genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696887--696911	9	2.8	9	100	0	50	60	24	8	8	1.52
697615--697639	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
698217--698273	29	2.0	29	89	0	87	49	17	10	22	1.77
700003--700037	6	5.8	6	86	0	52	31	0	54	14	1.40
704349--704386	18	2.1	18	100	0	76	55	5	10	28	1.56
704352--704396	18	2.5	18	89	7	65	60	4	13	22	1.51
710955--711035	10	7.8	11	71	22	52	51	0	2	45	1.14
710959--711052	40	2.3	40	92	0	161	58	0	2	39	1.10
711019--711064	17	2.7	17	82	0	56	63	0	0	36	0.95
715048--715072	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
721904--721947	17	2.5	17	74	3	52	70	0	2	27	0.99
725523--725578	29	1.9	29	85	7	78	37	12	8	41	1.74
728337--728366	11	2.6	11	94	5	51	50	0	0	50	1.00
728356--728412	19	2.8	21	76	12	57	47	0	3	49	1.18
731728--731793	31	2.1	31	83	5	80	21	9	7	62	1.50
732442--732483	19	2.0	22	86	13	63	45	0	0	54	0.99
733816--733878	31	2.0	31	87	6	92	42	6	9	41	1.63
734690--734728	5	7.8	5	100	0	78	20	0	0	79	0.73
748243--748274	16	1.9	17	93	6	57	37	3	3	56	1.31
752130--752175	18	2.4	20	85	7	60	67	2	30	0	1.03
762509--762539	15	2.1	15	93	0	53	22	9	9	58	1.59
764471--764499	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764776--764810	11	3.2	11	92	8	54	31	0	0	68	0.90
764748--764805	19	3.0	20	77	5	66	37	1	0	60	1.07
765351--765392	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
774201--774229	13	2.1	14	93	6	51	58	3	31	6	1.41
784225--784329	52	2.0	52	94	0	183	44	12	15	27	1.82
790984--791058	31	2.6	28	74	21	73	20	4	13	62	1.46
791016--791050	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
814914--814966	23	2.6	21	83	16	67	41	9	5	43	1.61
815604--816103	245	2.0	245	96	0	910	35	14	13	36	1.85
820687--820765	28	2.7	30	70	7	72	44	3	17	34	1.67
821002--821062	28	2.2	28	90	0	95	24	24	13	37	1.91
823996--824022	8	3.4	8	100	0	54	55	0	0	44	0.99
824004--824061	30	1.9	31	85	3	82	53	1	6	37	1.38
826452--826477	7	3.7	7	100	0	52	73	11	0	15	1.11
828733--828770	16	2.4	16	95	0	67	36	0	2	60	1.11
830138--830189	20	2.6	20	79	11	61	36	1	7	53	1.41
830242--830273	16	2.1	16	94	5	57	34	0	6	59	1.23
831080--831130	16	3.2	16	85	0	66	39	0	0	60	0.97
834568--834644	26	3.1	25	88	5	111	19	24	20	35	1.96
838492--838530	17	2.4	16	84	16	53	0	15	10	74	1.07
844756--844784	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
846483--846562	36	2.3	35	89	4	117	53	11	1	33	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846875--846908	17	2.0	17	100	0	68	17	11	23	47	1.81
849332--849360	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
851270--851335	18	3.3	18	70	22	60	31	21	3	43	1.67
856382--856414	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
858400--858445	22	2.1	21	88	4	65	47	34	2	15	1.57
866156--866189	2	17.0	2	93	0	59	2	0	47	50	1.16
874738--874816	31	2.6	30	78	5	88	37	10	12	39	1.77
876123--876203	40	2.0	40	97	0	153	30	23	14	30	1.95
879442--879522	38	2.1	38	97	0	153	46	14	2	35	1.58
880233--880304	35	2.1	35	100	0	144	44	13	13	27	1.82
895011--895071	32	1.9	32	100	0	122	37	13	14	34	1.85
896649--896844	98	2.0	98	100	0	392	21	11	16	51	1.75
904774--904802	6	4.8	6	100	0	58	34	31	0	34	1.58
911252--911291	10	3.9	10	86	3	53	52	2	0	45	1.14
922487--922526	2	21.0	2	80	19	50	50	0	2	47	1.14
925231--925294	30	2.1	31	94	5	114	35	3	0	60	1.12
925976--926015	21	2.0	20	85	5	53	47	7	2	42	1.45
926179--926209	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
926900--926955	24	2.3	24	75	6	60	41	0	0	58	0.98
928077--928268	95	2.0	96	98	1	377	41	10	14	33	1.80
928260--928314	19	2.8	20	78	10	69	60	3	0	36	1.15
928509--928564	28	2.0	29	86	10	80	55	1	0	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928514--928597	37	2.2	38	79	12	111	60	2	0	36	1.10
928550--928602	20	2.6	19	74	11	52	62	1	0	35	1.06
928962--928992	16	1.9	16	100	0	62	38	6	16	38	1.74
928963--929000	16	2.4	16	90	0	58	44	5	10	39	1.61
929427--929453	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
929760--929840	36	2.3	35	81	12	94	28	9	8	53	1.64
931549--931733	42	4.4	42	98	0	352	46	23	4	25	1.72
936924--937004	26	3.0	26	74	15	76	35	2	1	60	1.18
938137--938185	20	2.5	20	77	12	55	55	0	0	44	0.99
939798--940393	169	3.5	169	98	0	1131	38	24	4	32	1.77
942569--942628	10	6.2	9	75	17	50	60	3	0	36	1.14
942584--942622	21	1.9	20	94	5	69	58	0	0	41	0.98
942583--942632	10	5.0	10	79	15	59	60	0	0	40	0.97
942572--942637	30	2.2	31	89	8	100	54	3	0	42	1.15
945198--945255	30	1.9	30	92	0	98	24	22	18	34	1.96
949366--949452	44	2.0	44	88	0	129	31	18	22	27	1.97
949365--949472	44	2.5	43	82	7	128	29	17	22	30	1.97
950842--950874	18	1.9	17	88	11	50	48	0	15	36	1.45
952457--952532	40	1.9	40	94	0	134	34	3	28	32	1.76
953802--953896	3	32.0	3	76	6	59	36	4	4	54	1.39
954280--954322	22	1.9	21	86	13	59	37	9	6	46	1.63
961534--961572	19	2.1	19	85	9	53	56	23	12	7	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
962623--962658	16	2.2	16	90	9	56	19	11	2	66	1.35
970432--970473	1	42.0	1	85	0	57	0	7	0	92	0.37
974377--974431	24	2.3	24	82	14	62	29	23	0	47	1.52
977265--977559	150	1.9	154	85	6	411	27	29	16	26	1.97
1000960--1001033	37	2.0	37	94	0	130	18	24	8	48	1.75
1004609--1004658	22	2.3	22	80	13	59	70	0	2	28	0.99
1006107--1006148	20	2.1	20	86	0	57	38	2	7	52	1.42
1042065--1042089	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1048691--1049449	2	379.5	2	100	0	1518	0	0	49	50	1.00
1054980--1055075	47	2.0	48	95	4	176	31	14	10	43	1.79
1067375--1067412	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
1071829--1071853	6	4.2	6	100	0	50	16	32	0	52	1.44
1075274--1075299	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1082677--1082721	18	2.6	18	83	13	58	33	2	0	64	1.06
1083706--1083745	6	6.7	6	97	0	71	0	62	0	37	0.95
1085069--1085129	31	1.9	33	83	12	83	50	4	1	42	1.33
1085141--1085340	50	4.0	50	80	1	213	27	23	29	19	1.98
1087321--1088166	283	3.0	280	93	2	1453	31	29	8	30	1.86
1094419--1094444	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1099141--1099189	16	3.1	16	93	0	89	22	36	6	34	1.79
1104184--1105030	423	2.0	423	100	0	1694	27	15	20	36	1.92
1112512--1112567	21	2.5	22	67	16	53	32	23	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1118337--1118361	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1122257--1122300	20	2.1	21	87	4	63	70	2	6	20	1.21
1126312--1126351	7	5.9	7	85	5	55	70	5	0	25	1.08
1130563--1130633	28	2.6	27	78	8	72	40	2	14	42	1.60
1130585--1130683	29	3.5	28	68	9	85	41	1	11	46	1.46
1130760--1130799	20	2.0	20	85	0	53	32	5	0	62	1.17
1133106--1133140	14	2.5	14	90	0	52	57	11	8	22	1.61
1134025--1134100	20	3.8	19	74	19	66	52	2	0	44	1.14
1134037--1134074	18	2.0	19	90	10	60	52	0	0	47	1.00
1135766--1135804	18	2.2	18	95	0	69	61	17	5	15	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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