genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1135869--1135896	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
1144032--1144056	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
1164809--1164856	20	2.3	21	75	3	53	41	2	6	50	1.39
1183056--1183122	31	2.1	31	86	2	89	52	8	2	35	1.48
1183311--1183342	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
1184087--1184115	13	2.1	14	93	6	51	24	0	6	68	1.13
1190598--1190993	196	2.0	197	99	0	785	35	12	11	41	1.78
1191634--1191678	20	2.2	20	92	0	72	40	6	2	51	1.41
1195406--1195431	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
1195963--1196108	60	2.4	61	80	4	161	21	17	17	44	1.87
1196727--1196798	29	2.4	29	77	6	83	26	11	9	52	1.67
1197677--1197716	18	2.2	18	90	0	62	77	2	0	20	0.88
1207475--1207708	116	2.0	116	99	0	405	50	5	11	32	1.62
1210966--1210996	4	7.8	4	92	0	53	51	25	0	22	1.48
1218443--1218473	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
1219803--1219835	10	3.1	11	86	8	50	75	0	0	24	0.80
1230807--1230849	22	1.9	23	86	13	63	65	11	6	16	1.46
1232098--1232134	19	1.9	19	94	0	65	56	8	32	2	1.43
1232119--1232194	38	2.0	38	94	0	134	56	5	28	9	1.52
1232482--1232554	38	1.9	38	91	0	119	54	5	30	9	1.55
1235914--1235942	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1236453--1236484	16	2.0	16	93	0	55	68	3	0	28	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1246634--1246689	25	2.2	25	93	0	94	46	1	12	39	1.52
1250247--1250292	19	2.3	20	73	26	53	32	0	2	65	1.05
1251010--1251297	143	2.0	144	99	0	569	37	6	7	47	1.59
1253433--1253484	27	1.9	27	88	7	79	44	5	25	25	1.76
1259049--1259283	120	2.0	120	100	0	470	37	17	6	37	1.77
1260423--1260449	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1261646--1261843	96	2.1	96	97	0	369	38	15	15	30	1.88
1267630--1267654	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92
1269681--1269731	18	3.1	16	75	20	52	52	5	1	39	1.37
1269685--1269727	19	2.3	18	84	8	50	55	4	2	37	1.33
1270879--1270941	29	2.2	29	82	0	81	47	14	12	25	1.79
1272881--1272907	6	4.5	6	100	0	54	62	0	0	37	0.95
1278061--1278091	16	1.9	16	93	0	53	70	6	0	22	1.09
1284855--1284899	22	2.0	22	83	8	56	44	22	6	26	1.77
1303701--1303907	103	2.0	104	99	0	407	35	9	13	41	1.77
1309678--1309728	21	2.5	20	84	9	59	70	13	0	15	1.17
1312986--1313057	4	18.0	4	100	0	144	25	0	25	50	1.50
1313436--1313632	98	2.0	98	92	0	331	43	10	17	27	1.82
1314064--1314094	6	5.2	6	96	0	53	67	12	0	19	1.22
1324577--1324606	12	2.6	11	94	5	51	16	0	3	80	0.85
1324747--1324778	11	2.8	12	90	9	57	0	12	0	87	0.54
1325432--1325592	3	54.3	3	73	11	91	30	5	3	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1327822--1327861	2	20.0	2	89	0	62	50	5	0	45	1.23
1328739--1328778	2	20.0	2	89	0	62	50	5	0	45	1.23
1331963--1331988	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1334432--1334456	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
1343685--1343719	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1343952--1343990	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
1343964--1344005	16	2.6	16	92	0	66	30	35	0	33	1.58
1344185--1344234	21	2.3	21	83	13	57	62	12	22	4	1.46
1346891--1346925	18	1.9	18	94	0	61	62	5	0	31	1.18
1350481--1350551	30	2.4	30	90	0	115	18	8	19	53	1.69
1357280--1357372	42	2.2	42	83	5	109	35	16	19	29	1.93
1361456--1361501	22	2.1	22	88	4	67	60	2	6	30	1.34
1366150--1366380	43	5.4	42	76	9	200	31	25	15	27	1.96
1366199--1366381	85	2.2	85	88	2	269	32	25	14	27	1.95
1366150--1366393	85	2.9	84	80	4	267	31	25	15	27	1.96
1366391--1366498	53	2.0	53	85	3	146	35	27	12	25	1.91
1369068--1369098	6	5.2	6	92	0	53	3	0	19	77	0.90
1369063--1369098	12	3.0	12	87	0	54	5	0	19	75	1.00
1370780--1370811	17	1.9	17	93	6	57	31	0	0	68	0.90
1370975--1371025	17	3.0	18	76	21	56	33	9	0	56	1.32
1372772--1372838	31	2.2	31	84	12	86	25	8	13	52	1.69
1378956--1379002	20	2.5	19	75	6	51	55	2	2	40	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1380965--1381005	9	4.6	9	93	0	73	31	7	0	60	1.24
1383508--1383547	4	10.0	4	94	0	53	42	25	7	25	1.80
1383993--1384074	41	2.0	41	95	0	146	56	2	21	19	1.54
1384753--1384795	22	2.0	22	86	9	61	37	0	0	62	0.95
1386761--1386856	9	11.4	8	72	19	63	60	2	6	31	1.33
1386783--1386895	3	36.7	3	76	15	106	63	1	5	29	1.26
1393762--1393801	21	2.0	20	85	5	53	32	2	2	62	1.22
1394082--1394127	17	2.6	19	74	19	55	54	2	0	43	1.12
1412385--1412417	16	2.0	17	94	5	59	48	12	6	33	1.65
1413967--1414000	2	16.5	2	93	6	59	47	0	2	50	1.16
1414199--1414224	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1431439--1431485	22	2.1	22	84	7	60	55	6	10	27	1.58
1432202--1432263	22	3.1	22	60	26	55	22	14	11	51	1.74
1432950--1433120	85	2.0	86	95	1	308	37	11	4	46	1.61
1438361--1438385	9	2.8	9	100	0	50	56	12	12	20	1.67
1439080--1439673	150	3.9	151	90	4	932	33	11	13	42	1.79
1440329--1440368	17	2.2	18	86	13	55	75	0	2	22	0.93
1440913--1440942	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
1441954--1442002	25	1.9	26	83	4	64	40	8	4	46	1.52
1442590--1442618	10	2.7	11	94	5	51	75	10	3	10	1.15
1454067--1454091	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
1454612--1454640	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1454948--1455148	109	1.8	110	88	7	311	44	18	13	23	1.85
1455960--1456172	113	1.9	113	91	0	345	36	18	14	30	1.91
1458465--1458519	13	4.2	13	74	19	51	47	1	1	49	1.23
1458460--1458525	28	2.3	29	94	5	118	46	1	3	48	1.26
1458477--1458532	16	3.6	16	71	24	57	42	3	3	50	1.37
1459743--1459796	21	2.6	20	77	16	56	75	0	16	7	1.01
1459747--1459810	30	2.1	31	85	2	85	76	0	17	6	0.98
1459762--1459806	19	2.6	16	83	13	54	82	0	13	4	0.82
1469049--1469307	129	2.0	130	99	0	511	44	5	7	42	1.56
1473331--1473562	120	1.9	118	85	3	313	38	19	18	23	1.93
1473324--1473562	59	4.0	59	86	3	309	38	19	18	23	1.93
1482514--1482703	41	4.6	41	68	18	126	58	6	0	34	1.27
1482609--1482778	40	4.1	41	66	22	122	58	7	1	32	1.34
1482526--1482778	123	2.0	122	99	0	425	58	7	0	32	1.32
1485126--1485178	22	2.5	21	78	9	54	32	0	5	62	1.19
1487191--1488345	574	2.0	575	99	0	2287	38	10	10	39	1.74
1491998--1492023	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1498135--1498222	27	3.4	26	70	13	65	54	5	4	35	1.45
1498150--1498234	28	3.2	27	65	27	65	49	3	5	41	1.44
1500928--1500992	31	2.1	31	82	5	78	50	7	3	38	1.47
1503052--1503088	19	2.0	19	89	5	58	40	0	5	54	1.24
1503067--1503124	20	3.1	19	83	9	75	43	0	6	50	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1506416--1506516	30	3.5	27	71	15	85	22	7	40	28	1.82
1505048--1506462	30	47.4	30	85	0	1582	22	9	40	27	1.85
1511972--1512348	48	7.9	48	89	1	531	24	3	48	23	1.66
1512333--1513608	48	26.6	48	86	0	1447	24	3	50	21	1.66
1512008--1512396	96	4.1	95	79	9	362	23	3	49	23	1.65
1511972--1512396	144	3.0	142	85	4	482	24	3	49	23	1.65
1512162--1512519	171	2.1	171	93	0	599	23	3	49	23	1.65
1512479--1512558	27	3.2	27	66	20	73	18	6	53	21	1.66
1512554--1512635	27	3.3	26	63	19	66	18	3	62	15	1.47
1512626--1512699	21	3.0	27	69	22	88	27	6	48	17	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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