genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17161012--17161389	197	1.9	197	85	1	524	22	28	27	21	1.99
17161280--17161621	159	2.2	158	80	4	384	20	26	29	23	1.99
17161278--17161779	158	3.2	156	75	7	411	20	26	29	23	1.99
17161753--17161805	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17162317--17162369	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
17163064--17163116	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17163089--17163591	159	3.2	157	75	9	452	20	26	29	23	1.99
17168970--17169022	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17169298--17169686	158	2.5	157	78	7	405	18	25	30	25	1.98
17169661--17169714	27	2.0	27	89	10	85	25	24	20	29	1.99
17170385--17170437	26	2.0	26	85	0	70	28	20	18	32	1.97
17179060--17179739	159	4.3	157	74	8	565	20	26	28	24	1.99
17178957--17179740	317	2.5	317	83	6	953	20	27	28	23	1.99
17180436--17180487	25	2.1	25	96	0	95	28	21	19	30	1.97
17180465--17180959	159	3.1	157	75	9	504	18	26	30	24	1.98
17180933--17180985	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17181448--17181499	26	2.0	26	88	7	79	32	17	17	32	1.93
17182146--17182197	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
17183360--17183412	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17183307--17183611	159	1.9	158	87	3	443	21	26	27	23	1.99
17183519--17183570	25	2.0	25	85	10	70	26	25	21	26	1.99
17183683--17184046	158	2.3	159	77	6	380	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17184018--17184070	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
17184868--17185247	159	2.4	159	81	4	435	18	27	30	24	1.98
17186596--17186645	26	1.9	26	87	0	73	30	30	12	28	1.92
17186227--17186944	343	2.1	342	83	2	897	19	26	29	24	1.98
17186685--17187118	159	2.7	157	76	6	394	17	28	30	23	1.97
17186622--17187122	158	3.2	155	75	9	474	19	27	29	23	1.98
17188141--17188193	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
17187785--17188509	343	2.1	343	84	2	945	20	26	29	24	1.99
17190636--17191066	159	2.7	158	77	6	413	18	27	29	23	1.98
17191042--17191092	26	2.0	26	84	7	68	29	25	13	31	1.94
17191690--17192146	184	2.5	183	83	5	546	18	26	29	25	1.98
17192010--17192476	158	2.9	156	76	8	419	17	26	31	24	1.97
17192571--17192603	11	3.0	11	100	0	66	18	27	36	18	1.94
17197876--17198366	159	3.1	154	75	11	476	19	25	29	24	1.99
17198340--17198392	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17199051--17199101	26	2.0	26	88	7	77	29	19	17	33	1.95
17199885--17199937	26	2.0	26	85	0	70	30	22	16	30	1.96
17200266--17200318	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
17200358--17200791	157	2.8	157	78	4	462	18	27	29	24	1.98
17200765--17200817	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17201974--17202026	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
17202342--17202393	25	2.0	26	92	3	88	26	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17203565--17203615	26	2.0	26	84	0	66	29	27	13	29	1.94
17203784--17204081	159	1.9	158	82	2	373	19	26	31	23	1.98
17204066--17204118	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17203908--17204278	184	2.0	185	87	1	530	19	26	29	23	1.98
17204092--17204595	159	3.2	155	72	9	435	20	25	30	24	1.98
17203547--17204830	503	2.5	500	82	4	1425	20	25	29	23	1.99
17204569--17204621	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17204949--17205001	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
17205026--17205465	159	2.8	158	80	3	490	18	26	30	24	1.98
17205437--17205489	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17212086--17212138	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17212112--17212584	150	3.2	151	81	8	530	17	28	32	21	1.96
17212556--17212608	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17212918--17212970	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
17213240--17213292	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
17213526--17213578	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17214371--17214423	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
17214473--17215331	355	2.4	355	82	3	996	20	27	29	22	1.98
17215594--17215646	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
17214656--17217050	868	2.8	861	81	5	2509	20	26	29	23	1.99
17216463--17216515	26	2.0	26	85	7	72	26	18	20	33	1.96
17216868--17217208	158	2.2	156	81	6	377	19	25	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17217182--17217234	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17217904--17217956	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17220412--17220461	26	1.9	26	92	8	84	24	28	20	28	1.99
17220575--17221156	159	3.7	158	74	6	421	19	25	30	23	1.98
17220442--17221255	318	2.6	313	82	6	928	19	26	30	23	1.98
17221228--17221280	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17221078--17221426	184	1.9	184	81	3	425	21	26	28	23	1.99
17221698--17221753	26	2.2	26	87	6	78	30	21	17	30	1.96
17221789--17222429	158	4.1	154	74	7	495	18	26	30	23	1.98
17223375--17223427	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
17223869--17223921	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17224970--17225022	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
17225470--17225522	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
17225654--17225706	26	2.0	26	96	0	97	28	26	20	24	1.99
17225313--17225771	184	2.5	184	79	3	503	22	25	28	23	1.99
17225997--17226049	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17226697--17226749	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17227774--17227826	26	2.0	26	89	7	81	32	24	16	26	1.97
17227872--17228986	158	6.7	157	69	16	550	18	28	30	22	1.97
17228458--17228510	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17229155--17229207	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
17229875--17230414	158	3.4	156	74	7	410	18	26	31	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17229996--17230406	157	2.6	157	76	5	398	17	26	31	24	1.97
17231019--17231071	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
17231749--17231801	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17231775--17232263	158	3.1	158	76	4	500	18	27	30	23	1.97
17232251--17232301	26	2.0	26	84	0	66	29	25	15	29	1.96
17232097--17232444	184	1.9	184	83	1	446	18	25	31	24	1.97
17232619--17232671	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
17233889--17234275	159	2.5	157	75	7	377	19	26	31	23	1.98
17234205--17234565	184	2.0	184	82	4	451	19	25	29	25	1.98
17234793--17235081	160	1.8	159	81	3	357	19	28	29	22	1.98
17234286--17235081	355	2.3	348	81	5	910	20	27	28	23	1.99
17234737--17235239	159	3.2	158	76	4	442	21	26	28	23	1.99
17235213--17235265	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
17235926--17235976	26	2.0	26	88	7	77	33	27	15	23	1.95
17236266--17236318	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17238065--17238137	27	2.7	28	87	8	73	31	19	36	12	1.88
17238085--17238135	27	2.0	24	96	4	75	31	17	37	13	1.89
17242639--17243224	164	3.6	159	74	7	469	20	27	28	23	1.99
17243197--17243249	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
17243881--17243934	26	2.0	27	89	3	83	27	27	18	25	1.98
17243974--17244338	159	2.3	159	83	3	468	18	30	29	21	1.97
17244677--17244729	26	2.0	26	92	0	88	30	30	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17244767--17245342	304	1.9	304	82	3	730	18	26	30	24	1.98
17245324--17245376	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
17246498--17246550	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
17247170--17247222	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
17247196--17247534	159	2.1	158	81	3	387	19	27	30	23	1.98
17248265--17248762	157	3.2	158	77	6	483	19	27	30	22	1.98
17248794--17248826	12	2.8	12	95	0	57	21	27	42	9	1.83
17249259--17249311	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
17249456--17249505	26	1.9	26	88	8	75	24	28	20	28	1.99
17249152--17249510	197	1.8	197	88	1	549	21	25	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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