genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17116470--17116542	27	2.7	27	80	4	85	16	32	26	24	1.96
17117207--17117257	10	5.3	9	80	13	57	56	0	1	41	1.10
17117273--17117323	23	2.3	23	82	3	68	49	3	0	47	1.20
17117274--17117323	11	4.5	11	75	5	55	50	4	0	46	1.20
17118176--17118222	13	3.4	14	85	8	69	76	0	0	23	0.78
17118191--17118240	21	2.3	22	83	13	59	68	6	0	26	1.13
17119037--17119074	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
17123288--17123331	23	1.9	23	90	0	70	43	4	9	43	1.56
17123390--17123428	19	2.2	18	86	9	53	74	2	12	10	1.17
17127650--17127687	20	1.9	20	88	0	58	28	26	7	36	1.84
17134949--17135102	37	4.1	37	80	2	157	36	19	16	27	1.93
17138927--17139068	62	2.3	63	78	1	151	23	29	23	23	1.99
17153648--17153747	49	2.0	49	100	0	200	22	18	25	35	1.96
17157039--17157091	5	10.0	5	78	11	52	75	0	9	15	1.04
17163036--17164014	494	2.0	492	86	2	1376	33	15	15	35	1.89
17173582--17173622	20	2.1	19	86	4	55	39	19	0	41	1.52
17175617--17175709	34	2.7	34	88	6	100	19	6	1	73	1.11
17175650--17175737	6	13.5	6	78	15	70	14	5	1	78	0.99
17175640--17175738	34	2.9	34	91	4	148	16	6	1	76	1.03
17183775--17183954	50	3.7	50	83	5	233	41	21	25	12	1.87
17183775--17183918	46	3.0	46	88	4	198	43	21	22	12	1.86
17185175--17185295	43	2.8	43	84	5	145	26	19	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17185311--17185656	179	1.9	179	85	1	469	32	17	20	28	1.96
17189902--17189939	5	7.4	5	88	5	58	60	0	0	39	0.97
17201452--17201479	9	3.1	9	100	0	56	35	10	21	32	1.88
17203610--17203656	3	15.7	3	95	0	85	63	0	2	34	1.06
17207900--17208154	126	2.0	127	98	1	494	34	19	10	35	1.87
17208427--17208480	16	3.4	16	73	14	58	31	14	3	50	1.61
17218878--17219809	44	20.5	44	75	8	713	29	20	17	32	1.95
17218878--17219809	133	6.8	133	75	10	730	29	20	17	32	1.95
17218878--17219809	89	10.2	89	74	9	554	29	20	17	32	1.95
17228597--17228629	17	1.9	17	93	0	57	57	9	0	33	1.30
17237692--17237757	22	2.7	25	73	17	68	51	0	1	46	1.10
17237693--17237758	24	2.7	23	77	9	69	53	0	1	45	1.09
17239596--17239627	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
17244584--17244622	13	2.8	14	80	11	53	61	12	12	12	1.57
17248882--17248934	20	2.7	20	88	5	81	37	13	20	28	1.90
17252321--17252385	27	2.4	28	94	2	114	40	10	1	47	1.48
17252797--17252865	19	3.7	19	74	3	77	37	11	1	49	1.48
17253300--17253337	13	2.8	13	88	11	51	0	5	10	84	0.77
17253301--17253339	15	2.5	15	88	12	53	0	5	7	87	0.68
17253344--17253409	29	2.4	28	92	5	107	48	0	10	40	1.38
17255412--17255448	19	2.0	18	89	5	56	62	10	5	21	1.48
17256339--17256452	56	2.0	57	98	1	221	42	15	21	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17259882--17259919	21	2.0	20	85	15	53	47	18	2	31	1.62
17260657--17260737	28	2.9	28	87	1	101	48	19	11	20	1.79
17260666--17260745	27	2.9	27	83	5	81	46	20	11	22	1.82
17262303--17262348	23	2.1	22	92	8	76	30	6	4	58	1.43
17262563--17262604	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
17268615--17268659	23	2.0	23	91	8	74	33	8	17	40	1.81
17282378--17282468	30	3.0	30	85	4	121	35	19	14	30	1.92
17282994--17283035	21	2.1	19	86	8	57	50	9	9	30	1.67
17284941--17285171	82	2.8	80	83	5	275	38	16	22	22	1.92
17288626--17288674	24	2.0	24	100	0	98	24	8	32	34	1.85
17293782--17293852	5	14.0	5	75	19	67	38	0	0	61	0.96
17293809--17293848	19	2.1	19	100	0	80	42	0	0	57	0.98
17301521--17301581	31	2.0	31	83	0	77	39	11	4	44	1.62
17301705--17301761	29	1.9	30	85	3	80	52	8	3	35	1.50
17302622--17302662	15	2.7	15	79	20	50	41	2	7	48	1.44
17303304--17303330	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
17311565--17311687	25	4.9	25	74	11	74	34	20	24	21	1.97
17312390--17312429	21	1.9	21	89	0	62	32	17	20	30	1.95
17317683--17317928	82	3.0	82	100	0	492	23	8	28	40	1.83
17319600--17319627	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17322218--17322256	4	9.8	4	82	0	51	66	2	25	5	1.25
17323001--17323034	11	3.0	11	83	8	50	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17323986--17324014	13	2.1	14	93	6	51	72	13	0	13	1.13
17325531--17325565	16	2.1	17	94	5	63	37	2	5	54	1.39
17330621--17331020	199	2.0	200	99	0	793	42	11	15	31	1.83
17333782--17333826	18	2.4	18	81	3	54	37	20	2	40	1.65
17334770--17334806	17	2.1	18	90	5	58	10	37	32	18	1.86
17349886--17350073	51	3.7	51	83	7	229	25	14	27	32	1.94
17349888--17350073	102	1.8	102	87	2	275	24	13	27	33	1.94
17349942--17350108	51	3.3	49	78	6	149	23	14	29	31	1.95
17352384--17352540	39	4.0	39	88	0	215	46	19	2	31	1.63
17357203--17357245	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
17367304--17367466	63	2.6	62	76	6	175	28	27	17	26	1.98
17377346--17377391	23	2.0	23	100	0	92	39	17	4	39	1.69
17381011--17381090	34	2.4	34	84	0	106	47	21	7	23	1.76
17390050--17390094	22	2.0	22	95	0	81	37	0	37	24	1.56
17395782--17395964	90	2.0	91	98	1	359	51	3	7	36	1.49
17396053--17396084	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
17406262--17406315	25	2.2	25	83	6	65	79	1	7	11	1.00
17406262--17406317	12	4.6	12	80	12	60	80	1	7	10	0.97
17406478--17406507	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
17406613--17406655	21	2.0	21	100	0	86	39	23	4	32	1.75
17409952--17410029	38	2.0	39	87	9	115	48	7	11	32	1.68
17414937--17414976	20	2.0	20	100	0	80	35	30	10	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17418558--17418585	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
17419207--17419254	22	2.0	24	84	11	64	50	2	8	39	1.44
17419357--17419408	20	2.7	18	82	14	59	44	7	11	36	1.70
17419357--17419417	20	3.1	18	76	21	52	40	8	11	39	1.71
17422069--17422253	41	4.5	41	84	2	210	33	22	21	22	1.97
17428772--17428989	115	1.9	115	83	3	287	35	20	20	23	1.96
17431445--17431487	19	2.3	18	84	15	52	23	23	11	41	1.87
17433746--17433808	10	6.4	10	78	10	67	82	0	15	1	0.74
17433746--17433806	17	3.5	18	80	6	72	81	0	16	1	0.76
17433746--17433802	16	3.4	17	87	4	71	82	0	15	1	0.75
17433744--17433803	18	3.4	17	80	17	61	83	0	15	1	0.73
17435040--17435254	44	4.8	45	72	6	177	27	22	25	24	2.00
17435040--17435266	89	2.6	89	89	0	337	28	22	25	24	1.99
17435428--17435645	115	1.9	115	83	3	287	35	20	20	23	1.96
17437077--17437136	31	2.0	30	83	9	77	26	0	1	71	0.95
17437165--17437211	8	6.1	8	82	7	62	31	0	0	68	0.90
17437165--17437211	15	3.1	15	81	3	58	31	0	0	68	0.90
17437598--17437639	13	3.2	13	80	9	50	38	9	7	45	1.64
17437976--17438042	35	1.9	35	90	0	107	46	8	7	37	1.64
17444231--17444257	14	1.9	14	100	0	54	37	22	14	25	1.93
17444274--17444390	43	2.7	43	87	0	153	27	20	23	29	1.99
17456248--17456312	30	2.2	30	88	5	96	18	21	38	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17462050--17462088	18	2.2	18	90	4	62	48	12	0	38	1.42
17463322--17463347	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
17473098--17473199	50	2.1	49	85	5	134	24	24	19	31	1.98
17473098--17473183	25	3.5	25	81	7	95	24	24	18	32	1.97
17473102--17473203	25	4.1	25	79	10	77	25	24	18	31	1.98
17480139--17480936	134	6.0	134	80	3	838	35	13	18	32	1.90
17481177--17481218	17	2.5	17	84	0	57	23	30	21	23	1.99
17493032--17493697	222	3.0	222	95	0	1215	37	16	9	36	1.82
17495901--17495944	22	2.0	22	82	8	54	50	11	9	29	1.69
17502238--17502306	36	1.9	35	91	2	111	24	21	13	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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