genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19663454--19663508	29	2.0	28	82	7	67	70	0	14	14	1.16
19663869--19663912	21	2.0	22	91	4	72	36	31	2	29	1.70
19664374--19664410	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
19679129--19679228	3	33.3	3	95	0	182	64	0	2	34	1.05
19680552--19680789	45	5.3	45	82	1	253	18	30	35	15	1.92
19680766--19680813	24	2.0	24	87	0	69	14	20	37	27	1.92
19680721--19680858	69	2.0	69	91	0	222	16	31	34	17	1.92
19680790--19681029	45	5.4	45	81	3	247	19	31	32	16	1.94
19680596--19680990	204	2.0	201	85	2	531	18	31	33	15	1.92
19680676--19680903	114	2.0	114	87	3	334	18	30	33	17	1.94
19680631--19680948	159	2.0	159	86	0	447	18	31	33	16	1.93
19681272--19681467	41	4.7	43	75	8	147	21	31	31	15	1.94
19681346--19681501	42	3.6	41	79	10	152	20	30	33	14	1.93
19681348--19681501	43	3.6	41	80	8	148	20	30	34	14	1.93
19681526--19681641	48	2.5	46	72	13	112	21	31	31	16	1.95
19681683--19681809	46	2.8	46	84	5	159	18	29	35	16	1.93
19682623--19682937	173	1.8	173	86	2	463	18	28	32	20	1.97
19682794--19683076	147	1.9	147	86	2	408	18	28	31	21	1.97
19690112--19690164	26	2.0	26	100	0	106	30	22	16	30	1.96
19691018--19691048	16	1.9	16	93	0	53	38	12	22	25	1.90
19691197--19691232	17	2.1	17	89	0	54	25	22	13	38	1.91
19692940--19693309	153	2.4	155	82	5	435	20	29	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19693283--19693335	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
19694180--19694230	26	2.0	26	92	0	84	29	23	17	29	1.97
19696901--19697310	179	2.3	179	83	5	504	21	26	28	23	1.99
19697239--19697289	26	2.0	26	96	0	93	29	25	17	27	1.98
19698138--19698188	26	2.0	26	96	0	93	29	25	17	27	1.98
19697978--19698341	179	2.0	182	84	4	475	23	29	25	21	1.99
19698162--19698494	153	2.2	153	87	2	463	21	29	26	22	1.99
19698470--19698520	26	2.0	26	96	0	93	27	23	19	29	1.98
19697909--19698671	332	2.3	335	85	3	964	21	29	26	23	1.99
19698645--19698697	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
19698315--19698716	179	2.3	177	86	3	540	21	27	26	24	1.99
19699545--19699595	26	2.0	26	96	0	93	29	23	19	27	1.98
19699569--19699901	153	2.2	153	83	2	409	21	27	27	23	1.99
19699722--19700288	179	3.2	177	82	3	670	23	26	25	24	2.00
19700235--19700285	26	2.0	26	96	0	93	29	23	19	27	1.98
19700707--19700783	26	3.0	26	86	0	109	29	24	16	28	1.97
19700910--19700988	26	3.0	26	94	0	140	27	25	18	27	1.98
19700608--19700990	205	1.9	205	86	0	550	21	28	25	24	1.99
19702714--19703076	153	2.3	153	79	5	372	20	25	26	26	1.99
19705844--19705894	26	2.0	26	100	0	102	27	25	19	27	1.99
19706021--19706073	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
19705684--19706092	179	2.2	180	83	2	505	23	28	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19706513--19706589	26	3.0	26	94	0	127	28	23	18	29	1.97
19707425--19707786	179	2.0	182	83	5	455	19	28	28	24	1.98
19709205--19709255	26	2.0	26	96	0	93	29	25	17	27	1.98
19709990--19710333	179	1.9	179	86	0	490	21	25	27	25	1.99
19710279--19710331	26	2.0	26	85	0	70	32	22	18	26	1.97
19711177--19711227	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
19711080--19711425	179	1.9	179	90	0	548	20	30	27	21	1.98
19711357--19711406	26	1.9	26	95	0	91	26	24	22	28	1.99
19712199--19712275	26	3.0	26	84	0	118	28	25	15	29	1.96
19712402--19712454	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19713269--19713337	26	2.7	26	86	0	102	28	27	11	31	1.92
19713285--19713702	179	2.3	179	84	2	536	23	28	24	23	1.99
19713643--19713695	26	2.0	26	96	0	97	26	26	18	28	1.98
19714546--19714595	26	1.9	26	91	0	82	24	22	18	36	1.95
19714392--19714793	179	2.2	181	82	4	479	21	26	27	24	1.99
19714722--19714774	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19716435--19716487	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19716363--19716874	178	2.8	181	82	3	645	20	25	28	25	1.99
19716622--19716672	26	2.0	26	88	0	75	29	21	17	31	1.96
19716284--19716841	185	3.1	179	81	4	663	21	25	27	24	1.99
19717847--19717899	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19718714--19718766	25	2.1	26	92	3	90	30	22	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19717829--19719485	867	1.9	867	89	1	2545	27	22	23	26	1.99
19719614--19719690	26	3.0	26	94	0	136	28	24	18	28	1.98
19719817--19719869	26	2.0	26	88	0	79	33	22	15	28	1.94
19720883--19720935	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19721934--19721986	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
19724077--19724129	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19724974--19725024	26	2.0	26	84	7	68	31	23	15	29	1.95
19725151--19725203	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
19726049--19726115	26	2.6	26	79	15	84	32	20	13	32	1.92
19726070--19726125	26	2.2	26	80	6	60	37	17	12	32	1.88
19726252--19726304	26	2.0	26	96	0	97	24	26	22	26	2.00
19726994--19727398	179	2.2	179	82	4	454	23	28	25	22	2.00
19727330--19727379	26	1.9	26	87	0	73	28	26	18	28	1.98
19728205--19728255	26	2.0	26	100	0	102	27	25	19	27	1.99
19729248--19729299	26	2.0	25	85	10	70	26	21	21	30	1.98
19728379--19731985	901	4.0	894	84	5	4553	26	24	23	25	2.00
19730886--19730936	26	2.0	26	100	0	102	27	27	15	29	1.96
19732955--19733005	26	2.0	26	92	0	84	29	21	19	29	1.98
19740080--19740131	26	2.0	26	96	3	97	26	25	21	26	1.99
19740866--19741155	154	1.9	152	84	1	382	20	28	28	22	1.98
19741129--19741181	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19742161--19742213	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19743195--19743246	26	2.0	25	88	3	77	32	23	15	28	1.95
19744252--19744304	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19745147--19745197	26	2.0	26	96	0	93	29	21	17	31	1.96
19745041--19745388	179	1.9	179	86	0	489	21	28	27	22	1.99
19746007--19746058	25	2.0	26	92	3	88	28	26	17	26	1.97
19747733--19747785	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
19749724--19749776	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
19751588--19751878	157	1.9	157	85	1	404	20	29	24	25	1.99
19751745--19752112	183	2.0	183	90	2	578	17	28	29	23	1.97
19752004--19752053	26	1.9	26	100	0	100	24	26	22	28	1.99
19752889--19752939	26	2.0	26	96	0	93	27	19	21	31	1.97
19753066--19753118	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19755027--19755077	26	2.0	26	96	0	93	29	25	17	27	1.98
19756736--19756786	26	2.0	26	92	0	84	27	21	19	31	1.97
19761252--19761304	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
19761998--19762287	159	1.8	159	85	1	411	22	30	28	18	1.97
19762329--19762381	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
19762828--19762880	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
19763538--19763590	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19763905--19763957	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
19765141--19765193	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
19764953--19765351	184	2.2	184	81	4	466	24	26	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19765166--19765581	159	2.6	158	77	4	426	25	26	27	20	1.99
19765999--19766514	157	3.3	157	79	5	522	22	30	27	19	1.98
19766022--19766521	158	3.2	157	79	5	454	23	30	27	19	1.98
19766495--19766547	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
19767217--19767269	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
19767715--19767745	15	2.1	15	100	0	62	6	38	25	29	1.81
19767783--19767835	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
19767725--19768101	196	1.9	195	81	1	450	24	27	25	23	2.00
19768004--19768442	159	2.8	157	77	5	427	24	29	26	19	1.99
19768480--19768532	26	2.0	26	89	7	81	24	13	28	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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