genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21551010--21551060	14	3.6	14	80	15	68	37	0	11	50	1.39
21550989--21551084	44	2.2	44	83	10	117	38	0	9	52	1.34
21551642--21552338	372	1.9	372	98	0	1340	34	13	18	33	1.90
21555001--21555027	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
21560406--21567836	211	35.2	211	100	0	14862	30	16	16	36	1.91
21567838--21567876	20	2.0	20	90	5	62	56	2	0	41	1.13
21568257--21568449	97	2.0	92	83	8	237	41	7	18	32	1.77
21569034--21569122	28	3.0	29	74	16	83	37	0	20	42	1.52
21569055--21569145	33	2.8	33	88	5	130	36	0	18	45	1.50
21569034--21569166	33	4.4	31	77	17	95	35	0	18	45	1.50
21569376--21569418	14	3.1	14	76	10	52	48	2	9	39	1.48
21569236--21569755	126	4.1	126	85	3	609	38	15	16	30	1.89
21574790--21574843	24	2.1	24	83	10	63	66	1	1	29	1.12
21575056--21575099	23	1.9	23	85	0	61	45	25	4	25	1.72
21577340--21577423	19	4.4	18	82	8	80	38	8	17	35	1.80
21577342--21577416	19	3.8	19	91	6	123	37	9	16	37	1.80
21577343--21577405	21	3.1	21	95	4	112	38	9	14	38	1.78
21577355--21577439	21	4.0	22	79	14	81	37	7	16	38	1.76
21577405--21577449	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
21583867--21584511	88	7.3	88	91	0	993	27	28	23	20	1.99
21584703--21584990	44	6.7	43	78	10	293	29	18	24	27	1.98
21584703--21584943	82	2.8	85	83	6	267	30	18	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21584702--21584990	126	2.2	131	87	4	410	29	19	24	27	1.98
21585297--21585400	44	2.4	44	81	3	120	27	21	20	30	1.98
21585696--21585748	19	3.0	17	78	10	61	35	9	18	35	1.84
21585720--21585764	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
21585720--21585778	22	2.7	23	86	5	77	35	3	16	44	1.65
21594021--21594049	12	2.4	12	100	0	58	41	0	0	58	0.98
21593482--21594036	51	10.9	51	99	0	1101	48	3	3	43	1.39
21595016--21595155	40	3.5	40	74	6	124	27	16	24	31	1.96
21597351--21597411	29	2.0	31	87	6	90	19	45	0	34	1.51
21605729--21605787	26	2.3	26	96	0	109	57	8	15	18	1.63
21605729--21605800	26	2.7	26	91	4	99	58	9	15	16	1.63
21621960--21622020	13	4.8	12	80	11	68	21	3	0	75	0.94
21621959--21622020	21	3.0	21	81	9	74	20	4	0	74	1.00
21621962--21622020	26	2.3	26	88	5	84	22	3	0	74	0.96
21622274--21622349	36	2.2	34	77	11	82	23	11	9	55	1.65
21623962--21623995	6	5.7	6	100	0	68	29	0	0	70	0.87
21623956--21624047	6	14.5	6	80	10	58	17	1	5	76	1.04
21623954--21624047	25	3.7	26	77	11	79	17	1	6	75	1.06
21623981--21624047	27	2.6	25	83	9	73	14	0	7	77	0.97
21626473--21626580	36	3.0	36	91	2	191	31	12	13	41	1.83
21627009--21627044	9	3.9	9	96	3	63	0	11	0	88	0.50
21629575--21629659	42	2.0	42	100	0	170	32	16	14	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21637757--21637877	46	2.6	46	84	3	136	34	4	22	38	1.76
21637757--21637949	23	8.4	23	71	7	115	32	4	23	39	1.75
21637801--21637883	24	3.5	24	78	4	73	36	4	20	38	1.74
21638264--21638340	38	2.1	36	85	9	102	46	1	2	49	1.23
21641099--21641175	38	2.1	36	85	9	102	46	1	2	49	1.23
21641830--21641854	13	1.9	13	100	0	50	20	40	8	32	1.81
21647927--21648016	46	2.0	46	91	4	148	38	28	4	27	1.76
21647996--21648048	16	3.3	16	97	0	97	20	33	5	39	1.76
21647919--21648016	44	2.2	45	87	7	146	36	28	4	30	1.76
21648036--21648125	38	2.4	38	100	0	180	31	26	11	31	1.91
21648149--21648188	16	2.5	16	95	0	71	30	27	7	35	1.84
21651591--21651629	20	2.0	20	94	0	69	43	15	12	28	1.83
21651820--21651938	58	2.1	58	98	0	229	44	11	4	39	1.60
21653023--21653059	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
21653028--21653072	19	2.2	21	84	7	58	40	0	4	55	1.20
21653185--21653215	9	3.4	9	90	0	53	41	22	9	25	1.84
21653537--21653583	18	2.6	18	82	0	58	31	10	10	46	1.73
21653809--21653839	14	2.2	14	94	0	53	35	6	16	41	1.74
21653831--21653868	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
21655447--21655714	43	6.3	43	86	2	317	25	26	19	29	1.98
21655810--21655848	15	2.7	15	88	4	53	58	28	5	7	1.47
21656089--21656247	87	1.8	87	87	0	228	16	28	15	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21662354--21662628	71	3.8	71	97	0	505	25	1	18	54	1.52
21662578--21662662	9	9.6	9	74	12	68	34	2	15	48	1.58
21662614--21662664	16	3.1	16	86	10	75	39	1	17	41	1.61
21662364--21662668	142	2.1	141	88	3	416	28	1	18	51	1.55
21663388--21663417	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
21665946--21665977	15	2.2	14	94	5	55	37	40	0	21	1.54
21666166--21666252	15	5.9	15	75	12	65	34	45	0	19	1.51
21666166--21666199	8	4.6	7	86	13	50	32	50	0	17	1.47
21666560--21666868	114	2.7	113	88	1	429	26	26	21	26	1.99
21666769--21667097	72	4.4	72	80	11	372	25	24	21	28	1.99
21666928--21667097	73	2.3	72	90	1	259	24	24	24	27	2.00
21666759--21667070	157	2.0	157	91	1	509	25	24	21	29	1.99
21668403--21668445	18	2.4	18	80	7	52	55	0	4	39	1.20
21668934--21668975	4	10.8	4	94	5	77	0	21	26	52	1.47
21669437--21669475	16	2.3	18	86	8	55	20	10	20	48	1.78
21671596--21671647	26	2.0	26	88	0	77	26	11	9	51	1.68
21678447--21678511	32	2.0	32	93	0	112	38	10	16	33	1.84
21683434--21683515	19	4.3	18	81	12	85	60	3	0	35	1.14
21683448--21683525	9	8.3	9	75	16	61	61	2	0	35	1.10
21683434--21683518	27	3.0	28	79	19	97	61	3	0	35	1.13
21683878--21683912	16	2.2	16	94	0	61	22	34	8	34	1.85
21688266--21688292	8	3.4	8	100	0	54	51	11	0	37	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21691125--21691150	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
21693227--21693303	13	5.9	13	76	0	64	29	19	27	23	1.98
21699059--21699139	29	2.7	30	80	5	83	46	13	7	32	1.71
21700243--21700281	7	5.6	7	100	0	78	12	28	0	58	1.34
21700389--21700493	32	3.3	30	76	15	102	40	2	2	53	1.30
21700390--21700438	23	2.1	25	85	11	68	36	0	2	61	1.08
21700389--21700444	21	2.5	23	80	8	62	39	1	1	57	1.20
21700415--21700490	21	3.5	21	68	19	50	40	3	2	52	1.34
21706445--21706498	21	2.6	21	87	0	81	35	3	0	61	1.14
21706661--21706722	24	2.9	21	83	9	63	75	4	4	14	1.13
21708278--21708347	30	2.3	30	85	2	86	65	5	0	28	1.15
21708294--21708338	20	2.3	20	84	3	56	75	2	0	22	0.91
21708360--21708401	15	2.8	15	72	13	50	61	0	0	38	0.96
21714539--21714638	17	5.6	17	68	17	69	29	11	12	48	1.74
21714531--21714637	36	3.0	36	94	0	196	28	11	13	47	1.76
21714559--21714620	19	3.4	19	77	8	83	25	9	16	48	1.76
21715905--21715959	6	9.3	6	96	2	76	16	74	0	9	1.06
21719228--21719267	20	2.0	20	85	0	53	37	2	2	57	1.26
21738427--21738470	22	2.0	22	81	0	52	0	27	0	72	0.85
21738688--21738738	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
21744808--21744841	11	2.9	12	82	8	52	64	2	26	5	1.30
21749249--21749399	40	3.8	40	80	6	189	16	20	21	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21749263--21749327	20	3.2	20	71	0	67	20	23	18	38	1.93
21757989--21758054	29	2.2	29	86	2	87	37	7	13	40	1.73
21761633--21761675	20	2.2	20	100	0	86	25	0	13	60	1.34
21764973--21765032	29	2.1	29	84	3	77	65	11	8	15	1.47
21768235--21768287	20	2.7	20	85	2	63	32	11	13	43	1.79
21780647--21780685	19	2.1	19	85	9	53	35	10	15	38	1.81
21783863--21783929	26	2.6	26	90	2	100	28	22	23	25	1.99
21797806--21797846	18	2.3	18	86	0	55	24	2	14	58	1.49
21798484--21798555	10	7.3	10	69	18	53	30	2	1	65	1.15
21801062--21801306	43	5.8	42	95	1	420	34	23	19	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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