genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

This is table  46  of  141  ( 16825 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14546483--14546775	108	2.7	107	83	4	338	25	20	16	37	1.93
14546840--14546999	86	1.9	86	84	2	214	28	21	11	37	1.89
14548344--14548560	66	3.2	68	77	5	219	28	27	10	34	1.89
14554923--14554962	18	2.2	20	75	25	52	45	5	0	50	1.23
14555544--14555592	16	2.9	16	77	11	53	34	2	2	61	1.19
14556285--14556325	13	2.7	16	82	17	52	56	21	0	21	1.43
14574940--14574995	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
14577231--14577255	12	2.1	12	100	0	50	40	0	60	0	0.97
14580733--14580900	88	1.9	88	95	0	300	51	17	7	23	1.71
14589316--14589366	26	2.0	26	84	7	68	74	0	15	9	1.06
14590769--14590930	83	1.9	84	91	1	263	28	14	24	32	1.95
14608083--14608269	74	2.5	74	88	0	275	22	20	22	33	1.97
14608264--14608356	48	1.9	48	91	0	150	18	23	23	34	1.96
14610616--14610683	33	2.1	33	100	0	136	30	22	20	26	1.98
14613649--14613911	51	5.3	51	86	6	387	31	14	23	29	1.95
14613649--14613910	95	2.7	95	88	4	371	31	14	23	29	1.95
14613642--14613909	146	1.8	146	94	0	473	30	15	23	30	1.95
14618718--14618754	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14620557--14620608	26	2.0	26	82	17	65	42	0	3	53	1.19
14625311--14625355	21	2.1	22	87	4	65	64	0	6	28	1.19
14625292--14625349	14	4.1	14	80	8	55	53	1	13	31	1.50
14625303--14625385	28	3.0	28	74	10	71	54	2	14	28	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14625298--14625356	21	2.8	20	80	10	64	57	1	10	30	1.42
14625933--14625966	9	3.6	9	88	11	50	47	0	0	52	1.00
14629541--14629566	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
14630443--14630489	23	2.0	24	95	4	87	51	0	6	42	1.27
14630752--14630803	26	2.0	26	82	17	65	42	0	3	53	1.19
14635506--14635550	21	2.1	22	87	4	65	64	0	6	28	1.19
14635487--14635544	14	4.1	14	80	8	55	53	1	13	31	1.50
14635498--14635580	28	3.0	28	74	10	71	54	2	14	28	1.53
14635493--14635551	21	2.8	20	80	10	64	57	1	10	30	1.42
14636128--14636161	9	3.6	9	88	11	50	47	0	0	52	1.00
14637542--14637578	16	2.2	17	95	4	67	86	0	13	0	0.57
14640324--14640381	30	1.9	30	85	0	80	5	8	36	50	1.56
14646382--14646448	21	3.2	21	93	2	109	32	31	14	20	1.93
14650079--14650124	21	2.2	20	85	11	58	30	2	4	63	1.26
14650070--14650130	22	2.7	22	78	14	63	32	3	4	59	1.35
14650944--14650973	14	2.1	14	100	0	60	40	20	0	40	1.52
14652322--14652362	19	2.3	19	83	8	50	58	7	17	17	1.60
14654299--14654327	15	1.9	15	100	0	58	41	6	13	37	1.72
14658324--14658515	95	2.0	95	98	0	375	31	20	15	32	1.94
14666773--14666814	23	1.9	23	85	9	61	64	7	2	26	1.32
14667990--14668022	16	1.9	18	88	11	52	33	0	15	51	1.43
14685326--14685360	18	2.0	17	88	5	52	5	48	2	42	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14687226--14687316	40	2.3	40	94	0	164	30	21	27	19	1.98
14687374--14687450	41	1.9	40	84	7	102	23	18	29	28	1.97
14687352--14687747	114	3.5	110	79	6	400	22	22	28	26	1.99
14687802--14688286	242	2.0	243	96	0	891	38	14	12	34	1.85
14689158--14689194	19	1.9	19	88	0	56	29	13	27	29	1.94
14689367--14689633	147	1.8	147	81	1	338	27	13	20	37	1.91
14689417--14689764	146	2.4	146	80	4	353	27	15	20	36	1.93
14689838--14689882	23	2.0	23	100	0	90	31	42	4	22	1.73
14693598--14693665	21	3.2	21	80	0	82	29	17	47	5	1.71
14694003--14694080	41	1.9	41	86	5	113	35	15	17	30	1.91
14700767--14700801	18	2.0	18	94	5	63	71	0	5	22	1.07
14701314--14701352	11	3.5	11	85	0	51	10	17	2	69	1.28
14701310--14701361	22	2.4	21	75	12	52	7	17	1	73	1.16
14717628--14717663	15	2.4	15	90	0	54	61	2	0	36	1.11
14719394--14719434	20	2.1	18	86	13	55	63	4	0	31	1.15
14720076--14720209	19	6.7	21	77	10	68	39	14	6	39	1.72
14720076--14720133	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
14720112--14720222	19	5.8	19	86	0	168	36	13	9	40	1.76
14720112--14720215	38	2.7	38	96	0	190	37	12	8	41	1.74
14722420--14722466	21	2.3	21	78	10	53	36	4	2	57	1.30
14728705--14728817	38	3.1	37	76	14	99	26	20	23	29	1.99
14731665--14731700	17	2.1	17	89	0	54	27	11	16	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14732434--14732533	51	2.0	51	100	0	200	24	31	20	25	1.98
14738602--14738640	18	2.2	18	86	9	53	17	25	10	46	1.80
14739403--14739469	28	2.4	28	94	0	116	26	22	26	23	2.00
14739861--14740001	27	5.2	27	76	8	90	18	17	19	44	1.87
14739880--14740001	54	2.3	54	82	0	145	18	16	18	46	1.84
14744233--14744372	40	3.5	40	74	7	106	29	22	18	30	1.97
14745345--14745381	3	12.7	3	88	5	58	62	0	0	37	0.96
14745404--14745442	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
14748119--14748172	23	2.2	24	84	12	67	55	0	5	38	1.23
14750987--14751034	25	2.0	24	83	4	60	37	8	12	41	1.73
14753109--14753167	20	3.0	20	73	9	66	13	38	16	30	1.88
14753786--14753826	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
14754176--14754258	42	2.0	42	81	9	98	21	21	31	25	1.98
14754896--14754940	18	2.5	18	82	7	56	40	17	4	37	1.70
14755874--14755908	18	2.0	18	94	5	63	17	45	25	11	1.81
14761378--14761486	41	2.6	41	92	1	173	23	29	21	25	1.99
14776365--14776399	17	2.1	17	89	10	54	62	0	5	31	1.18
14780344--14780387	18	2.5	16	77	22	52	45	6	0	47	1.29
14782369--14782417	3	16.0	3	95	4	89	65	0	0	34	0.93
14783592--14783640	19	2.5	19	83	3	53	46	2	26	24	1.63
14785356--14785421	27	2.4	27	94	0	114	36	16	27	19	1.93
14796680--14796716	18	2.0	19	89	5	58	21	32	0	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14797196--14797535	174	2.0	174	93	0	581	35	21	9	33	1.86
14803829--14803888	25	2.3	26	85	2	86	35	16	10	38	1.82
14805687--14805718	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
14806214--14806254	18	2.3	19	84	16	52	56	2	2	39	1.26
14806762--14806803	13	3.1	14	83	10	61	40	0	0	59	0.97
14806757--14806818	24	2.5	25	84	7	81	38	0	1	59	1.07
14806769--14806808	11	3.5	11	83	12	53	37	0	0	62	0.95
14807672--14807706	18	1.9	18	88	0	52	37	0	25	37	1.57
14809688--14809771	25	3.4	25	77	6	89	25	20	29	25	1.99
14809663--14809772	50	2.2	50	80	4	114	30	19	26	24	1.98
14812865--14812922	31	1.9	30	82	3	71	36	10	17	36	1.84
14813074--14813153	29	2.6	30	86	5	99	43	13	10	32	1.77
14814350--14814412	24	2.7	22	87	7	81	36	7	17	38	1.79
14814590--14814635	23	2.0	23	86	0	65	19	0	13	67	1.23
14819432--14819515	6	13.8	6	91	5	134	80	0	17	1	0.77
14820762--14820931	44	3.9	44	92	0	277	26	15	25	31	1.96
14820761--14820969	44	4.8	44	87	4	262	27	15	25	31	1.96
14820761--14820972	88	2.4	88	85	3	293	27	15	25	31	1.95
14821461--14821840	44	8.7	44	72	10	136	31	20	22	26	1.98
14821333--14821661	44	7.5	44	70	10	174	30	19	21	29	1.97
14821318--14821747	217	2.0	218	86	0	610	29	19	22	27	1.98
14822352--14822405	19	2.8	19	82	0	81	37	9	14	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14833603--14833654	25	2.1	25	82	7	61	17	28	23	30	1.97
14844229--14844278	25	2.0	25	100	0	100	40	8	8	44	1.63
14846249--14846401	51	3.0	51	72	11	177	27	13	28	30	1.94
14851398--14851456	29	2.0	29	93	0	100	47	16	8	27	1.76
14860464--14860528	29	2.2	29	83	5	78	29	7	18	44	1.77
14871624--14871675	26	2.0	26	85	7	70	23	9	30	36	1.87
14873771--14873865	38	2.5	38	81	1	102	31	15	20	32	1.94
14881486--14881564	20	4.0	18	76	14	68	41	18	29	10	1.83
14882916--14882954	20	2.0	19	90	5	60	33	15	7	43	1.75
14886842--14886884	16	2.8	16	85	3	52	0	9	4	86	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141