genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   

This is table  119  of  138  ( 16447 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17249958--17250010	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17249799--17250170	185	2.0	185	85	4	500	21	28	27	23	1.99
17249894--17250702	356	2.3	355	80	6	839	21	26	27	23	1.99
17250553--17250591	19	2.1	19	90	0	60	35	25	33	5	1.78
17250834--17250886	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17251044--17251096	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
17251483--17251512	11	2.7	11	89	0	51	20	30	30	20	1.97
17252566--17252621	26	2.2	26	93	6	96	28	19	19	32	1.97
17253287--17253339	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17253313--17253814	158	3.2	158	81	4	566	20	26	29	23	1.99
17253788--17253840	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
17253247--17254210	513	1.9	501	84	4	1279	20	26	29	23	1.99
17253247--17254326	513	2.1	500	82	4	1270	20	26	29	23	1.99
17254589--17254641	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
17254838--17254890	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
17255048--17255100	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
17255389--17255441	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
17256109--17256187	26	3.0	26	90	3	124	26	24	20	29	1.99
17256637--17256689	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
17257004--17257056	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
17256597--17257322	364	2.0	365	80	4	809	20	25	29	24	1.99
17258222--17258274	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17258377--17258678	158	1.9	158	79	4	340	18	28	31	21	1.97
17259473--17259876	159	2.5	158	76	4	398	20	26	29	24	1.99
17259850--17259901	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
17259690--17260060	184	2.0	185	81	3	426	20	24	29	25	1.99
17259875--17260237	158	2.3	158	76	5	374	21	26	28	23	1.99
17260350--17260402	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
17259276--17260854	501	3.2	497	82	2	1813	20	27	29	23	1.99
17260700--17261024	170	2.0	164	81	9	378	21	26	29	21	1.99
17260748--17261080	170	2.0	170	82	4	404	21	26	29	21	1.99
17261192--17261244	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17261375--17261426	26	2.0	25	92	3	86	26	25	21	26	1.99
17262129--17262507	159	2.4	159	73	10	346	19	25	30	23	1.98
17262022--17262988	500	1.9	501	83	3	1259	19	27	29	23	1.98
17262623--17263007	159	2.4	157	74	7	368	21	27	29	22	1.99
17263098--17263150	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17263464--17263516	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
17263967--17264019	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17265193--17265245	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
17265134--17265587	183	2.5	184	81	4	531	20	28	27	23	1.99
17265377--17265427	26	2.0	26	88	0	75	29	29	13	27	1.94
17265219--17265929	342	2.1	342	81	6	798	23	27	27	22	1.99
17264915--17265917	527	1.9	527	86	2	1415	22	26	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17266220--17266272	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
17268602--17268654	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
17268378--17268728	183	1.9	183	83	3	447	25	27	27	20	1.99
17269347--17269424	26	3.0	26	100	0	156	30	19	23	26	1.98
17269746--17269798	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17269378--17269864	184	2.6	184	84	1	627	25	28	26	20	1.99
17270468--17270520	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
17271360--17271661	158	1.9	158	85	1	417	23	30	28	18	1.97
17271360--17271706	158	2.2	157	81	5	403	23	29	27	19	1.99
17271679--17271732	26	2.1	26	92	0	90	27	22	25	24	2.00
17270651--17271802	342	3.3	338	75	10	1022	22	28	28	19	1.98
17272427--17272840	159	2.6	157	76	7	390	25	28	27	18	1.98
17273279--17273331	26	2.0	26	85	7	72	32	22	20	24	1.98
17273304--17273721	159	2.6	158	75	4	430	24	27	28	19	1.98
17273304--17273769	158	2.9	157	74	5	427	23	28	27	20	1.99
17274160--17274212	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
17272397--17276977	881	5.2	877	82	4	4906	22	29	27	20	1.98
17275055--17275555	158	3.2	156	75	8	453	22	30	28	19	1.98
17275954--17276445	158	3.1	158	74	7	359	22	31	27	18	1.97
17276775--17276827	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
17276616--17277084	184	2.5	184	84	2	602	21	28	30	19	1.97
17278024--17278076	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17278404--17278456	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
17278429--17278869	159	2.8	157	79	6	471	24	30	27	17	1.97
17285698--17285750	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17286034--17286086	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
17286156--17286181	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
17286728--17287585	316	2.7	317	84	3	1025	20	27	28	23	1.99
17286741--17287585	159	5.3	157	74	7	579	20	27	28	23	1.99
17288281--17288333	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
17288342--17288651	159	2.0	158	85	0	422	17	27	31	22	1.97
17288624--17288676	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17289358--17289410	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
17289419--17289728	159	2.0	158	86	0	431	18	27	31	22	1.97
17289701--17289753	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17289727--17290095	171	2.2	171	81	4	422	20	27	30	22	1.98
17290069--17290120	25	2.0	26	92	3	88	30	28	15	25	1.96
17291277--17291355	26	3.0	26	94	0	131	29	27	17	25	1.98
17297957--17298007	26	2.0	26	92	0	84	27	23	21	27	1.99
17298640--17298692	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
17297745--17299167	685	2.1	685	81	3	1657	20	26	29	24	1.99
17300554--17300606	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
17300616--17300927	171	1.8	170	80	2	374	18	28	32	20	1.96
17302242--17302675	159	2.7	159	78	5	408	17	27	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17302805--17304360	159	9.6	158	73	11	829	19	28	30	22	1.98
17302745--17303819	317	3.4	315	78	8	980	18	28	30	22	1.97
17302766--17303819	476	2.2	476	82	6	1230	18	28	29	22	1.97
17303147--17305007	671	2.8	672	81	2	2142	19	27	30	22	1.98
17304544--17305007	159	2.9	159	80	6	510	18	28	30	22	1.97
17304979--17305031	26	2.0	26	82	7	63	28	20	18	32	1.97
17305683--17305734	26	2.0	26	88	7	79	32	21	17	28	1.96
17306048--17306100	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17306076--17306571	158	3.2	155	76	6	466	19	28	28	22	1.98
17306545--17306597	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17306668--17306699	11	2.9	11	90	0	55	28	28	28	15	1.96
17313900--17314402	159	3.2	158	72	9	450	21	25	29	24	1.99
17314743--17314795	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17316262--17316617	159	2.2	159	80	4	396	20	24	28	26	1.99
17317048--17317348	159	1.9	159	83	6	398	18	27	31	22	1.97
17318017--17318384	159	2.3	158	81	6	438	17	25	32	24	1.97
17319056--17319108	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
17319583--17319635	26	2.0	26	85	0	70	30	26	18	24	1.98
17319682--17319977	158	1.9	158	79	5	339	17	27	30	24	1.97
17320084--17320136	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
17321102--17321995	158	5.6	156	72	8	604	19	27	30	22	1.98
17321102--17321919	317	2.6	315	82	5	934	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17322409--17322461	26	2.0	26	85	7	72	24	24	22	28	2.00
17323621--17323676	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
17324134--17324186	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
17324159--17324517	159	2.3	159	79	6	370	22	28	27	20	1.99
17325382--17325885	159	3.2	159	76	5	525	22	30	28	18	1.97
17325859--17325911	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
17326580--17326632	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
17326605--17327107	158	3.2	157	77	5	447	24	30	25	19	1.98
17327081--17327132	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
17327462--17327512	26	2.0	26	84	7	68	29	17	21	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138