genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16390480--16390532	26	2.0	26	88	0	79	30	26	15	28	1.96
16391105--16391209	26	4.0	26	97	0	192	29	29	17	23	1.97
16392172--16392535	159	2.3	159	82	5	448	20	26	28	23	1.99
16392508--16392560	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
16393430--16393482	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16392105--16393798	712	2.4	709	82	3	1974	20	27	28	23	1.99
16393772--16393824	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16394576--16394857	157	1.8	156	83	5	381	17	28	30	23	1.97
16394990--16395042	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16395200--16395265	26	2.6	26	90	2	98	28	25	18	27	1.98
16395200--16395273	26	2.9	25	80	9	87	27	27	17	28	1.98
16395252--16395749	157	3.2	155	71	9	425	20	27	29	23	1.99
16395723--16395775	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
16395933--16395985	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
16396015--16396304	160	1.8	158	84	1	400	17	27	31	23	1.97
16396277--16396329	26	2.0	26	82	13	65	28	22	18	30	1.98
16396756--16396808	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
16397258--16397310	26	2.0	26	85	7	72	32	22	15	30	1.94
16396839--16397907	514	2.1	505	82	2	1287	20	26	29	23	1.99
16397765--16397815	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
16397656--16398038	196	2.0	195	85	1	525	22	26	27	22	1.99
16398283--16398361	26	3.0	26	88	0	113	29	25	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16398470--16398834	158	2.3	157	78	7	373	18	26	30	23	1.98
16399357--16399409	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16405843--16405895	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16405869--16406369	159	3.2	156	77	5	515	20	26	29	23	1.99
16406343--16406395	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16407179--16407228	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
16407531--16407583	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
16407557--16407990	159	2.7	158	72	6	360	18	25	31	23	1.98
16407202--16409223	672	3.0	672	85	0	2618	19	27	30	22	1.98
16408277--16408765	158	3.1	158	78	5	549	18	29	31	21	1.96
16409404--16410537	317	3.6	313	73	9	962	21	27	27	22	1.99
16410037--16410536	158	3.2	157	74	5	470	20	27	28	23	1.99
16411714--16411766	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
16415326--16415378	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16415706--16415758	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
16415732--16416231	157	3.2	158	75	4	481	20	27	29	23	1.99
16416205--16416257	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
16416960--16417293	158	2.1	157	80	3	368	21	26	27	23	1.99
16417267--16417319	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
16416892--16417668	341	2.3	341	80	4	845	22	27	26	23	2.00
16419444--16419496	25	2.1	26	89	3	81	22	26	22	28	1.99
16419947--16419998	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16420115--16420485	159	2.3	159	80	2	397	19	24	30	25	1.98
16421780--16421832	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
16421754--16422331	298	2.0	293	83	3	741	19	25	30	24	1.98
16422071--16422123	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16422097--16422598	158	3.2	158	78	4	553	18	25	31	25	1.97
16423795--16423847	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
16423637--16424548	184	4.9	185	77	8	749	21	25	28	24	1.99
16423637--16424431	368	2.1	368	82	3	946	22	25	27	24	2.00
16425419--16425471	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
16425515--16426237	159	4.6	157	74	5	483	19	27	29	23	1.98
16426233--16426285	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
16426259--16426758	157	3.2	155	73	7	418	21	28	28	22	1.99
16425756--16426788	499	2.1	502	82	3	1233	21	26	27	23	1.99
16427083--16427135	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
16426633--16427450	351	2.4	345	78	7	820	19	27	28	23	1.98
16427778--16427830	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
16428253--16428612	159	2.3	160	80	5	397	19	23	30	26	1.98
16428780--16428832	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16430345--16430397	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16429965--16430754	343	2.3	343	80	4	850	19	25	29	25	1.99
16431423--16431473	26	2.0	26	88	0	75	31	23	17	27	1.97
16431646--16431948	158	1.9	158	80	4	351	18	24	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16431872--16432647	354	2.2	359	80	8	869	19	27	30	23	1.98
16432315--16432814	159	3.2	156	74	7	463	19	27	29	23	1.98
16432985--16433053	26	2.7	26	95	0	120	30	23	18	27	1.98
16434380--16434432	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16434406--16434775	171	2.2	170	78	4	386	21	27	28	22	1.99
16434747--16434799	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
16434925--16435431	158	3.2	158	76	6	522	19	26	30	24	1.98
16435834--16436241	159	2.6	159	77	2	381	18	27	28	24	1.98
16436373--16436425	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
16436741--16436792	26	2.0	26	92	7	88	26	26	19	26	1.99
16439118--16439170	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
16439144--16439645	158	3.2	158	76	5	402	19	26	30	23	1.98
16440027--16440525	159	3.2	157	73	10	471	20	26	29	24	1.99
16446967--16447452	158	3.1	156	76	7	530	19	27	30	22	1.98
16447278--16447647	185	2.0	183	83	1	470	21	27	28	22	1.99
16447353--16448381	348	2.9	348	80	7	1061	19	27	29	23	1.98
16448152--16448204	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
16448273--16448678	159	2.6	160	74	2	388	19	26	29	24	1.98
16449278--16449676	158	2.5	159	76	6	396	19	25	30	24	1.98
16449895--16450326	159	2.7	157	73	6	388	20	25	28	25	1.99
16450299--16450351	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
16450751--16451067	170	1.9	168	81	7	390	20	27	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16451190--16451242	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16451256--16451546	159	1.8	158	80	3	352	17	28	32	21	1.96
16451215--16451717	158	3.2	157	74	5	368	19	27	30	22	1.98
16451691--16451743	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
16452412--16452461	26	1.9	26	83	0	64	28	28	16	28	1.97
16452850--16452902	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16453347--16453399	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16454696--16454746	26	2.0	26	88	0	75	27	27	17	27	1.98
16455732--16456182	196	2.3	195	83	2	528	20	27	27	25	1.99
16456362--16457046	158	4.3	158	73	7	505	19	25	30	24	1.98
16457602--16457680	26	3.0	26	88	3	124	26	22	18	31	1.97
16458351--16458403	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
16458377--16458762	159	2.4	158	76	5	402	22	25	29	23	1.99
16458385--16458877	158	3.1	156	76	5	470	19	25	29	24	1.99
16458853--16458903	26	2.0	26	84	7	68	25	25	13	35	1.93
16458746--16459169	200	2.1	196	80	2	481	20	27	29	22	1.99
16459418--16459470	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
16459583--16459949	159	2.3	160	80	4	409	18	26	30	24	1.98
16460632--16460684	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
16461129--16461181	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
16461301--16461614	167	1.9	167	87	1	459	21	25	29	23	1.99
16461675--16461725	26	2.0	26	92	0	84	25	23	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16462176--16462228	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
16462828--16463402	158	3.6	157	72	7	475	19	25	29	25	1.99
16463731--16463781	26	2.0	26	92	0	84	29	31	13	25	1.94
16464240--16464275	17	2.1	17	90	10	56	25	25	13	36	1.93
16464418--16464470	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
16465472--16465524	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
16466316--16466365	26	1.9	26	91	0	82	22	28	22	28	1.99
16466810--16466862	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16467015--16467076	26	2.4	26	97	0	115	27	27	22	22	1.99
16468121--16468862	158	4.7	158	73	6	565	19	28	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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