genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  57  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18633766--18633828	22	2.8	22	80	7	56	52	1	3	42	1.27
18633786--18633828	22	2.0	22	85	0	59	58	0	2	39	1.11
18639265--18639320	26	2.2	26	86	0	76	69	3	1	25	1.14
18639964--18640014	20	2.5	20	78	18	52	66	5	0	27	1.14
18642148--18642211	31	2.1	31	96	0	119	48	21	7	21	1.75
18646717--18646743	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
18654557--18654608	24	2.2	24	82	0	59	50	5	3	40	1.45
18657658--18657729	26	2.8	25	83	6	90	41	11	15	31	1.82
18672345--18672612	93	2.9	93	99	0	527	30	14	19	35	1.92
18678009--18678055	21	2.2	21	100	0	94	23	12	29	34	1.92
18684659--18684712	20	2.7	20	85	0	72	24	7	31	37	1.83
18687851--18687910	29	2.1	29	84	3	77	50	16	3	30	1.62
18689585--18689633	13	3.8	13	86	8	64	46	28	0	24	1.53
18693934--18693958	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
18695958--18695999	19	2.2	19	100	0	84	71	9	9	9	1.32
18710598--18710622	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
18711686--18711851	33	5.0	33	82	0	197	27	18	21	32	1.97
18717394--18717781	131	3.0	132	91	1	602	26	26	20	27	1.99
18717600--18717782	44	4.2	44	69	10	122	25	27	18	27	1.98
18717785--18718157	89	4.2	89	82	0	422	26	23	22	27	2.00
18717835--18718041	44	4.6	45	68	14	115	27	24	20	27	1.99
18717898--18718032	45	3.0	45	73	10	132	27	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18718155--18718554	177	2.3	178	84	3	520	27	23	18	31	1.97
18718166--18718559	44	8.9	43	70	11	226	26	23	18	31	1.97
18732450--18732495	23	2.0	22	87	4	65	36	17	6	39	1.76
18732474--18732510	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
18732477--18732518	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
18740735--18740759	11	2.3	11	100	0	50	20	0	8	72	1.10
18744717--18745113	87	4.5	88	79	8	371	33	12	12	41	1.80
18744569--18744860	157	1.9	158	80	7	344	30	15	12	41	1.83
18745120--18745307	84	2.2	84	84	1	234	31	11	11	46	1.75
18744986--18745284	158	1.9	161	82	6	385	33	11	11	43	1.78
18745185--18745368	84	2.2	83	79	5	185	33	13	8	44	1.73
18750590--18750642	18	2.9	18	77	0	61	26	11	32	30	1.91
18762166--18762262	28	3.5	28	92	0	158	28	23	25	21	1.99
18762289--18762338	21	2.4	21	93	0	82	32	42	10	16	1.81
18762581--18762832	27	9.3	27	84	6	250	17	16	20	45	1.86
18762581--18762832	54	4.7	53	84	5	303	17	16	20	45	1.86
18762581--18762832	81	3.1	79	84	7	312	17	16	20	45	1.86
18763979--18764024	13	3.5	13	93	0	83	54	10	15	19	1.70
18780702--18780794	46	2.0	46	100	0	186	50	6	15	27	1.68
18788378--18788431	28	2.0	28	85	3	74	42	16	9	31	1.80
18793299--18793337	20	2.0	20	89	0	60	53	12	20	12	1.71
18795105--18795139	3	11.7	3	100	0	70	34	31	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18795138--18795223	3	28.7	3	81	0	100	27	1	3	67	1.14
18801754--18802552	44	18.6	43	66	12	160	30	22	19	27	1.98
18801746--18802343	129	4.7	128	86	1	754	30	22	20	27	1.98
18802139--18802652	85	6.0	85	74	8	387	29	21	20	27	1.98
18802010--18802652	214	3.0	214	82	4	647	30	22	20	27	1.98
18801970--18802607	129	4.9	128	81	5	440	31	21	20	26	1.98
18802275--18802632	129	2.8	127	83	4	475	29	21	21	28	1.98
18801927--18802662	343	2.1	343	84	3	991	30	21	19	27	1.98
18803498--18803522	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
18804156--18804252	3	32.7	3	75	2	88	28	4	4	62	1.32
18804613--18804704	29	3.2	28	80	9	96	33	5	1	59	1.27
18806834--18806911	28	2.8	28	82	3	95	56	5	34	3	1.40
18807437--18807490	28	1.9	28	81	7	65	44	33	3	18	1.67
18807508--18807553	14	3.4	14	84	3	58	32	32	10	23	1.90
18807520--18807553	7	4.9	7	88	0	50	29	29	14	26	1.95
18808062--18808158	28	3.5	28	83	5	124	69	4	23	3	1.21
18809262--18809345	27	3.1	27	79	3	96	60	5	28	4	1.40
18809269--18809357	27	3.3	26	73	7	79	57	4	30	7	1.47
18809914--18809967	28	1.9	28	81	7	65	44	35	1	18	1.61
18810527--18810612	28	3.0	28	82	1	109	60	6	29	3	1.39
18811170--18811198	7	4.1	7	100	0	58	58	0	27	13	1.36
18811507--18811590	28	3.0	27	82	6	114	61	5	29	2	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18815280--18815405	28	4.5	28	82	0	135	61	8	26	2	1.37
18815273--18815408	56	2.4	56	85	0	173	62	8	27	2	1.35
18815357--18815400	13	3.2	13	78	12	52	63	9	27	0	1.24
18816032--18816065	7	4.9	7	96	0	59	17	0	38	44	1.49
18816032--18816076	21	2.1	21	83	0	54	17	2	33	46	1.61
18816032--18816068	14	2.6	14	91	0	65	18	0	35	45	1.50
18817487--18817541	26	2.1	26	86	0	74	18	20	23	38	1.93
18823600--18823780	45	4.0	45	100	0	362	26	22	8	41	1.83
18825164--18825384	40	5.5	39	92	2	289	33	19	29	17	1.95
18825266--18825328	20	3.2	20	71	8	65	30	17	38	14	1.89
18825284--18825347	20	3.2	20	68	16	60	29	18	35	15	1.92
18827706--18827741	18	2.0	18	88	0	54	30	25	13	30	1.94
18831036--18831177	43	3.3	43	65	20	118	24	24	16	33	1.96
18831079--18831218	41	3.4	41	65	20	110	25	22	17	34	1.96
18831034--18831227	84	2.3	84	98	1	370	25	23	15	35	1.94
18835049--18835194	20	7.3	20	65	9	91	31	18	34	15	1.92
18835039--18835229	40	4.8	40	87	1	260	33	17	31	17	1.93
18842167--18842320	42	3.7	42	90	1	229	31	19	16	31	1.94
18842167--18842320	84	1.8	84	91	0	254	31	19	16	31	1.94
18862159--18862282	43	3.2	43	63	25	119	52	10	4	33	1.54
18862134--18862283	74	2.0	75	97	1	284	52	9	3	34	1.50
18867734--18867762	12	2.4	12	100	0	58	34	17	13	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18867797--18867837	17	2.3	18	80	12	50	31	17	2	48	1.60
18875702--18875739	20	1.9	20	89	10	60	73	2	2	21	1.07
18884500--18884550	20	2.7	19	76	8	59	52	0	1	45	1.12
18889874--18889923	11	4.6	11	75	9	50	4	16	10	70	1.30
18896320--18896509	80	2.4	80	83	5	231	18	17	21	42	1.89
18896320--18896502	53	3.4	53	84	6	226	19	16	20	43	1.88
18896320--18896502	27	6.9	27	80	4	210	19	16	20	43	1.88
18896510--18896581	27	2.7	27	89	2	110	15	16	26	41	1.88
18902752--18902798	22	2.2	20	88	7	67	68	8	0	23	1.17
18902831--18902879	15	3.3	15	91	5	73	73	6	0	20	1.04
18906844--18907005	36	4.5	36	79	3	173	40	29	12	17	1.86
18909328--18909358	15	2.1	15	93	0	53	74	3	3	19	1.10
18911759--18911791	17	1.9	17	88	11	50	51	9	0	39	1.34
18915163--18915204	17	2.5	17	84	0	57	38	0	16	45	1.48
18920331--18920418	40	2.2	40	87	0	122	42	18	28	11	1.85
18920331--18920392	20	3.1	20	69	0	52	43	16	29	11	1.82
18932692--18932743	21	2.6	21	93	6	90	38	13	9	38	1.77
18933220--18933649	44	9.8	44	71	10	215	28	24	19	27	1.98
18933102--18933505	217	1.9	219	89	2	634	29	23	19	27	1.98
18933360--18933726	84	4.3	84	70	12	269	28	23	19	28	1.99
18933133--18933607	217	2.2	217	83	7	606	29	23	19	28	1.98
18933057--18933651	44	13.7	44	69	13	209	28	23	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18933229--18933722	261	1.9	261	90	0	781	28	24	19	27	1.98
18933657--18934000	132	2.6	131	84	5	338	26	25	19	28	1.99
18933791--18933954	44	3.7	44	69	9	127	28	25	18	28	1.98
18933796--18933975	44	4.1	44	68	16	120	27	27	17	27	1.97
18935257--18935297	22	1.9	21	85	14	57	7	17	0	75	1.02
18941390--18941448	29	2.0	29	96	0	109	35	6	13	44	1.71
18941775--18941850	4	18.8	4	78	8	64	72	3	0	23	1.01
18941780--18941850	25	2.7	27	80	6	83	73	4	0	22	1.01
18941832--18941948	49	2.3	50	91	5	193	63	2	6	27	1.33
18942469--18942526	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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