genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7757488--7757555	28	2.5	28	86	13	99	52	0	5	41	1.25
7763549--7763601	22	2.5	21	73	11	54	28	5	3	62	1.35
7763639--7763668	14	2.1	14	93	0	51	40	3	0	56	1.16
7771203--7771238	18	2.0	18	89	10	56	63	2	0	33	1.08
7773073--7773101	14	2.1	14	100	0	58	58	13	6	20	1.58
7776182--7776211	15	2.0	15	93	0	51	30	6	20	43	1.77
7778960--7779050	38	2.4	39	83	9	125	28	8	4	58	1.48
7782191--7782231	21	2.0	21	85	9	57	19	0	31	48	1.49
7782369--7782407	15	2.5	16	84	16	55	61	0	2	35	1.10
7784807--7784862	25	2.2	25	93	0	94	46	19	3	30	1.67
7784814--7784900	41	2.1	41	89	0	129	45	21	3	28	1.68
7784839--7784878	16	2.5	16	88	8	55	52	17	0	30	1.45
7784816--7784869	25	2.2	25	82	0	63	51	18	1	27	1.56
7784851--7784942	25	3.7	25	77	2	78	45	18	2	33	1.62
7790503--7790581	41	1.9	41	89	0	122	46	21	3	27	1.68
7790509--7790607	16	6.1	16	69	13	67	46	19	3	31	1.65
7790528--7790619	25	3.7	25	80	2	87	46	18	2	32	1.61
7793465--7793691	43	5.3	43	86	4	298	18	16	33	32	1.93
7793890--7793970	40	2.0	40	100	0	162	25	4	12	56	1.56
7793890--7793950	20	3.0	20	65	25	56	27	6	9	55	1.57
7793906--7793970	20	3.2	20	68	23	64	23	3	13	60	1.48
7799094--7799124	14	2.2	14	100	0	62	29	29	12	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7800343--7800425	5	15.4	5	72	22	53	73	4	3	18	1.16
7808624--7808669	21	2.2	21	84	7	58	0	50	0	50	1.00
7809051--7809104	20	2.5	22	85	8	67	16	7	0	75	1.01
7809220--7809284	26	2.5	26	78	7	71	15	7	12	64	1.48
7817052--7817090	20	2.0	20	85	10	53	41	15	7	35	1.76
7820545--7820586	19	2.2	19	83	8	50	14	11	4	69	1.34
7820551--7820591	19	2.2	19	91	8	66	12	9	2	75	1.13
7828785--7828850	27	2.4	27	87	0	96	33	16	12	37	1.86
7836297--7836419	27	4.6	27	87	6	178	33	17	13	34	1.90
7838702--7838754	24	2.1	26	86	10	74	52	5	0	41	1.25
7859041--7859133	48	1.9	49	88	2	143	30	12	15	41	1.84
7861656--7861781	27	4.7	27	72	11	78	27	23	7	41	1.81
7863065--7863137	30	2.4	30	76	0	83	35	6	15	42	1.73
7863134--7863256	59	2.0	62	84	9	164	44	6	14	34	1.71
7866776--7866806	16	1.9	16	93	0	53	41	0	32	25	1.56
7867200--7867242	22	2.0	22	100	0	86	39	4	4	51	1.44
7867369--7867451	26	3.2	26	65	19	73	46	6	2	44	1.41
7867375--7867460	29	3.2	29	64	29	80	48	5	3	41	1.44
7867368--7867470	52	2.1	48	91	8	163	45	5	4	43	1.49
7879162--7879211	24	2.1	24	92	0	82	32	12	26	30	1.92
7879517--7880009	44	11.1	45	65	13	169	28	23	24	23	2.00
7879518--7880017	267	1.9	267	89	0	784	28	24	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7879517--7880039	89	5.9	89	86	0	699	28	24	23	23	2.00
7882198--7882228	4	8.0	4	92	7	55	0	22	0	77	0.77
7890712--7890759	21	2.3	21	88	0	69	25	10	52	12	1.71
7912931--7912981	20	2.6	20	85	11	70	68	1	0	29	1.00
7915716--7915763	21	2.3	21	88	0	69	25	10	52	12	1.71
7916954--7917005	24	2.2	24	83	13	63	26	1	7	63	1.32
7927608--7927746	27	5.1	27	75	6	93	28	23	7	41	1.81
7928427--7928461	17	2.1	16	89	5	52	82	2	11	2	0.88
7930122--7930168	19	2.4	19	89	3	67	27	10	4	57	1.51
7940539--7940570	12	2.7	12	95	0	55	71	0	9	18	1.12
7940624--7940662	16	2.4	16	91	0	60	48	2	12	35	1.55
7942145--7942188	20	2.1	21	83	8	54	11	6	36	45	1.67
7942686--7943015	172	1.9	172	82	3	414	24	21	23	30	1.99
7942919--7943561	49	12.9	49	70	12	269	24	20	22	32	1.97
7942858--7943561	99	7.1	100	86	1	869	24	20	22	32	1.98
7942988--7943549	50	11.3	50	73	5	359	24	20	21	32	1.97
7944707--7944753	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
7944837--7944887	15	3.5	14	82	12	50	15	11	0	72	1.12
7944837--7944887	22	2.3	22	83	6	59	15	11	0	72	1.12
7944837--7944887	7	7.0	7	75	16	50	15	11	0	72	1.12
7948313--7948360	19	2.5	19	80	6	53	43	10	18	27	1.82
7950283--7950314	12	2.7	12	95	0	55	71	0	9	18	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7953497--7953544	21	2.3	21	88	0	69	25	10	52	12	1.71
7954523--7954554	5	6.4	5	100	0	64	21	0	0	78	0.76
7954977--7955026	25	2.0	26	84	4	66	30	0	0	70	0.88
7956474--7956500	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
7956871--7956910	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
7956870--7956928	22	2.8	21	80	14	59	42	1	1	54	1.20
7957645--7958677	516	2.0	516	99	0	2021	36	10	9	43	1.71
7958851--7958890	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
7958859--7958925	34	1.9	35	87	3	100	32	8	13	44	1.75
7958874--7958912	20	2.0	20	89	0	60	28	10	12	48	1.74
7969503--7969533	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
7970185--7970394	115	1.8	115	89	0	330	30	17	19	32	1.95
7980624--7980661	18	2.1	18	90	5	58	57	0	0	42	0.98
7980770--7980818	21	2.3	21	92	0	80	32	34	8	24	1.85
7985703--7985733	16	2.0	15	93	6	53	38	3	0	58	1.15
7987366--7987400	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
7991226--7991293	4	16.5	4	76	19	61	22	4	0	73	1.01
7991230--7991293	21	3.0	21	76	15	69	21	4	0	73	1.01
7992908--7992942	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8000597--8000629	17	1.9	17	93	0	57	36	3	0	60	1.12
8004098--8004142	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
8014300--8014348	18	2.7	19	75	12	50	67	0	6	26	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8018865--8019000	46	3.0	46	97	0	254	36	10	26	26	1.88
8018958--8019127	85	2.0	86	95	1	306	39	16	24	20	1.92
8021555--8021580	13	2.0	13	100	0	52	61	0	23	15	1.33
8025037--8025074	11	3.5	11	86	13	53	7	21	15	55	1.66
8029830--8030354	262	2.0	262	98	0	1023	35	8	22	33	1.84
8034780--8034857	4	18.5	4	80	19	72	23	5	0	71	1.05
8034779--8034857	9	9.2	9	77	16	62	22	5	0	72	1.04
8036491--8036525	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8038093--8038121	15	1.9	15	100	0	58	34	3	48	13	1.60
8047969--8048006	19	2.0	19	100	0	76	36	21	5	36	1.76
8055417--8055463	19	2.5	18	86	10	67	57	0	6	36	1.24
8055482--8055535	26	2.1	26	85	0	72	46	9	12	31	1.74
8055595--8055624	12	2.5	12	94	0	51	53	0	13	33	1.40
8057234--8057287	12	4.3	12	90	9	90	35	0	18	46	1.50
8058730--8059060	182	1.8	183	93	0	574	33	16	11	38	1.85
8065019--8065075	24	2.4	24	85	5	71	47	10	5	36	1.61
8065031--8065082	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
8089517--8089674	79	2.0	79	93	0	271	36	18	16	28	1.92
8092539--8092726	88	2.1	89	88	2	270	31	18	26	23	1.97
8092539--8092726	44	4.2	45	78	4	184	31	18	26	23	1.97
8092853--8093070	109	2.0	109	99	0	427	27	19	23	28	1.98
8099896--8099985	38	2.2	42	90	7	143	42	0	5	52	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8104836--8104870	17	2.1	17	88	0	52	14	22	28	34	1.93
8104943--8104973	16	1.9	16	100	0	62	32	25	12	29	1.93
8108039--8108112	33	2.2	32	81	6	85	32	14	24	28	1.95
8120974--8121008	17	2.0	17	88	5	52	37	0	2	60	1.12
8124922--8124955	13	2.5	14	95	4	61	26	0	0	73	0.83
8124926--8124956	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
8126437--8126468	17	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
8135249--8135288	21	1.9	21	94	0	71	20	7	15	57	1.61
8139309--8139620	129	2.4	129	89	4	452	37	16	14	30	1.90
8145722--8145758	19	2.0	18	89	5	56	81	2	16	0	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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