genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  59  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19203918--19204161	126	1.9	126	94	1	427	50	6	24	18	1.70
19210107--19210159	20	2.4	23	79	20	60	62	3	3	30	1.30
19211418--19211457	21	1.9	21	89	0	62	22	27	7	42	1.80
19211363--19211508	72	2.0	72	81	2	168	26	26	14	33	1.94
19211891--19211948	24	2.4	24	94	0	98	31	24	10	34	1.89
19227054--19227162	39	2.6	43	80	13	127	35	28	7	28	1.84
19227141--19227176	16	2.2	16	95	0	63	22	30	5	41	1.76
19229725--19229858	67	2.0	70	91	4	220	47	26	0	26	1.53
19230008--19230041	14	2.4	14	95	0	59	44	35	0	20	1.52
19230369--19230468	41	2.4	41	94	0	182	28	30	20	22	1.98
19230369--19230483	41	2.8	41	89	2	178	27	31	19	21	1.97
19233260--19233294	13	2.7	13	86	0	52	42	22	8	25	1.82
19243140--19243208	32	2.2	32	91	0	111	18	21	37	21	1.94
19244997--19245088	19	4.8	19	66	9	62	41	19	7	31	1.80
19244968--19245118	58	2.6	59	90	6	236	38	18	9	33	1.84
19246038--19246101	16	4.1	16	69	16	53	48	12	1	37	1.51
19277694--19277753	11	5.5	10	86	13	75	20	30	0	50	1.49
19279102--19279177	21	3.3	23	75	18	77	51	6	1	40	1.36
19279116--19279173	21	2.7	22	86	7	84	50	6	1	41	1.39
19279105--19279178	25	3.0	25	73	13	82	51	6	1	40	1.37
19280728--19280843	45	2.6	45	80	1	135	26	20	20	31	1.98
19280890--19281188	44	6.9	43	74	10	218	28	21	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19280946--19281060	45	2.6	43	81	9	124	28	22	19	29	1.98
19280789--19281194	217	1.9	218	88	0	616	27	21	20	30	1.98
19281609--19281684	9	8.4	9	78	5	82	25	10	23	40	1.86
19281613--19281684	27	2.7	27	84	4	92	23	11	25	40	1.87
19282296--19282517	88	2.5	88	86	0	309	22	25	24	27	2.00
19286251--19286285	12	2.9	12	95	0	61	17	22	5	54	1.64
19288304--19288331	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
19288723--19288772	19	2.4	22	87	12	70	52	6	2	40	1.38
19288752--19288805	25	2.2	25	83	6	65	57	7	0	35	1.27
19292190--19292233	18	2.4	18	84	0	52	18	25	9	47	1.77
19292474--19292532	21	2.8	21	79	5	57	30	47	16	5	1.69
19292647--19292711	34	1.9	34	93	0	112	44	4	7	43	1.53
19295890--19296306	126	3.3	126	95	0	717	24	21	19	33	1.97
19296335--19296637	96	3.2	94	79	5	313	40	18	2	37	1.66
19296664--19296720	27	2.1	27	90	9	89	50	35	0	14	1.42
19302927--19302965	20	1.9	21	85	15	55	43	15	23	17	1.87
19305279--19305345	21	3.1	21	93	4	107	43	1	4	50	1.31
19316617--19316644	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
19320292--19320715	211	2.0	211	96	0	778	24	8	8	57	1.57
19332584--19332922	87	3.9	87	91	1	540	28	23	23	24	2.00
19332585--19333205	44	14.2	44	69	11	303	30	21	22	25	1.99
19332584--19332964	174	2.2	173	87	3	437	28	23	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19333107--19333205	45	2.2	44	89	1	144	30	19	21	29	1.97
19333192--19333312	44	2.8	44	76	1	118	28	21	22	27	1.99
19335334--19335368	15	2.3	15	95	0	61	22	0	11	65	1.24
19346448--19346796	123	2.8	123	84	4	411	31	17	24	26	1.97
19346851--19346940	41	2.2	42	83	2	119	15	20	30	34	1.93
19348070--19348141	36	2.0	37	86	2	101	23	0	43	33	1.54
19348317--19348342	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
19348605--19349286	270	2.5	270	84	4	861	33	15	19	31	1.92
19349052--19349519	233	2.0	233	89	1	706	35	14	20	29	1.93
19350256--19350379	60	2.1	60	93	1	214	23	8	26	41	1.82
19350420--19350460	13	3.2	13	83	13	57	34	4	9	51	1.56
19352153--19352295	9	16.3	9	80	8	138	45	17	2	34	1.63
19352153--19352250	27	3.6	27	92	0	169	46	16	2	34	1.58
19357845--19358065	43	5.2	44	80	8	219	27	18	28	25	1.98
19357910--19358067	42	3.8	40	80	7	140	25	19	28	25	1.99
19363078--19363115	18	2.2	18	85	4	51	60	13	13	13	1.59
19373785--19374147	43	8.4	43	80	4	338	27	29	17	26	1.97
19375005--19375324	23	13.9	22	74	14	227	39	22	6	32	1.79
19375005--19375324	46	6.9	45	83	7	376	39	22	6	32	1.79
19376874--19377117	41	5.9	41	87	3	296	20	19	29	30	1.97
19376874--19377117	83	2.9	81	86	6	305	20	19	29	30	1.97
19378484--19379321	429	2.0	430	95	1	1511	31	16	19	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19379121--19379316	83	2.4	83	77	10	211	27	17	19	35	1.94
19389187--19389565	43	8.8	43	87	3	496	25	18	30	25	1.98
19389187--19389611	43	9.9	42	83	5	145	25	18	29	26	1.98
19391849--19391890	7	6.0	7	94	0	75	28	54	0	16	1.42
19392004--19392049	14	3.3	14	87	0	65	32	43	0	23	1.54
19392043--19392185	74	1.9	75	89	2	225	46	25	0	27	1.58
19392364--19392397	14	2.4	14	100	0	68	44	32	0	23	1.54
19392656--19392701	20	2.4	19	85	7	58	65	4	4	26	1.30
19392710--19392983	41	6.7	41	79	5	277	29	27	21	21	1.99
19392710--19392983	82	3.4	81	83	3	325	29	27	21	21	1.99
19392714--19392983	123	2.2	123	83	2	328	29	27	21	21	1.98
19393121--19393146	12	2.2	12	100	0	52	53	23	7	15	1.67
19397997--19398031	16	2.2	16	89	0	52	37	40	8	14	1.76
19398089--19398148	30	2.0	30	93	0	102	31	28	5	35	1.79
19406715--19406767	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
19418860--19418919	27	2.3	27	82	8	70	18	5	8	68	1.34
19419186--19419411	50	4.5	49	73	3	173	24	21	24	29	1.99
19419178--19419445	100	2.7	100	86	4	355	24	22	25	28	1.99
19419946--19420045	44	2.3	44	94	0	173	27	21	22	30	1.98
19420194--19420979	130	6.0	130	90	3	967	24	25	20	29	1.99
19422221--19422269	7	7.0	7	82	13	57	16	12	0	71	1.14
19422239--19422268	13	2.3	13	94	0	51	16	10	0	73	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19423199--19423224	6	4.3	6	100	0	52	15	0	15	69	1.20
19423236--19423265	7	4.3	7	100	0	60	13	0	0	86	0.57
19427456--19427485	13	2.4	12	94	5	51	46	6	0	46	1.29
19427485--19427518	17	2.0	17	88	0	50	61	0	11	26	1.30
19427843--19427882	14	2.6	14	85	14	53	55	5	2	37	1.35
19428857--19428908	23	2.3	23	80	6	63	17	21	48	13	1.81
19429085--19429136	27	1.9	27	84	0	68	19	3	7	69	1.29
19429101--19429150	22	2.3	22	85	0	64	16	4	6	74	1.17
19429358--19429409	21	2.5	22	71	9	54	46	17	0	36	1.48
19429564--19429654	23	4.0	23	85	0	119	26	27	17	28	1.98
19432544--19432600	11	4.8	11	83	14	60	57	0	0	42	0.98
19432544--19432588	14	3.4	13	85	11	56	57	0	0	42	0.98
19432545--19432603	25	2.3	26	88	5	84	57	0	0	42	0.98
19433925--19433983	29	2.0	29	90	0	91	13	3	13	69	1.31
19439193--19439324	50	2.6	52	77	17	141	37	12	15	34	1.84
19442823--19442866	17	2.7	15	83	13	52	59	0	4	36	1.18
19443819--19443970	20	7.6	20	69	11	96	19	29	19	31	1.96
19443819--19443970	40	3.8	40	70	6	128	19	29	19	31	1.96
19444006--19444070	19	3.4	19	77	10	62	13	24	23	38	1.91
19444245--19444396	20	7.6	20	70	5	92	19	28	20	31	1.97
19447833--19447873	21	2.0	21	90	0	64	31	2	4	60	1.30
19455791--19455842	15	3.3	15	86	7	77	25	23	7	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19459140--19459189	17	2.9	17	93	0	91	24	26	6	44	1.76
19462363--19462413	6	8.5	6	77	16	52	15	1	15	66	1.34
19462363--19462419	18	3.2	17	78	16	53	15	1	14	68	1.29
19466686--19466879	50	3.8	50	79	4	190	27	20	27	24	1.99
19470272--19470454	51	3.6	50	75	6	154	24	17	25	32	1.97
19470460--19470554	45	2.1	45	88	0	145	29	17	22	30	1.97
19496584--19496768	50	3.7	50	79	4	171	27	23	26	22	2.00
19497669--19497713	11	4.4	11	72	16	51	53	13	6	26	1.64
19501588--19501645	22	2.5	24	72	13	59	62	5	5	27	1.38
19501630--19501658	12	2.4	12	100	0	58	58	0	6	34	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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