genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8731142--8731200	8	7.4	8	76	16	52	77	0	13	8	0.97
8731106--8731207	18	5.4	18	76	13	98	75	0	14	8	1.09
8732761--8733228	44	10.9	42	79	11	251	22	13	20	43	1.87
8732791--8733197	44	9.3	44	81	8	372	22	13	21	43	1.86
8732768--8733226	129	3.5	127	76	13	400	22	13	20	44	1.86
8735512--8735701	58	3.3	56	83	11	260	49	7	9	33	1.63
8735574--8735844	131	2.1	129	82	11	338	49	7	9	32	1.64
8735781--8735942	58	2.9	54	73	18	125	45	6	13	34	1.70
8738718--8738747	16	1.9	15	93	6	51	26	20	3	50	1.64
8741555--8741585	10	3.1	10	100	0	62	90	0	9	0	0.46
8742253--8742410	56	2.8	56	96	0	289	38	13	24	23	1.91
8742750--8742790	21	2.0	21	100	0	82	36	9	14	39	1.79
8743227--8744033	43	18.7	43	72	10	517	23	13	19	43	1.86
8743223--8743932	87	8.2	87	83	4	798	23	13	19	43	1.86
8743306--8743932	261	2.4	261	86	2	884	24	13	18	43	1.86
8744986--8745032	4	12.0	4	81	4	51	17	0	6	76	0.98
8744980--8745032	19	2.7	20	82	5	63	15	0	9	75	1.04
8745075--8745195	59	2.1	58	87	1	170	52	5	7	33	1.53
8745774--8745823	20	2.5	20	81	18	68	58	0	0	42	0.98
8745831--8745861	8	3.9	8	91	0	53	87	9	3	0	0.66
8746144--8746176	12	2.7	13	86	13	52	84	15	0	0	0.61
8748954--8748979	10	2.6	10	100	0	52	84	7	7	0	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8753750--8753807	1	58.0	1	78	0	53	87	8	3	0	0.64
8753750--8753807	10	5.6	10	85	4	71	87	8	3	0	0.64
8755613--8755952	123	2.8	123	91	0	531	31	14	17	36	1.89
8755928--8756167	109	2.2	109	89	0	363	22	21	19	37	1.95
8756128--8756240	22	5.0	22	87	4	163	23	23	23	30	1.99
8756124--8756241	45	2.6	45	89	4	184	23	23	22	30	1.99
8756014--8756417	177	2.3	176	88	1	576	23	21	20	35	1.96
8756318--8756431	23	5.1	22	77	6	95	26	21	21	31	1.98
8756124--8756567	199	2.2	200	87	2	651	22	21	20	34	1.96
8756305--8756428	22	5.5	22	79	1	113	28	22	17	31	1.97
8756499--8756571	23	3.2	23	84	0	92	27	20	20	31	1.97
8756368--8756702	133	2.6	132	86	1	478	21	20	20	37	1.95
8756632--8756719	23	4.0	23	85	4	110	23	22	21	31	1.98
8756499--8756866	153	2.4	155	83	4	442	23	20	19	36	1.95
8756814--8756889	23	3.5	22	80	5	66	27	23	19	28	1.98
8756788--8756892	22	4.8	22	75	6	106	24	20	22	31	1.98
8757119--8757158	3	14.3	3	80	15	50	65	0	0	35	0.93
8757112--8757181	24	2.9	23	75	8	68	60	0	0	40	0.97
8757126--8757189	27	2.6	24	78	11	67	67	0	0	32	0.91
8757169--8757203	17	2.1	17	88	0	52	85	0	5	8	0.73
8757498--8757553	25	2.3	24	82	8	69	76	16	5	1	1.05
8757511--8757559	19	2.7	18	84	9	55	77	16	6	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8766097--8766137	18	2.2	18	86	4	55	58	4	2	34	1.32
8766102--8766151	22	2.3	22	86	3	66	64	2	2	32	1.16
8766275--8766310	18	2.0	18	94	0	63	55	2	0	41	1.14
8766264--8766308	18	2.5	19	82	10	58	55	2	0	42	1.12
8766273--8766337	16	4.1	15	84	9	76	56	3	0	40	1.15
8766275--8766345	15	4.5	16	84	10	85	56	2	0	40	1.14
8766390--8766465	20	4.1	20	68	19	65	42	1	0	56	1.07
8766450--8766488	15	2.6	14	84	11	51	51	2	0	46	1.14
8766459--8766521	26	2.5	25	84	5	81	49	1	0	49	1.10
8766806--8766838	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
8767840--8767882	18	2.4	18	76	0	50	41	0	2	55	1.12
8768992--8769032	17	2.6	16	92	7	66	53	0	2	43	1.13
8768967--8769052	38	2.2	39	79	8	95	51	2	3	43	1.31
8769159--8769188	13	2.3	13	94	0	51	46	0	0	53	1.00
8769203--8769262	27	2.4	25	81	13	77	48	3	0	48	1.18
8770513--8770719	81	2.6	81	98	0	396	45	13	16	23	1.83
8778894--8778963	19	3.7	19	78	17	83	35	0	8	55	1.30
8778891--8778969	37	2.1	38	92	2	133	31	0	10	58	1.31
8779096--8779168	30	2.4	30	90	4	103	35	2	6	54	1.41
8779105--8779204	19	5.8	18	69	23	72	35	2	6	57	1.35
8779130--8779210	37	2.2	37	95	0	144	29	1	8	60	1.34
8779136--8779205	19	3.8	19	80	12	83	32	1	7	58	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8779762--8779788	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
8784025--8784304	139	2.0	139	95	0	506	44	18	12	25	1.84
8786397--8786523	68	1.9	68	89	0	200	35	7	14	42	1.74
8787353--8787499	55	2.7	55	81	1	179	47	12	10	29	1.75
8787508--8787563	29	2.0	29	89	3	87	46	1	21	30	1.62
8789319--8789677	60	6.0	59	84	9	426	46	6	10	36	1.64
8789353--8789676	178	1.8	178	88	5	503	46	6	10	36	1.65
8789353--8789677	118	2.7	119	83	7	417	46	6	11	36	1.65
8797511--8797627	43	2.7	42	77	9	112	40	11	12	35	1.81
8797640--8797802	51	3.2	51	82	3	159	42	16	7	33	1.76
8808867--8808896	7	4.3	7	95	0	51	10	0	3	86	0.67
8808881--8808948	20	3.5	19	90	6	100	13	2	11	72	1.24
8809879--8809927	24	2.2	21	89	10	71	32	0	2	65	1.04
8809877--8809936	23	2.7	21	79	20	68	33	0	1	65	1.03
8810153--8810201	6	7.3	6	79	20	53	18	2	2	77	0.96
8810156--8810203	20	2.3	22	75	10	55	18	2	2	77	0.97
8811280--8811316	12	3.2	12	88	7	51	29	2	0	67	1.04
8820511--8820561	23	2.2	23	78	0	57	15	3	3	76	1.08
8824954--8825002	6	8.2	6	93	0	53	42	2	0	55	1.11
8824954--8825002	18	2.7	18	87	0	62	42	2	0	55	1.11
8824964--8825002	12	3.2	12	92	0	60	41	0	0	58	0.98
8829075--8829131	17	3.3	17	79	18	64	64	5	5	24	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8829074--8829134	18	3.4	18	77	18	65	63	4	4	26	1.35
8829209--8829352	21	7.3	19	73	12	103	56	7	1	34	1.37
8829198--8829352	31	5.1	30	70	16	99	57	7	1	33	1.35
8829190--8829280	39	2.3	39	79	7	96	63	5	1	29	1.24
8829196--8829352	10	15.5	10	69	18	76	57	7	1	33	1.35
8829381--8829456	20	3.8	19	74	6	62	60	7	2	28	1.38
8829868--8829929	26	2.6	23	84	7	79	37	0	0	62	0.95
8829921--8829964	10	4.4	10	83	11	54	25	2	9	63	1.35
8829931--8829973	17	2.3	20	88	11	65	25	0	9	65	1.22
8829882--8829973	8	10.5	8	71	15	58	30	1	4	64	1.20
8830067--8830165	10	9.8	10	68	17	62	36	1	8	54	1.37
8830072--8830165	20	4.7	19	76	11	82	34	1	8	56	1.37
8831128--8831152	13	1.9	13	100	0	50	16	0	24	60	1.36
8834581--8834614	17	2.0	17	94	0	59	14	2	17	64	1.40
8840309--8840371	22	2.7	23	78	9	65	42	7	31	17	1.78
8840308--8840384	23	3.5	21	75	16	68	40	6	35	18	1.76
8842515--8842565	2	25.5	2	79	0	57	43	3	5	47	1.46
8842719--8842772	20	2.7	20	82	8	65	42	7	1	48	1.42
8843060--8843090	15	2.1	15	93	0	53	32	12	3	51	1.56
8843204--8843228	9	2.8	9	100	0	50	60	8	0	32	1.26
8844495--8844550	15	3.9	14	77	15	60	78	1	0	19	0.84
8844492--8844548	27	2.1	25	84	15	69	77	3	0	19	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8844922--8844985	33	1.9	34	87	3	94	45	17	17	20	1.86
8844922--8845179	34	7.8	33	72	12	109	49	14	15	20	1.79
8844933--8845177	66	3.7	65	78	7	237	49	14	15	20	1.79
8844935--8845177	133	1.8	130	80	4	290	49	14	15	20	1.79
8845022--8845182	32	4.9	32	72	15	105	52	13	13	19	1.73
8845068--8845182	32	3.5	32	75	12	108	54	13	13	18	1.70
8845251--8845345	33	2.8	32	73	12	75	47	12	20	20	1.82
8845320--8845409	31	2.7	33	70	19	80	55	12	12	20	1.68
8845211--8845409	67	3.0	66	73	11	183	50	13	16	19	1.77
8846861--8846924	19	3.4	19	78	20	71	17	6	1	75	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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