genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18071860--18072207	158	2.2	158	83	5	418	20	28	28	22	1.99
18071948--18072525	158	3.6	157	77	6	500	19	27	28	24	1.98
18072498--18072550	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
18073923--18074277	158	2.2	159	79	7	391	20	25	29	25	1.99
18074458--18074510	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
18074559--18075145	159	3.7	158	81	3	635	17	28	31	23	1.97
18075118--18075170	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
18075533--18076344	317	2.6	316	81	3	882	20	26	29	23	1.99
18075599--18076334	159	4.6	157	77	5	599	18	27	30	23	1.98
18077036--18077086	26	2.0	26	96	0	93	27	31	15	25	1.96
18077882--18077934	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
18078222--18078272	26	2.0	26	92	0	84	23	31	19	25	1.98
18077455--18078619	340	3.4	341	81	5	1236	19	27	28	23	1.99
18080684--18080736	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
18080880--18080932	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
18080581--18080959	196	1.9	196	85	3	521	22	25	27	24	2.00
18080906--18081407	158	3.2	157	76	6	503	20	26	28	23	1.99
18082949--18083001	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
18082975--18083469	159	3.1	156	78	7	478	19	27	30	23	1.98
18083450--18083503	26	2.1	26	82	6	65	29	24	18	27	1.98
18084174--18084224	26	2.0	26	92	0	84	29	31	13	25	1.94
18084200--18084699	159	3.2	155	76	7	479	19	27	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18086903--18086955	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
18086990--18087281	159	1.8	159	82	1	370	17	26	31	24	1.97
18086981--18087312	159	2.1	158	79	2	360	18	26	32	22	1.97
18087600--18087652	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
18088318--18088373	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
18088768--18088820	26	2.0	26	92	7	90	28	22	18	30	1.98
18089149--18089201	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
18089650--18089702	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18089859--18089911	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
18090202--18090253	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
18091021--18091073	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18092215--18092253	17	2.3	17	95	0	69	10	7	58	23	1.56
18093404--18093715	170	1.8	169	81	4	387	20	24	31	24	1.98
18093704--18093756	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18093493--18094318	369	2.3	361	82	4	954	20	26	29	23	1.99
18094764--18094816	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
18096329--18096381	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18097226--18097278	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
18097383--18097755	159	2.4	158	80	7	425	20	24	29	24	1.99
18097727--18097778	26	2.0	25	92	3	86	26	21	21	30	1.98
18098092--18098144	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
18098278--18098330	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18098617--18098670	26	2.1	26	89	6	83	22	22	22	33	1.97
18098879--18098930	25	2.0	26	85	10	72	26	23	19	30	1.98
18100106--18100211	56	1.9	56	98	0	203	27	25	36	10	1.88
18100794--18100843	26	1.9	26	92	8	84	24	24	20	32	1.98
18101192--18101242	25	2.0	26	88	3	77	29	27	15	27	1.96
18101218--18102034	157	5.2	156	75	6	655	19	27	30	22	1.98
18101218--18102035	316	2.6	315	84	3	986	19	27	30	22	1.98
18102005--18102060	26	2.2	26	87	6	78	32	23	16	28	1.96
18102388--18102440	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
18102917--18102967	26	2.0	26	92	7	86	27	21	21	29	1.99
18104510--18104560	26	2.0	26	84	7	68	31	25	15	27	1.96
18111506--18112316	159	5.1	157	76	6	753	18	26	31	23	1.97
18111506--18112326	317	2.6	316	87	1	1144	18	26	31	23	1.97
18112666--18112718	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
18112212--18113376	342	3.3	343	79	6	1026	19	27	29	23	1.98
18113008--18113060	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
18113034--18114159	158	7.1	158	75	4	980	18	27	30	22	1.97
18113034--18114169	317	3.6	317	86	1	1409	18	27	30	23	1.98
18114509--18114561	26	2.0	26	88	0	79	26	22	18	32	1.97
18113964--18115220	343	3.6	340	79	7	1138	20	26	29	23	1.98
18114852--18114904	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
18115352--18115404	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18116072--18116124	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
18116098--18116591	159	3.1	157	81	4	546	17	26	32	23	1.97
18117298--18117350	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18116944--18117667	343	2.1	343	82	3	857	20	26	29	23	1.99
18117324--18117827	158	3.2	159	76	6	423	21	26	28	23	1.99
18117799--18117851	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
18122208--18122681	45	10.6	44	80	5	456	16	36	29	16	1.91
18122212--18122681	90	5.3	88	83	4	512	16	37	29	16	1.91
18122212--18122681	177	2.6	179	83	4	543	16	37	29	16	1.91
18134701--18134747	22	2.1	23	92	4	78	36	2	0	61	1.08
18141661--18141702	20	2.1	20	100	0	84	45	16	14	23	1.84
18144340--18144583	128	1.9	127	83	5	312	46	10	8	34	1.68
18144616--18144856	130	1.9	129	81	6	299	45	9	6	38	1.63
18150749--18150788	16	2.6	15	88	11	55	2	25	0	72	0.97
18160170--18160221	25	2.1	25	92	0	86	34	28	11	25	1.91
18165461--18165591	25	5.2	25	78	9	99	48	9	11	30	1.72
18165471--18165591	51	2.4	51	81	11	144	47	9	11	32	1.71
18166255--18166306	25	2.1	23	86	10	68	0	15	5	78	0.92
18166267--18166304	20	1.9	20	89	10	60	0	15	5	78	0.91
18166759--18166808	6	8.0	6	80	6	55	16	0	34	50	1.45
18166758--18166806	19	2.6	18	75	9	53	14	0	36	48	1.44
18167038--18167108	32	2.2	33	82	9	85	36	5	16	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18171943--18171990	21	2.3	21	86	10	71	29	0	29	41	1.56
18172038--18172128	7	13.3	7	73	9	80	14	0	38	47	1.44
18174320--18174401	3	27.3	3	89	0	128	62	0	3	34	1.13
18176478--18176525	24	1.9	26	87	8	73	14	12	10	62	1.54
18176483--18176535	24	2.2	24	83	6	63	15	13	7	64	1.49
18176957--18177005	25	2.0	25	88	8	73	4	22	6	67	1.30
18177219--18177263	16	2.8	16	80	12	56	13	2	4	80	0.97
18177298--18177324	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
18177346--18177393	14	3.4	14	81	18	55	33	0	2	64	1.05
18178320--18178349	13	2.3	13	94	0	51	16	0	3	80	0.85
18178320--18178361	17	2.5	17	88	0	66	19	0	2	78	0.86
18178383--18178447	17	4.2	16	71	16	57	13	7	1	76	1.06
18178396--18178447	18	2.9	18	75	13	54	13	5	1	78	1.01
18178429--18178470	22	1.9	22	85	9	59	14	11	2	71	1.24
18178485--18178763	58	4.7	58	81	9	328	45	6	12	35	1.67
18182283--18182314	8	4.0	8	91	0	55	84	0	15	0	0.63
18182280--18182313	15	2.4	14	85	9	50	88	0	11	0	0.52
18182704--18182755	16	3.4	14	78	19	50	82	0	13	3	0.80
18182719--18182773	19	2.6	21	77	11	51	80	0	16	3	0.86
18182719--18182773	23	2.4	23	80	14	60	80	0	16	3	0.86
18184013--18184348	41	8.1	41	89	1	485	23	18	23	34	1.96
18184369--18184415	10	4.6	10	86	2	58	85	10	2	2	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18184354--18184415	11	5.7	10	81	12	70	83	9	1	4	0.85
18184362--18184421	21	3.0	20	87	4	84	81	10	3	5	0.95
18184369--18184421	10	5.2	10	80	13	54	81	11	3	3	0.96
18184570--18184647	16	4.9	16	71	20	56	21	1	3	73	1.07
18184570--18184603	15	2.2	16	94	5	61	17	0	2	79	0.86
18184586--18184684	12	7.9	13	67	17	50	22	2	4	71	1.13
18184570--18184753	9	20.0	9	69	17	53	25	1	4	69	1.16
18184624--18184745	12	9.9	12	68	24	53	29	1	4	64	1.21
18184816--18184860	16	2.9	16	81	12	58	22	4	4	68	1.25
18184806--18184852	16	2.8	16	83	9	58	23	6	4	65	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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