genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14256770--14257292	160	3.3	160	80	2	448	22	30	29	17	1.97
14256770--14257430	158	4.2	157	76	6	557	22	30	29	18	1.97
14257404--14257456	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
14257785--14257837	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
14257810--14258188	158	2.4	158	79	4	395	24	28	25	21	1.99
14258461--14258903	159	2.8	159	85	3	538	22	29	27	19	1.98
14259147--14259433	159	1.8	158	82	5	373	23	29	27	19	1.98
14259464--14259516	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14259306--14259643	184	1.8	184	87	2	509	21	29	28	20	1.98
14261072--14261648	159	3.6	159	78	6	550	23	30	27	18	1.97
14262789--14262841	26	2.0	26	88	0	79	32	16	22	28	1.96
14262815--14263105	158	1.8	158	81	4	363	23	29	27	19	1.98
14262714--14263366	354	1.8	354	84	3	895	23	29	25	21	1.99
14262725--14263438	354	2.0	353	82	4	857	23	29	25	20	1.99
14263797--14264272	159	3.0	158	74	4	406	23	30	25	19	1.98
14264318--14264370	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
14264344--14264756	158	2.6	158	84	1	515	24	27	28	19	1.98
14265352--14265906	158	3.5	159	75	6	543	25	28	25	19	1.99
14266182--14266234	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14272680--14273061	157	2.4	157	75	6	376	22	26	26	24	2.00
14273770--14273822	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
14273795--14274296	159	3.2	157	77	5	480	23	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14274270--14274322	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
14274941--14274993	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14273795--14277208	673	5.0	670	79	5	3302	23	29	27	19	1.98
14275797--14276327	159	3.3	158	75	6	480	23	29	26	19	1.98
14276157--14276676	184	2.8	184	83	0	646	23	30	26	20	1.98
14276510--14277004	159	3.1	157	74	7	378	22	31	27	18	1.97
14276985--14277037	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14283341--14283393	26	2.0	26	88	0	79	24	13	30	32	1.93
14283550--14283602	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
14284051--14284103	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
14283181--14284957	710	2.5	708	82	2	2069	23	28	26	20	1.99
14284285--14284702	159	2.6	158	77	3	419	25	30	27	17	1.97
14284295--14284787	158	3.1	157	76	3	486	23	30	26	19	1.98
14284761--14284813	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
14285141--14285193	26	2.0	26	85	7	72	28	13	26	32	1.93
14285276--14285661	159	2.4	158	77	7	404	20	31	27	19	1.97
14285643--14285695	26	2.0	26	92	0	88	24	16	26	32	1.97
14286376--14286427	26	2.0	25	92	3	86	26	21	25	26	1.99
14286712--14286764	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14287420--14287470	26	2.0	26	88	0	75	25	11	29	33	1.91
14287785--14287837	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14288237--14288289	26	2.0	26	85	0	70	20	18	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14289818--14289870	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14290370--14290422	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14291261--14291626	160	2.3	159	76	4	369	26	30	22	19	1.98
14291739--14291791	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14292702--14292754	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
14292911--14292960	26	1.9	26	92	8	84	30	20	26	24	1.98
14293446--14293498	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14293230--14293656	184	2.3	184	84	0	541	23	28	25	22	1.99
14293797--14294290	158	3.1	154	75	7	445	24	28	26	20	1.99
14293564--14294290	317	2.3	317	81	2	834	23	29	26	20	1.99
14293630--14294290	159	4.2	157	73	5	475	24	29	26	20	1.99
14294636--14295055	158	2.6	160	76	4	411	25	27	27	19	1.99
14295771--14295824	26	2.1	25	86	10	74	37	18	18	25	1.94
14296789--14296841	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
14297523--14298112	159	3.7	157	76	7	492	24	30	27	17	1.97
14298531--14298580	26	1.9	26	88	8	75	30	20	22	28	1.98
14298557--14299524	158	6.1	157	76	7	676	23	28	26	21	1.99
14300507--14300559	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14301752--14302402	158	4.1	156	77	7	535	24	30	25	18	1.98
14302376--14302428	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14302322--14302625	158	1.9	158	89	1	475	20	26	26	25	1.99
14302534--14302583	26	1.9	26	87	0	73	28	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14302914--14302966	26	2.0	26	82	13	65	28	15	24	32	1.95
14302940--14303454	159	3.3	158	75	5	387	24	31	25	19	1.98
14302940--14303598	158	4.2	157	75	5	409	24	30	25	19	1.98
14303679--14304016	183	1.8	185	87	1	509	22	27	26	23	2.00
14303913--14303966	27	2.0	26	89	3	81	25	20	25	27	1.99
14304293--14304345	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14305527--14305579	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
14306025--14306078	26	2.1	26	96	0	99	25	22	27	24	2.00
14308426--14308885	183	2.5	185	83	1	548	24	27	27	21	1.99
14309124--14309175	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
14308965--14309332	183	2.0	183	81	4	429	24	27	26	20	1.99
14308276--14309332	537	2.0	527	82	5	1279	23	28	27	20	1.99
14310824--14310876	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
14311021--14311073	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
14310653--14311184	197	2.7	193	84	4	640	23	30	25	19	1.98
14311506--14311558	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14311713--14311765	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14314088--14314140	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
14314810--14314862	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14315711--14315763	26	2.0	26	92	0	88	28	18	20	32	1.97
14314994--14315946	368	2.6	368	80	5	1008	24	28	25	20	1.99
14316565--14316616	26	2.0	26	88	0	77	28	19	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14315905--14316859	342	2.7	353	78	6	774	25	28	25	20	1.99
14317065--14317117	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
14318694--14318751	26	2.2	27	84	9	75	24	18	25	31	1.98
14318915--14318966	26	2.0	26	88	3	79	30	19	21	28	1.97
14318164--14319492	716	1.9	718	83	2	1738	24	28	24	22	2.00
14319777--14319829	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
14319228--14320271	355	2.9	354	81	5	1145	24	30	25	19	1.98
14319973--14320342	184	2.0	183	81	2	436	26	30	23	19	1.98
14321378--14321880	158	3.2	156	76	5	474	23	29	27	19	1.98
14322222--14322274	26	2.0	26	92	0	88	22	22	28	26	1.99
14321656--14322548	368	2.5	361	83	5	1065	23	29	26	19	1.98
14322774--14322823	26	1.9	26	84	8	66	28	16	28	28	1.97
14323492--14323570	26	3.0	26	89	7	108	29	20	24	26	1.99
14323518--14323863	185	1.9	185	84	4	475	23	28	27	20	1.99
14324550--14324602	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14325196--14325274	26	3.0	26	94	3	133	30	18	24	26	1.98
14325454--14325948	159	3.1	157	75	8	439	22	29	28	20	1.98
14325922--14325973	25	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
14326552--14326584	11	3.0	11	83	16	50	18	36	27	18	1.94
14326654--14327092	159	2.8	159	79	4	467	23	31	27	17	1.97
14327509--14327560	25	2.0	26	85	10	72	26	19	26	26	1.99
14328389--14328441	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14328520--14328915	159	2.5	159	76	6	399	21	30	26	20	1.98
14326654--14328979	879	2.6	874	81	5	2734	23	28	26	20	1.99
14329914--14329967	26	2.1	26	89	0	81	27	20	25	25	1.99
14330635--14330686	26	2.0	25	92	3	86	26	21	25	26	1.99
14330659--14331061	158	2.5	157	79	6	429	24	26	27	20	1.99
14331262--14331299	19	2.0	19	94	0	67	10	39	26	23	1.87
14331844--14331896	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
14331685--14332053	184	2.0	184	85	2	499	23	29	26	20	1.99
14332345--14332397	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
14332163--14332855	355	2.0	355	85	2	937	22	31	27	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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