genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16221384--16221415	11	2.9	11	95	0	55	6	31	34	28	1.82
16224565--16224812	124	2.0	124	95	0	442	18	33	15	33	1.92
16227340--16227392	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16227366--16228039	159	4.2	158	77	7	588	19	28	29	22	1.98
16227731--16228188	171	2.7	170	79	2	472	18	27	31	22	1.97
16228184--16228236	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
16228852--16228904	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16229573--16229625	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
16229599--16230272	159	4.2	158	77	7	588	20	28	29	22	1.98
16229964--16230421	171	2.7	170	79	2	472	18	27	31	22	1.97
16230417--16230469	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
16231087--16231139	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16231808--16231860	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16231834--16232651	158	5.2	158	75	5	630	20	27	29	23	1.98
16231834--16232652	316	2.6	315	80	4	916	20	27	29	23	1.98
16233002--16233057	26	2.2	26	93	6	96	32	25	16	26	1.96
16233386--16233437	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
16233729--16233781	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
16233634--16234051	184	2.3	185	83	4	531	23	29	24	22	1.99
16233913--16233965	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16233656--16234124	184	2.6	183	83	3	496	21	28	24	24	1.99
16234394--16234446	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16234605--16234656	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
16235711--16236196	158	3.1	158	77	5	532	19	26	31	22	1.98
16236375--16236427	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16236073--16236429	196	1.8	196	85	4	506	21	27	27	24	1.99
16236027--16236586	184	3.0	182	74	11	527	20	25	29	24	1.99
16236718--16236770	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16238006--16238040	13	2.7	13	90	0	52	8	45	22	22	1.79
16238079--16238131	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16238580--16238632	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16238028--16239136	501	2.2	501	82	2	1325	21	26	27	24	1.99
16239079--16239133	26	2.1	26	90	6	85	34	18	16	30	1.93
16239437--16239486	26	1.9	26	91	0	82	30	22	14	34	1.93
16239799--16239854	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
16241592--16241643	25	2.0	26	88	3	79	30	25	19	25	1.98
16242648--16242724	26	3.0	26	94	0	127	29	28	16	24	1.97
16242698--16243189	159	3.1	156	79	6	517	18	28	30	22	1.97
16249842--16249894	26	2.0	26	85	0	70	28	28	16	26	1.97
16249868--16250359	159	3.1	157	76	4	515	19	29	29	21	1.98
16250368--16250714	171	2.0	171	82	4	414	20	27	30	20	1.98
16250062--16250946	355	2.5	348	79	9	977	20	28	30	21	1.98
16251376--16251428	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16251498--16251530	11	3.0	11	90	0	57	21	27	33	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16252109--16252161	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16252135--16252947	159	5.2	157	72	7	619	20	27	29	22	1.98
16252135--16252948	317	2.6	315	84	3	973	20	27	29	22	1.98
16252921--16252973	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
16253300--16253352	26	2.0	26	89	7	81	26	28	20	24	1.99
16253996--16254047	25	2.0	26	92	3	88	28	28	17	25	1.97
16254475--16254527	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
16254686--16254736	25	2.0	26	92	3	86	27	29	17	25	1.98
16255013--16255065	26	2.0	26	82	13	65	32	24	16	26	1.97
16255733--16255785	26	2.0	26	89	7	81	32	24	16	26	1.97
16255759--16256155	158	2.5	157	75	6	388	22	26	29	21	1.99
16256233--16256285	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
16256429--16256481	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16256771--16256823	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16257449--16257501	26	2.0	26	85	0	70	32	24	16	26	1.97
16258119--16258171	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
16258069--16259190	501	2.2	501	83	2	1349	21	26	27	24	1.99
16259210--16259661	157	2.9	157	82	4	509	19	27	29	23	1.98
16259760--16259803	20	2.2	20	100	0	88	34	20	20	25	1.97
16260460--16260510	26	2.0	26	84	7	68	31	23	15	29	1.95
16261191--16261243	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16261375--16261427	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16263342--16263394	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16263308--16264443	349	3.3	338	75	13	904	21	26	27	24	1.99
16264554--16264946	158	2.5	156	74	10	377	19	25	29	25	1.99
16265541--16265593	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
16265946--16266333	159	2.5	157	74	9	365	21	26	29	21	1.99
16266938--16266990	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
16267374--16267835	158	2.9	158	78	6	418	19	26	29	24	1.98
16268188--16268238	26	2.0	26	88	0	75	27	29	15	27	1.96
16266927--16268900	881	2.3	883	79	5	2031	21	26	28	24	1.99
16268886--16268938	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16268584--16268941	197	1.8	197	82	3	470	21	26	26	25	1.99
16268868--16269526	343	1.9	343	82	3	824	22	25	27	24	2.00
16270350--16270399	26	1.9	26	91	0	82	30	28	16	26	1.96
16270688--16270740	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16270425--16271069	353	1.8	355	82	3	825	20	27	29	23	1.98
16271201--16271253	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16271582--16271632	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
16272081--16272133	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
16272484--16272536	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16272507--16272888	159	2.4	157	77	7	403	19	25	31	23	1.98
16272985--16273036	26	2.0	26	85	7	70	26	23	19	30	1.98
16273267--16273319	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16273444--16273796	158	2.2	158	79	4	388	19	26	29	23	1.98
16273767--16273845	26	3.0	26	94	3	133	27	24	18	29	1.98
16274186--16274677	159	3.1	154	74	7	416	19	28	29	23	1.98
16274661--16274711	26	2.0	26	88	7	77	27	25	15	31	1.96
16283597--16283646	26	1.9	26	88	8	75	28	24	18	30	1.97
16284327--16284376	26	1.9	26	87	0	73	22	32	20	26	1.98
16284353--16284852	159	3.2	158	75	7	451	19	28	29	23	1.98
16284827--16284879	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
16285668--16285720	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
16284451--16286595	840	2.5	837	80	6	2296	19	26	29	23	1.98
16286259--16286553	157	1.9	157	80	5	353	18	24	32	24	1.97
16286117--16286562	159	2.8	158	75	8	426	18	26	31	23	1.98
16286733--16286783	26	2.0	26	84	0	66	31	25	15	27	1.96
16287269--16287321	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
16288060--16288351	159	1.8	159	81	1	361	20	27	28	24	1.99
16288980--16289032	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
16288074--16289520	518	2.8	511	81	4	1541	20	27	28	23	1.99
16288948--16290192	672	1.8	680	81	4	1555	20	26	29	23	1.99
16289685--16290191	158	3.2	158	72	7	409	19	25	30	23	1.98
16290165--16290217	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16290900--16290949	26	1.9	26	87	0	73	26	26	20	28	1.99
16291569--16291621	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16291652--16291882	126	1.8	125	85	0	327	18	27	30	23	1.98
16291878--16291947	26	2.7	26	95	0	131	25	24	18	31	1.98
16292626--16292678	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16292652--16293068	159	2.6	157	75	8	401	23	26	28	22	1.99
16293499--16293551	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
16293665--16294029	159	2.3	159	78	4	344	22	25	26	24	2.00
16294097--16294128	11	2.9	11	95	0	55	21	28	31	18	1.97
16294708--16294760	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
16295190--16295249	26	2.4	26	83	10	72	26	26	18	28	1.98
16295556--16295610	27	2.0	27	86	6	76	23	29	20	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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