genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46006518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  141  ( 16825 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24380229--24380409	81	2.2	81	87	4	260	19	17	22	40	1.91
24383817--24384030	27	7.9	27	82	3	234	20	15	19	44	1.86
24383817--24384043	81	2.8	81	82	5	280	20	15	18	45	1.85
24401812--24401872	30	2.0	30	93	0	104	16	44	24	14	1.85
24402500--24402525	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
24402594--24403151	114	4.9	114	88	2	748	24	22	26	25	2.00
24403399--24403429	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
24403454--24404986	146	10.4	146	96	1	2791	42	12	17	27	1.86
24409560--24409821	43	6.1	43	80	7	221	23	17	28	30	1.97
24410912--24410974	22	2.7	23	87	7	83	26	11	1	60	1.40
24411873--24411906	9	3.8	9	84	0	50	73	11	2	11	1.20
24413518--24413557	21	1.9	21	90	10	64	30	40	22	7	1.81
24413654--24413706	23	2.2	24	77	9	56	47	11	20	20	1.81
24414389--24414418	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
24417019--24417061	21	2.0	21	95	0	77	25	30	13	30	1.94
24422631--24422679	24	2.0	24	100	0	98	36	20	8	34	1.82
24432398--24432578	45	4.0	45	100	0	362	49	11	17	22	1.78
24436748--24436787	21	1.9	21	100	0	80	40	2	15	42	1.60
24439442--24439481	21	1.9	21	85	10	55	32	5	15	47	1.66
24443890--24443915	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
24446044--24446070	11	2.5	11	100	0	54	29	37	7	25	1.83
24458425--24458470	12	3.8	12	77	11	58	34	0	2	63	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24458425--24458468	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
24458426--24458479	24	2.3	25	81	12	69	37	0	3	59	1.15
24467848--24467964	25	4.7	24	71	9	83	35	17	26	20	1.95
24467812--24467999	25	7.7	24	68	12	78	35	18	26	20	1.95
24475549--24475734	50	3.8	49	75	11	168	35	19	25	19	1.95
24475549--24475734	25	7.6	25	75	8	123	35	19	25	19	1.95
24479148--24479185	18	2.1	19	90	5	60	73	0	23	2	0.95
24490283--24490447	74	2.2	75	89	2	242	25	20	24	29	1.99
24491363--24491461	47	2.1	48	96	1	182	46	7	0	46	1.30
24491974--24492035	24	2.5	25	97	2	117	53	0	3	43	1.17
24493917--24493950	12	2.8	12	86	0	50	47	14	8	29	1.75
24493941--24494070	54	2.4	55	76	11	151	45	20	5	29	1.73
24493942--24494021	25	3.4	24	70	16	69	47	20	5	27	1.70
24493993--24494097	34	3.2	32	75	16	101	42	22	3	30	1.71
24496552--24496778	43	5.3	43	83	2	276	28	19	26	25	1.99
24506981--24507017	16	2.3	16	100	0	74	56	16	8	18	1.64
24516355--24516550	103	1.9	103	97	2	376	27	23	13	35	1.93
24528828--24528904	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
24528844--24528883	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
24528832--24528898	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
24529600--24529647	25	1.9	25	95	0	87	31	8	16	43	1.78
24537093--24537224	37	3.6	37	82	3	160	15	10	32	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24539931--24540038	31	3.3	31	69	18	101	50	3	4	40	1.40
24539886--24540052	68	2.5	68	97	0	316	50	4	4	40	1.41
24540483--24540537	9	5.9	9	76	6	56	36	1	3	58	1.26
24540483--24540537	19	2.9	18	81	7	74	36	1	3	58	1.26
24541629--24541657	14	2.0	15	93	6	51	68	13	6	10	1.37
24541319--24542063	372	2.0	372	100	0	1490	33	16	12	36	1.87
24542001--24542029	14	2.0	15	93	6	51	68	13	6	10	1.37
24546730--24546798	22	3.2	22	68	4	59	37	24	20	17	1.93
24546696--24546803	43	2.5	43	90	0	171	36	22	20	21	1.96
24546706--24546776	21	3.3	21	70	3	70	33	25	19	21	1.97
24546735--24546892	40	3.9	41	76	9	146	38	18	18	24	1.93
24546818--24546884	20	3.3	20	63	0	53	32	17	20	28	1.96
24546830--24546891	20	3.1	20	64	0	52	37	19	17	25	1.94
24547115--24547158	20	2.1	21	91	4	72	40	22	4	31	1.74
24553369--24553674	44	6.9	43	74	8	224	31	17	20	30	1.96
24553415--24553677	137	1.9	136	89	0	409	32	17	20	29	1.96
24553418--24553704	44	6.4	44	73	7	202	31	17	20	31	1.96
24553461--24553704	88	2.7	89	75	4	231	31	17	19	30	1.95
24555195--24555267	22	3.2	22	80	9	67	30	2	5	61	1.32
24555566--24555590	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
24555617--24555742	56	2.2	56	94	1	216	21	13	0	65	1.27
24555642--24555763	56	2.2	55	83	5	138	24	13	0	62	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24566650--24566950	44	6.7	45	75	7	220	31	17	21	29	1.97
24568475--24568525	3	16.7	3	76	11	50	29	1	5	62	1.29
24568466--24568529	28	2.4	27	84	7	85	31	1	4	62	1.25
24577206--24577240	17	2.1	17	100	0	70	34	11	14	40	1.82
24578510--24578546	14	2.7	15	84	16	53	16	10	0	72	1.10
24580140--24580177	16	2.3	17	86	4	51	57	21	0	21	1.40
24585255--24585317	23	2.7	22	80	4	72	25	20	15	38	1.92
24586693--24586768	23	3.3	23	88	0	116	38	14	18	28	1.90
24586669--24586770	46	2.2	46	85	0	132	36	14	20	28	1.92
24586669--24586770	23	4.4	23	81	0	114	36	14	20	28	1.92
24591183--24591208	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
24596867--24596896	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
24598993--24599092	42	2.4	42	84	0	119	40	17	24	19	1.91
24604562--24604661	42	2.4	42	84	0	119	37	18	28	17	1.92
24618067--24618121	19	2.9	19	71	10	58	63	1	1	32	1.15
24618110--24618188	29	2.7	30	77	11	85	54	2	10	32	1.47
24620123--24620473	88	4.0	86	74	9	336	29	21	17	31	1.96
24620123--24620261	46	3.1	46	78	8	178	28	20	16	33	1.95
24620183--24620564	173	2.2	174	89	1	579	29	20	17	31	1.96
24620487--24620606	44	2.7	44	77	0	123	27	23	19	30	1.98
24622752--24622784	10	3.4	10	87	4	50	6	15	0	78	0.93
24623541--24623606	25	2.6	25	83	9	71	57	6	15	21	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24626753--24626831	29	2.7	30	77	11	85	54	2	10	32	1.47
24626663--24627045	191	2.0	192	97	0	732	55	6	8	30	1.53
24649310--24649353	3	14.7	3	100	0	88	0	0	31	68	0.90
24650592--24650935	148	2.3	150	87	5	487	41	11	4	42	1.60
24662729--24662757	11	2.6	11	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24662701--24662746	19	2.4	18	85	7	65	60	2	0	36	1.09
24662710--24662783	30	2.4	30	79	4	76	63	0	0	36	0.95
24663102--24663138	20	2.0	20	89	10	60	35	0	18	45	1.50
24663637--24663693	23	2.4	24	80	19	66	56	5	3	35	1.39
24665948--24665993	24	1.9	24	86	0	65	52	6	13	28	1.65
24667184--24668762	496	3.2	491	78	6	1454	37	12	11	37	1.80
24674581--24674662	30	2.7	29	87	7	119	34	24	20	20	1.97
24674772--24675019	61	4.1	61	85	1	327	39	25	16	18	1.91
24674903--24675003	29	3.4	29	70	12	87	38	29	13	17	1.89
24674928--24675019	32	3.0	30	70	9	96	41	28	16	14	1.87
24680794--24680911	44	2.7	43	74	16	109	29	26	16	27	1.97
24692338--24692397	21	2.7	23	71	5	61	45	23	16	15	1.85
24697640--24697685	15	2.9	16	77	9	58	32	0	0	67	0.91
24697656--24697705	25	2.0	25	88	7	75	36	0	0	64	0.94
24702643--24702991	43	8.2	43	85	2	416	24	24	20	30	1.98
24702641--24702955	128	2.4	128	85	2	416	25	24	20	30	1.99
24702647--24702983	171	2.0	171	82	2	417	23	24	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24703280--24703439	87	1.8	87	85	2	223	14	26	17	41	1.88
24705744--24706592	44	19.5	44	89	7	1229	32	2	16	48	1.59
24706403--24706502	16	6.6	16	64	23	54	27	2	20	51	1.58
24706375--24706658	25	11.0	25	67	18	79	30	2	18	49	1.59
24706401--24706684	9	32.6	9	64	22	65	30	1	18	49	1.57
24706498--24706567	21	3.2	21	71	15	70	31	1	15	51	1.53
24706549--24706582	16	2.1	16	88	0	50	32	0	14	52	1.42
24706622--24706752	41	3.0	44	77	17	137	32	1	15	51	1.53
24706694--24706739	8	6.2	8	80	19	64	26	0	15	58	1.37
24706638--24706731	20	4.7	20	83	8	129	30	1	14	53	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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