genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19769031--19769399	159	2.3	158	76	6	379	24	29	25	20	1.99
19769031--19769455	158	2.7	157	76	6	383	24	29	27	18	1.98
19770587--19771031	159	2.8	158	72	5	396	22	29	27	20	1.99
19771063--19771115	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19770587--19772055	672	2.2	674	88	2	2147	23	29	26	20	1.99
19771227--19771688	159	2.9	158	74	6	475	23	32	26	17	1.97
19772114--19772166	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19772457--19772509	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
19773685--19773737	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
19774065--19774117	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19775879--19775931	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
19776259--19776311	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19782436--19782488	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
19783478--19783898	159	2.6	158	75	5	452	22	31	26	19	1.97
19783989--19784041	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
19784015--19784358	159	2.2	159	84	1	440	21	27	28	22	1.99
19784332--19784384	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19783832--19784560	342	2.1	341	81	5	819	22	27	27	22	1.99
19783939--19784664	343	2.1	343	80	4	777	21	28	27	22	1.99
19784358--19784860	159	3.2	159	73	5	446	22	29	27	20	1.99
19784836--19784886	26	2.0	26	81	14	61	27	13	27	31	1.94
19784872--19785226	170	2.1	169	81	7	407	20	29	27	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19784640--19785335	366	1.9	355	81	6	835	22	28	28	20	1.99
19785385--19785437	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19792021--19792071	26	2.0	26	92	7	86	29	15	27	27	1.96
19792216--19792268	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
19792575--19793087	159	3.2	157	77	4	514	22	28	27	20	1.99
19793069--19793139	26	2.7	26	97	0	133	26	12	28	32	1.93
19793819--19793871	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19793844--19794257	159	2.6	158	76	4	384	24	27	28	19	1.99
19794320--19794371	26	2.0	26	88	0	77	26	21	25	26	1.99
19794687--19794737	26	2.0	26	88	7	77	29	13	23	33	1.93
19794872--19794924	26	2.0	26	85	7	72	24	18	28	28	1.98
19795081--19795133	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
19795106--19795504	158	2.5	159	78	4	430	24	29	27	18	1.98
19795580--19795632	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
19795436--19795789	183	1.9	182	83	2	451	23	26	27	22	2.00
19796502--19796554	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
19796343--19796712	184	2.0	184	84	1	481	25	28	25	20	1.99
19796027--19797129	501	2.2	501	82	3	1319	25	28	27	18	1.98
19796528--19797021	158	3.1	157	81	6	568	23	30	28	17	1.97
19797005--19797055	26	2.0	26	92	0	84	25	13	29	31	1.94
19797750--19798091	158	2.2	156	82	3	409	22	31	27	18	1.97
19798065--19798116	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19798403--19798455	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
19799467--19799519	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
19799308--19799847	184	3.0	180	74	10	480	24	28	25	21	1.99
19800150--19800202	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
19800505--19800557	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19801148--19801264	60	2.0	60	94	0	207	14	39	19	26	1.90
19801263--19801315	26	2.0	26	85	7	72	24	18	28	28	1.98
19801632--19801683	26	2.0	26	85	7	70	30	17	23	28	1.97
19801472--19801834	185	2.0	184	83	3	462	24	26	27	21	1.99
19802134--19802186	26	2.0	26	85	0	70	28	16	26	28	1.97
19803198--19803268	26	2.7	25	87	8	97	29	16	25	28	1.97
19803432--19803484	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19803457--19803959	158	3.2	158	76	6	453	23	28	26	21	1.99
19803933--19803984	25	2.0	26	88	3	79	26	15	25	32	1.95
19804551--19804603	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
19806094--19806146	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
19806302--19806354	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
19806391--19806765	159	2.4	159	78	5	377	22	30	25	21	1.99
19806749--19806798	26	1.9	26	92	8	84	28	16	30	26	1.96
19806943--19806995	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19806736--19807099	196	1.9	196	84	5	495	24	26	26	22	2.00
19806968--19807351	158	2.4	158	79	3	412	25	29	24	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19806968--19807398	159	2.7	158	78	4	422	25	30	24	19	1.98
19807443--19807495	26	2.0	26	92	0	88	24	16	30	28	1.97
19807863--19807915	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19808297--19808322	13	2.0	13	100	0	52	23	23	46	7	1.78
19808416--19808466	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
19808758--19808810	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
19809621--19809673	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19810692--19811051	171	2.1	170	81	6	415	23	30	26	19	1.98
19810863--19811628	354	2.2	351	83	4	923	23	29	26	20	1.99
19811388--19811440	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19811413--19811912	158	3.2	156	74	7	381	22	29	28	19	1.98
19811886--19811964	26	3.0	26	83	7	106	25	18	25	30	1.98
19812204--19812235	11	2.6	13	85	14	50	37	0	9	53	1.34
19813007--19813508	159	3.2	157	76	4	499	22	30	26	20	1.98
19813484--19813533	26	1.9	26	91	0	82	30	20	22	28	1.98
19822040--19822338	158	1.9	157	80	4	343	23	31	26	19	1.98
19821871--19822371	159	3.2	157	74	8	451	23	29	26	20	1.99
19822347--19822398	26	2.0	26	84	0	68	28	17	26	26	1.97
19822730--19823224	159	3.1	159	84	1	582	23	25	26	24	2.00
19823578--19823630	26	2.0	26	92	7	90	32	16	24	26	1.97
19823603--19824039	159	2.8	157	77	2	471	23	29	28	18	1.98
19824047--19824399	196	1.8	196	83	2	476	24	26	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19823407--19824899	697	2.1	694	82	2	1731	23	28	26	21	1.99
19824774--19824826	26	2.0	26	85	7	72	24	20	26	28	1.99
19825165--19825591	158	2.7	155	78	4	449	21	29	26	22	1.99
19826276--19826690	159	2.6	157	80	3	445	24	28	29	18	1.98
19826954--19827319	188	2.0	184	81	7	436	23	27	26	22	2.00
19827138--19827497	158	2.2	161	80	6	408	25	30	24	19	1.98
19827207--19827534	159	2.1	158	80	5	358	25	30	25	18	1.98
19828358--19828645	158	1.8	158	83	3	382	21	29	30	17	1.97
19828358--19828701	158	2.2	158	80	4	363	22	29	29	19	1.98
19829696--19829748	26	2.0	26	85	7	72	26	18	28	26	1.98
19829139--19829895	368	2.1	367	78	3	772	22	27	26	22	1.99
19830762--19830814	26	2.0	26	85	0	70	22	18	28	30	1.98
19832184--19832646	159	2.9	157	78	4	484	24	31	26	17	1.97
19832662--19832712	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
19833040--19833092	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19839917--19839969	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
19839942--19840388	159	2.8	158	74	6	407	24	29	27	18	1.98
19839943--19840444	158	3.2	157	75	3	477	23	29	27	20	1.99
19840785--19840837	26	2.0	26	89	7	81	30	18	20	30	1.97
19840811--19841311	158	3.2	158	78	3	434	22	30	27	18	1.97
19842020--19842070	27	1.9	26	88	4	75	33	19	23	23	1.97
19842045--19842477	160	2.7	158	77	6	408	24	30	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19842717--19842769	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
19842744--19843243	158	3.2	159	75	7	385	23	28	27	21	1.99
19843218--19843269	26	2.0	26	88	3	79	23	21	28	26	1.99
19842017--19844039	696	2.9	693	82	3	2422	23	28	27	20	1.99
19843196--19843573	196	1.9	195	80	2	436	21	27	29	22	1.99
19843448--19843939	158	3.1	158	76	8	541	22	29	29	18	1.97
19843913--19843965	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19844829--19844879	26	2.0	26	84	0	66	25	15	25	33	1.95
19844643--19845055	184	2.3	183	81	3	474	26	27	24	21	1.99
19845012--19845062	26	2.0	25	84	3	66	27	17	25	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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