genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27777836--27777911	9	8.4	9	83	0	89	40	23	7	27	1.82
27778008--27778057	18	2.7	18	81	3	55	14	2	42	42	1.56
27780901--27781017	25	4.7	25	80	2	110	37	19	24	17	1.94
27780863--27781026	50	3.3	50	79	2	161	34	21	25	19	1.96
27781351--27781384	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
27784690--27784759	24	2.9	24	84	2	86	17	25	0	57	1.40
27784928--27784959	7	4.6	7	100	0	64	40	0	0	59	0.97
27791744--27792154	203	2.0	204	99	0	815	39	11	12	35	1.80
27792362--27792411	26	1.9	26	84	15	68	44	6	4	46	1.47
27797320--27797387	22	2.8	24	76	12	68	54	2	0	42	1.15
27804814--27804842	3	9.7	3	100	0	58	31	0	34	34	1.58
27821687--27821774	40	2.2	40	95	2	158	34	27	11	27	1.91
27822654--27822699	17	2.7	17	93	0	74	28	6	13	52	1.65
27823770--27823827	28	2.1	28	84	12	75	6	25	8	58	1.53
27833396--27833422	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27833457--27833481	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27833398--27833516	59	2.0	59	96	0	220	40	5	6	47	1.52
27837336--27837370	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27837604--27837673	16	4.4	16	94	0	104	34	34	0	31	1.58
27837528--27837625	45	2.2	44	81	1	115	32	26	4	36	1.75
27845998--27846065	32	2.1	32	100	0	136	52	13	14	19	1.73
27848177--27848246	35	2.0	35	97	0	131	48	7	14	30	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27848824--27848874	19	2.8	18	80	8	59	64	1	5	27	1.27
27848819--27848880	25	2.5	24	80	10	63	61	3	4	30	1.33
27851762--27851811	9	5.6	9	80	0	55	44	18	10	28	1.81
27851781--27851822	18	2.3	18	83	0	57	38	26	9	26	1.87
27859885--27859924	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
27859850--27859916	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
27860555--27860647	40	2.3	40	81	9	118	30	24	20	24	1.99
27864773--27864804	16	1.9	17	93	6	57	34	12	3	50	1.56
27872500--27872550	19	2.9	17	80	11	57	82	3	0	13	0.81
27872505--27872544	19	2.1	19	90	0	62	82	2	0	15	0.77
27872499--27872550	24	2.2	24	86	6	70	82	3	0	13	0.80
27874258--27875132	455	1.9	455	95	0	1581	32	17	14	36	1.90
27877322--27877364	21	2.0	21	100	0	86	27	9	18	44	1.80
27881603--27881629	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
27885835--27886858	211	4.9	209	78	7	970	34	21	16	28	1.95
27885833--27886858	419	2.4	422	80	7	1154	34	21	16	28	1.95
27890765--27890805	20	2.0	20	100	0	82	34	26	19	19	1.96
27893210--27893529	27	11.9	27	81	0	320	20	15	21	42	1.88
27897039--27897097	29	2.0	30	86	3	84	32	5	15	47	1.67
27906347--27906397	27	2.0	27	92	7	88	50	0	5	43	1.26
27913632--27913679	20	2.3	21	89	3	71	43	6	18	31	1.75
27914688--27914727	9	4.4	9	87	9	55	67	0	30	2	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27916461--27916512	26	2.0	26	88	0	77	32	1	30	34	1.69
27925657--27925728	22	3.3	22	74	14	67	13	27	15	43	1.85
27925645--27925754	44	2.5	44	83	4	134	14	24	16	44	1.85
27925674--27925741	22	3.0	23	71	16	70	13	27	14	44	1.83
27927391--27927442	20	2.7	20	81	3	70	36	9	5	48	1.60
27928376--27928470	40	2.4	41	82	7	106	34	24	23	17	1.96
27928506--27928647	41	3.5	41	88	3	214	16	19	31	32	1.94
27928690--27928990	161	1.9	157	89	2	467	23	1	25	49	1.58
27929519--27930186	253	2.6	253	93	0	1113	38	15	17	28	1.91
27930874--27931117	122	2.0	122	91	1	400	33	20	16	29	1.95
27932874--27933053	71	2.4	74	80	9	188	27	18	29	24	1.98
27932930--27933053	43	3.1	42	75	15	143	25	17	31	25	1.97
27940482--27940519	19	2.0	19	89	0	58	63	0	0	36	0.95
27958672--27958931	97	2.7	97	91	0	403	35	18	13	32	1.90
27963470--27963607	68	2.0	69	98	1	269	50	8	8	32	1.64
27964582--27964678	11	9.2	11	75	11	78	23	28	4	43	1.72
27967498--27967522	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
27974317--27974411	27	3.3	27	70	25	70	46	2	2	49	1.25
27975096--27975160	11	6.1	11	89	3	80	23	29	1	46	1.61
27976966--27977008	18	2.4	18	80	0	50	20	27	9	41	1.83
27980591--27981002	126	3.3	126	91	2	650	25	21	20	32	1.97
27981045--27981363	91	3.4	92	85	4	381	36	17	2	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27981161--27981308	46	3.3	45	68	19	135	33	15	2	48	1.59
27989715--27989751	18	2.1	18	94	0	65	45	40	8	5	1.56
27991969--27992209	2	120.5	2	100	0	482	50	0	0	49	1.00
27993563--27994017	43	10.7	43	79	4	388	28	23	23	24	2.00
27993612--27994017	212	1.9	215	83	3	525	28	23	23	24	2.00
27994434--27994479	21	2.2	21	84	0	56	4	39	17	39	1.69
27994362--27994529	87	1.9	87	86	4	241	13	28	16	41	1.86
27999819--28000056	9	27.7	9	67	22	111	31	2	18	48	1.60
27999919--28000037	35	3.4	35	98	0	229	29	0	20	50	1.48
27999824--28000037	59	3.4	60	85	9	243	31	1	17	49	1.57
27999946--28000053	16	6.9	15	66	29	57	28	0	19	50	1.53
28002963--28003049	30	2.9	30	77	6	86	43	2	21	32	1.65
28003045--28003085	14	2.9	14	82	10	57	19	0	4	75	0.98
28003062--28003116	25	2.2	25	77	6	58	23	3	3	69	1.21
28004123--28004217	1	95.0	1	70	0	64	1	6	7	85	0.79
28004123--28004217	26	3.8	23	75	22	77	1	6	7	85	0.79
28004123--28004206	17	4.9	17	75	7	80	1	5	7	85	0.78
28018646--28018698	12	3.5	16	68	21	51	1	15	11	71	1.22
28018645--28018698	17	3.5	17	67	27	57	1	14	11	72	1.21
28018646--28018704	28	2.1	28	100	0	118	3	16	10	69	1.30
28018646--28018716	28	2.5	28	90	4	90	2	19	11	66	1.36
28018937--28019023	30	2.9	30	77	6	86	43	3	20	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28019024--28019056	12	2.6	13	90	4	50	18	0	3	78	0.87
28019404--28019458	25	2.3	24	79	14	60	52	3	5	38	1.42
28021966--28022017	25	2.0	26	85	10	72	48	23	3	25	1.68
28022874--28023412	114	4.7	112	68	12	301	20	20	20	37	1.94
28022875--28023584	341	2.1	340	92	0	1186	21	20	20	36	1.95
28023980--28024186	42	5.0	42	82	8	244	31	26	14	27	1.95
28026301--28026344	23	1.9	23	81	9	54	6	20	18	54	1.66
28029473--28029524	16	3.2	16	76	10	52	28	0	17	53	1.44
28029878--28029941	30	2.2	31	80	8	71	45	6	4	43	1.50
28034983--28035026	24	1.9	24	86	9	65	31	6	18	43	1.76
28042240--28042300	32	1.9	33	90	6	99	62	4	9	22	1.46
28042341--28042463	62	2.0	62	95	1	221	65	9	13	11	1.46
28045720--28045879	39	4.1	39	100	0	320	41	25	5	27	1.77
28051813--28051863	26	1.9	27	92	4	86	66	0	3	29	1.09
28051993--28052031	18	2.1	19	90	4	62	33	0	0	66	0.92
28076927--28077763	429	2.0	429	90	0	1334	34	19	6	39	1.78
28078388--28078440	25	2.1	25	100	0	106	24	32	11	32	1.91
28080180--28081861	841	2.0	841	100	0	3364	29	24	17	29	1.97
28083227--28083511	41	7.0	41	95	1	500	25	26	18	29	1.98
28083227--28083565	123	2.8	123	88	6	492	25	26	17	29	1.98
28083227--28083565	82	4.1	83	90	4	487	25	26	17	29	1.98
28086481--28086507	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28088487--28088543	13	4.3	13	78	10	62	61	7	31	0	1.23
28088486--28088547	28	2.2	28	82	5	72	59	8	32	0	1.26
28090868--28090949	28	2.9	28	96	3	148	60	7	31	0	1.24
28090868--28090940	9	8.0	9	71	18	53	58	8	32	0	1.27
28094424--28094593	94	1.8	91	82	6	216	31	6	9	52	1.59
28095273--28095501	119	1.9	120	84	7	313	43	3	10	43	1.53
28098395--28098436	4	10.8	4	79	5	50	21	28	0	50	1.49
28112763--28112806	19	2.4	19	80	3	54	54	0	4	40	1.21
28119753--28119788	18	2.0	18	94	0	63	22	47	16	13	1.82
28120335--28120373	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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