genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14799969--14800470	159	3.2	158	79	5	539	23	29	26	20	1.98
14799445--14800554	501	2.2	501	84	3	1376	23	28	28	20	1.99
14800444--14800496	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
14801156--14801208	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
14801647--14801699	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14802040--14802503	158	2.9	157	73	9	384	23	30	26	19	1.98
14801995--14803130	499	2.3	500	82	4	1353	23	29	26	19	1.98
14803725--14803776	26	2.0	25	96	3	95	28	21	23	26	1.99
14803907--14803962	26	2.2	26	87	6	78	26	16	25	32	1.96
14804105--14804560	170	2.7	170	82	2	515	24	29	25	20	1.99
14804445--14806025	500	3.2	493	80	4	1761	23	29	27	20	1.99
14804946--14805445	158	3.2	154	76	9	483	22	28	28	21	1.99
14805570--14805934	159	2.3	159	79	7	400	23	31	26	19	1.98
14806584--14807510	158	5.8	158	73	9	543	23	28	27	20	1.99
14807966--14808018	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
14808150--14808202	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14808279--14808389	58	1.9	58	84	0	150	9	41	21	27	1.85
14808399--14808450	26	2.0	26	88	7	79	28	19	23	28	1.98
14815045--14815548	159	3.2	159	78	5	468	24	29	26	19	1.98
14815522--14815574	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14815374--14815921	184	3.0	183	78	7	542	24	29	27	19	1.98
14815715--14815764	26	1.9	26	87	0	73	36	22	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14817096--14817148	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
14818685--14819239	184	3.0	182	81	4	576	25	27	25	21	1.99
14819765--14820194	158	2.7	159	76	6	372	26	29	24	18	1.98
14819035--14820366	711	1.9	699	82	3	1677	25	27	26	20	1.99
14820768--14821132	159	2.3	158	75	6	351	23	29	26	21	1.99
14821106--14821158	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
14821830--14821882	26	2.0	26	82	7	63	32	20	18	28	1.97
14822649--14822701	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
14823284--14823333	26	1.9	26	91	0	82	26	20	30	24	1.98
14823477--14823529	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
14823261--14823636	196	1.9	196	82	3	470	25	28	25	21	1.99
14823977--14824029	26	2.0	26	85	0	70	24	11	30	33	1.90
14824166--14824633	159	3.0	158	76	7	430	23	29	26	20	1.99
14825404--14825762	159	2.3	157	77	3	378	22	30	27	19	1.98
14825766--14826134	171	2.2	171	81	3	404	21	29	26	21	1.99
14826110--14826160	26	2.0	26	92	0	84	31	13	21	33	1.92
14826452--14826503	26	2.0	26	92	0	86	28	11	25	34	1.91
14827147--14827199	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14827647--14827699	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
14835901--14835953	26	2.0	26	89	7	81	20	16	30	32	1.95
14836623--14836675	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
14837123--14837175	26	2.0	26	88	0	79	26	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14837479--14837530	26	2.0	25	96	3	95	28	17	23	30	1.97
14836924--14837600	355	1.9	356	82	5	859	23	29	27	19	1.98
14837319--14837687	184	2.0	184	82	3	456	24	29	25	20	1.99
14837504--14838005	159	3.2	158	75	5	467	22	28	28	19	1.98
14838715--14839207	157	3.1	158	77	7	421	22	30	27	19	1.98
14839191--14839239	25	1.9	26	91	4	82	26	20	30	22	1.98
14839351--14839846	158	3.1	157	73	8	466	21	30	28	19	1.97
14840581--14840632	26	2.0	26	85	7	70	30	17	23	28	1.97
14840777--14840829	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
14840905--14840957	26	2.0	26	89	7	81	33	22	18	24	1.97
14840774--14841014	128	1.9	128	90	0	383	30	23	26	19	1.98
14840931--14841431	158	3.2	157	75	5	400	23	30	26	19	1.98
14841405--14841457	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
14842989--14843041	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14843334--14843386	26	2.1	25	92	3	88	24	20	28	26	1.99
14844396--14844445	26	1.9	26	91	0	82	26	18	26	30	1.98
14844618--14845119	158	3.2	158	77	7	500	24	30	25	19	1.98
14845093--14845145	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
14845461--14845513	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
14845302--14845779	202	2.5	192	78	10	544	24	27	27	20	1.99
14846213--14846652	159	2.8	158	77	4	431	23	27	28	20	1.99
14847349--14847401	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14848414--14848466	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
14849270--14849319	26	1.9	26	92	8	84	32	22	22	24	1.98
14850332--14850677	159	2.2	159	80	3	374	21	29	28	21	1.98
14850651--14850703	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
14851885--14851937	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14852435--14852486	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
14852712--14852764	26	2.0	26	85	0	70	24	18	30	26	1.98
14852922--14853283	159	2.3	159	78	4	372	25	30	24	19	1.98
14854492--14854543	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
14854406--14854800	184	2.1	184	83	2	490	22	27	29	20	1.99
14854459--14854839	184	2.1	185	82	2	462	21	29	27	21	1.99
14854873--14854925	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
14854973--14855681	316	2.2	315	86	1	979	21	30	28	20	1.98
14854957--14855681	158	4.6	160	75	6	629	20	30	28	20	1.98
14856112--14856619	159	3.2	159	80	4	589	21	31	28	18	1.97
14855120--14857010	945	2.0	943	87	2	2747	23	26	25	24	2.00
14863281--14863332	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
14863658--14863709	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
14864410--14864470	26	2.2	28	80	8	72	22	6	9	60	1.51
14866231--14866283	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
14867137--14867189	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
14867973--14868025	26	2.0	26	85	7	72	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14867999--14868928	159	5.9	157	72	6	521	25	30	25	19	1.98
14866636--14868814	819	2.6	812	73	10	1902	24	29	25	19	1.99
14868012--14868928	318	2.9	315	81	3	948	25	30	25	19	1.98
14869633--14869688	26	2.2	26	90	0	85	26	14	26	32	1.95
14870382--14870434	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14871538--14871590	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
14871905--14871957	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
14872407--14872459	26	2.0	26	85	0	70	28	22	24	24	2.00
14873129--14873181	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14873155--14873656	158	3.2	156	77	6	463	24	30	26	19	1.98
14873883--14874382	158	3.2	155	81	5	572	22	30	27	19	1.98
14874356--14874408	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
14875420--14875472	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
14875629--14875998	184	2.0	184	83	2	465	26	30	23	19	1.98
14876289--14876340	25	2.0	26	92	3	88	26	21	25	26	1.99
14878232--14878283	25	2.0	26	92	3	88	26	21	25	26	1.99
14879295--14879347	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
14879504--14879873	184	2.0	184	83	2	465	26	30	23	19	1.98
14880164--14880215	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
14886812--14887252	159	2.8	159	79	3	440	24	29	27	19	1.98
14887290--14887343	26	2.0	27	85	3	74	24	16	27	31	1.96
14887669--14887721	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14887694--14888123	159	2.7	158	76	5	438	24	32	26	16	1.96
14888224--14888511	159	1.8	159	80	3	346	25	31	25	18	1.97
14887399--14888660	514	2.4	513	81	4	1417	23	30	26	19	1.98
14889409--14889461	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
14890278--14890330	26	2.0	26	85	7	72	32	15	22	30	1.94
14890303--14890737	159	2.7	159	79	3	428	24	29	27	18	1.98
14891500--14891552	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14891526--14892017	158	3.1	156	76	8	503	22	30	27	19	1.98
14891999--14892051	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
14891498--14893848	881	2.7	876	80	4	2541	24	28	26	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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