genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7597712--7597743	14	2.3	14	94	0	55	21	3	6	68	1.26
7610858--7610904	22	2.1	22	88	7	69	29	6	0	63	1.19
7611339--7611380	22	1.9	22	85	0	57	57	2	4	35	1.33
7611726--7611767	17	2.3	18	80	8	50	42	2	2	52	1.27
7611768--7611827	23	2.6	22	78	17	68	51	1	1	45	1.21
7613039--7613088	23	2.2	23	86	10	68	70	0	2	28	0.99
7613875--7613956	21	3.9	21	75	7	76	36	1	0	62	1.03
7614473--7614714	123	2.0	123	94	0	421	44	15	24	14	1.85
7617257--7617317	30	2.0	30	84	6	79	55	3	0	40	1.16
7624576--7624646	25	2.9	25	83	10	76	42	0	1	56	1.08
7625916--7625946	15	2.0	16	93	6	55	58	0	0	41	0.98
7626143--7626172	7	4.1	7	91	8	51	26	0	0	73	0.84
7626143--7626172	15	2.1	15	93	6	53	26	0	0	73	0.84
7626374--7626413	15	2.6	15	84	4	53	60	2	0	37	1.11
7628517--7628557	21	2.0	21	90	4	66	19	7	12	60	1.54
7629198--7629333	35	3.8	35	74	9	89	47	12	9	30	1.73
7629203--7629296	17	5.4	17	71	11	64	47	11	9	30	1.72
7629198--7629350	18	8.6	18	72	9	84	47	12	11	29	1.76
7629494--7629752	18	14.4	18	73	9	145	47	13	11	28	1.77
7629058--7629585	289	1.8	289	87	1	792	42	14	11	30	1.82
7629795--7629869	19	3.6	19	68	25	53	44	12	12	32	1.78
7630483--7630789	132	2.3	132	83	5	404	35	17	6	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7631673--7631773	41	2.5	41	84	7	118	8	17	0	73	1.08
7631705--7631777	35	2.1	36	89	5	114	8	16	0	75	1.03
7635962--7636020	27	2.2	27	81	3	66	33	8	11	45	1.71
7644155--7644198	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
7644347--7644406	25	2.5	23	89	5	84	13	26	18	41	1.87
7644580--7644614	18	1.9	18	88	0	52	22	14	25	37	1.92
7648053--7648096	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
7649377--7649405	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
7650641--7650760	34	3.5	34	79	4	116	39	10	9	41	1.70
7651817--7651935	63	1.9	63	92	3	204	43	18	10	26	1.83
7658344--7658368	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7659310--7659359	2	25.0	2	91	0	82	48	2	2	48	1.24
7664875--7664910	17	2.1	17	90	10	56	2	5	2	88	0.67
7677267--7677291	13	1.9	13	100	0	50	40	0	28	32	1.57
7680340--7680378	12	3.2	12	85	0	51	58	0	30	10	1.31
7695264--7695295	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
7696376--7696447	32	2.2	32	87	4	101	40	15	0	44	1.46
7696654--7696696	19	2.3	19	79	0	50	25	16	11	46	1.80
7698127--7698177	27	1.9	27	84	4	68	33	7	9	49	1.65
7698390--7698431	16	2.6	16	85	7	50	19	0	7	73	1.05
7698395--7698431	16	2.2	18	85	9	51	18	0	5	75	0.99
7700396--7700449	16	3.5	15	77	12	56	22	1	1	74	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7700406--7700440	18	1.9	18	88	11	54	20	0	2	77	0.90
7700922--7700970	20	2.6	19	81	9	57	30	26	2	40	1.67
7705909--7706072	84	1.9	86	80	9	194	31	15	12	40	1.85
7706044--7706103	22	2.7	23	82	14	74	33	30	6	30	1.83
7706515--7706578	22	2.8	23	77	13	62	15	7	6	70	1.31
7706541--7706573	11	3.0	11	83	16	50	15	9	3	72	1.21
7707133--7707187	13	4.5	12	77	6	58	7	1	27	63	1.31
7707341--7707445	5	19.0	5	72	16	59	20	6	0	71	1.14
7707333--7707389	30	1.9	30	89	7	89	14	8	1	75	1.11
7707368--7707420	17	3.2	16	87	10	72	20	3	1	73	1.08
7707370--7707407	17	2.2	17	100	0	76	15	5	0	78	0.91
7707395--7707442	25	2.0	24	87	4	69	25	4	2	68	1.18
7708419--7708457	20	2.0	20	90	9	64	23	2	0	74	0.94
7708721--7708756	18	2.1	18	94	5	65	38	0	0	61	0.96
7714082--7714169	28	3.2	28	69	15	92	30	10	9	50	1.67
7714077--7714188	55	2.0	55	94	0	197	32	10	9	47	1.71
7714958--7715008	23	2.3	23	80	10	61	27	7	0	64	1.21
7714981--7715047	33	2.0	33	83	11	84	28	10	1	59	1.39
7720708--7720767	32	1.9	32	86	3	86	55	3	1	40	1.27
7720805--7720875	20	3.5	20	76	12	63	23	1	1	73	1.00
7720984--7721054	38	1.9	37	83	8	92	39	2	1	56	1.23
7721049--7721103	19	2.6	22	86	11	71	20	1	5	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7721035--7721129	31	2.9	33	77	15	97	22	1	5	71	1.12
7721070--7721112	19	2.3	19	84	8	52	18	0	6	74	1.04
7721099--7721129	16	1.9	16	93	0	53	22	0	3	74	0.96
7722251--7722290	18	2.2	18	86	8	55	50	0	0	50	1.00
7722256--7722348	42	2.2	42	83	12	111	53	0	1	45	1.07
7722324--7722357	17	2.1	16	88	5	50	73	0	0	26	0.83
7722826--7722866	21	2.0	21	90	0	64	56	0	0	43	0.99
7722825--7722870	12	4.1	12	78	16	53	52	0	0	47	1.00
7723481--7723517	17	2.2	17	90	9	58	59	0	0	40	0.97
7724485--7724536	19	2.8	18	77	5	59	44	0	0	55	0.99
7724486--7724533	20	2.5	19	86	3	60	43	0	0	56	0.99
7724500--7724575	26	3.2	23	77	17	66	47	1	0	51	1.09
7726032--7726080	20	2.5	19	78	15	55	46	0	0	53	1.00
7726062--7726125	27	2.4	27	78	7	67	53	3	1	42	1.26
7726352--7726395	22	2.0	22	81	0	52	31	2	2	63	1.19
7729051--7729089	14	2.8	13	88	7	51	20	2	0	76	0.90
7729541--7729590	21	2.5	20	83	3	55	70	4	0	26	1.05
7729868--7729912	22	2.1	21	83	4	54	11	40	4	44	1.60
7735683--7735728	24	2.0	24	86	4	67	0	26	0	73	0.83
7735877--7735925	17	2.7	17	81	9	53	40	0	4	55	1.19
7737450--7737493	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
7737987--7738034	19	2.6	18	80	6	60	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7741142--7741167	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7747573--7748246	347	1.9	347	92	0	1141	39	19	14	27	1.90
7749622--7749661	20	2.0	20	85	5	53	35	2	5	57	1.34
7754310--7754425	36	3.3	35	76	7	99	37	35	18	9	1.83
7754405--7754516	30	3.6	30	76	7	125	43	33	9	13	1.77
7754936--7755072	71	1.9	71	88	1	204	35	14	18	31	1.92
7756694--7756808	57	2.0	57	94	0	203	41	13	8	35	1.76
7777534--7777575	21	2.0	22	85	4	59	40	19	16	23	1.91
7777799--7777862	22	2.8	22	80	4	74	28	17	6	48	1.71
7777799--7777887	23	3.9	23	83	4	99	26	15	7	49	1.72
7777843--7777893	24	2.2	24	89	3	77	25	13	11	49	1.76
7777821--7778151	23	14.6	22	70	15	97	29	16	9	44	1.79
7777810--7778151	22	15.1	22	70	15	103	30	16	9	43	1.79
7778053--7778133	24	3.5	24	72	11	71	29	19	7	43	1.78
7779865--7779901	6	5.8	6	93	6	56	67	0	0	32	0.91
7779865--7779899	7	5.3	7	96	3	56	71	0	0	28	0.86
7779865--7779901	13	2.9	12	88	11	56	67	0	0	32	0.91
7782908--7782975	25	2.7	25	97	0	127	47	2	0	50	1.16
7785520--7785594	24	3.2	23	73	17	64	21	4	24	50	1.65
7788008--7788119	53	2.1	53	95	1	199	41	5	10	41	1.62
7788076--7788212	69	2.0	69	88	2	204	33	5	16	43	1.72
7789679--7789848	87	2.0	87	91	0	277	23	23	18	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7793135--7793169	10	3.5	10	92	7	54	25	0	2	71	1.00
7794260--7794395	42	3.2	42	82	2	148	43	22	10	24	1.84
7794399--7794972	99	5.7	99	77	7	519	40	22	13	23	1.89
7794510--7794600	40	2.2	42	88	7	134	38	21	13	26	1.90
7794344--7794972	205	3.1	203	80	6	632	40	22	12	23	1.89
7795184--7795279	34	2.8	34	79	4	104	37	12	14	35	1.84
7800218--7800257	16	2.5	17	84	12	57	5	5	12	77	1.09
7803303--7803327	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
7804215--7804244	12	2.4	13	94	5	53	86	0	13	0	0.57
7810089--7810133	2	22.5	2	81	0	54	0	40	8	51	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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