genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16628104--16628154	26	2.0	26	84	7	68	29	29	11	29	1.92
16628703--16628993	156	1.9	155	81	2	350	16	25	34	23	1.95
16629973--16630646	171	4.1	165	75	10	404	20	27	29	22	1.99
16630333--16630649	171	1.9	171	89	1	492	21	25	30	22	1.98
16631438--16631487	26	1.9	26	95	0	91	24	26	22	28	1.99
16631521--16631811	158	1.8	157	82	7	374	18	28	28	25	1.98
16631817--16631861	21	2.1	21	100	0	90	24	11	37	26	1.89
16631954--16632006	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
16632125--16632405	144	2.0	144	82	5	354	19	27	31	20	1.97
16632443--16632493	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
16632615--16633009	184	2.1	184	85	3	535	22	28	26	22	1.99
16632897--16633252	159	2.2	159	77	5	353	21	27	30	21	1.98
16633321--16633373	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
16634095--16634147	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
16634121--16634623	158	3.2	156	77	6	496	20	28	29	22	1.98
16635664--16635716	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
16635776--16636192	159	2.6	159	78	5	414	17	29	29	23	1.97
16636164--16636216	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16638225--16638277	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
16638250--16638655	158	2.6	156	75	9	394	25	27	27	19	1.99
16639077--16639129	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
16639621--16639923	159	1.9	158	83	2	392	22	30	29	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16639937--16639989	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
16641172--16641224	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
16642736--16642788	26	2.0	26	85	7	72	28	16	26	28	1.97
16642761--16643260	159	3.2	157	75	4	425	22	28	27	21	1.99
16645040--16645079	17	2.4	17	91	0	71	25	45	22	7	1.78
16645125--16645615	171	2.9	169	84	3	617	22	31	27	18	1.97
16652047--16652105	26	2.2	26	81	3	64	35	25	18	20	1.95
16654166--16654219	27	2.0	27	92	3	92	27	20	24	27	1.99
16654669--16654721	26	2.0	26	88	0	79	26	15	28	30	1.96
16654985--16655035	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
16654491--16655088	316	1.9	316	81	2	716	23	27	27	20	1.99
16655704--16655773	26	2.7	26	90	0	122	28	18	25	27	1.98
16656070--16656122	26	2.0	26	85	3	70	22	18	28	30	1.98
16656515--16656934	158	2.7	158	78	4	405	22	30	26	20	1.98
16657739--16657796	26	2.2	27	87	9	84	24	17	27	31	1.97
16656208--16657816	821	2.0	821	82	3	1988	23	29	25	20	1.99
16658461--16658539	26	3.0	26	94	3	133	31	20	21	26	1.98
16658830--16658881	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
16658813--16659181	196	1.9	196	83	5	478	23	27	26	22	2.00
16659368--16659933	184	3.0	183	76	9	557	24	27	27	20	1.99
16659488--16659845	196	1.8	195	82	3	459	24	26	27	20	1.99
16658513--16660396	697	2.7	692	81	4	2128	23	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16659749--16660249	158	3.2	157	75	8	424	23	29	26	19	1.99
16660223--16660275	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16660933--16660985	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
16660033--16661070	343	2.9	346	78	8	1083	23	29	26	19	1.99
16660929--16661720	196	4.2	194	79	7	652	24	27	25	21	1.99
16661509--16661561	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16661108--16661720	184	3.3	183	79	6	536	25	28	24	21	1.99
16661535--16662030	159	3.1	155	71	10	403	25	30	25	18	1.98
16662010--16662062	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
16662378--16662430	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16662219--16662588	184	2.0	184	81	3	431	27	28	23	20	1.99
16662404--16662781	150	2.4	156	83	5	439	25	30	24	20	1.99
16662903--16663339	196	2.2	196	87	1	617	25	30	24	19	1.98
16662903--16663423	196	2.7	195	83	3	526	25	30	24	19	1.98
16663288--16663790	159	3.2	159	75	6	414	23	30	26	20	1.98
16663618--16664074	184	2.5	184	81	3	510	24	27	28	20	1.99
16663948--16664000	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16665359--16665410	26	2.0	25	85	3	68	32	23	19	25	1.97
16665739--16666232	159	3.1	158	78	5	523	21	28	28	21	1.98
16666206--16666258	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
16668258--16668308	26	2.0	26	88	0	75	25	11	27	35	1.91
16669516--16669568	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16671234--16671286	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16671443--16671812	184	2.0	184	87	2	537	24	28	26	20	1.99
16671637--16672129	158	3.1	157	79	5	537	23	29	27	19	1.98
16672103--16672158	26	2.2	26	93	6	96	28	19	23	28	1.98
16671944--16672313	184	2.0	184	82	3	449	24	29	25	20	1.99
16672128--16672559	159	2.7	157	77	7	424	23	28	27	19	1.98
16672604--16672656	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
16671439--16672700	501	2.5	501	87	1	1868	24	28	27	20	1.99
16674308--16674360	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
16674333--16674701	171	2.2	171	78	6	372	22	27	28	21	1.99
16674675--16674727	26	2.0	26	85	7	72	30	22	22	24	1.99
16674701--16675203	159	3.2	158	76	10	475	23	30	25	20	1.98
16675177--16675229	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
16675895--16675946	26	2.0	25	89	10	79	28	19	25	26	1.98
16675921--16676422	159	3.2	158	73	6	428	24	29	25	20	1.99
16676396--16676448	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
16676079--16676830	355	2.2	343	83	5	904	25	27	26	21	1.99
16677250--16677302	26	2.0	26	89	7	81	24	18	24	32	1.97
16677986--16678478	156	3.1	156	74	7	433	24	30	25	18	1.98
16678459--16678508	26	2.0	26	92	4	84	28	20	24	28	1.99
16678817--16678869	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
16678645--16679093	200	2.3	199	82	4	523	26	28	24	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16679018--16679068	26	2.0	26	84	7	68	35	13	25	25	1.93
16679044--16679538	159	3.1	158	75	5	397	24	27	26	21	1.99
16680254--16680323	26	2.7	26	93	0	122	32	18	22	25	1.97
16680649--16680802	84	1.8	84	87	2	229	27	25	31	15	1.96
16681067--16681119	26	2.0	26	89	7	81	33	18	18	28	1.95
16680908--16681270	184	2.0	184	80	3	417	26	28	23	22	1.99
16681567--16681616	26	1.9	26	91	0	82	28	18	28	26	1.98
16681779--16682217	196	2.2	196	79	5	449	26	26	25	21	1.99
16682143--16682195	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16689179--16689231	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
16689753--16689831	26	3.0	26	90	3	124	30	18	22	27	1.98
16690281--16690333	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
16690534--16690590	26	2.2	26	78	9	62	26	5	8	59	1.48
16691003--16691055	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16691819--16691858	12	3.3	12	92	0	62	5	37	27	30	1.78
16691884--16691933	26	1.9	26	88	8	75	32	16	22	30	1.95
16692068--16692120	26	2.0	26	85	0	70	26	13	28	32	1.93
16692065--16693591	710	2.2	710	81	3	1757	24	27	26	21	1.99
16693488--16693540	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16693868--16693920	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
16694368--16694420	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16695101--16695152	26	2.0	25	88	3	77	28	21	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16695670--16696115	158	2.8	156	73	7	416	22	31	28	17	1.97
16696146--16696197	26	2.0	26	92	0	86	25	9	28	36	1.87
16698891--16698944	26	2.1	26	86	6	74	27	20	22	29	1.98
16700218--16700270	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
16700760--16701255	157	3.2	157	73	8	355	25	28	26	19	1.99
16700215--16701308	513	2.2	513	82	5	1282	25	28	26	20	1.99
16701229--16701281	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
16701858--16701890	11	3.0	11	95	0	57	18	33	27	21	1.96
16703351--16703639	156	1.8	158	80	6	354	25	28	25	20	1.99
16703517--16703976	160	2.9	158	80	4	525	24	31	26	17	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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