genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27083875--27083908	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
27098518--27099024	124	4.1	126	85	3	641	28	16	15	39	1.89
27098984--27099049	28	2.4	28	89	0	105	34	13	3	48	1.58
27098996--27099046	14	3.6	14	86	0	75	35	11	0	52	1.38
27099141--27099238	32	3.0	33	79	4	101	43	18	1	36	1.57
27101313--27101381	28	2.5	26	81	11	75	44	34	0	20	1.52
27108646--27108827	89	2.0	89	97	2	348	24	5	12	58	1.55
27109794--27109880	43	2.1	41	91	4	138	44	11	17	26	1.82
27109838--27110172	125	2.7	125	92	0	566	32	17	19	29	1.95
27111130--27111159	14	2.1	14	93	0	51	36	23	16	23	1.94
27112694--27112750	11	5.2	11	83	14	73	42	0	33	24	1.55
27115005--27115264	104	2.6	101	88	4	389	26	0	12	60	1.37
27115489--27115565	14	5.5	14	73	14	61	31	1	6	61	1.30
27115483--27115524	17	2.4	18	84	11	61	30	0	4	64	1.14
27117971--27118016	21	2.2	21	92	0	74	19	19	41	19	1.91
27121394--27121446	24	2.2	24	93	0	88	30	13	5	50	1.64
27122340--27122392	16	3.3	16	100	0	106	37	5	35	20	1.77
27137728--27137810	40	2.1	40	86	4	114	27	21	10	39	1.87
27145270--27145399	65	2.0	65	92	0	215	41	23	11	23	1.87
27156467--27156532	16	4.1	16	75	11	64	46	0	1	51	1.10
27158224--27158266	21	2.0	21	95	0	77	30	4	6	58	1.45
27158891--27159041	45	3.4	45	71	8	121	37	19	18	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27159105--27159214	34	3.2	33	77	2	103	40	10	12	37	1.77
27163735--27163784	25	2.0	25	84	0	64	28	22	26	24	1.99
27164334--27164459	55	2.3	55	84	2	164	10	21	23	45	1.82
27164359--27164463	28	3.8	28	73	2	95	9	20	23	45	1.80
27164464--27164515	17	3.4	17	65	25	51	17	21	13	48	1.81
27164452--27164523	29	2.5	29	93	0	126	18	20	12	48	1.80
27164587--27164668	41	2.0	42	92	2	139	13	21	28	36	1.91
27165970--27166003	17	2.0	17	100	0	68	17	5	29	47	1.71
27169638--27169850	111	1.9	111	83	3	277	33	4	13	49	1.61
27180435--27180484	21	2.4	21	86	0	64	36	32	4	28	1.76
27193813--27194023	111	1.9	111	84	1	280	34	3	12	49	1.59
27197861--27197940	37	2.2	37	84	4	99	37	17	18	26	1.93
27204110--27204179	7	10.3	7	76	17	58	38	0	47	14	1.44
27204110--27204179	12	5.1	14	75	14	58	38	0	47	14	1.44
27204119--27204161	16	2.6	16	85	3	50	37	0	51	11	1.39
27204119--27204167	23	2.1	24	88	3	73	36	0	51	12	1.40
27217390--27217453	25	2.6	25	78	14	62	31	17	39	12	1.87
27217633--27217768	39	3.4	40	87	3	184	13	22	18	44	1.85
27224663--27225021	130	2.7	132	87	4	530	25	25	20	28	1.99
27225282--27225406	44	2.8	44	76	2	117	27	23	20	29	1.98
27225478--27225782	44	6.9	44	77	10	244	27	21	18	33	1.96
27225535--27225818	44	6.3	45	78	7	154	27	23	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27230390--27230433	19	2.3	19	84	7	54	38	11	25	25	1.89
27232895--27232937	22	1.9	22	85	4	59	39	16	6	37	1.75
27234709--27234776	30	2.3	30	84	5	93	51	19	7	22	1.71
27236531--27236622	22	4.5	22	71	15	88	38	28	17	16	1.91
27236553--27236649	38	2.5	37	85	6	115	40	26	16	16	1.90
27239052--27239143	48	1.9	48	90	0	148	29	28	5	36	1.79
27242603--27242667	19	3.2	21	78	20	68	63	3	3	30	1.25
27242613--27242667	20	2.7	20	77	11	58	60	3	3	32	1.32
27243710--27243806	31	3.2	31	71	14	85	29	5	17	47	1.69
27244787--27244882	32	2.9	34	76	21	112	35	3	7	54	1.44
27244768--27244871	34	3.1	33	75	21	117	30	4	7	56	1.48
27245962--27246001	12	3.3	12	83	10	55	20	2	0	77	0.88
27245963--27245996	18	1.9	18	94	5	61	17	2	0	79	0.86
27255079--27255174	32	2.9	34	76	21	112	35	3	7	54	1.44
27255060--27255163	34	3.1	33	75	21	117	30	4	7	56	1.48
27256254--27256293	12	3.3	12	83	10	55	20	2	0	77	0.88
27256255--27256288	18	1.9	18	94	5	61	17	2	0	79	0.86
27261920--27262002	26	3.3	25	81	6	96	19	22	22	34	1.96
27261934--27262002	26	2.7	26	86	4	97	18	21	21	37	1.94
27262034--27262089	25	2.3	25	84	3	69	17	28	23	30	1.97
27261946--27262130	73	2.5	71	74	9	167	21	25	18	34	1.96
27262144--27262227	25	3.4	24	71	12	64	21	23	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27269719--27269787	30	2.3	30	94	2	120	21	10	20	47	1.79
27271091--27271249	80	2.0	80	98	0	309	54	9	9	26	1.63
27271088--27271245	26	5.9	26	83	4	199	55	10	9	25	1.63
27271093--27271245	54	2.9	52	82	4	189	56	9	9	24	1.60
27274039--27274247	43	4.9	42	76	10	192	23	18	28	30	1.97
27274128--27274227	42	2.4	42	81	5	121	28	18	25	29	1.98
27275097--27275122	9	2.9	9	100	0	52	11	0	30	57	1.34
27280932--27281141	27	7.9	27	83	3	246	18	19	20	42	1.90
27280932--27281141	105	2.0	107	85	4	291	18	19	20	42	1.90
27287693--27287723	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
27287778--27287814	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
27289954--27290049	37	2.6	37	81	14	117	32	26	1	40	1.63
27289954--27290043	38	2.4	38	83	10	107	33	24	1	41	1.62
27290031--27290074	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
27290899--27290933	14	2.5	14	90	9	54	0	14	5	80	0.89
27291086--27291123	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
27293591--27293887	82	3.5	83	79	7	242	43	11	13	32	1.79
27293641--27293898	82	3.0	86	84	3	292	42	11	13	32	1.80
27293873--27293921	23	2.1	23	92	7	82	24	8	4	63	1.40
27293786--27293997	110	1.9	109	82	4	266	38	8	11	40	1.73
27293981--27294056	39	2.0	39	87	7	111	39	1	7	51	1.39
27294019--27294296	87	3.2	86	81	6	301	43	8	12	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27297197--27297531	183	1.8	184	84	5	464	34	31	8	24	1.87
27300143--27300209	20	3.3	20	74	2	62	41	5	8	43	1.60
27300308--27300350	20	2.2	20	87	4	61	37	11	9	41	1.74
27325654--27325758	4	26.2	4	98	0	201	50	23	0	25	1.49
27326984--27327014	16	1.9	16	93	0	53	35	19	25	19	1.95
27331632--27331711	30	2.6	31	88	3	119	27	13	18	40	1.89
27333932--27334088	43	3.7	43	88	1	235	27	15	24	31	1.96
27336393--27336713	160	2.0	160	98	1	617	33	6	9	50	1.60
27336723--27336761	20	2.0	19	90	5	60	33	0	2	64	1.08
27337259--27337298	5	7.8	5	91	5	62	2	0	22	75	0.93
27342635--27342741	40	2.7	38	76	13	108	24	22	27	26	2.00
27344567--27344653	30	2.9	30	81	3	95	35	45	9	9	1.68
27344714--27344756	18	2.4	18	84	7	52	20	27	9	41	1.83
27345298--27345376	38	2.1	39	97	2	151	49	5	2	43	1.38
27352176--27352227	14	3.3	14	74	25	50	44	11	1	42	1.51
27357594--27357632	17	2.3	17	90	0	60	33	5	0	61	1.18
27361553--27361617	30	2.2	30	97	0	121	60	16	1	21	1.45
27362269--27362374	51	2.1	51	96	0	194	39	10	12	37	1.77
27362353--27362483	63	2.1	63	88	2	192	28	14	16	41	1.87
27366503--27366793	148	2.0	147	81	8	340	31	8	6	53	1.57
27367518--27367576	25	2.4	25	80	5	66	55	13	20	10	1.66
27367507--27367576	30	2.3	30	80	4	79	54	14	21	10	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27369147--27369189	21	2.0	21	90	0	68	30	13	23	32	1.93
27373809--27373863	21	2.7	21	86	5	69	16	25	16	41	1.88
27378402--27378464	31	2.0	31	96	0	117	20	11	15	52	1.73
27380255--27380280	9	2.9	9	100	0	52	23	23	19	34	1.96
27385934--27385983	20	2.5	20	84	12	59	58	8	0	34	1.28
27390715--27393868	50	63.1	49	64	14	376	23	18	23	34	1.96
27390647--27394699	100	40.6	100	96	0	6974	24	18	23	34	1.96
27395857--27395921	10	6.1	11	73	18	57	0	26	0	73	0.83
27395859--27395922	15	4.4	15	68	7	51	0	25	0	75	0.81
27396915--27396953	20	2.0	20	95	5	71	0	20	0	79	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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