genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18005260--18005623	159	2.3	161	78	7	397	19	26	29	24	1.98
18005596--18005648	26	2.0	26	85	7	72	30	20	18	30	1.97
18005839--18005869	12	2.6	12	94	0	53	22	19	41	16	1.89
18006132--18006184	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
18006682--18006734	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18007601--18007651	26	2.0	26	88	0	75	29	27	13	29	1.94
18007660--18007967	159	2.0	156	81	4	359	19	27	30	23	1.98
18007940--18007992	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
18009254--18009885	344	1.8	343	83	1	836	19	26	29	24	1.99
18010018--18010070	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
18009860--18010414	184	3.0	180	80	5	574	21	26	28	24	1.99
18009901--18010414	185	2.8	181	79	4	553	20	26	28	23	1.99
18010912--18010964	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
18011465--18011517	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18011799--18011851	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
18012612--18012683	26	2.8	26	91	4	110	33	23	13	29	1.93
18013317--18013395	26	3.0	26	87	3	106	27	20	18	32	1.96
18013369--18013738	171	2.2	170	79	2	409	22	26	28	22	1.99
18013711--18013763	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
18013908--18013959	26	2.0	26	88	0	77	28	28	15	26	1.96
18013688--18014048	197	1.8	196	84	4	494	22	27	25	24	2.00
18014073--18014433	158	2.3	159	78	5	390	19	25	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18015431--18015496	22	2.8	24	81	13	91	24	24	18	33	1.97
18015966--18016017	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
18016450--18016502	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
18016882--18017242	159	2.3	159	79	3	386	22	26	27	23	2.00
18017408--18017459	26	2.0	26	92	7	88	28	26	19	25	1.98
18017751--18017803	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18019469--18019521	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
18019664--18019716	26	2.0	26	85	7	72	30	26	18	24	1.98
18019690--18020074	159	2.4	158	74	4	371	22	25	29	22	1.99
18020085--18020135	26	2.0	26	88	0	75	29	23	19	27	1.98
18020426--18020478	26	2.0	26	89	7	81	30	22	15	32	1.94
18021183--18021677	158	3.1	158	75	6	383	21	27	28	23	1.99
18022019--18022071	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
18022201--18022253	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
18021994--18022412	182	2.3	181	81	5	459	20	27	27	25	1.99
18022678--18022730	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
18022861--18022913	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
18023952--18024004	26	2.0	26	85	0	70	28	26	18	26	1.98
18024266--18024318	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18024990--18025040	26	2.0	26	92	0	84	27	27	17	27	1.98
18025477--18025529	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
18026202--18026252	26	2.0	26	88	0	75	31	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18026226--18026726	159	3.2	156	78	3	518	19	27	29	22	1.98
18026899--18026948	26	1.9	26	88	8	75	28	26	16	30	1.96
18026594--18027107	196	2.7	195	79	9	515	21	25	27	25	2.00
18026127--18027606	696	2.1	695	81	3	1711	20	26	28	24	1.99
18027777--18027829	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
18028149--18028201	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
18028687--18028739	26	2.0	26	92	0	88	26	32	18	22	1.97
18028720--18029299	159	3.7	159	75	7	523	20	26	29	22	1.99
18029361--18029413	26	2.0	26	92	0	88	30	30	15	24	1.95
18031718--18031770	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
18031744--18032245	159	3.2	157	75	6	483	21	27	28	23	1.99
18033062--18033452	60	6.7	59	75	13	389	34	13	7	44	1.72
18033062--18033452	119	3.4	115	83	10	446	34	13	7	44	1.72
18033062--18033475	112	3.6	109	80	11	329	35	12	7	44	1.71
18033465--18033521	30	1.9	30	89	7	89	75	1	7	15	1.10
18033469--18033517	13	3.8	13	75	20	50	75	2	6	16	1.09
18033584--18033616	16	2.0	17	94	5	59	75	0	0	24	0.80
18033589--18033614	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
18034517--18034582	34	1.9	35	81	9	82	69	0	3	27	1.03
18034544--18034622	29	2.8	29	75	11	74	64	2	6	26	1.30
18034629--18034667	8	4.9	8	84	12	53	82	2	0	15	0.79
18034629--18034668	16	2.5	17	88	12	66	80	2	0	17	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18034620--18034667	23	2.0	24	84	4	62	79	2	2	16	0.93
18034814--18034883	19	3.8	18	80	10	70	8	0	8	82	0.83
18034833--18034883	12	4.4	11	80	11	57	3	0	9	86	0.70
18034834--18034874	6	6.7	6	86	5	55	2	0	12	85	0.70
18034891--18035193	42	7.1	42	87	7	434	36	23	16	23	1.94
18034891--18035193	85	3.6	83	88	7	455	36	23	16	23	1.94
18036219--18036287	7	9.7	7	76	10	52	10	8	0	81	0.89
18036219--18036280	8	7.8	8	81	15	58	11	8	0	80	0.90
18036233--18036264	9	3.4	9	91	8	55	12	0	0	87	0.54
18037496--18037548	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18038559--18038611	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18038902--18038954	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18040120--18040172	26	2.0	26	86	13	74	30	24	15	30	1.95
18041540--18041895	184	1.9	184	84	0	469	20	26	29	23	1.99
18042040--18042092	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
18042875--18042927	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18043210--18043262	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18044431--18044483	26	2.0	26	86	13	74	28	24	16	30	1.97
18044664--18044694	12	2.6	12	94	0	53	35	22	32	9	1.87
18044786--18044837	26	2.0	26	85	7	70	26	23	21	28	1.99
18044812--18045316	159	3.2	159	77	5	495	19	27	29	23	1.98
18045288--18045340	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18046011--18046061	26	2.0	26	88	0	75	33	29	11	25	1.91
18046721--18047161	159	2.8	157	78	6	422	17	26	30	24	1.97
18045974--18047162	621	1.9	621	87	0	1734	19	26	28	25	1.99
18047133--18047185	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18049140--18049439	158	1.9	158	83	1	386	19	28	31	21	1.97
18049182--18049605	157	2.7	159	79	4	428	19	28	29	23	1.98
18054865--18055150	158	1.8	158	88	3	441	18	29	28	23	1.98
18054929--18055601	159	4.2	157	75	5	489	19	26	30	23	1.98
18055574--18055626	26	2.0	26	86	13	74	32	26	16	24	1.97
18061846--18061898	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
18062517--18062564	25	1.9	25	87	8	71	25	27	20	27	1.99
18061648--18063399	669	2.6	670	82	4	1912	19	27	29	23	1.99
18062604--18063082	159	3.0	157	74	5	435	18	26	31	23	1.97
18063199--18063251	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
18064129--18064623	159	3.1	157	71	6	415	20	28	28	22	1.99
18064597--18064649	26	2.1	25	92	3	88	24	26	20	28	1.99
18064806--18064855	26	1.9	26	92	8	84	24	28	20	28	1.99
18065307--18065359	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
18066031--18066083	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
18066128--18066559	159	2.7	159	87	0	612	15	28	32	23	1.96
18066535--18066584	26	1.9	26	84	8	66	26	20	22	32	1.98
18067252--18067304	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18067645--18067697	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
18067671--18068031	158	2.3	157	79	4	370	19	27	29	22	1.98
18067712--18068645	158	5.9	158	74	6	487	20	26	29	23	1.99
18067978--18068645	316	2.1	315	80	4	749	21	26	28	23	1.99
18068618--18068670	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
18069452--18069868	159	2.6	157	83	3	503	17	29	29	22	1.97
18070540--18070889	184	1.9	183	85	2	479	20	24	28	26	1.99
18070891--18070922	13	2.5	13	94	0	55	0	40	25	34	1.56
18070993--18071643	159	4.1	160	75	7	533	19	27	30	23	1.98
18071703--18071732	12	2.5	12	94	0	51	26	23	40	10	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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