genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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This is table  63  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20555078--20555150	36	2.0	36	97	0	137	45	1	20	32	1.60
20555457--20555511	26	2.2	25	93	6	94	32	1	30	34	1.69
20567074--20567146	36	2.0	36	94	0	128	43	13	8	34	1.74
20572715--20572743	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
20577479--20577511	17	1.9	17	93	0	57	54	6	0	39	1.25
20580117--20580179	27	2.4	27	89	2	92	58	1	6	33	1.33
20580198--20580237	21	1.9	21	84	0	53	55	2	10	32	1.47
20582397--20582877	100	5.0	95	81	5	371	25	21	21	31	1.98
20582603--20582999	50	7.9	50	80	1	364	22	20	23	33	1.97
20582585--20582988	100	4.0	100	83	2	427	23	20	23	32	1.98
20582603--20582999	150	2.6	150	81	1	465	22	20	23	33	1.97
20583121--20583217	44	2.2	45	81	5	117	28	23	19	27	1.98
20590332--20590394	27	2.4	27	89	2	92	58	1	6	33	1.33
20590413--20590452	21	1.9	21	84	0	53	55	2	10	32	1.47
20606295--20606331	17	2.2	17	100	0	74	48	5	0	45	1.25
20615340--20615374	18	1.9	18	88	0	52	60	5	8	25	1.49
20623722--20623779	6	9.2	6	78	10	53	74	3	6	15	1.17
20626507--20626605	47	2.1	47	92	0	162	27	20	16	36	1.93
20627523--20627562	20	2.0	20	85	5	53	10	32	0	57	1.32
20630143--20630193	10	5.1	10	79	9	59	29	15	29	25	1.96
20630145--20630193	20	2.5	20	86	6	73	28	16	30	24	1.96
20632592--20632638	24	1.9	25	86	4	69	12	6	29	51	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20632824--20633010	32	5.8	32	85	2	232	24	19	17	37	1.93
20632820--20633010	96	2.0	96	88	2	285	24	19	17	38	1.93
20641493--20641526	17	1.9	18	88	5	52	29	11	11	47	1.76
20648526--20648582	25	2.3	25	93	0	96	14	38	29	17	1.89
20660028--20660230	51	4.0	50	80	9	243	30	23	15	31	1.95
20660134--20660216	26	3.2	26	64	21	66	32	24	12	31	1.91
20660028--20660221	101	1.9	102	87	3	284	30	23	15	29	1.96
20661651--20661821	27	6.3	27	88	0	252	30	25	9	33	1.88
20669745--20669772	13	2.2	13	100	0	56	21	7	14	57	1.61
20671886--20671956	29	2.4	30	92	2	117	43	11	28	16	1.83
20671761--20671956	30	6.6	30	75	9	150	40	12	26	20	1.88
20671791--20671999	89	2.3	90	82	5	237	37	14	27	20	1.91
20678544--20678691	75	2.0	75	94	0	260	45	8	13	32	1.74
20679093--20679119	13	2.1	13	100	0	54	40	7	0	51	1.30
20681547--20681584	20	1.9	20	88	0	58	44	0	5	50	1.24
20686018--20686105	43	2.0	43	97	0	167	36	14	2	46	1.58
20687361--20687436	9	8.4	9	86	5	84	40	18	9	31	1.82
20687361--20687436	27	2.8	28	90	7	122	40	18	9	31	1.82
20690219--20690399	40	4.5	40	86	3	238	35	17	29	17	1.93
20697652--20697789	40	3.4	40	82	3	179	33	13	30	22	1.93
20697686--20697789	20	5.2	20	63	10	59	31	14	32	21	1.93
20698592--20698661	24	3.0	23	78	14	81	2	18	8	70	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20698596--20698666	22	3.1	22	73	15	72	2	15	8	73	1.19
20699221--20699285	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
20706160--20706231	33	2.2	33	85	5	92	26	44	1	27	1.63
20706170--20706238	33	2.1	33	86	5	95	24	49	1	24	1.59
20706718--20707042	117	2.8	116	89	1	506	44	23	9	22	1.82
20707285--20707331	17	2.9	17	81	6	53	25	6	27	40	1.80
20709670--20709744	36	2.1	37	94	2	134	42	14	8	34	1.75
20711645--20711711	32	2.1	32	100	0	134	34	8	14	41	1.78
20717454--20717494	21	1.9	22	85	5	57	56	4	0	39	1.21
20717979--20718021	19	2.3	18	88	4	59	51	6	4	37	1.50
20724952--20724977	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20727769--20727859	26	3.5	24	76	16	85	38	30	13	17	1.88
20727769--20727889	25	4.7	25	78	7	109	38	29	12	19	1.88
20733087--20733420	28	12.0	28	81	2	359	25	27	12	33	1.93
20733094--20733421	84	3.9	84	84	1	426	25	27	12	34	1.92
20736292--20736338	10	4.6	10	85	12	51	61	4	0	34	1.15
20736415--20736625	69	3.1	69	60	14	164	38	8	18	35	1.81
20736349--20736626	137	2.0	138	99	0	549	39	7	15	37	1.76
20737619--20737654	11	3.4	11	88	7	56	47	5	0	47	1.25
20743426--20743457	16	1.9	17	93	6	57	9	15	0	75	1.05
20743533--20743557	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
20745907--20746387	252	1.9	252	99	0	944	33	15	17	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20746714--20746805	43	2.1	43	95	0	166	57	8	8	25	1.57
20746997--20747045	25	1.9	26	83	4	64	65	2	4	28	1.22
20747152--20747327	24	7.5	23	70	16	96	53	4	6	35	1.46
20747174--20747327	69	2.2	69	79	8	172	53	4	7	35	1.49
20748045--20748107	19	3.2	20	79	6	83	14	28	4	52	1.62
20748046--20748116	20	3.7	20	83	5	101	12	32	4	50	1.59
20750354--20750393	21	1.9	21	89	0	62	37	27	20	15	1.92
20751202--20751343	38	3.7	37	82	6	153	31	27	21	19	1.97
20751275--20751461	39	4.7	39	79	2	169	30	29	22	17	1.97
20751397--20751477	41	2.0	41	87	0	117	32	33	19	14	1.92
20752047--20752322	42	6.6	41	79	5	241	27	18	20	32	1.96
20752217--20752343	43	3.0	43	77	2	130	33	20	16	29	1.95
20758321--20758363	16	2.7	15	86	10	59	27	0	13	58	1.37
20758325--20758521	66	3.0	66	84	3	245	32	3	18	45	1.65
20758391--20758430	16	2.5	16	88	8	55	30	0	17	52	1.45
20758383--20758466	41	2.0	41	86	4	116	32	3	19	45	1.67
20758410--20758479	25	2.8	25	77	16	74	34	2	18	44	1.65
20758447--20758512	25	2.6	25	83	4	80	30	3	16	50	1.61
20758470--20758525	25	2.2	25	80	0	67	32	1	19	46	1.61
20758534--20758610	40	1.9	40	97	0	145	28	5	19	46	1.71
20760102--20760156	30	1.9	29	85	10	78	56	10	3	29	1.51
20761927--20761989	7	8.9	7	79	10	56	28	50	3	17	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20761927--20761989	15	4.4	14	76	9	56	28	50	3	17	1.61
20761950--20761988	7	5.4	7	87	6	60	28	48	0	23	1.51
20762641--20762993	114	3.1	114	78	8	333	30	21	18	29	1.97
20763825--20763891	26	2.9	22	83	16	98	31	19	5	43	1.75
20773099--20773134	19	1.9	19	88	5	56	58	5	5	30	1.44
20773437--20773498	31	2.0	32	83	3	81	35	22	16	25	1.94
20777352--20777404	12	4.2	12	72	13	52	24	18	18	37	1.94
20778782--20778843	29	2.1	29	100	0	124	25	24	20	29	1.99
20783334--20783440	45	2.4	45	90	3	162	16	15	24	42	1.87
20800530--20800558	14	2.1	14	100	0	58	44	6	13	34	1.71
20802043--20802075	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
20803696--20803838	39	3.7	40	82	6	150	16	29	18	35	1.93
20804718--20804860	73	2.0	73	97	0	268	30	9	20	39	1.85
20818784--20818832	26	2.0	24	84	11	64	26	20	24	28	1.99
20823903--20823942	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
20830250--20830319	31	2.3	31	92	0	113	28	20	30	21	1.98
20832509--20832568	26	2.3	26	86	8	95	36	23	21	18	1.95
20835625--20835692	34	2.0	34	100	0	136	41	14	8	35	1.77
20842290--20842324	17	2.0	18	88	5	54	31	5	0	62	1.18
20844534--20844558	13	1.9	13	100	0	50	76	0	24	0	0.80
20847858--20847923	3	22.0	3	93	0	114	33	3	0	63	1.10
20847890--20848094	102	2.0	103	99	0	403	38	10	1	49	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20850836--20850892	20	2.9	19	75	14	62	36	21	29	12	1.90
20850838--20850901	19	3.3	19	78	10	67	35	21	31	10	1.88
20850897--20850961	20	3.3	19	79	14	78	40	18	23	18	1.92
20850878--20850964	39	2.2	39	87	4	122	37	20	25	16	1.93
20854737--20854792	16	3.4	16	76	11	51	48	5	0	46	1.25
20863191--20863237	24	2.0	24	100	0	94	38	29	12	19	1.89
20865068--20865109	19	2.2	20	95	4	77	40	26	26	7	1.81
20867103--20867153	10	5.4	10	77	13	54	31	1	0	66	1.03
20867112--20867154	19	2.3	19	88	4	61	27	2	0	69	1.00
20872232--20872274	16	2.7	16	83	16	54	37	9	18	34	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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