27430830	43	7.5	42	66	8	172	24	28	22	24	1.99
27430483--27430823	88	3.9	88	89	4	492	25	27	22	24	2.00
27430528--27430830	44	6.9	43	68	6	178	24	27	23	24	2.00
27430722--27431068	176	2.0	175	90	0	550	24	23	22	29	1.99
27430864--27431467	218	2.8	218	90	0	913	23	22	23	30	1.99
27431229--27431329	44	2.3	43	83	6	132	29	17	20	31	1.96
27432773--27432812	7	6.0	7	86	13	50	0	12	2	85	0.71
27432776--27432813	12	2.9	14	81	18	55	0	10	5	84	0.77
27437239--27437303	29	2.3	29	79	15	73	70	4	1	23	1.14
27437241--27437301	9	6.6	9	74	12	52	72	4	1	21	1.13
27449896--27450407	112	4.5	113	79	7	479	31	19	23	24	1.98
27450220--27450606	200	1.9	199	84	4	512	32	18	24	24	1.97
27450419--27450671	115	2.2	114	79	8	282	31	17	23	27	1.97
27451589--27451623	14	2.4	15	90	4	54	20	0	37	42	1.52
27453471--27453509	12	3.2	12	100	0	78	38	7	15	38	1.76
27455747--27455798	21	2.5	20	87	9	77	32	15	46	5	1.70
27456238--27456337	41	2.4	42	85	5	123	29	25	21	25	1.99
27459142--27459183	21	2.0	21	95	0	75	28	30	9	30	1.89
27469320--27469374	26	2.1	26	86	0	74	43	16	16	23	1.87
27478650--27478915	127	2.1	130	85	5	362	30	10	8	51	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27482716--27483416	132	5.4	131	85	5	868	28	24	18	29	1.98
27483424--27483587	87	1.9	88	83	1	213	24	20	25	29	1.99
27484826--27484868	7	6.1	7	89	10	70	13	16	0	69	1.19
27484827--27484880	15	3.7	15	87	7	76	14	18	0	66	1.25
27484830--27484879	21	2.4	21	87	9	68	16	20	0	64	1.30
27487748--27487773	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
27495074--27495235	41	4.0	41	79	4	157	20	18	25	34	1.96
27496930--27496973	23	2.0	23	86	4	63	18	11	18	52	1.74
27505297--27505475	69	2.6	66	77	10	173	53	5	6	34	1.51
27505433--27505547	24	4.9	24	72	14	78	58	6	6	29	1.47
27506367--27506411	22	2.0	22	82	4	54	31	20	6	42	1.77
27506390--27506443	19	2.8	19	91	0	81	33	18	9	38	1.83
27515573--27515613	19	2.0	21	86	9	59	51	9	7	31	1.62
27516135--27516189	19	2.9	21	76	17	57	54	5	0	40	1.23
27521687--27521717	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
27533465--27533536	35	2.1	35	94	0	126	36	16	27	19	1.93
27534814--27534897	44	1.9	44	85	4	116	30	29	21	17	1.96
27534868--27534931	17	3.7	17	85	6	76	29	29	21	18	1.97
27536051--27536099	23	2.1	23	96	0	89	18	32	4	44	1.68
27540263--27540311	23	2.1	23	96	0	89	18	32	4	44	1.68
27552052--27552098	21	2.2	21	84	0	58	44	27	6	21	1.76
27581706--27581735	15	2.0	15	100	0	60	33	20	0	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27582853--27583105	138	1.8	138	89	1	400	39	7	5	46	1.56
27600025--27600067	15	2.7	16	89	7	61	48	23	0	27	1.51
27600025--27600068	16	2.8	15	86	10	61	47	22	0	29	1.51
27601733--27601761	15	1.9	15	100	0	58	48	10	13	27	1.75
27602105--27602169	29	2.2	29	88	5	94	29	12	13	44	1.81
27602114--27602173	29	2.1	29	96	0	111	26	11	16	45	1.82
27612754--27612784	16	2.0	16	93	6	55	19	19	22	38	1.93
27618052--27618109	29	2.0	29	89	0	89	34	22	12	31	1.91
27618815--27618841	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27620289--27620319	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
27630000--27630056	27	2.1	27	83	6	71	29	7	31	31	1.84
27630583--27630820	27	8.9	27	86	2	329	42	21	18	18	1.90
27630583--27630821	53	4.5	53	86	1	343	41	21	17	18	1.90
27630576--27630817	80	3.0	80	86	4	346	42	21	17	18	1.89
27633386--27633437	4	13.0	4	100	0	104	25	0	25	50	1.50
27634830--27634866	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
27641507--27641744	119	2.0	119	86	6	340	34	15	19	30	1.93
27644677--27644702	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
27646947--27646981	18	1.9	18	88	0	52	68	8	0	22	1.16
27649051--27649212	40	4.1	40	100	0	324	34	17	24	22	1.96
27650079--27650111	15	2.2	16	89	10	52	39	6	6	48	1.53
27656677--27656707	16	1.9	16	93	0	53	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27656677--27656710	5	6.6	5	86	6	50	76	0	0	23	0.79
27667377--27667459	41	2.0	41	92	0	139	32	8	10	48	1.68
27672969--27673329	178	2.0	174	86	7	501	51	13	17	17	1.76
27679553--27679585	17	1.9	17	93	0	57	36	3	6	54	1.41
27685126--27685161	16	2.2	17	90	9	58	16	22	0	61	1.35
27688771--27688868	46	2.2	46	98	1	189	33	6	20	39	1.77
27689201--27689321	39	2.9	44	66	16	110	28	24	28	17	1.97
27689408--27689930	97	5.4	97	90	3	817	41	2	19	37	1.64
27689408--27689930	191	2.7	191	89	5	795	41	2	19	37	1.64
27689962--27690380	126	3.3	125	89	3	644	35	17	19	26	1.94
27694051--27694113	30	2.1	30	84	0	81	6	12	47	33	1.67
27696999--27697253	103	2.5	103	85	1	323	33	15	19	31	1.93
27700238--27700277	21	1.9	21	94	0	71	55	10	12	22	1.67
27701640--27701726	34	2.6	34	81	3	95	42	14	10	32	1.80
27702633--27702666	11	3.1	11	86	0	50	73	0	17	8	1.08
27706953--27707009	16	3.6	16	90	0	87	57	10	1	29	1.42
27707424--27708217	396	2.0	397	99	0	1581	32	11	13	42	1.81
27709086--27709141	29	1.9	29	88	0	85	37	7	17	37	1.78
27721699--27721730	16	2.0	16	100	0	64	43	12	12	31	1.80
27724707--27724744	16	2.4	17	82	13	53	23	0	2	73	0.95
27732799--27732842	22	2.0	23	82	13	56	38	9	11	40	1.73
27737067--27737096	16	1.9	15	93	6	51	73	0	3	23	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27739355--27739395	21	2.0	21	85	0	55	43	19	9	26	1.82
27740818--27740865	25	2.0	24	87	4	69	27	27	14	31	1.95
27746535--27746622	38	2.3	38	90	0	140	35	20	15	28	1.94
27746640--27746773	40	3.5	40	82	8	170	31	22	26	20	1.98
27748684--27748745	19	3.2	19	82	8	63	45	17	20	16	1.86
27748684--27748745	20	3.2	20	84	6	65	45	17	20	16	1.86
27749342--27749451	31	3.5	31	75	8	125	36	1	7	54	1.39
27762222--27762292	28	2.6	28	80	8	83	35	23	21	19	1.96
27762269--27762333	29	2.2	29	86	0	85	26	16	26	30	1.97
27775354--27775403	24	2.1	24	81	7	57	20	18	0	62	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141