genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8616084--8616126	14	3.2	14	80	9	54	16	11	39	32	1.84
8618288--8618337	22	2.3	22	86	6	66	74	0	2	24	0.93
8618288--8618350	20	3.1	20	79	6	65	73	0	1	25	0.93
8621027--8621081	1	55.0	1	100	0	110	100	0	0	0	0.00
8629190--8629228	19	2.0	20	85	14	55	35	12	5	46	1.65
8629524--8629572	24	2.0	24	100	0	98	34	16	8	40	1.78
8630118--8630210	46	2.0	47	97	2	179	32	4	6	56	1.44
8645480--8645512	11	3.1	11	91	4	50	0	51	48	0	1.00
8645529--8645599	19	3.6	19	76	14	81	36	2	0	60	1.11
8645531--8645646	42	2.8	42	90	3	175	35	2	0	62	1.09
8645621--8645684	11	6.1	10	77	13	58	45	1	0	53	1.10
8645562--8645684	52	2.4	53	86	6	171	38	1	0	60	1.07
8645531--8645682	42	3.7	41	86	7	139	37	2	0	59	1.11
8647324--8647351	14	2.0	14	100	0	56	21	7	28	42	1.79
8653773--8653914	30	4.7	30	75	3	124	9	26	30	33	1.88
8653773--8653913	60	2.3	60	79	0	156	9	26	29	34	1.88
8654613--8655077	105	4.5	102	77	7	357	29	19	18	33	1.95
8654613--8655087	104	4.5	102	77	10	374	28	19	18	34	1.95
8656836--8656903	24	2.8	25	93	6	122	17	17	33	30	1.94
8657171--8657255	30	2.8	30	83	0	107	15	25	28	30	1.96
8657216--8657293	30	2.6	30	83	0	84	19	23	26	30	1.98
8661798--8661919	65	2.0	60	87	8	172	54	4	6	33	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8662499--8662539	18	2.3	18	100	0	82	9	60	4	24	1.47
8697338--8697367	15	2.0	15	93	0	51	20	16	33	30	1.94
8702544--8702590	19	2.5	18	83	10	58	14	12	17	55	1.70
8708367--8708409	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
8713325--8713355	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
8714613--8714662	6	8.2	6	84	4	55	18	6	12	64	1.47
8716173--8716230	9	6.4	9	87	0	89	43	24	8	24	1.82
8716173--8716230	27	2.1	27	96	0	107	43	24	8	24	1.82
8716333--8716370	13	2.9	13	100	0	76	13	0	47	39	1.42
8716897--8716956	27	2.2	27	90	0	93	41	5	10	43	1.60
8719342--8719399	30	2.0	29	83	10	73	72	0	10	17	1.11
8720824--8721187	44	7.9	44	69	13	194	32	18	14	34	1.91
8720900--8721138	95	2.5	95	97	0	442	33	17	13	35	1.89
8730477--8730517	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
8734446--8734506	9	6.8	9	77	7	61	57	3	9	29	1.47
8734434--8734509	27	2.7	29	84	10	86	56	3	7	31	1.46
8734458--8734518	12	5.1	12	77	0	68	55	0	11	32	1.36
8735885--8735955	21	3.4	21	76	3	72	39	14	28	18	1.89
8735858--8735982	42	3.0	42	82	4	137	42	16	23	17	1.89
8735920--8735970	21	2.4	21	76	0	57	43	19	23	13	1.87
8740318--8740436	41	2.9	41	86	5	152	34	26	19	20	1.96
8747430--8747527	40	2.5	41	75	8	98	30	25	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8748850--8748931	42	2.0	42	85	4	112	43	14	21	19	1.87
8756381--8756406	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
8767140--8767256	58	2.0	58	100	0	234	25	22	13	38	1.91
8771543--8771590	15	3.1	15	84	3	60	50	50	0	0	1.00
8771555--8771590	5	7.2	5	96	0	54	47	52	0	0	1.00
8772041--8772338	144	2.1	144	97	0	569	45	6	6	41	1.55
8774465--8774491	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
8778904--8779046	69	2.1	70	94	1	252	31	17	9	41	1.82
8780569--8780610	16	2.5	17	84	7	50	66	0	7	26	1.17
8782299--8782423	58	2.2	58	75	5	128	53	11	13	21	1.70
8783934--8783989	20	2.8	20	83	0	67	23	28	10	37	1.88
8785515--8785559	22	2.1	22	88	12	67	60	13	2	24	1.45
8793538--8793586	22	2.2	22	78	7	55	38	2	2	57	1.22
8793569--8793713	72	2.0	73	98	1	283	38	6	12	42	1.70
8795559--8795592	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
8795590--8795620	16	1.9	16	93	0	53	45	3	9	41	1.53
8801258--8801291	6	5.7	6	92	0	50	41	8	14	35	1.77
8801258--8801291	12	2.8	12	90	0	59	41	8	14	35	1.77
8807566--8807612	18	2.6	18	74	16	51	55	0	0	44	0.99
8808942--8809328	193	2.0	194	99	0	767	33	10	11	44	1.75
8817690--8817841	76	2.0	76	94	1	270	27	13	8	50	1.71
8823981--8824021	16	2.5	17	84	4	57	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8824566--8824599	12	2.9	12	91	4	52	23	0	11	64	1.26
8824516--8824891	165	2.3	165	98	0	727	28	0	13	56	1.41
8824731--8824764	12	2.9	12	91	4	52	23	0	11	64	1.26
8824879--8824943	16	4.0	16	77	16	62	29	1	1	67	1.09
8824880--8824916	16	2.2	16	95	4	65	27	0	0	72	0.84
8824887--8824932	23	2.1	21	84	8	56	30	2	0	67	1.03
8827172--8827467	76	3.9	76	85	4	411	26	8	13	51	1.70
8827172--8827467	150	2.0	150	85	7	404	26	8	13	51	1.70
8828673--8828745	38	1.9	38	88	0	110	31	26	19	23	1.98
8830485--8830539	19	3.0	19	73	5	51	60	16	0	23	1.36
8846976--8847011	6	6.0	6	100	0	72	50	16	0	33	1.46
8849570--8849632	21	3.0	21	79	4	65	61	4	4	28	1.36
8849539--8849752	105	2.0	106	99	0	421	53	5	7	33	1.51
8849675--8849737	21	3.0	21	79	4	65	61	4	4	28	1.36
8849890--8849941	21	2.4	21	83	6	68	42	5	3	48	1.45
8851135--8851202	24	2.8	24	72	24	79	50	5	1	42	1.35
8854006--8854037	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
8854288--8854333	3	14.7	3	91	8	74	65	0	2	32	1.05
8854857--8854890	11	2.8	13	91	8	54	44	11	8	35	1.72
8864670--8865221	275	2.0	275	99	0	1086	43	15	8	32	1.76
8877417--8877442	3	8.7	3	100	0	52	0	34	30	34	1.58
8905904--8906251	172	2.0	173	93	1	599	29	9	13	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8914685--8914726	22	1.9	22	85	0	57	38	2	16	42	1.61
8917341--8917381	16	2.5	17	78	21	52	65	9	0	24	1.22
8919717--8919994	108	2.6	107	83	6	327	32	23	17	26	1.97
8921888--8921923	17	2.2	16	90	5	54	58	0	16	25	1.38
8922231--8922330	41	2.6	37	73	6	92	22	20	30	28	1.98
8923672--8923823	76	2.0	76	98	0	295	41	11	13	32	1.81
8924274--8924580	67	4.6	67	84	1	337	37	17	22	23	1.94
8924273--8924580	134	2.3	134	83	4	381	37	17	22	23	1.94
8925428--8925460	9	3.8	9	92	4	50	18	3	0	78	0.87
8926388--8926441	25	2.1	26	89	3	83	29	1	7	61	1.34
8930737--8930799	29	2.1	29	88	2	90	53	14	7	23	1.66
8931373--8931451	12	6.4	12	70	20	56	69	1	26	2	1.09
8932007--8932042	18	2.0	18	94	0	63	41	0	16	41	1.48
8935062--8935102	21	1.9	21	85	5	55	29	36	24	9	1.87
8937534--8937565	16	2.0	16	93	0	55	25	21	31	21	1.98
8937571--8937665	44	2.2	44	84	3	120	32	18	31	16	1.94
8939829--8939895	34	2.0	34	96	0	125	37	19	8	34	1.83
8943253--8943324	35	2.0	37	94	5	130	40	25	2	31	1.70
8952152--8952204	17	3.4	17	65	20	51	37	11	7	43	1.69
8952152--8952213	30	2.1	30	100	0	124	35	12	6	45	1.68
8957460--8957538	29	2.7	29	82	2	86	37	15	26	20	1.92
8957555--8957650	44	2.2	44	88	0	138	30	20	33	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8959999--8960055	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
8960458--8960495	18	2.1	18	95	0	67	39	10	26	23	1.87
8962248--8962316	30	2.3	30	89	0	102	39	0	24	36	1.56
8971952--8972020	30	2.3	30	89	0	102	39	0	24	36	1.56
8974966--8975078	26	4.4	25	75	10	95	61	5	6	27	1.42
8975008--8975228	26	7.9	27	67	16	96	59	5	5	29	1.42
8975277--8975361	25	3.3	25	74	19	77	65	2	5	25	1.27
8975887--8975917	12	2.6	12	100	0	62	25	51	16	6	1.68
8976923--8976961	19	2.1	19	85	9	53	61	5	2	30	1.31
8979148--8979174	11	2.5	11	100	0	54	62	0	18	18	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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