genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  86  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28120633--28120675	18	2.4	19	80	11	54	13	4	6	74	1.19
28132667--28132706	20	2.0	20	100	0	80	75	5	15	5	1.15
28133574--28133616	18	2.4	19	80	11	54	13	4	6	74	1.19
28136412--28136442	13	2.3	14	94	5	55	74	0	25	0	0.82
28137068--28137098	13	2.3	14	94	5	55	74	0	25	0	0.82
28136197--28137511	656	2.0	656	99	0	2614	45	7	18	29	1.76
28139694--28139747	21	2.7	19	75	16	56	35	11	1	51	1.48
28140435--28140999	126	4.5	124	83	3	652	30	17	21	29	1.96
28144172--28145330	22	54.0	21	76	8	917	25	0	29	44	1.59
28144172--28145330	43	27.0	42	78	8	1009	25	0	29	44	1.59
28144820--28144900	36	2.3	35	82	6	99	25	0	29	44	1.54
28144838--28144915	36	2.1	37	83	2	95	25	0	28	46	1.53
28144816--28144933	36	3.1	35	65	25	85	25	0	30	44	1.55
28145267--28145346	27	3.2	26	70	17	69	23	0	32	43	1.54
28145300--28145358	14	4.3	14	70	12	50	18	1	35	44	1.60
28145600--28145646	21	2.2	21	85	7	60	2	23	36	38	1.67
28147592--28147688	51	1.9	51	85	6	135	45	3	24	26	1.68
28147650--28147726	11	6.9	11	73	24	72	45	1	27	25	1.61
28147650--28147726	33	2.3	33	82	10	102	45	1	27	25	1.61
28150419--28150474	5	11.2	5	96	0	103	39	1	0	58	1.08
28151508--28151533	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
28153026--28153135	43	2.5	44	77	15	120	25	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28153767--28153818	19	2.7	19	93	0	95	36	9	15	38	1.80
28154248--28154276	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
28163927--28163968	7	6.0	7	81	18	52	69	0	16	14	1.20
28163927--28163968	21	2.0	21	86	9	59	69	0	16	14	1.20
28165266--28165672	44	9.2	45	75	6	348	32	17	21	28	1.96
28165245--28165672	88	4.8	89	87	2	578	31	17	21	28	1.97
28165245--28165723	265	1.8	265	82	5	619	31	17	21	28	1.96
28165803--28165900	44	2.2	45	88	1	144	31	14	26	27	1.95
28165891--28166108	44	5.1	43	67	14	130	30	19	22	27	1.98
28166547--28166583	19	2.0	19	89	5	58	27	48	18	5	1.70
28170631--28170927	23	12.7	23	80	2	333	24	14	20	40	1.90
28170631--28170927	47	6.4	46	84	1	333	24	14	20	40	1.90
28170631--28170928	70	4.3	70	80	3	330	25	14	20	39	1.90
28172523--28172582	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
28173721--28173777	20	2.8	20	81	0	78	43	10	10	35	1.74
28183113--28183391	27	10.3	27	84	3	319	44	19	17	17	1.87
28183113--28183393	81	3.5	81	85	2	352	44	19	18	18	1.87
28183572--28183643	26	2.8	26	84	0	90	19	22	19	38	1.93
28183743--28183808	33	2.0	33	85	5	89	24	24	21	30	1.99
28184168--28184208	15	2.7	15	85	7	57	65	2	0	31	1.05
28184168--28184208	14	2.9	14	85	3	55	65	2	0	31	1.05
28186674--28186844	42	4.0	42	85	4	254	32	21	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28186674--28186844	85	2.0	84	89	1	261	32	21	20	25	1.97
28194304--28194387	9	9.8	9	68	10	50	34	1	20	44	1.59
28194366--28194450	25	3.3	25	67	15	73	41	3	15	40	1.64
28197083--28197109	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
28197641--28197710	7	10.0	7	75	6	61	44	44	0	11	1.40
28198050--28198746	114	6.2	112	76	8	620	27	21	16	34	1.95
28198054--28198637	215	2.7	217	90	4	904	26	21	16	35	1.95
28201615--28201821	113	1.8	113	80	4	247	36	19	21	21	1.95
28201981--28202120	73	1.9	73	82	4	174	29	17	23	30	1.97
28201681--28202258	188	3.1	185	77	8	449	32	17	22	26	1.96
28202753--28202809	7	8.0	7	78	3	60	15	0	38	45	1.47
28202761--28202799	15	2.7	15	92	4	62	20	0	30	48	1.50
28206669--28206740	21	3.4	21	82	0	90	33	18	44	4	1.69
28207059--28207156	42	2.3	42	91	0	160	30	22	22	24	1.99
28207617--28207656	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
28208362--28208558	43	4.6	42	80	6	175	25	27	16	29	1.97
28208362--28208564	85	2.4	85	81	6	216	27	27	16	29	1.97
28212740--28212787	14	3.4	14	77	5	51	37	29	0	33	1.58
28212988--28213056	21	3.2	22	85	8	97	39	40	0	20	1.52
28213420--28213784	41	8.9	41	79	2	356	31	27	18	22	1.97
28213420--28213762	124	2.8	122	81	3	402	30	27	18	23	1.97
28216646--28216680	3	11.7	3	100	0	70	34	0	31	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28218900--28218946	10	4.4	10	80	15	58	21	31	0	46	1.51
28218903--28218961	11	5.4	11	77	18	52	22	35	1	40	1.64
28218900--28218961	22	2.8	22	81	15	67	20	33	1	43	1.62
28218961--28219039	30	2.7	30	98	2	151	41	3	3	50	1.38
28222907--28223197	125	2.3	125	92	0	483	27	20	19	32	1.97
28223395--28223462	7	9.4	8	76	23	53	47	33	0	19	1.50
28223395--28223462	14	4.8	14	77	16	77	47	33	0	19	1.50
28227021--28227067	1	47.0	1	95	0	76	95	4	0	0	0.25
28227022--28227068	24	2.0	24	100	0	94	93	6	0	0	0.34
28227024--28227065	22	1.9	22	100	0	84	95	4	0	0	0.28
28227023--28227066	23	1.9	23	100	0	88	95	4	0	0	0.27
28227020--28227067	25	1.9	25	100	0	96	93	6	0	0	0.34
28227016--28227075	27	2.2	27	93	0	102	86	13	0	0	0.57
28234475--28235447	486	2.0	486	99	0	1910	29	18	25	25	1.98
28237462--28237511	24	2.1	24	100	0	100	34	12	20	34	1.89
28238805--28238843	20	1.9	21	89	5	62	30	2	5	61	1.31
28239365--28239422	29	2.1	26	81	15	64	34	3	3	58	1.32
28240868--28240906	14	2.7	15	84	11	55	23	0	15	61	1.33
28241469--28241752	97	2.9	96	80	6	333	41	16	2	39	1.64
28241872--28242010	69	2.0	69	94	0	242	28	25	25	19	1.99
28243004--28243079	23	3.2	23	62	17	55	46	9	1	43	1.44
28242995--28243092	49	2.0	49	100	0	196	40	12	2	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28243002--28243082	26	3.2	26	63	16	71	44	8	1	45	1.42
28247463--28247495	17	2.0	17	88	5	50	15	6	12	66	1.42
28247731--28247762	15	2.1	15	100	0	64	15	6	43	34	1.72
28248343--28248534	41	4.7	41	88	0	276	36	27	18	16	1.93
28248343--28248558	82	2.6	82	84	2	245	37	26	18	18	1.93
28253765--28253809	3	15.0	3	80	0	54	60	2	4	33	1.29
28255685--28256059	132	2.8	132	86	2	529	24	24	21	29	1.99
28256663--28256770	54	2.0	54	100	0	216	24	18	11	46	1.81
28262922--28263216	145	2.0	145	96	0	536	29	23	15	30	1.96
28265959--28265998	17	2.4	16	87	4	53	42	10	5	42	1.60
28272200--28272244	3	15.0	3	80	0	54	60	2	4	33	1.29
28278957--28279003	15	3.1	15	81	9	51	51	12	2	34	1.52
28279032--28279063	13	2.5	13	94	0	55	56	15	9	18	1.66
28281402--28281483	42	2.0	42	90	4	130	18	40	12	29	1.87
28286143--28286260	61	1.9	61	100	0	236	33	15	27	24	1.95
28294094--28294127	17	2.0	17	94	0	59	32	0	20	47	1.51
28294011--28294298	91	3.1	91	77	16	297	29	2	21	46	1.63
28294010--28294298	68	4.1	69	80	16	285	29	2	22	46	1.63
28294035--28294209	40	4.1	41	77	14	167	29	1	21	48	1.60
28294153--28294190	17	2.2	17	95	0	67	28	2	15	52	1.56
28294177--28294338	28	5.9	28	79	10	129	30	3	22	44	1.68
28294010--28294298	23	12.4	23	78	16	269	29	2	22	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28294238--28294338	28	3.5	29	86	5	134	29	0	25	43	1.61
28297624--28297665	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
28297637--28297695	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
28297615--28297717	52	2.0	51	86	5	145	34	0	32	33	1.58
28297667--28297744	22	3.5	22	89	6	122	41	0	26	32	1.56
28299074--28299170	41	2.5	37	78	6	104	22	17	26	32	1.96
28299075--28299188	38	2.9	39	74	7	97	22	18	25	33	1.97
28300436--28300469	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
28301063--28301245	91	2.0	92	98	1	359	37	7	13	41	1.73
28310431--28315350	120	41.0	120	99	0	9733	25	31	14	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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