genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17401685--17401737	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
17402188--17402240	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
17403091--17403143	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
17403459--17403870	159	2.6	158	81	5	472	23	29	28	17	1.97
17403939--17403991	26	2.0	26	85	0	70	28	18	28	24	1.98
17404547--17405048	158	3.2	158	76	3	499	23	31	26	18	1.97
17405220--17405664	159	2.8	157	79	4	464	22	28	28	20	1.98
17404548--17405786	672	1.8	671	83	2	1653	23	29	27	19	1.98
17406302--17406806	159	3.2	159	78	6	441	24	29	26	19	1.99
17406780--17406832	26	2.0	26	88	0	79	24	22	26	26	2.00
17406304--17407527	673	1.8	667	84	2	1673	24	28	26	21	1.99
17406937--17407338	158	2.5	158	75	6	411	23	27	25	22	2.00
17408156--17408208	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
17408343--17408393	26	2.0	26	92	0	84	25	13	29	31	1.94
17408158--17408503	185	1.9	185	82	2	435	23	27	28	19	1.99
17408183--17408939	356	2.1	356	82	4	902	23	28	26	20	1.99
17414729--17414781	26	2.0	26	89	7	81	26	22	26	24	2.00
17414914--17415409	159	3.1	156	77	5	496	23	29	27	19	1.98
17414754--17415352	159	3.8	159	77	5	545	23	29	29	18	1.97
17415756--17415811	26	2.2	26	90	6	87	28	19	21	30	1.98
17415206--17415859	367	1.8	356	80	5	790	23	29	27	20	1.99
17415782--17416284	159	3.2	155	78	6	501	23	29	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17416258--17416310	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17422914--17423414	159	3.2	158	77	7	446	24	29	26	19	1.98
17424080--17424577	158	3.2	154	74	8	448	23	30	26	19	1.98
17424917--17424966	26	1.9	26	92	8	84	32	20	24	24	1.98
17425402--17425454	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
17426113--17426165	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
17427347--17427397	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
17427849--17427901	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
17427874--17428240	169	2.2	170	78	7	370	22	28	27	21	1.99
17428239--17428763	158	3.3	157	77	6	499	24	30	26	18	1.98
17429996--17430643	184	3.5	185	81	5	701	25	27	27	20	1.99
17430339--17430388	26	1.9	26	88	8	75	34	16	24	26	1.95
17431050--17431101	25	2.0	26	89	10	81	26	21	25	26	1.99
17432602--17432654	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
17433661--17433713	26	2.0	26	89	7	81	32	18	20	28	1.97
17434371--17434423	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
17434877--17434930	26	2.0	26	86	10	74	27	18	24	29	1.98
17433554--17434981	715	2.0	711	81	3	1697	23	28	27	20	1.99
17434843--17435267	180	2.3	182	79	7	461	24	26	24	24	2.00
17435057--17435109	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
17435403--17435476	26	2.8	26	95	0	130	25	20	28	25	1.99
17435632--17435684	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17436850--17436900	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
17436875--17437249	158	2.4	157	77	4	369	24	29	26	19	1.99
17437351--17437403	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
17437714--17437763	26	1.9	26	100	0	100	30	16	26	28	1.96
17437739--17438038	158	1.9	158	78	5	329	22	30	27	20	1.98
17438415--17438704	158	1.8	156	82	2	294	24	30	27	17	1.97
17438912--17438961	26	1.9	26	91	0	82	26	18	30	26	1.98
17439830--17439882	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
17439316--17440280	357	2.7	347	80	5	1048	26	29	25	19	1.98
17440679--17440731	26	2.0	26	85	7	72	26	15	28	30	1.96
17441983--17442034	26	2.0	25	85	3	68	26	19	25	28	1.98
17443036--17443088	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
17443246--17443298	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
17443571--17444046	184	2.5	184	80	7	465	25	28	23	21	1.99
17444457--17444509	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
17445329--17445723	158	2.5	159	77	4	361	23	31	25	20	1.98
17446020--17446072	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
17446521--17446573	26	2.0	26	89	7	81	26	15	28	30	1.96
17447053--17447105	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
17447395--17447473	26	3.0	26	83	7	97	24	18	26	30	1.98
17447053--17447816	369	2.1	367	83	2	949	22	28	27	21	1.99
17448303--17448355	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17448498--17448550	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
17448524--17449054	158	3.4	156	76	7	552	24	30	26	18	1.98
17448524--17449134	158	3.9	156	76	7	547	23	31	26	18	1.97
17449170--17449222	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
17449195--17449656	159	2.9	158	78	5	414	23	30	26	19	1.98
17448329--17449697	672	2.0	671	83	2	1730	23	30	26	19	1.98
17449671--17449723	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
17450417--17450698	158	1.8	156	85	5	390	23	30	28	18	1.98
17450416--17450761	158	2.2	156	80	8	371	22	29	26	20	1.99
17450946--17450997	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
17451287--17451339	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
17451496--17451548	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
17451521--17451969	159	2.8	157	77	9	441	23	30	26	18	1.98
17451998--17452048	26	2.0	26	88	0	75	29	15	29	25	1.96
17451742--17452430	356	1.9	356	83	4	897	23	29	26	19	1.98
17452387--17452880	159	3.1	158	74	7	401	23	30	26	19	1.98
17452854--17452906	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
17453604--17453897	158	1.9	158	83	1	392	22	30	28	18	1.97
17463033--17463084	26	2.0	26	100	0	104	23	19	26	30	1.98
17463431--17463871	159	2.8	158	79	5	437	24	29	27	18	1.98
17463901--17463953	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
17464535--17464565	11	2.8	11	100	0	62	19	35	29	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17464635--17464684	26	1.9	26	92	8	84	32	20	22	26	1.98
17464660--17465097	159	2.8	156	74	8	400	22	29	28	18	1.98
17465135--17465187	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17466572--17466972	159	2.5	158	80	2	448	24	29	26	18	1.98
17466572--17467018	159	2.8	157	75	6	434	24	29	26	18	1.98
17467770--17467822	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
17467795--17468210	159	2.6	157	76	6	421	25	29	28	16	1.97
17468124--17468580	185	2.5	184	84	3	571	23	27	29	19	1.98
17468455--17468506	26	2.0	26	92	0	86	25	15	28	30	1.96
17468836--17469198	158	2.3	158	78	7	378	24	27	24	22	2.00
17469311--17469363	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
17469677--17469729	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
17470202--17470279	26	3.0	26	100	0	156	30	19	23	26	1.98
17470916--17470968	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17471311--17472109	355	2.3	354	83	1	1024	24	27	26	22	2.00
17471861--17472268	159	2.6	158	79	2	417	23	28	28	19	1.98
17471861--17472363	158	3.2	157	78	5	487	22	29	27	21	1.99
17472639--17472700	28	2.2	28	97	0	115	29	14	12	43	1.83
17472907--17473335	159	2.7	159	76	4	371	24	28	27	19	1.98
17473383--17473435	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17474299--17474353	26	2.1	26	93	6	94	29	20	21	29	1.98
17474139--17474509	185	2.0	185	84	2	487	24	29	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17474324--17475105	159	4.9	158	74	4	561	23	30	27	18	1.98
17474324--17475134	318	2.6	316	83	2	1005	23	29	27	19	1.98
17475121--17475170	26	1.9	26	83	0	64	28	14	30	28	1.95
17476939--17476991	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
17478496--17478546	26	2.0	26	92	0	84	27	13	29	29	1.94
17478871--17479288	159	2.6	159	76	6	418	24	29	27	18	1.98
17479346--17479398	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17480066--17480115	26	1.9	26	92	8	84	30	20	24	26	1.98
17481100--17481152	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
17481117--17481785	158	4.2	157	76	6	555	22	30	27	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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