genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22185743--22185823	19	4.3	19	75	9	76	25	6	3	64	1.34
22188653--22188703	24	2.0	26	82	17	63	41	5	27	25	1.78
22189526--22189593	21	3.3	21	68	15	61	32	5	20	41	1.76
22189490--22189593	40	2.6	40	84	1	129	32	5	21	40	1.77
22189798--22189884	45	1.9	45	90	0	138	26	17	13	42	1.86
22189793--22190034	39	6.1	39	70	21	153	22	17	17	42	1.89
22189938--22190001	33	1.9	33	96	0	119	20	15	23	40	1.90
22189854--22190087	117	2.0	116	88	2	344	20	16	20	42	1.89
22189843--22190093	39	6.3	39	73	16	201	21	16	19	42	1.89
22190070--22190112	22	1.9	23	85	4	61	23	9	13	53	1.69
22194705--22194734	13	2.3	13	94	0	51	40	23	0	36	1.55
22202846--22202885	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
22202834--22202900	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
22202869--22202908	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
22203296--22203345	25	2.0	25	100	0	100	40	8	4	48	1.51
22204431--22204486	11	5.2	11	76	4	60	67	10	1	19	1.29
22204431--22204486	22	2.6	21	82	2	67	67	10	1	19	1.29
22205878--22205910	17	1.9	17	88	11	50	57	0	3	39	1.14
22205944--22206001	3	19.3	3	78	0	53	60	6	1	31	1.33
22205925--22205959	18	1.9	18	88	11	54	62	8	0	28	1.24
22205955--22206003	18	2.7	18	80	0	62	57	6	4	32	1.42
22205944--22205999	15	3.7	15	78	4	60	60	7	1	30	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22207376--22207402	5	5.4	5	100	0	54	22	18	18	40	1.91
22208563--22209431	100	8.7	100	83	3	998	22	19	23	34	1.97
22208563--22209427	50	17.3	50	71	5	548	22	19	23	34	1.97
22209471--22210024	44	12.0	44	67	19	249	27	21	19	31	1.97
22209471--22209975	142	3.6	141	92	1	795	27	21	18	32	1.97
22212194--22212222	13	2.3	13	94	5	51	0	17	0	82	0.66
22212201--22212291	46	2.0	47	86	6	132	8	8	6	75	1.18
22217361--22217393	17	1.9	17	88	11	50	57	0	3	39	1.14
22217427--22217484	3	19.3	3	78	0	53	60	6	1	31	1.33
22217408--22217442	18	1.9	18	88	11	54	62	8	0	28	1.24
22217438--22217486	18	2.7	18	80	0	62	57	6	4	32	1.42
22217427--22217482	15	3.7	15	78	4	60	60	7	1	30	1.33
22223305--22223347	18	2.4	18	84	7	52	69	4	2	23	1.18
22226593--22226638	15	3.0	16	76	23	62	56	26	6	10	1.58
22230056--22230203	46	3.2	46	80	8	133	54	2	6	35	1.41
22230069--22230268	45	4.4	45	76	9	165	56	4	5	34	1.41
22231536--22231566	8	3.8	8	91	8	53	80	9	0	9	0.90
22231535--22231573	9	4.4	9	90	6	62	79	7	2	10	1.02
22231593--22231639	5	8.8	5	88	9	58	80	0	17	2	0.80
22231591--22231641	23	2.3	21	90	6	75	78	0	19	1	0.85
22231598--22231641	6	7.8	6	89	5	58	79	0	20	0	0.73
22231591--22231641	11	4.6	11	83	9	68	78	0	19	1	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22233873--22234198	44	7.4	43	73	7	183	31	21	19	27	1.98
22233968--22234163	45	4.4	45	83	2	191	29	19	21	29	1.98
22234273--22234821	44	12.5	44	73	7	305	30	19	22	28	1.98
22234060--22234389	173	1.9	174	85	1	457	28	19	24	27	1.99
22234243--22234526	133	2.1	133	95	0	505	28	18	26	26	1.98
22234091--22234873	306	2.6	307	86	2	1040	29	19	23	27	1.98
22236282--22236332	24	2.2	24	86	10	70	31	3	7	56	1.46
22236387--22236518	45	2.9	45	81	9	160	36	6	2	54	1.40
22236416--22236482	13	5.7	12	73	21	61	37	8	1	52	1.42
22236413--22236586	70	2.5	69	81	6	194	37	6	2	53	1.40
22236360--22236608	24	10.7	24	74	15	173	35	6	4	53	1.45
22236674--22237317	44	14.9	43	71	7	284	29	20	22	27	1.98
22236678--22237129	173	2.6	173	84	2	550	30	20	22	26	1.98
22237010--22237260	132	1.9	130	83	6	326	33	18	19	28	1.96
22238721--22238771	24	2.2	24	86	10	70	31	3	7	56	1.46
22238826--22238957	45	2.9	45	83	7	160	37	6	2	53	1.40
22238855--22238934	12	7.1	12	70	23	66	38	8	1	51	1.41
22238850--22238969	46	2.6	45	84	5	125	35	7	2	54	1.42
22238799--22239047	24	10.7	24	73	16	157	36	6	4	53	1.45
22239360--22239392	12	2.5	14	80	19	52	33	0	6	60	1.21
22239360--22239393	13	2.6	13	86	13	52	32	0	5	61	1.20
22239370--22239412	22	2.0	22	81	9	52	23	2	6	67	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22242277--22242320	16	2.7	16	82	3	52	25	15	20	38	1.92
22242366--22242437	17	4.2	17	80	0	63	33	25	19	22	1.97
22242400--22242449	17	2.9	17	84	0	64	30	18	20	32	1.96
22242552--22242593	17	2.3	18	80	12	50	26	19	14	40	1.89
22242559--22242594	17	2.1	17	89	0	54	22	22	19	36	1.95
22243793--22243833	18	2.3	18	95	0	73	9	12	36	41	1.76
22247481--22247554	25	3.0	25	77	0	67	21	31	14	32	1.94
22250757--22250787	16	1.9	16	93	0	53	35	19	12	32	1.90
22253743--22253787	23	2.0	23	100	0	90	17	22	26	33	1.96
22255242--22255282	13	3.2	13	77	19	50	26	21	0	51	1.48
22255398--22255533	37	3.5	38	79	9	123	35	25	15	24	1.94
22255398--22255533	40	3.5	39	78	10	152	35	25	15	24	1.94
22256347--22256412	10	6.2	10	74	17	53	6	19	3	71	1.21
22256410--22256460	13	3.9	14	78	17	56	33	3	0	62	1.13
22256410--22256461	25	2.1	25	85	7	70	32	3	0	63	1.12
22262313--22262376	30	2.1	30	100	0	128	31	10	28	29	1.91
22265062--22265122	22	2.7	23	87	7	90	55	1	1	40	1.19
22265096--22265134	16	2.4	16	86	0	51	51	2	7	38	1.44
22265105--22265137	16	2.1	16	94	0	57	45	0	9	45	1.35
22265126--22265268	68	2.1	68	90	2	236	41	5	8	44	1.58
22265334--22265384	25	2.0	27	88	7	79	60	1	0	37	1.08
22266499--22266536	19	2.1	19	85	5	51	71	0	0	28	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22271491--22271555	29	2.2	29	83	5	78	56	7	1	33	1.37
22276360--22276539	77	2.3	78	96	1	328	31	26	18	23	1.98
22276943--22276974	15	2.2	15	94	5	57	31	3	0	65	1.08
22279406--22279443	19	2.0	20	84	5	51	44	13	5	36	1.66
22280553--22280585	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
22284707--22284748	18	2.3	18	88	8	59	23	52	4	19	1.65
22288762--22288818	22	2.6	22	88	5	80	52	26	0	21	1.47
22289327--22289373	18	2.6	18	86	6	60	31	0	4	63	1.13
22296764--22296819	3	18.7	3	84	0	58	57	1	7	33	1.37
22300617--22300654	6	6.5	6	90	3	60	18	18	18	44	1.87
22301139--22301177	13	3.0	13	88	0	60	35	23	5	35	1.77
22302715--22302739	13	1.9	13	100	0	50	60	0	16	24	1.36
22305268--22305304	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
22305359--22305389	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
22315661--22315687	11	2.5	11	100	0	54	85	7	0	7	0.75
22318278--22318310	17	1.9	17	93	0	57	30	24	12	33	1.91
22323219--22323344	66	1.9	65	85	4	173	26	26	20	26	1.99
22324944--22325053	27	4.1	26	77	4	103	27	22	14	35	1.93
22326207--22326264	29	2.0	29	100	0	116	27	31	17	24	1.97
22332954--22332997	21	2.1	21	95	0	79	52	13	6	27	1.66
22335541--22335603	11	5.5	11	81	7	63	22	22	0	55	1.44
22335551--22335601	17	2.9	18	78	16	54	21	23	0	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22335549--22335604	23	2.4	23	80	8	69	19	25	0	55	1.43
22338894--22338960	25	2.7	25	86	9	100	26	19	22	31	1.98
22341052--22341096	24	1.9	23	82	13	56	33	13	6	46	1.69
22347196--22347239	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
22354800--22354829	12	2.5	12	94	0	51	16	20	33	30	1.94
22356943--22357006	21	2.8	23	83	11	87	10	20	21	46	1.81
22362109--22362218	45	2.6	41	77	9	107	31	5	29	33	1.80
22363730--22364571	35	24.1	35	100	0	1684	37	34	2	25	1.71
22366362--22366403	13	2.9	14	82	13	50	42	2	0	54	1.13
22372545--22372582	10	3.7	10	86	6	58	42	0	0	57	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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