genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26178234--26178467	50	4.7	50	81	4	242	22	29	21	27	1.99
26181952--26182232	9	31.0	9	70	16	129	36	2	18	41	1.66
26181991--26182236	56	4.5	56	80	10	294	35	2	19	42	1.66
26182025--26182254	107	2.1	107	99	0	451	35	3	19	41	1.69
26184095--26184170	39	1.9	38	87	10	109	35	6	5	52	1.50
26184426--26184501	29	2.6	29	83	4	82	51	23	2	22	1.61
26184565--26184603	20	2.0	20	89	0	60	48	30	2	17	1.61
26184649--26184692	14	3.3	14	81	6	56	45	40	0	13	1.44
26185055--26185133	21	3.7	21	73	11	72	39	36	0	24	1.55
26185466--26185509	20	2.3	19	80	7	52	63	6	4	25	1.38
26185514--26185726	40	5.2	41	78	3	234	24	28	22	25	1.99
26185514--26185726	81	2.6	80	80	5	232	24	28	22	25	1.99
26208494--26208691	35	5.6	35	82	4	229	15	15	30	38	1.88
26222372--26222501	66	2.0	66	90	0	206	27	32	20	20	1.97
26226756--26227090	171	2.0	171	90	0	526	22	20	30	26	1.98
26229136--26229169	7	4.9	7	100	0	68	41	0	0	58	0.98
26231709--26231768	31	1.9	31	83	12	79	50	3	18	28	1.63
26236358--26236390	9	3.7	9	95	0	57	33	21	12	33	1.90
26239690--26240525	418	2.0	418	99	0	1647	35	17	13	33	1.89
26240462--26240645	80	2.4	80	78	15	208	39	9	5	45	1.61
26248813--26248844	15	2.1	15	94	0	55	50	0	6	43	1.27
26248835--26248887	26	2.0	26	85	7	72	67	0	7	24	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26250045--26250109	19	3.4	20	85	6	64	52	1	23	23	1.56
26258735--26258764	16	1.9	15	93	6	51	50	13	0	36	1.42
26270033--26270199	34	5.0	33	79	6	167	27	10	17	44	1.82
26270021--26270194	68	2.6	68	87	2	235	28	10	17	43	1.83
26270266--26270334	24	2.9	24	82	0	84	26	21	15	36	1.94
26271679--26271888	99	2.1	99	97	2	395	38	1	7	52	1.40
26271852--26271968	60	1.9	61	84	1	155	46	5	11	37	1.62
26274979--26275041	22	2.9	21	81	6	72	15	28	9	46	1.78
26276015--26276066	20	2.6	20	93	0	86	36	17	15	30	1.91
26278588--26278700	34	3.3	34	75	15	97	27	23	21	28	1.99
26278973--26279061	27	3.3	27	90	0	133	34	19	16	29	1.94
26279489--26279519	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
26279487--26279529	18	2.3	18	92	4	68	32	13	18	34	1.90
26279572--26279608	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
26283723--26283768	22	2.1	22	100	0	92	39	13	17	30	1.87
26288610--26288638	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
26294836--26294874	18	2.2	18	85	0	51	41	43	2	12	1.56
26295096--26295158	26	2.4	26	69	23	60	31	7	15	44	1.76
26295171--26295221	9	5.7	9	78	0	57	25	11	25	37	1.90
26295502--26295573	37	1.9	38	83	5	94	33	25	4	37	1.75
26295596--26295620	4	6.2	4	100	0	50	76	24	0	0	0.80
26295727--26295787	30	2.0	30	100	0	122	34	6	16	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26302637--26302690	25	2.2	25	93	0	90	40	12	33	12	1.82
26306209--26306362	72	2.1	73	87	4	222	53	9	1	35	1.44
26306916--26306974	27	2.2	27	93	0	100	33	0	0	66	0.92
26306916--26306981	27	2.5	27	85	2	71	34	0	0	65	0.93
26306924--26306981	27	2.1	27	87	0	80	31	0	0	68	0.89
26312222--26312490	52	5.0	53	70	19	168	27	11	9	51	1.69
26312282--26312404	55	2.3	52	78	9	133	27	9	7	55	1.59
26312254--26312393	26	5.2	27	68	10	81	27	10	7	53	1.63
26314703--26314742	20	2.0	20	85	14	55	32	0	17	50	1.47
26315039--26315089	26	2.0	26	88	7	77	15	19	25	39	1.91
26315096--26315156	25	2.6	23	73	5	59	21	29	16	32	1.95
26315100--26315240	72	1.9	73	81	9	173	18	25	19	36	1.94
26320104--26320260	29	5.1	30	71	10	111	24	17	8	49	1.75
26320523--26320575	27	2.0	27	82	14	65	41	1	3	52	1.30
26322900--26323013	42	2.7	42	82	4	122	19	27	25	28	1.99
26322929--26322989	21	2.9	21	75	0	59	21	31	24	22	1.98
26323229--26323277	21	2.3	21	82	6	64	12	30	26	30	1.92
26327454--26327512	19	3.2	18	72	9	55	40	1	10	47	1.47
26327436--26327512	38	2.0	39	97	2	147	44	2	11	41	1.55
26329321--26329361	21	2.0	21	85	9	57	24	29	24	21	1.99
26331902--26331989	35	2.5	35	83	5	117	37	13	21	27	1.91
26332453--26332645	82	2.4	82	85	4	241	30	15	23	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26335605--26335723	25	4.8	26	85	8	151	21	28	13	36	1.92
26336004--26336032	13	2.2	13	100	0	58	41	24	13	20	1.89
26354476--26354541	3	22.3	3	96	3	125	66	0	0	33	0.92
26357781--26358324	89	6.1	89	93	1	869	25	24	19	31	1.98
26357781--26358324	266	2.0	267	90	1	869	25	24	19	31	1.98
26361210--26361282	31	2.4	31	83	4	85	20	13	12	53	1.72
26366341--26366374	17	1.9	18	94	5	61	47	0	41	11	1.40
26367679--26367709	13	2.3	14	94	5	55	80	0	0	19	0.71
26370482--26370578	43	2.2	42	89	8	149	46	13	9	30	1.74
26375992--26376102	40	2.8	40	76	0	123	17	20	21	40	1.91
26376173--26376220	24	2.0	24	91	0	78	31	22	6	39	1.79
26376857--26376883	14	1.9	14	100	0	54	37	22	0	40	1.54
26378136--26378166	14	2.2	14	94	0	53	45	0	6	48	1.28
26381279--26381352	27	2.7	27	82	0	103	25	25	24	24	2.00
26381711--26381741	8	3.8	8	91	8	53	90	0	0	9	0.46
26381711--26381750	17	2.4	17	91	8	64	90	2	0	7	0.55
26381711--26381751	9	4.7	9	93	3	66	90	2	0	7	0.54
26381845--26381870	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
26383693--26383733	11	3.8	11	78	15	50	26	4	4	63	1.35
26383693--26383732	20	2.0	21	90	5	64	27	5	5	62	1.37
26383687--26383732	21	2.2	21	88	7	67	26	4	4	65	1.30
26383909--26384006	47	2.0	48	96	3	180	20	6	2	71	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26383918--26383984	15	4.3	15	70	20	57	20	4	1	73	1.09
26383920--26383999	25	3.3	25	73	16	96	20	5	2	72	1.15
26395614--26395802	41	4.7	41	79	3	179	20	17	26	34	1.95
26395608--26395838	41	5.8	39	79	5	162	20	17	26	34	1.95
26401708--26401750	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
26403836--26403870	17	2.1	16	89	5	52	60	8	8	22	1.54
26403907--26403943	18	2.0	19	85	15	51	70	8	2	18	1.25
26404218--26404272	18	3.2	18	74	10	60	52	7	3	36	1.47
26404274--26404328	20	2.6	22	88	8	87	63	3	0	32	1.12
26408231--26408274	18	2.4	18	81	11	54	47	9	15	27	1.76
26416545--26416624	29	2.8	28	81	12	92	65	1	2	31	1.14
26416545--26416624	20	4.1	20	67	22	53	65	1	2	31	1.14
26429988--26430050	25	2.6	25	75	14	69	3	22	9	65	1.37
26430063--26430096	10	3.1	11	84	16	52	52	8	2	35	1.47
26430945--26430970	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26441603--26441711	50	2.2	50	86	3	148	15	22	33	29	1.95
26447922--26447977	30	2.0	28	86	10	78	42	12	8	35	1.74
26454474--26454520	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
26454568--26454820	126	2.0	127	99	0	499	42	8	18	30	1.80
26456131--26456177	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
26459268--26459345	6	12.5	6	76	8	75	16	2	5	75	1.09
26462879--26462920	18	2.3	18	95	0	75	30	9	21	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26466631--26466893	85	3.1	85	84	0	355	29	19	17	33	1.95
26472081--26472135	5	11.0	5	100	0	110	40	0	0	60	0.97
26473096--26473197	22	4.3	25	85	6	108	16	26	20	36	1.94
26473099--26473157	25	2.4	24	91	0	73	18	23	20	37	1.94
26473096--26473205	47	2.3	48	80	16	131	17	25	20	37	1.94
26473910--26474025	54	2.1	54	82	3	135	29	21	23	25	1.99
26473945--26474074	27	4.8	27	77	0	98	26	22	24	26	2.00
26473919--26474091	81	2.1	81	80	0	184	26	21	23	27	1.99
26475882--26476030	19	7.8	19	90	0	244	38	8	14	38	1.77
26475882--26476037	38	4.2	38	96	1	280	39	8	14	37	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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