genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2153547--2153578	17	1.9	17	93	6	57	25	0	0	75	0.81
2155642--2155744	54	1.9	54	88	4	154	42	16	19	21	1.89
2166186--2166252	12	5.6	12	73	16	59	49	0	1	49	1.10
2166575--2166614	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2168480--2168508	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
2168957--2169032	15	4.8	16	65	18	50	44	1	2	51	1.23
2169084--2169132	11	4.5	11	78	14	57	40	0	0	59	0.98
2169084--2169132	21	2.3	21	82	0	62	40	0	0	59	0.98
2169265--2169339	37	2.0	37	97	0	141	42	13	12	32	1.80
2169334--2169366	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
2178263--2178342	39	2.1	39	85	4	108	38	10	10	41	1.72
2183370--2183401	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2186853--2186913	24	2.7	22	76	18	63	55	0	1	42	1.09
2186860--2186904	24	1.9	23	86	13	65	48	0	2	48	1.13
2187702--2187751	10	5.3	10	76	11	52	22	2	2	74	1.03
2187863--2187894	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2203614--2203655	17	2.7	15	85	10	50	54	0	2	42	1.13
2206599--2206638	16	2.5	16	91	0	62	62	0	0	37	0.95
2206600--2206656	10	5.8	10	75	23	50	59	0	0	40	0.97
2206619--2206662	17	2.5	17	81	3	52	56	2	0	40	1.11
2212278--2212308	15	2.1	15	100	0	62	25	19	12	41	1.87
2213535--2213559	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232093--2232130	4	9.8	4	94	5	69	0	21	0	78	0.74
2238052--2238114	27	2.4	26	80	12	67	52	1	3	42	1.27
2238150--2238203	25	2.2	25	82	0	63	57	9	1	31	1.41
2238150--2238224	25	2.8	25	72	20	62	57	9	1	32	1.39
2238147--2238237	29	3.2	28	75	9	71	59	8	2	29	1.40
2246258--2246285	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2250834--2250878	21	2.1	22	87	4	65	57	0	11	31	1.33
2250850--2250885	17	2.1	18	89	5	56	52	0	11	36	1.37
2254681--2254719	18	2.1	19	85	4	53	53	0	0	46	1.00
2254609--2254714	30	3.7	29	71	10	76	52	0	0	46	1.06
2254820--2254854	18	1.9	18	94	0	61	74	0	14	11	1.08
2255755--2255782	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2264180--2264241	3	20.3	3	80	3	70	1	37	1	59	1.17
2268403--2268450	12	4.1	12	81	13	55	60	2	2	35	1.20
2275147--2275224	39	2.0	39	100	0	156	33	10	20	35	1.86
2282897--2282950	22	2.7	19	76	20	56	57	0	0	42	0.98
2287329--2287365	13	2.8	13	83	0	56	45	0	8	45	1.32
2287421--2287463	19	2.3	18	84	15	52	30	4	2	62	1.28
2287422--2287463	21	2.1	19	86	8	57	30	4	2	61	1.29
2287481--2287543	10	6.1	9	76	23	54	57	0	0	42	0.99
2287488--2287542	12	5.1	11	78	22	55	61	0	0	38	0.96
2287491--2287552	21	3.0	21	76	23	69	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2287490--2287847	180	2.0	181	96	0	664	52	4	3	39	1.38
2287679--2287710	12	2.4	14	85	15	50	56	0	0	43	0.99
2294345--2294452	27	4.0	27	68	25	75	55	6	0	37	1.26
2297409--2297486	32	2.4	33	84	4	104	30	16	15	37	1.90
2302812--2302879	18	4.0	17	78	10	77	39	0	0	60	0.97
2302837--2302881	23	2.0	23	82	8	56	46	0	0	53	1.00
2306378--2306410	16	2.1	16	94	0	57	42	0	15	42	1.46
2309278--2309318	18	2.3	18	83	8	57	21	24	24	29	1.99
2315184--2315224	21	2.0	20	86	9	57	34	0	2	63	1.08
2327147--2327235	43	2.1	43	95	0	160	56	5	20	17	1.61
2327427--2327493	5	14.0	5	73	17	54	59	0	1	38	1.06
2327418--2327492	13	5.8	13	77	16	68	60	1	1	37	1.14
2327426--2327485	24	2.5	24	82	12	72	63	0	1	35	1.05
2327499--2327538	21	2.0	20	90	9	64	50	0	0	50	1.00
2327504--2327590	11	7.8	11	71	20	65	55	1	0	43	1.07
2327500--2327609	35	3.0	36	80	11	100	54	0	0	44	1.06
2332336--2332380	2	22.5	2	86	0	63	48	6	0	44	1.29
2335301--2335425	52	2.4	52	86	0	160	29	24	8	38	1.84
2335484--2335513	11	2.7	11	89	0	51	46	26	0	26	1.53
2335824--2335908	31	2.7	31	88	0	125	23	23	22	30	1.99
2336398--2336522	52	2.4	52	86	0	160	29	24	8	38	1.84
2336581--2336610	11	2.7	11	89	0	51	46	26	0	26	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2341515--2341553	14	2.7	15	84	8	53	51	0	0	48	1.00
2344386--2344428	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
2345438--2345469	16	2.0	16	100	0	64	37	0	6	56	1.25
2345815--2345867	16	3.2	16	81	10	54	67	0	0	32	0.91
2345822--2345867	16	2.9	16	90	3	67	67	0	0	32	0.91
2345983--2346060	29	2.5	31	84	14	90	33	5	0	61	1.18
2354275--2354299	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2378235--2378260	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2378251--2378304	24	2.3	24	83	3	65	37	5	3	53	1.42
2378433--2378465	15	2.1	17	88	11	52	42	0	18	39	1.50
2401776--2402203	218	2.0	220	95	1	770	25	22	18	33	1.97
2402621--2402681	12	4.8	12	79	16	70	32	0	0	67	0.91
2415544--2415622	37	2.1	37	90	0	122	49	10	10	30	1.69
2431746--2431807	22	2.8	23	74	16	60	67	0	0	32	0.91
2439540--2439591	27	1.9	27	84	7	70	32	36	3	26	1.75
2442916--2442964	25	1.9	26	87	4	73	42	10	2	44	1.49
2443455--2443522	20	3.3	20	72	8	64	20	67	1	10	1.28
2449774--2449883	56	2.0	56	90	0	175	40	20	8	30	1.81
2452465--2452496	16	2.0	16	93	0	55	12	37	34	15	1.85
2452974--2453024	19	2.7	20	82	17	72	29	0	1	68	1.00
2454061--2454116	26	2.2	25	81	9	60	51	1	10	35	1.47
2454235--2454270	10	3.6	10	100	0	72	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454840--2454873	15	2.2	16	89	5	52	52	8	2	35	1.47
2455917--2455964	25	2.0	24	88	8	71	22	16	10	50	1.76
2461061--2461096	17	2.2	16	90	5	54	80	2	8	8	0.99
2461390--2461447	9	6.4	8	78	20	53	79	3	15	1	0.95
2461390--2461447	19	3.1	18	81	13	64	79	3	15	1	0.95
2462522--2462612	38	2.4	39	84	1	121	26	15	14	43	1.84
2462522--2462637	38	3.0	39	82	2	119	24	14	16	44	1.85
2463826--2463872	17	2.6	18	76	23	53	19	2	8	70	1.24
2464582--2464629	22	2.2	22	88	0	69	39	4	8	47	1.53
2466670--2466753	29	2.9	28	80	7	80	57	4	2	35	1.33
2479711--2479755	19	2.3	20	88	11	76	44	6	8	40	1.62
2479657--2479812	76	2.1	75	84	8	203	35	10	6	47	1.63
2479961--2480002	15	2.8	14	86	13	57	73	2	0	23	0.94
2479961--2480014	18	3.0	18	84	7	65	72	3	1	22	1.10
2480360--2480398	20	2.0	19	85	5	51	30	15	20	33	1.94
2481210--2481690	86	5.7	86	74	11	361	44	14	18	23	1.86
2493123--2493319	57	3.5	55	79	11	168	31	11	6	51	1.62
2493156--2493322	56	3.0	55	81	11	164	32	10	5	50	1.62
2493257--2493452	66	2.9	68	81	6	247	31	9	5	53	1.57
2493638--2493676	19	2.1	19	90	0	60	64	0	5	30	1.15
2493640--2493679	15	2.6	15	84	4	53	70	0	5	25	1.08
2494580--2494629	21	2.4	21	86	6	66	60	0	4	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494580--2494629	24	2.1	24	82	14	59	60	0	4	36	1.16
2494647--2494703	8	7.9	7	81	13	55	84	1	3	10	0.82
2494622--2494721	35	2.7	36	80	13	98	79	4	4	13	1.02
2494622--2494724	9	11.5	8	75	18	80	78	3	3	13	1.03
2497008--2497046	20	2.0	20	84	0	51	82	7	5	5	0.96
2501851--2501891	21	1.9	22	85	5	57	60	7	14	17	1.55
2502100--2502218	35	3.5	34	81	4	125	33	12	15	37	1.86
2502396--2502666	75	3.5	75	82	6	274	30	11	18	39	1.85
2502704--2502846	42	3.4	42	83	8	152	25	8	21	44	1.80
2502737--2502916	42	4.1	42	76	16	168	26	11	20	41	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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