genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25185033--25185141	30	3.7	29	75	17	91	48	6	11	33	1.65
25185366--25185411	23	2.0	23	100	0	92	13	26	4	56	1.55
25196317--25196373	29	2.0	29	82	6	71	43	8	3	43	1.52
25202906--25202970	31	2.3	27	80	15	76	47	6	3	43	1.43
25205405--25205433	15	1.9	15	100	0	58	58	0	13	27	1.36
25213800--25213831	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
25214985--25215046	32	2.0	32	87	3	90	58	0	3	38	1.15
25214985--25215118	41	3.2	42	82	6	166	58	0	4	37	1.19
25215000--25215128	41	3.1	41	84	7	172	61	0	4	34	1.17
25220910--25221641	307	2.4	306	79	7	731	33	11	8	46	1.71
25224457--25224509	17	3.0	17	78	10	61	37	7	15	39	1.75
25231673--25231792	3	40.0	3	69	11	68	62	5	4	28	1.35
25242692--25242756	30	2.2	30	86	5	87	36	9	24	29	1.86
25245539--25245593	21	2.6	21	77	11	67	29	25	20	25	1.99
25258120--25258166	23	2.0	23	95	0	85	29	19	8	42	1.80
25259171--25259227	30	1.9	29	96	3	105	33	19	10	36	1.86
25265121--25265171	23	2.2	24	82	3	59	33	31	25	9	1.88
25268981--25269251	138	2.0	134	91	6	444	42	7	5	44	1.54
25271872--25271900	13	2.2	13	100	0	58	17	20	17	44	1.86
25275689--25275743	24	2.2	25	75	9	60	47	5	3	43	1.44
25277183--25277253	29	2.4	29	85	0	97	47	15	14	22	1.81
25287409--25287448	21	2.0	21	90	5	64	40	5	2	52	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25288211--25288301	23	4.0	23	95	0	155	31	25	21	20	1.98
25293396--25293525	65	2.0	65	96	0	242	34	15	12	37	1.85
25293823--25293957	68	2.0	68	91	1	216	50	5	3	40	1.44
25297098--25297131	17	2.1	17	89	10	54	35	26	0	38	1.57
25307640--25307703	31	2.1	31	88	2	94	25	3	12	59	1.48
25308046--25308132	31	2.9	30	79	5	95	36	11	12	39	1.80
25308273--25308332	30	2.0	30	83	9	77	51	13	3	31	1.57
25308273--25308359	31	2.8	31	77	16	83	50	11	2	35	1.51
25312682--25313056	186	2.0	186	98	0	732	20	12	16	50	1.78
25321083--25321108	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
25322162--25322242	21	3.8	22	83	8	105	16	20	24	38	1.92
25323004--25323039	18	2.0	18	89	10	56	38	0	16	44	1.48
25325780--25325829	8	5.3	9	78	21	50	36	0	2	62	1.07
25326802--25326861	21	2.9	20	85	7	84	13	20	26	40	1.89
25332405--25332441	18	2.1	18	100	0	74	45	27	5	21	1.73
25334991--25335051	22	2.8	22	89	0	95	26	18	13	42	1.86
25335069--25335132	23	2.8	23	83	4	76	28	20	15	35	1.93
25335240--25335269	15	2.0	15	93	0	51	26	30	13	30	1.94
25355150--25355261	54	2.1	54	100	0	224	33	26	3	35	1.74
25359305--25359362	14	4.2	14	72	16	50	37	0	12	50	1.40
25362991--25363029	21	1.9	21	89	5	62	23	28	23	25	1.99
25364440--25364598	73	2.2	73	97	0	300	28	33	20	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25366960--25367005	24	1.9	24	86	8	67	26	10	0	63	1.27
25371668--25371701	6	5.3	6	86	13	50	29	2	2	64	1.22
25373523--25373556	12	2.8	12	90	0	59	41	0	2	55	1.15
25375108--25375178	20	3.6	19	86	5	90	49	0	28	22	1.50
25375138--25375170	15	2.1	16	88	5	50	51	0	27	21	1.48
25375339--25375526	92	2.0	92	100	0	376	32	14	12	40	1.84
25380483--25380534	20	2.6	20	78	0	50	53	0	23	23	1.46
25396506--25396546	18	2.4	18	84	8	59	21	19	19	39	1.93
25400314--25400926	130	4.7	130	76	5	474	30	16	13	38	1.88
25400411--25400902	260	1.9	260	80	6	577	29	16	14	39	1.88
25415078--25415114	19	2.0	18	89	5	56	35	0	2	62	1.10
25421091--25421121	3	10.3	3	100	0	62	32	0	32	35	1.58
25425421--25425704	90	3.2	90	91	2	464	25	23	19	32	1.97
25441768--25441801	16	2.1	17	89	10	54	35	2	0	61	1.11
25441792--25441834	21	2.0	21	86	0	59	69	2	2	25	1.12
25447210--25447256	15	3.2	14	87	6	58	27	2	0	70	0.99
25454030--25454061	16	2.0	16	100	0	64	25	12	12	50	1.75
25456605--25456662	25	2.3	25	87	0	80	31	18	27	22	1.97
25456643--25456709	25	2.7	25	85	0	98	40	16	19	23	1.91
25476509--25476552	22	2.0	22	83	12	56	40	22	0	36	1.54
25476893--25476939	18	2.5	19	89	6	69	27	29	0	42	1.56
25480561--25480719	43	3.7	43	81	7	157	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25485964--25485998	15	2.2	16	90	10	54	54	0	2	42	1.15
25487030--25487084	21	2.8	20	91	5	85	38	12	12	36	1.82
25487847--25487878	3	10.7	3	93	0	55	31	0	3	65	1.08
25494373--25494922	45	12.4	45	84	4	681	28	16	24	31	1.96
25494732--25494806	35	2.1	35	95	0	132	29	20	21	29	1.98
25494687--25494851	80	2.1	80	88	2	242	29	17	23	29	1.97
25494521--25494884	125	2.8	125	84	5	372	27	17	23	30	1.97
25494597--25494908	170	1.8	170	87	1	464	29	16	23	30	1.97
25495046--25495217	44	3.9	44	66	8	107	29	23	24	22	1.99
25494889--25495230	132	2.6	132	85	2	438	30	19	24	25	1.98
25495312--25495405	44	2.1	45	82	5	111	29	15	25	28	1.96
25495738--25495782	22	2.0	23	86	4	65	37	6	15	40	1.74
25498492--25498539	20	2.5	18	80	12	51	25	8	4	62	1.41
25499616--25499686	32	2.2	32	87	0	97	32	11	11	45	1.75
25500923--25501017	38	2.5	38	82	3	111	42	17	11	28	1.85
25506888--25506923	18	1.9	19	88	5	56	52	19	5	22	1.66
25507532--25507674	38	3.8	38	87	5	175	32	21	18	27	1.97
25518482--25518583	44	2.3	44	75	1	123	31	20	19	28	1.97
25523266--25523398	64	2.1	64	92	2	223	49	14	7	28	1.70
25541792--25541881	34	2.7	35	81	5	96	32	2	4	61	1.28
25541823--25541875	24	2.2	24	86	0	70	33	1	5	58	1.32
25548770--25548811	21	2.0	21	86	9	59	73	0	11	14	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25550095--25550246	44	3.5	44	70	4	128	25	21	25	27	1.99
25550055--25550292	88	2.7	88	86	1	352	27	19	25	27	1.99
25550665--25550823	49	3.2	49	69	5	167	28	20	24	26	1.99
25550620--25550873	50	5.1	50	68	5	174	28	20	24	26	1.99
25550519--25550896	99	3.9	99	88	5	538	28	20	23	27	1.99
25550992--25551379	45	8.8	45	72	13	245	27	21	26	25	1.99
25551037--25551145	44	2.5	44	81	3	130	30	18	21	30	1.97
25550907--25551229	173	1.9	174	90	0	513	28	21	23	26	1.99
25551165--25551378	89	2.4	90	86	0	304	27	21	27	23	1.99
25551165--25551413	134	1.9	134	82	5	315	29	21	25	23	1.99
25551756--25551818	33	1.9	32	87	3	90	46	33	9	11	1.72
25552988--25553077	34	2.7	35	81	5	96	32	2	4	61	1.28
25553019--25553071	24	2.2	24	86	0	70	33	1	5	58	1.32
25553459--25553509	27	1.9	26	84	4	66	21	5	5	66	1.35
25555004--25555057	28	1.9	28	84	0	72	40	5	0	53	1.24
25558948--25558973	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
25558938--25559068	40	3.3	39	81	11	151	61	1	1	35	1.15
25558995--25559027	16	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
25559130--25559155	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
25559123--25559257	40	3.4	39	81	10	150	60	1	1	36	1.15
25559177--25559209	16	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
25559193--25559238	25	1.9	24	86	8	67	58	0	4	36	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25563527--25563912	199	1.9	199	87	2	569	29	21	22	26	1.99
25563525--25563929	100	4.1	99	87	3	537	30	20	22	26	1.98
25563575--25563849	50	5.5	50	63	2	158	30	20	22	26	1.98
25564155--25564261	44	2.4	44	78	6	108	34	20	19	25	1.96
25566311--25566341	16	1.9	16	93	0	53	64	3	6	25	1.33
25566491--25567492	525	1.9	526	89	3	1579	31	15	16	36	1.90
25567926--25567987	28	2.3	28	83	5	83	38	3	0	58	1.15
25567949--25567991	20	2.2	20	91	4	70	32	0	0	67	0.91
25568808--25568863	3	18.0	3	92	7	94	64	0	1	33	1.04
25570536--25570560	10	2.5	10	100	0	50	32	20	0	48	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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