genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289003--2289027	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2290696--2290729	17	1.9	17	88	5	50	38	2	0	58	1.13
2291505--2291542	20	1.9	20	94	0	67	42	5	21	31	1.75
2293194--2293237	23	2.0	23	81	4	54	63	13	11	11	1.52
2293367--2293408	19	2.2	20	87	12	61	33	0	7	59	1.25
2294763--2294796	6	5.7	6	100	0	68	52	29	0	17	1.45
2294794--2294818	6	4.2	6	100	0	50	52	0	32	16	1.44
2294917--2294950	6	5.7	6	100	0	68	17	0	29	52	1.45
2299721--2299795	30	2.4	31	80	4	89	62	0	1	36	1.04
2299735--2299839	39	2.7	39	94	4	176	62	0	2	34	1.10
2299799--2299824	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
2300604--2300628	6	4.2	6	100	0	50	52	0	32	16	1.44
2300727--2300754	6	4.7	6	100	0	56	17	0	28	53	1.44
2302119--2302204	20	4.2	19	70	15	64	58	5	0	36	1.22
2307087--2307111	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2309110--2309139	7	4.3	7	95	0	51	10	26	33	30	1.89
2313429--2313493	29	2.2	30	77	5	69	29	16	4	49	1.66
2314262--2314312	22	2.3	22	80	12	59	19	0	5	74	1.02
2314749--2314786	19	2.0	19	89	0	58	31	13	10	44	1.77
2314797--2314845	18	2.6	18	80	6	53	26	16	8	48	1.73
2314900--2315186	17	16.2	16	72	18	171	33	11	12	42	1.79
2314907--2315203	35	8.4	35	73	14	195	31	12	12	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2315004--2315046	21	2.1	21	86	4	61	46	9	6	37	1.63
2318566--2318605	14	2.7	16	81	14	50	57	0	2	40	1.12
2320881--2320961	24	3.3	24	72	13	67	43	0	0	56	0.99
2322118--2322145	14	2.0	14	100	0	56	28	28	14	28	1.95
2325113--2325152	14	2.7	16	81	14	50	57	2	0	40	1.12
2325404--2325443	14	2.7	16	81	14	50	57	0	2	40	1.12
2324962--2325553	291	2.0	290	95	2	1053	43	9	9	37	1.70
2327478--2327524	16	2.9	16	75	12	51	48	14	4	31	1.63
2328939--2328966	14	2.0	14	100	0	56	28	28	14	28	1.95
2328963--2329782	27	30.4	27	100	0	1640	25	36	7	29	1.83
2333955--2334058	48	2.2	48	96	0	190	28	22	35	13	1.92
2337800--2337871	29	2.4	31	86	9	96	34	2	0	62	1.10
2337820--2337853	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
2337837--2337879	11	3.8	11	78	6	50	37	2	0	60	1.10
2337808--2337888	40	2.0	41	92	4	137	38	2	0	59	1.11
2343048--2343983	209	4.6	207	78	9	930	28	13	22	34	1.93
2343193--2344090	209	4.4	205	80	8	823	30	13	22	33	1.93
2343395--2344090	197	3.5	197	78	10	617	31	13	21	32	1.93
2347220--2347244	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2347232--2347363	71	1.9	71	93	0	228	34	3	18	43	1.68
2355556--2355619	30	2.1	30	86	11	87	56	7	9	26	1.58
2357546--2357589	2	22.0	2	100	0	88	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359982--2360029	20	2.3	20	85	3	60	41	2	0	56	1.11
2364534--2364575	19	2.2	20	87	8	61	33	2	2	61	1.21
2368897--2368921	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2370041--2370095	18	2.9	19	81	10	60	41	0	3	54	1.18
2370041--2370095	19	3.0	18	84	7	58	41	0	3	54	1.18
2370494--2370522	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2376913--2377031	31	3.9	31	75	15	77	44	6	11	36	1.68
2376972--2377031	30	2.0	31	86	3	86	43	8	13	35	1.74
2378260--2378330	31	2.3	31	78	11	83	21	16	14	47	1.81
2378730--2378865	31	4.4	32	75	17	126	47	13	16	23	1.81
2380988--2381056	29	2.4	29	80	9	86	46	11	1	40	1.49
2390214--2390286	30	2.4	32	77	13	82	30	12	6	50	1.66
2392232--2392284	21	2.5	21	90	6	81	54	7	9	28	1.59
2394992--2395173	90	2.0	91	96	1	339	40	13	11	34	1.80
2398187--2399004	205	4.0	204	86	3	1086	31	23	16	28	1.96
2400365--2400401	3	12.3	3	94	0	65	64	2	0	32	1.07
2404403--2404428	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2404426--2404454	9	3.3	9	90	9	51	31	0	0	68	0.89
2407850--2407885	18	2.0	18	88	0	54	22	44	25	8	1.80
2421462--2422144	176	3.9	174	81	5	772	40	18	11	29	1.85
2421478--2422219	176	4.3	172	81	8	757	41	18	11	29	1.85
2421292--2422144	350	2.5	334	80	8	892	40	18	11	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422618--2422649	16	1.9	17	93	6	57	75	0	12	12	1.06
2431518--2431560	20	2.2	20	86	0	59	65	0	0	34	0.93
2431989--2432030	19	2.2	20	86	4	59	69	0	0	30	0.89
2431235--2432174	470	2.0	470	99	0	1855	35	17	15	31	1.92
2437219--2437288	28	2.4	28	83	4	77	28	40	0	31	1.57
2440389--2440428	18	2.2	18	86	8	55	60	2	0	37	1.11
2440399--2440449	17	2.8	19	82	11	54	60	0	0	39	0.97
2446678--2447047	137	2.7	134	80	3	409	25	14	23	37	1.92
2454662--2454705	20	2.2	20	83	4	52	38	6	0	54	1.27
2458229--2458260	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2472630--2472671	15	2.8	16	82	10	52	59	7	0	33	1.25
2476087--2476118	15	2.0	17	88	11	50	62	0	0	37	0.95
2480415--2480477	27	2.4	28	89	7	96	41	11	0	47	1.39
2480833--2480889	29	2.0	29	89	0	87	40	8	17	33	1.81
2481071--2481147	27	2.9	27	96	0	136	18	31	23	27	1.97
2481238--2481452	107	2.0	108	99	0	423	33	12	12	42	1.79
2482259--2482301	19	2.3	19	84	8	52	34	2	2	60	1.22
2482754--2482925	91	1.9	90	90	3	274	47	11	9	31	1.72
2491908--2492038	40	3.3	39	77	18	110	22	20	20	35	1.96
2492156--2492197	21	2.0	22	85	4	59	19	7	16	57	1.62
2503825--2503866	19	2.2	19	86	0	57	21	9	11	57	1.63
2510815--2510857	20	2.1	21	82	4	52	58	2	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511882--2511910	14	2.0	15	93	6	51	41	0	6	51	1.28
2515917--2516396	236	2.0	235	88	2	703	44	22	11	21	1.84
2516883--2517087	102	2.0	103	98	0	394	18	8	19	53	1.70
2518933--2518972	20	2.0	20	85	5	53	22	2	32	42	1.67
2528185--2528221	18	2.1	17	90	5	56	29	10	18	40	1.85
2529444--2529487	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
2534063--2534233	41	4.1	41	99	0	333	56	4	9	29	1.51
2536374--2536420	23	2.0	23	83	0	58	25	4	2	68	1.19
2558497--2558559	22	2.9	22	76	9	65	36	15	25	22	1.94
2558554--2558622	25	2.8	25	93	0	111	37	20	21	20	1.94
2559463--2559511	23	2.1	23	92	0	80	42	8	4	44	1.53
2566726--2566768	23	1.9	22	81	13	52	39	0	0	60	0.97
2566733--2566931	99	2.0	100	99	1	391	40	19	5	35	1.73
2568141--2568169	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
2568195--2568229	10	3.6	10	84	7	54	31	0	0	68	0.90
2575914--2575952	20	1.9	21	89	5	62	38	0	0	61	0.96
2598552--2598591	21	1.9	21	100	0	80	40	0	0	60	0.97
2598552--2598589	12	3.4	12	79	20	55	42	0	0	57	0.98
2601139--2601392	141	1.9	135	82	8	325	47	9	11	31	1.72
2607126--2607169	19	2.5	18	85	10	56	25	6	6	61	1.46
2607787--2607825	20	2.0	20	90	5	62	53	0	2	43	1.14
2611540--2611584	22	2.1	22	91	4	74	22	15	13	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2612048--2612090	2	21.5	2	85	0	59	44	2	4	48	1.36
2612265--2612307	2	22.5	2	81	9	54	46	2	2	48	1.27
2612266--2612307	15	2.8	16	85	10	61	47	2	2	47	1.28
2611944--2612378	217	2.0	217	98	0	845	20	13	15	50	1.77
2618675--2618717	19	2.3	19	88	8	61	18	9	4	67	1.36
2623372--2623410	16	2.6	15	84	8	53	23	0	5	71	1.05
2624298--2624516	115	1.9	111	87	5	314	29	9	15	45	1.78
2625461--2626109	207	3.1	208	80	11	660	28	19	17	34	1.94
2627230--2627254	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2633528--2633569	21	2.0	22	85	4	59	64	2	2	30	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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