genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14178660--14178729	26	2.7	26	86	0	104	32	18	21	27	1.97
14178873--14178925	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
14179422--14179491	26	2.7	26	90	0	113	31	20	24	24	1.98
14179636--14179687	26	2.0	26	92	7	88	30	19	21	28	1.97
14179661--14180188	159	3.3	157	77	5	524	23	29	26	20	1.98
14179660--14180236	317	1.8	318	80	1	710	23	29	27	19	1.98
14187221--14187273	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14187625--14188063	159	2.8	155	80	4	477	23	28	27	20	1.99
14188102--14188152	26	2.0	26	88	7	77	25	11	31	31	1.92
14188821--14188873	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
14189479--14189968	158	3.1	159	77	7	507	22	28	27	20	1.99
14190004--14190056	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14188846--14190491	671	2.5	664	79	6	1637	23	30	27	19	1.98
14189516--14190634	513	2.2	500	81	5	1230	22	28	28	19	1.98
14190030--14190529	159	3.2	158	80	3	583	21	29	29	19	1.97
14190506--14190555	26	1.9	26	91	0	82	26	20	28	26	1.99
14191572--14191625	26	2.1	26	93	6	92	27	22	25	24	2.00
14191766--14191818	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
14192989--14193041	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
14193332--14193384	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
14194056--14194108	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
14194399--14194451	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14194396--14194758	198	1.8	197	85	4	507	24	26	27	21	1.99
14194622--14195059	159	2.8	157	79	10	432	22	28	29	19	1.98
14195821--14195873	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
14196164--14196216	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
14196161--14196523	198	1.8	197	85	4	507	24	26	27	21	1.99
14196690--14197061	159	2.3	157	80	5	408	22	30	27	20	1.98
14196690--14196997	159	1.9	158	85	5	417	22	31	28	17	1.97
14197035--14197087	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14197953--14198005	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
14199451--14199500	26	1.9	26	87	0	73	24	18	30	28	1.97
14199648--14199700	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14199674--14200179	158	3.2	158	73	2	451	22	28	27	21	1.99
14200504--14200554	26	2.0	26	88	0	75	25	17	25	31	1.97
14199951--14200628	355	1.9	355	84	1	919	22	29	27	19	1.98
14201777--14201826	26	1.9	26	88	8	75	30	20	24	26	1.98
14202277--14202329	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
14202644--14202696	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14202118--14202986	367	2.4	368	79	3	937	23	27	27	21	1.99
14203486--14203538	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14204198--14204250	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
14204700--14204750	26	2.0	26	84	0	66	29	17	25	27	1.98
14205419--14205471	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14204677--14205712	355	2.9	352	80	6	1079	24	28	26	20	1.99
14205444--14205945	157	3.2	158	78	7	491	24	30	26	18	1.98
14205919--14205990	26	2.7	26	93	2	117	27	18	27	26	1.98
14206639--14206691	26	2.0	26	100	0	106	22	13	30	33	1.92
14207047--14207546	158	3.2	156	80	6	515	22	29	28	19	1.98
14207520--14207572	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
14214141--14214193	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
14215463--14215518	26	2.2	26	96	0	103	25	16	28	30	1.96
14215793--14215817	12	2.1	12	100	0	50	8	40	28	24	1.83
14216744--14216796	26	2.0	26	85	7	72	28	16	26	28	1.97
14216769--14217184	159	2.6	157	80	3	485	23	28	29	18	1.97
14217625--14217677	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14217650--14218072	159	2.7	158	77	5	399	23	29	28	18	1.98
14218846--14218898	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
14218871--14219365	159	3.1	158	76	7	459	24	29	26	19	1.98
14219346--14219398	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14219371--14219738	171	2.2	171	78	5	386	22	29	26	21	1.99
14221126--14221178	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14221544--14221596	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
14222426--14222478	26	2.0	26	82	7	63	28	13	26	32	1.93
14225457--14225509	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
14225667--14225717	26	2.0	26	84	7	68	31	17	21	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14225812--14225854	21	2.0	21	100	0	86	23	46	9	20	1.79
14226062--14226121	27	2.2	27	81	0	66	23	8	8	60	1.53
14226311--14226976	355	1.9	355	79	5	772	23	27	27	21	1.99
14226705--14227191	158	3.1	158	76	5	437	23	31	26	18	1.98
14226346--14227504	501	2.3	502	77	6	1122	23	29	27	20	1.99
14226855--14227622	343	2.2	342	81	4	902	24	28	27	20	1.99
14227710--14227762	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14227510--14227865	196	1.8	196	83	6	479	25	27	26	20	1.99
14227894--14227946	26	2.0	26	96	0	97	22	18	30	28	1.98
14228578--14228630	26	2.0	26	82	7	63	30	18	24	26	1.98
14230167--14230219	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
14230337--14230795	159	2.9	159	80	4	421	24	29	27	18	1.98
14230651--14230707	26	2.2	26	100	0	114	29	19	22	28	1.98
14231524--14231573	26	1.9	26	88	8	75	30	14	24	32	1.94
14231550--14231986	159	2.8	158	80	3	457	25	29	25	19	1.98
14232024--14232076	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14232807--14232859	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14233478--14233527	26	1.9	26	95	0	91	28	20	28	24	1.99
14233666--14233718	26	2.0	26	96	0	97	32	20	22	24	1.98
14233782--14234089	167	1.8	166	80	3	368	25	28	26	19	1.99
14233961--14234269	159	1.9	159	81	3	363	22	30	28	18	1.97
14234307--14234359	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14234313--14234366	26	2.0	26	89	3	81	22	22	27	27	1.99
14234675--14234727	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
14235176--14235228	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14235903--14235955	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
14236246--14236298	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14236087--14236643	196	3.0	183	76	9	539	23	27	27	21	1.99
14236942--14236990	25	1.9	26	95	4	91	30	20	22	26	1.98
14237159--14237821	158	4.1	160	76	8	433	23	28	25	21	1.99
14237301--14237821	158	3.3	157	78	5	505	23	29	25	21	1.99
14237795--14237847	26	2.0	26	85	7	72	22	16	30	30	1.96
14238006--14238058	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
14239369--14239421	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
14238783--14239740	481	2.0	481	82	2	1183	22	30	26	20	1.98
14239869--14239921	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14240492--14240544	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
14240838--14240887	26	1.9	26	95	0	91	26	20	30	24	1.98
14249096--14249597	158	3.2	157	79	4	542	24	29	26	19	1.98
14250292--14250344	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14251464--14251902	159	2.8	158	76	4	427	23	30	27	18	1.98
14251940--14251992	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
14252294--14252346	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
14250938--14252898	855	2.3	848	82	4	2311	24	28	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14252320--14252693	158	2.4	158	78	6	380	24	29	26	20	1.99
14253551--14253583	15	2.2	15	94	0	57	33	12	24	30	1.91
14253578--14254070	158	3.1	158	76	5	485	25	30	26	18	1.98
14254777--14254829	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
14254960--14255012	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
14255328--14255380	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14255169--14255732	184	3.0	182	75	10	553	23	28	26	21	1.99
14255522--14255574	26	2.0	26	88	0	79	32	18	18	30	1.96
14256023--14256075	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
14256745--14256797	26	2.0	26	82	7	63	30	16	22	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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