genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

This is table  7  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1949250--1949302	28	1.9	28	92	3	90	69	1	1	26	1.09
1950058--1950127	19	3.5	19	69	17	61	65	0	2	31	1.07
1952054--1952087	18	1.9	18	88	5	52	29	0	0	70	0.87
1953633--1953713	37	2.2	37	93	0	144	44	7	12	35	1.70
1959427--1959531	33	3.3	33	77	8	126	27	20	31	20	1.97
1959427--1959544	33	3.7	32	74	13	116	27	22	29	20	1.98
1962220--1962265	24	2.0	24	95	4	85	67	0	2	30	1.03
1962220--1962273	24	2.3	23	84	9	72	64	0	1	33	1.04
1963135--1963164	8	3.6	8	95	4	51	23	3	0	73	0.98
1963136--1963172	15	2.3	17	86	9	51	24	5	0	70	1.08
1966713--1966766	24	2.2	24	87	6	74	35	14	16	33	1.90
1966869--1966935	20	3.3	20	85	8	100	38	14	14	31	1.87
1974306--1974476	85	2.0	86	98	1	335	34	19	9	36	1.84
1976575--1976631	22	2.6	21	80	5	60	38	0	3	57	1.16
1976870--1976911	20	2.0	22	86	13	63	59	0	0	40	0.97
1976944--1976985	8	5.2	8	83	8	50	83	0	4	11	0.79
1976943--1977004	23	2.7	23	80	11	65	77	1	6	14	1.04
1976943--1977004	24	2.7	22	80	11	63	77	1	6	14	1.04
1981473--1981523	3	16.7	3	95	4	93	31	1	0	66	1.03
1987839--1987878	18	2.2	18	95	0	71	65	0	5	30	1.14
1988235--1988269	18	2.0	17	88	5	52	20	25	0	54	1.45
1991693--1991721	14	2.0	15	93	6	51	41	13	13	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1994350--1994406	24	2.4	23	82	8	71	36	15	12	35	1.85
1994511--1994571	20	3.0	20	83	9	88	37	14	16	31	1.89
1995526--1995694	84	2.0	85	91	1	277	16	8	24	49	1.74
2004711--2004776	32	2.1	32	100	0	132	27	18	18	36	1.94
2004719--2004784	32	2.2	31	89	8	100	28	16	21	33	1.95
2005414--2005464	12	4.1	12	73	16	50	60	7	1	29	1.36
2005434--2005474	12	3.3	12	80	6	55	65	7	4	21	1.37
2005424--2005474	25	2.0	25	96	0	93	62	7	3	25	1.40
2005434--2005474	13	3.2	13	74	19	50	65	7	4	21	1.37
2006351--2006378	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
2017377--2017416	16	2.5	16	87	0	53	32	0	35	32	1.58
2026357--2026411	19	2.9	19	88	0	92	45	5	16	32	1.70
2039020--2039305	143	2.0	142	92	2	475	41	14	26	17	1.87
2043025--2043077	18	2.8	20	80	13	67	32	11	7	49	1.67
2043229--2043298	19	3.8	19	76	16	76	34	21	5	38	1.77
2047284--2047327	16	2.6	18	82	13	58	50	18	11	20	1.77
2052297--2052355	22	2.6	22	74	12	57	44	0	0	55	0.99
2052998--2053026	11	2.7	11	94	5	51	58	20	0	20	1.39
2053186--2053315	65	2.0	65	92	0	215	33	13	11	41	1.81
2056585--2058897	398	5.8	397	94	0	3932	35	14	13	36	1.86
2056585--2058979	795	3.0	796	94	1	4105	35	14	13	36	1.86
2059127--2059180	28	1.9	28	92	0	90	31	18	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065053--2065077	11	2.3	11	100	0	50	32	24	0	44	1.54
2073323--2073393	14	4.8	14	76	20	65	74	2	19	2	1.07
2076511--2076557	24	2.0	23	84	12	60	29	14	4	51	1.62
2091370--2091404	12	2.8	12	91	4	52	85	2	0	11	0.69
2096429--2096550	29	4.3	28	66	16	90	51	3	1	43	1.27
2096412--2096582	84	2.0	85	97	1	326	49	3	2	44	1.32
2096450--2096578	29	4.6	29	68	16	99	53	3	1	41	1.29
2100089--2100151	31	2.0	31	100	0	126	46	9	15	28	1.78
2101055--2101410	200	1.8	194	83	8	468	25	11	15	47	1.79
2109628--2109670	4	10.8	4	100	0	86	51	25	0	23	1.49
2109846--2109873	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
2112284--2112348	3	21.3	3	96	3	121	32	0	1	66	1.01
2113347--2113372	11	2.4	11	100	0	52	88	0	11	0	0.52
2115292--2115356	21	3.2	21	67	22	57	24	10	0	64	1.25
2115567--2115604	19	2.0	19	89	0	58	63	0	5	31	1.17
2135149--2135191	19	2.2	21	88	12	65	62	2	0	34	1.08
2135158--2135200	10	4.6	9	80	11	50	67	2	0	30	1.03
2135158--2135200	19	2.3	19	84	8	52	67	2	0	30	1.03
2135419--2135504	30	2.8	32	84	7	97	45	3	5	45	1.44
2137035--2137059	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2146670--2146780	4	26.2	4	75	12	80	23	3	29	43	1.71
2151316--2151394	33	2.4	32	79	6	86	34	15	22	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151285--2151504	107	2.1	101	85	6	280	32	16	23	27	1.96
2153320--2153426	53	2.0	53	85	3	144	56	0	0	42	1.12
2153320--2153425	11	9.9	11	73	14	62	56	0	0	41	1.12
2154808--2154845	19	2.0	20	89	5	60	60	15	2	21	1.47
2156659--2156709	27	2.0	25	88	7	75	25	3	5	64	1.33
2163083--2163129	3	15.7	3	90	0	76	31	0	2	65	1.04
2166489--2167115	241	2.6	238	84	4	816	37	18	15	28	1.91
2174923--2174966	23	2.0	23	90	4	72	34	6	0	59	1.24
2175476--2175505	12	2.5	12	94	0	51	33	26	10	30	1.89
2181221--2181245	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
2182466--2182493	4	7.0	4	100	0	56	25	25	25	25	2.00
2182491--2182528	4	9.5	4	100	0	76	26	0	23	50	1.50
2188749--2188805	29	2.1	28	87	12	84	15	7	10	66	1.42
2190595--2190668	29	2.5	29	82	4	85	25	14	13	45	1.82
2190828--2190861	16	2.1	17	89	10	54	73	5	8	11	1.24
2192551--2192583	17	1.9	17	88	11	50	72	0	0	27	0.85
2193417--2193456	14	2.9	14	84	0	53	42	7	7	42	1.61
2193440--2193479	20	2.0	20	90	0	62	35	10	5	50	1.58
2193425--2193491	34	1.9	35	88	8	102	38	8	5	46	1.60
2200675--2200714	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
2200660--2200726	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
2200786--2200832	18	2.5	19	75	10	51	42	2	0	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209253--2209495	42	5.8	42	74	7	206	30	21	23	24	1.99
2209264--2209495	84	2.8	84	81	6	256	31	21	24	23	1.99
2213424--2213484	19	3.3	19	86	6	81	62	6	0	31	1.21
2213909--2213940	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
2217181--2217225	20	2.3	19	78	17	56	28	13	11	46	1.77
2226536--2226593	16	3.6	16	74	4	55	48	1	31	18	1.59
2240813--2240875	30	2.1	31	93	3	110	44	19	7	28	1.78
2248763--2248808	22	2.1	22	87	0	65	19	8	15	56	1.65
2249385--2249723	113	3.0	113	99	0	669	26	15	15	42	1.87
2250396--2250442	23	2.0	23	83	8	58	57	10	8	23	1.60
2251363--2251395	7	4.6	7	96	3	57	33	0	0	66	0.92
2251363--2251397	14	2.4	15	90	9	63	34	0	0	65	0.93
2252573--2252604	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
2253040--2253107	30	2.2	31	81	2	84	41	14	11	32	1.82
2253047--2253106	31	2.0	30	86	3	84	43	11	10	35	1.75
2256216--2256280	30	2.2	30	97	0	121	27	30	3	38	1.72
2256438--2256464	10	2.7	10	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2263456--2263570	44	2.7	43	77	11	126	30	27	16	25	1.97
2263988--2264041	26	2.0	25	86	10	72	38	5	0	55	1.23
2263992--2264041	25	2.0	25	88	7	75	40	6	0	54	1.25
2264681--2264952	124	2.2	125	88	4	397	30	16	16	36	1.91
2265027--2265215	34	5.5	34	69	9	132	47	16	2	33	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264984--2265207	105	2.1	106	89	5	339	48	19	2	29	1.63
2265142--2265265	28	4.1	29	71	14	99	45	17	0	35	1.54
2267364--2267751	141	2.9	132	81	9	430	27	12	20	38	1.90
2275155--2275212	31	1.9	29	83	13	73	27	8	8	55	1.60
2275150--2275219	30	2.4	28	79	13	79	31	7	7	54	1.55
2276450--2276522	31	2.4	31	90	0	119	42	13	12	31	1.81
2277991--2278049	31	1.9	31	89	6	93	37	16	8	37	1.80
2278704--2279079	187	2.0	189	98	1	738	37	6	6	49	1.55
2280832--2280878	21	2.2	21	81	7	60	27	8	4	59	1.45
2286519--2286579	31	2.0	31	83	6	79	40	6	14	37	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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