genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21125516--21125796	141	2.0	139	82	8	336	52	9	13	24	1.70
21126789--21126814	4	6.5	4	100	0	52	0	26	0	73	0.84
21129565--21129635	34	2.0	38	83	10	96	32	5	22	39	1.77
21141551--21141831	135	2.1	137	91	2	449	47	5	7	39	1.55
21141781--21142351	288	2.0	287	94	1	1009	33	12	16	37	1.86
21145016--21145160	75	1.9	75	85	0	200	31	13	10	44	1.78
21146285--21146427	51	2.8	53	82	10	188	23	16	28	31	1.96
21146653--21146684	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
21153351--21153467	51	2.3	50	86	1	162	33	33	15	17	1.92
21160592--21160636	22	2.0	22	100	0	90	42	8	31	17	1.80
21166279--21166319	17	2.4	17	95	0	73	36	19	24	19	1.95
21168542--21168570	13	2.1	14	93	6	51	20	3	13	62	1.46
21170397--21171428	536	1.9	541	82	6	1304	32	18	10	38	1.84
21186999--21187117	40	3.0	40	81	7	152	31	17	4	46	1.67
21187034--21187165	68	2.0	67	90	1	210	33	14	3	48	1.62
21188359--21188406	20	2.4	20	96	0	87	52	8	4	35	1.51
21190233--21190264	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
21194974--21195056	30	2.8	30	83	0	112	21	18	24	36	1.95
21195055--21195176	55	2.2	56	91	1	192	22	15	24	37	1.93
21198879--21199223	176	2.0	177	95	0	620	44	15	10	28	1.80
21202315--21202363	6	8.2	6	81	0	62	61	2	20	16	1.44
21202315--21202363	18	2.7	18	87	0	71	61	2	20	16	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21210664--21210709	12	3.8	12	78	18	51	41	0	2	56	1.11
21210663--21210772	37	3.0	38	75	19	101	40	1	3	53	1.29
21210664--21210740	11	6.9	11	72	21	54	40	1	2	55	1.22
21211779--21211823	22	2.0	22	83	8	56	33	2	0	64	1.06
21212155--21212182	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
21214309--21214343	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
21224732--21224852	49	2.6	46	84	4	134	26	16	27	29	1.97
21225086--21225111	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21232508--21232541	11	3.1	11	95	0	59	32	0	0	67	0.91
21236978--21237027	22	2.3	22	89	0	73	44	14	6	36	1.69
21237637--21237678	21	2.0	21	85	0	57	47	21	2	28	1.63
21241529--21241561	18	1.9	18	88	11	52	27	6	3	63	1.32
21242455--21242491	18	2.1	18	89	0	56	67	0	16	16	1.23
21245201--21245251	15	3.3	15	76	15	59	60	3	0	35	1.15
21245200--21245254	16	3.5	16	73	14	60	60	3	0	36	1.15
21255991--21256034	23	1.9	23	81	9	54	38	2	11	47	1.52
21266047--21266119	25	3.0	25	83	4	94	31	16	20	31	1.95
21266052--21266119	24	2.8	25	81	4	84	32	17	20	29	1.96
21266079--21266169	25	3.7	25	73	12	71	32	25	18	23	1.97
21273612--21273668	25	2.3	25	90	0	87	26	19	24	29	1.98
21273623--21273714	25	3.7	26	81	11	88	29	23	21	25	1.99
21274930--21274959	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21277929--21277996	26	2.6	27	76	15	72	48	0	1	50	1.10
21283153--21283245	45	2.1	44	88	6	134	34	27	5	32	1.80
21289644--21289695	24	2.1	25	82	10	63	48	5	0	46	1.26
21293498--21294035	49	11.0	49	99	0	1058	30	28	14	26	1.95
21295227--21295348	23	5.3	23	80	0	154	31	23	19	24	1.98
21295234--21295348	46	2.5	46	91	0	185	32	23	20	24	1.98
21302324--21302353	13	2.3	13	100	0	60	26	0	20	53	1.46
21324421--21324455	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21324620--21324709	43	2.0	45	82	4	112	37	28	6	26	1.82
21324690--21324758	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
21324690--21324758	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
21334052--21334082	12	2.6	12	100	0	62	35	32	25	6	1.82
21339304--21339342	10	3.8	10	82	3	51	76	0	10	12	1.01
21343936--21343994	31	1.9	31	89	0	91	30	15	16	37	1.90
21343956--21344048	40	2.3	40	82	8	127	32	18	16	33	1.93
21350304--21350360	29	1.9	30	89	3	89	29	22	26	21	1.99
21356613--21356686	35	2.1	35	100	0	148	44	16	21	17	1.86
21357467--21357501	6	5.8	6	100	0	70	68	17	0	14	1.21
21366006--21366039	9	3.8	9	92	0	59	0	50	0	50	1.00
21367171--21367260	38	2.4	38	92	0	144	41	12	22	24	1.88
21367247--21367282	19	1.9	19	94	5	65	41	0	22	36	1.54
21367371--21367480	47	2.3	47	82	0	139	26	12	21	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21374475--21374500	8	3.2	8	100	0	52	23	11	15	50	1.76
21379802--21379886	20	4.2	19	66	11	53	29	3	5	61	1.36
21379903--21379946	18	2.4	18	80	0	52	15	2	40	40	1.60
21381371--21381422	27	1.9	27	88	0	77	32	13	26	26	1.94
21383102--21383202	27	3.7	28	73	6	100	29	23	13	32	1.94
21387997--21388176	85	2.1	85	92	0	297	39	8	16	35	1.79
21390604--21391428	50	15.7	50	77	9	779	26	29	19	24	1.99
21390653--21391426	106	7.3	106	99	0	1539	26	29	19	24	1.99
21397095--21397135	21	1.9	22	90	5	66	73	0	19	7	1.07
21405692--21405885	89	2.2	89	96	3	354	54	11	2	31	1.47
21406320--21406358	16	2.4	16	91	0	60	41	0	23	35	1.55
21406849--21406933	44	1.9	44	90	0	134	36	8	5	49	1.57
21415145--21415197	14	3.9	13	75	7	52	18	9	1	69	1.25
21421776--21421813	15	2.6	15	84	15	53	5	0	39	55	1.23
21427458--21427514	19	2.8	20	78	14	64	31	1	7	59	1.34
21427954--21427979	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
21433324--21433356	7	4.7	7	85	14	50	72	0	15	12	1.12
21434699--21436511	132	13.7	132	94	0	2813	30	19	22	27	1.98
21438096--21438157	3	19.3	3	75	18	54	32	3	6	58	1.40
21438098--21438155	19	2.9	18	74	18	53	31	3	6	58	1.41
21438096--21438157	14	4.5	13	80	11	54	32	3	6	58	1.40
21438595--21438620	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21443405--21443542	71	1.9	71	92	0	231	28	7	13	49	1.71
21448086--21448127	22	2.0	21	90	4	66	33	0	11	54	1.37
21448091--21448135	21	2.1	22	87	4	65	35	0	11	53	1.37
21460799--21460823	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21464543--21464611	29	2.4	29	87	0	93	30	17	14	37	1.90
21465096--21465129	16	2.0	18	88	11	54	11	35	32	20	1.89
21465096--21465136	17	2.3	18	80	16	50	12	36	31	19	1.89
21472524--21472609	43	2.0	43	100	0	172	41	13	16	27	1.86
21473098--21473422	30	10.8	29	82	8	357	42	15	6	35	1.73
21473130--21473422	60	4.9	60	84	5	405	42	15	6	35	1.73
21473098--21473422	90	3.6	90	83	3	393	42	15	6	35	1.73
21477067--21477192	33	3.8	33	80	4	130	18	19	15	46	1.85
21479635--21479741	55	1.9	55	86	3	153	29	10	26	33	1.89
21489921--21489973	25	2.2	24	89	3	79	37	24	22	15	1.92
21495940--21495987	19	2.4	21	76	16	57	22	31	8	37	1.84
21498904--21498948	16	2.8	16	79	3	54	66	8	2	22	1.30
21507254--21507320	20	3.4	19	75	8	62	29	22	35	11	1.90
21519584--21519640	3	18.7	3	81	3	51	54	1	7	36	1.38
21521467--21521496	12	2.5	12	94	0	51	3	40	26	30	1.72
21526244--21526272	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
21526624--21526655	15	2.1	15	94	0	55	12	0	9	78	0.97
21526626--21526668	13	3.2	13	86	6	50	11	2	9	76	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21532369--21532400	15	2.1	15	100	0	64	56	6	6	31	1.49
21535564--21535625	24	2.6	24	75	10	72	17	24	20	37	1.94
21539821--21539868	19	2.5	20	86	3	62	43	22	25	8	1.81
21540763--21540808	11	4.4	10	81	10	56	36	8	0	54	1.32
21541185--21541215	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
21545200--21545260	14	4.4	14	73	8	52	18	18	8	55	1.66
21545321--21545357	14	2.4	16	78	17	51	43	0	2	54	1.14
21545316--21545517	51	3.9	51	96	0	350	42	0	8	48	1.34
21550989--21551084	15	6.5	15	80	13	119	38	0	9	52	1.34
21550995--21551075	29	2.8	29	100	0	162	38	0	9	51	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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