genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23960084--23960630	23	23.3	22	69	16	156	24	12	19	42	1.86
23962652--23963063	23	18.0	22	78	12	397	42	17	12	26	1.86
23962649--23963067	46	9.1	46	85	6	514	42	17	12	26	1.85
23962652--23963063	69	6.0	69	83	9	470	42	17	12	26	1.86
23963946--23964057	43	2.6	43	81	13	140	29	28	19	22	1.98
23965861--23966005	50	2.9	50	85	0	191	26	21	30	22	1.99
23970908--23971156	124	2.0	125	99	0	491	41	4	8	45	1.53
23971810--23971872	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
23973173--23973299	43	3.0	42	81	2	155	24	17	27	30	1.97
23973181--23973315	43	3.1	43	77	4	130	25	17	25	31	1.97
23979607--23979644	20	1.9	20	88	0	58	44	0	15	39	1.47
23979683--23979951	75	3.6	75	81	2	306	21	21	22	34	1.97
23985279--23985389	53	2.1	51	91	8	188	27	12	21	37	1.90
23987095--23987152	16	3.5	16	72	9	62	32	0	5	62	1.18
23987485--23987534	25	2.1	23	85	7	64	50	2	0	48	1.12
23995080--23995114	16	2.1	17	89	5	54	31	2	11	54	1.51
23996533--23996564	14	2.3	14	94	0	55	50	9	18	21	1.75
24007457--24007519	29	2.1	29	82	8	74	46	7	9	36	1.66
24022315--24022408	24	3.9	24	74	12	68	56	8	7	27	1.56
24024392--24024417	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
24024611--24024772	81	2.0	81	98	0	315	32	10	24	32	1.89
24024717--24024901	63	2.9	63	79	1	210	25	6	33	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24026852--24026917	27	2.5	27	85	4	82	37	3	19	39	1.67
24028507--24028551	7	6.4	7	97	0	81	53	0	15	31	1.43
24029388--24029590	102	2.0	102	93	0	343	29	8	7	54	1.57
24036320--24036400	30	2.6	31	84	3	110	40	11	13	34	1.80
24037357--24037845	242	2.0	243	99	0	971	34	14	19	31	1.92
24040412--24040462	24	2.1	24	88	0	75	23	25	17	33	1.96
24040534--24040655	44	2.7	45	79	13	144	26	25	18	29	1.98
24040739--24040787	24	2.0	24	92	0	80	22	24	20	32	1.98
24040860--24041418	44	12.7	44	72	12	287	27	21	19	31	1.98
24040404--24041064	324	2.0	325	92	0	1092	28	20	20	31	1.97
24040761--24041504	217	3.4	217	88	3	1116	28	21	19	30	1.98
24052814--24052856	22	2.0	21	91	8	70	60	0	4	34	1.17
24052824--24052889	21	3.1	21	84	6	71	63	0	4	31	1.14
24056893--24056969	29	2.5	31	87	4	104	25	14	12	46	1.80
24057092--24057134	20	2.2	20	82	0	50	11	6	2	79	1.02
24057295--24057338	21	2.1	21	100	0	88	31	4	13	50	1.62
24059475--24059565	40	2.3	40	78	1	103	37	2	17	42	1.62
24059960--24060005	22	2.1	22	95	0	83	67	2	4	26	1.21
24060064--24060109	23	2.0	23	87	8	67	36	8	4	50	1.53
24060498--24060536	18	2.3	17	86	8	53	43	15	7	33	1.75
24060999--24061194	99	2.0	99	91	0	320	23	18	19	38	1.93
24061393--24061442	26	2.0	25	84	4	64	24	0	16	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24064219--24064263	14	2.9	16	77	16	58	44	2	6	46	1.42
24064309--24064436	65	2.0	65	92	4	213	53	3	8	35	1.48
24064671--24064699	14	2.1	14	100	0	58	27	20	20	31	1.98
24067299--24067339	15	2.7	15	80	0	55	63	29	2	4	1.28
24067421--24067456	16	2.1	18	90	10	58	66	0	33	0	0.92
24067517--24067545	5	5.8	5	100	0	58	20	79	0	0	0.74
24074303--24074358	30	1.9	28	85	7	76	55	1	3	39	1.28
24078617--24078658	10	4.2	10	82	11	59	9	9	2	78	1.05
24079468--24079511	21	2.1	21	95	0	79	45	11	9	34	1.72
24083415--24083475	3	20.3	3	100	0	122	67	0	32	0	0.91
24085228--24085436	40	5.2	40	83	1	249	21	27	16	33	1.95
24100012--24100048	17	2.2	17	95	0	65	21	18	8	51	1.72
24104077--24104110	17	1.9	18	88	5	52	32	14	11	41	1.82
24105781--24105886	55	1.9	55	92	0	176	35	4	17	41	1.71
24105781--24105899	55	2.2	55	87	3	168	35	5	16	42	1.70
24112822--24112886	32	2.0	32	100	0	130	18	9	27	44	1.80
24114414--24114469	3	18.7	3	100	0	112	67	0	32	0	0.91
24120997--24121113	38	3.1	37	67	26	100	43	16	6	33	1.74
24120997--24121151	76	2.0	76	94	0	274	43	16	6	33	1.73
24122558--24123579	511	2.0	511	99	0	2035	37	10	16	35	1.83
24130730--24130843	56	2.0	56	94	0	201	23	27	6	42	1.77
24142395--24142639	29	8.4	29	91	3	368	18	29	11	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24160053--24160112	25	2.4	25	88	0	93	46	28	16	8	1.76
24162331--24162375	21	2.1	22	84	12	58	20	2	20	57	1.51
24169393--24169516	54	2.3	54	85	2	160	26	26	26	20	1.99
24169438--24169548	54	2.1	54	80	0	123	26	27	27	18	1.98
24173435--24173465	4	8.0	4	92	7	55	74	0	0	25	0.82
24190088--24190160	34	2.1	34	87	0	101	43	15	16	24	1.86
24192052--24192105	21	2.5	21	84	6	63	25	25	5	42	1.77
24196613--24196673	26	2.3	27	83	13	83	36	1	3	59	1.24
24198116--24198162	24	2.0	24	91	0	76	29	27	14	27	1.96
24200158--24200367	106	2.0	106	93	0	357	29	18	13	39	1.89
24201205--24201304	35	2.9	35	86	0	137	17	12	28	43	1.84
24211338--24211401	29	2.2	29	83	13	78	45	0	3	51	1.17
24213443--24213503	25	2.5	24	86	5	95	31	3	14	50	1.59
24213451--24213505	25	2.2	26	96	3	103	32	3	12	50	1.58
24215374--24215487	57	2.0	57	98	0	219	37	17	8	35	1.81
24215376--24215502	57	2.2	57	91	0	191	38	17	10	33	1.83
24215994--24216032	5	7.6	5	88	5	60	17	2	0	79	0.84
24217013--24217086	32	2.3	32	81	6	87	41	9	1	47	1.44
24243871--24243949	6	13.3	6	74	11	56	44	0	1	54	1.08
24247481--24247511	14	2.2	14	100	0	62	48	6	22	22	1.73
24252127--24252169	21	2.2	19	83	8	50	53	2	0	44	1.13
24252428--24252466	19	2.1	19	85	0	51	64	20	10	5	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24256020--24256072	4	13.2	4	84	7	63	24	3	0	71	1.02
24256693--24256749	28	2.0	28	100	0	114	40	10	24	24	1.87
24258535--24258572	20	1.9	20	100	0	76	23	28	26	21	1.99
24267666--24267704	14	2.9	14	92	3	62	53	7	17	20	1.68
24279629--24279657	13	2.2	13	100	0	58	24	13	34	27	1.93
24290171--24290201	16	1.9	16	93	0	53	35	12	12	38	1.82
24294560--24294626	31	2.3	27	78	14	71	43	11	7	37	1.70
24295406--24295435	11	2.7	11	94	0	51	30	26	6	36	1.82
24296247--24296991	110	6.7	110	86	3	948	33	21	13	32	1.91
24298027--24298066	21	2.0	21	90	5	64	5	12	5	77	1.09
24299091--24299126	11	3.2	12	85	14	51	44	0	0	55	0.99
24311574--24311640	22	3.1	21	67	25	50	22	2	2	71	1.13
24315059--24315136	27	2.8	28	83	9	81	15	7	3	73	1.21
24315073--24315136	27	2.4	27	86	5	85	15	7	3	73	1.19
24317462--24317556	49	1.9	49	89	0	145	42	9	16	31	1.81
24322801--24322861	30	2.0	30	83	0	77	24	29	31	14	1.95
24327379--24327514	26	5.2	26	81	0	146	38	23	19	18	1.93
24327382--24327514	52	2.6	52	82	0	176	37	23	20	18	1.94
24340098--24340163	26	2.6	25	79	13	73	48	1	4	45	1.32
24340217--24340278	30	2.1	31	93	6	110	46	9	8	35	1.66
24353478--24353526	25	1.9	26	87	4	73	16	16	8	59	1.60
24354570--24354845	117	2.4	117	91	1	437	23	20	30	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24354858--24355388	50	10.6	50	64	6	196	30	20	22	26	1.99
24354808--24355388	100	5.8	100	89	1	842	29	21	22	25	1.99
24355594--24355716	45	2.7	45	85	5	124	31	22	24	21	1.98
24355618--24355717	45	2.2	45	87	3	139	31	22	27	20	1.98
24367076--24367142	33	2.0	33	100	0	134	34	17	20	26	1.96
24371306--24371373	30	2.3	30	97	2	129	26	16	16	41	1.88
24378655--24378707	10	5.1	10	77	8	61	24	9	1	64	1.34
24378667--24378727	22	2.6	22	82	12	70	21	9	3	65	1.37
24380231--24380409	27	6.7	27	83	0	216	19	16	22	41	1.90
24380231--24380431	54	3.8	53	81	5	192	19	16	20	43	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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