genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14893761--14893811	26	2.0	26	92	0	84	29	13	27	29	1.94
14894902--14894952	26	2.0	26	84	7	68	27	17	23	31	1.97
14894988--14895430	159	2.8	158	77	5	419	22	30	26	19	1.98
14895404--14895456	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14895429--14895736	159	1.9	157	83	3	386	21	28	28	20	1.98
14895746--14895798	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
14895087--14895892	343	2.4	342	83	2	1005	22	28	28	20	1.99
14895588--14896324	184	4.0	185	80	5	748	24	28	26	21	1.99
14895930--14895982	26	2.0	26	85	0	70	32	20	22	24	1.98
14895588--14896324	368	2.0	366	81	3	865	24	28	26	21	1.99
14896114--14896166	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14896141--14896557	159	2.6	158	77	4	437	25	29	27	17	1.98
14896569--14896621	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
14897327--14897827	158	3.2	156	75	8	492	22	28	27	20	1.99
14897802--14897853	25	2.0	26	92	3	88	25	19	28	26	1.98
14897826--14898144	171	1.9	171	80	3	374	22	31	27	19	1.98
14899369--14899421	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
14899552--14899604	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
14900748--14900798	26	2.0	26	88	0	75	27	15	25	31	1.96
14900774--14901136	158	2.3	157	79	4	379	25	27	25	22	2.00
14901249--14901301	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14900269--14901351	501	2.2	501	80	4	1227	24	28	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14904276--14904328	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14905646--14905683	11	3.5	11	96	0	67	18	31	28	21	1.97
14905753--14905805	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
14905778--14906438	159	4.2	158	78	6	581	24	29	27	18	1.98
14906412--14906464	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
14906792--14906844	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14906817--14907263	159	2.8	159	74	4	427	22	27	29	20	1.98
14907294--14907345	25	2.0	26	96	3	97	23	17	30	28	1.97
14913611--14914401	158	4.9	158	71	12	535	22	29	27	19	1.98
14914437--14914489	26	2.0	26	88	0	79	32	20	20	26	1.98
14915317--14915369	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
14915342--14915845	159	3.2	157	73	8	455	23	29	26	19	1.98
14915819--14915871	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14915635--14916490	355	2.4	347	79	8	825	22	29	27	20	1.98
14916211--14916652	159	2.8	158	78	5	478	21	30	28	18	1.97
14916211--14916715	159	3.2	157	75	6	471	22	30	27	19	1.98
14916689--14916741	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
14917755--14917804	26	1.9	26	91	0	82	30	16	26	28	1.96
14917963--14918015	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
14918463--14918516	26	2.1	26	96	0	99	24	20	27	27	1.99
14918836--14919282	159	2.8	157	78	5	468	25	30	25	17	1.97
14920033--14920085	26	2.0	26	92	7	90	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14920058--14920392	158	2.1	158	81	5	374	21	30	28	18	1.97
14920610--14920919	159	2.0	158	82	4	383	22	31	27	18	1.97
14921649--14921698	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
14922227--14923048	159	5.2	156	73	5	558	24	30	26	19	1.98
14922226--14923048	318	2.6	313	81	4	880	24	30	26	19	1.98
14923340--14923390	26	2.0	26	84	7	68	33	13	23	29	1.93
14923851--14923903	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
14923877--14924372	159	3.1	159	75	7	353	23	30	27	18	1.98
14923306--14924555	513	2.5	498	82	5	1518	23	28	26	21	1.99
14924353--14924408	26	2.2	26	90	0	85	25	23	25	26	2.00
14924537--14924592	26	2.2	26	90	0	85	25	16	26	32	1.96
14924210--14924743	184	2.9	183	85	2	721	22	28	27	21	1.99
14925037--14925089	26	2.0	26	89	7	81	24	20	26	28	1.99
14923681--14925140	684	2.1	693	82	4	1797	23	29	27	19	1.98
14925819--14925871	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14926530--14926582	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
14926556--14927048	158	3.1	157	74	8	462	23	29	26	20	1.99
14927030--14927082	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
14928102--14928154	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
14929474--14929526	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
14930206--14930258	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
14930759--14930815	26	2.2	26	87	0	78	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14930767--14930817	26	2.0	26	92	0	84	23	17	29	29	1.97
14930856--14931153	159	1.9	159	80	3	359	24	29	26	20	1.99
14931260--14931312	26	2.0	26	85	7	72	28	15	24	32	1.95
14932373--14932952	184	3.2	183	84	1	719	23	27	27	21	1.99
14932742--14932794	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
14932767--14933269	158	3.2	158	78	6	491	23	29	26	20	1.99
14933612--14933664	26	2.0	26	92	0	88	26	16	24	32	1.97
14933814--14933866	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14934814--14934865	26	2.0	26	88	0	77	32	19	17	30	1.95
14935182--14935234	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
14935208--14935709	158	3.2	157	78	5	517	23	30	26	19	1.98
14936763--14936815	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
14938196--14938248	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14943372--14943424	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
14943594--14944045	159	2.8	159	78	4	457	22	29	28	19	1.98
14944437--14944489	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14944266--14944771	196	2.6	196	83	3	642	24	29	26	19	1.98
14944659--14945155	159	3.1	159	79	5	558	23	31	26	17	1.97
14945767--14945799	11	3.0	11	90	0	57	18	33	27	21	1.96
14949942--14950322	158	2.4	158	76	4	372	24	30	27	18	1.98
14950417--14950469	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
14950442--14950814	159	2.3	158	83	3	428	23	29	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14951793--14951845	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14952293--14952345	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14953449--14953502	26	2.1	26	92	0	90	25	20	27	25	1.99
14954170--14954222	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
14954196--14954696	158	3.2	157	76	5	402	22	29	27	20	1.99
14954670--14954722	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14954354--14955292	343	2.7	342	83	3	1022	23	29	27	19	1.98
14955013--14955065	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14955412--14956011	159	3.8	158	79	4	582	25	30	25	18	1.98
14956041--14956093	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14956763--14956815	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
14962744--14962769	11	2.4	11	100	0	52	11	23	38	26	1.89
14962839--14962888	26	1.9	26	88	8	75	30	20	26	24	1.98
14963035--14963087	26	2.0	26	85	0	70	26	16	28	28	1.97
14963872--14963922	26	2.0	26	92	0	84	25	9	31	33	1.88
14965097--14965149	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
14965477--14965532	26	2.2	26	90	6	87	28	17	23	30	1.97
14965502--14966253	159	4.7	156	71	7	483	22	29	27	19	1.98
14965502--14966319	318	2.6	317	83	3	1000	22	29	27	19	1.98
14966300--14966378	26	3.0	26	90	0	131	27	17	25	29	1.98
14967064--14967116	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
14967689--14967800	56	2.0	56	91	0	179	13	41	21	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14967786--14968075	158	1.8	158	86	2	422	21	30	31	16	1.95
14968126--14968178	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
14969310--14969362	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14969335--14970088	159	4.7	159	76	6	605	21	29	29	19	1.98
14970145--14970197	26	2.0	26	86	13	74	28	18	26	26	1.98
14970487--14970537	26	2.0	26	88	0	75	27	13	27	31	1.94
14970869--14971260	185	2.1	185	79	4	407	25	27	25	22	2.00
14972807--14973099	159	1.8	159	79	5	342	24	30	24	19	1.98
14973161--14973619	158	2.9	157	75	9	403	23	31	25	19	1.98
14973636--14973688	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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