genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19848060

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8019806--8019835	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8020815--8020883	25	2.8	24	78	8	68	50	1	0	47	1.09
8020838--8020901	23	3.0	22	82	11	71	56	0	0	43	0.99
8020846--8020927	27	3.1	27	77	10	80	59	0	0	40	0.97
8021814--8022016	112	1.8	111	92	2	345	42	5	4	47	1.48
8031328--8031354	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
8033137--8033175	17	2.3	17	86	0	51	74	7	0	17	1.05
8033140--8033198	21	2.7	23	76	15	70	72	10	0	16	1.10
8033140--8033198	11	5.4	11	75	18	52	72	10	0	16	1.10
8033140--8033199	12	4.8	12	76	13	59	73	10	0	16	1.09
8034309--8034376	34	2.0	34	85	0	91	32	19	17	30	1.95
8034368--8034407	20	2.0	20	95	0	71	40	17	10	32	1.83
8034294--8034481	94	2.0	95	88	1	279	35	19	14	30	1.92
8046586--8046734	50	3.0	51	78	2	158	39	15	8	36	1.78
8047124--8047171	18	2.6	18	87	12	71	25	0	0	75	0.81
8047325--8047376	23	2.2	24	86	3	70	19	3	0	76	0.93
8047593--8047648	23	2.5	22	91	5	85	66	8	0	25	1.21
8047700--8047746	6	7.7	6	83	4	58	80	0	17	2	0.80
8048758--8048795	20	1.9	20	88	0	58	26	5	0	68	1.11
8049035--8049074	21	2.0	21	85	5	55	42	7	2	47	1.45
8050644--8051051	62	6.7	60	81	9	429	35	12	5	46	1.67
8050642--8051051	124	3.4	120	83	11	480	35	12	6	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8050644--8051040	181	2.2	179	86	6	539	35	13	6	45	1.68
8050917--8051057	66	2.1	68	84	9	191	32	12	6	48	1.65
8051076--8051155	5	15.4	5	72	19	58	78	2	5	13	1.01
8051076--8051156	17	5.1	15	73	13	65	79	2	4	13	1.01
8051079--8051155	11	6.8	11	77	14	68	79	2	5	12	1.01
8051178--8051228	10	5.2	10	75	20	54	80	1	0	17	0.81
8051531--8051576	20	2.3	20	88	0	65	21	15	23	39	1.92
8052120--8052219	4	24.8	4	72	23	68	74	1	2	23	0.99
8052120--8052219	17	5.8	17	73	19	82	74	1	2	23	0.99
8052122--8052175	23	2.3	23	82	17	67	81	1	1	14	0.86
8052122--8052296	25	7.2	24	70	15	76	72	2	4	20	1.16
8052250--8052296	12	3.8	12	81	13	51	76	4	4	14	1.09
8052437--8052489	8	6.5	8	81	12	54	5	1	5	86	0.75
8052446--8052482	10	3.7	10	89	10	58	2	0	8	89	0.58
8052518--8052752	41	5.6	41	88	3	335	37	23	16	22	1.94
8052518--8052752	83	2.8	82	89	3	353	37	23	16	22	1.94
8053282--8053340	22	2.7	22	78	7	66	33	16	8	40	1.79
8058373--8058897	64	8.7	59	80	10	530	36	11	5	46	1.65
8058371--8058896	122	4.3	120	83	8	599	35	11	6	46	1.66
8058922--8059007	5	16.8	5	75	20	72	80	1	3	15	0.91
8058925--8059002	6	12.7	6	76	14	70	80	1	3	14	0.91
8058925--8059005	11	7.3	11	77	14	78	81	1	3	13	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8059025--8059068	4	11.5	4	86	13	58	77	0	0	22	0.77
8058919--8059071	17	8.9	17	67	22	72	74	3	1	20	1.06
8059895--8059961	34	1.9	34	82	11	82	70	1	5	22	1.18
8059952--8060087	14	9.1	14	67	23	57	69	1	2	27	1.09
8059989--8060090	18	5.8	17	74	15	82	71	0	1	25	1.02
8059991--8060046	6	9.2	6	78	18	62	78	1	1	17	0.92
8059991--8060046	13	4.6	12	78	17	62	78	1	1	17	0.92
8059991--8060048	30	1.9	30	86	6	82	77	1	1	18	0.94
8059963--8060084	35	3.4	34	77	18	108	68	1	2	27	1.11
8060005--8060090	24	3.7	24	71	22	67	70	0	2	26	0.99
8059991--8060166	18	9.4	18	68	15	74	71	2	4	21	1.18
8060121--8060167	12	3.8	12	81	13	51	76	4	4	14	1.09
8069806--8070047	94	2.5	95	91	4	389	43	2	6	48	1.39
8070007--8070089	42	2.0	42	88	4	123	46	1	6	45	1.35
8071220--8071276	15	3.6	16	72	25	50	36	0	0	63	0.95
8071219--8071276	23	2.5	23	81	13	82	36	0	0	63	0.94
8074277--8074356	34	2.3	34	78	6	90	40	12	10	37	1.77
8075267--8075313	12	4.4	11	78	21	55	65	2	2	29	1.15
8075257--8075303	22	2.1	22	84	7	60	59	4	2	34	1.29
8090553--8090632	39	2.1	39	90	0	124	23	20	11	45	1.83
8095370--8095394	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
8097161--8097217	3	19.0	3	100	0	114	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8103489--8103526	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
8104706--8104869	86	1.9	86	82	2	204	27	1	14	56	1.48
8105144--8105170	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8107582--8107737	86	1.8	84	83	8	208	50	7	6	36	1.55
8107666--8107863	63	3.1	61	79	13	204	52	4	7	36	1.49
8109181--8109209	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
8114634--8114677	22	2.0	22	91	8	72	45	13	9	31	1.75
8117477--8117512	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
8124293--8124327	11	3.2	11	88	12	54	82	0	17	0	0.66
8124293--8124329	18	2.1	18	94	0	65	81	0	18	0	0.70
8124296--8124327	4	8.5	4	86	13	50	81	0	18	0	0.70
8125795--8125843	7	7.4	7	79	6	50	73	0	2	24	0.94
8125846--8126037	58	3.3	57	74	7	172	45	29	3	21	1.69
8125846--8126201	30	12.1	29	72	9	172	45	28	3	22	1.68
8125951--8126173	60	3.7	59	75	7	191	45	29	2	21	1.66
8126000--8126049	14	3.4	14	76	10	55	52	32	0	16	1.44
8125980--8126065	16	5.6	16	72	13	74	48	33	0	17	1.47
8126086--8126168	14	5.6	14	73	16	60	50	24	3	21	1.64
8126195--8126223	15	1.9	15	100	0	58	48	20	3	27	1.66
8126195--8126227	15	2.2	15	94	0	57	54	18	3	24	1.57
8127927--8128037	58	2.0	55	91	5	177	17	8	11	63	1.51
8135951--8135988	8	4.9	8	90	3	60	86	2	0	10	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8137091--8138659	109	14.5	108	77	6	992	20	19	13	46	1.82
8137091--8138691	218	7.4	217	78	5	1264	21	19	12	46	1.82
8137593--8138698	36	30.7	35	66	6	235	21	19	12	47	1.81
8137807--8137962	38	4.2	38	68	17	112	20	18	14	46	1.83
8138124--8138206	38	2.2	36	87	4	112	18	14	14	53	1.74
8139097--8139144	20	2.4	20	96	0	87	20	43	14	20	1.87
8139439--8139510	28	2.6	28	95	0	135	18	20	25	36	1.95
8139693--8139739	23	2.0	23	87	0	67	29	51	8	10	1.66
8140615--8140667	21	2.4	22	93	6	90	52	0	0	47	1.00
8141949--8141974	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8142442--8142482	18	2.3	18	82	0	55	73	0	2	24	0.96
8142521--8142597	14	5.4	14	69	17	59	49	25	5	19	1.69
8142477--8142615	58	2.4	58	83	2	179	48	27	4	20	1.68
8142606--8142711	30	3.5	30	76	5	115	49	29	3	17	1.65
8142606--8142706	31	3.4	30	78	5	114	48	29	2	18	1.63
8142602--8142794	60	3.2	60	78	5	180	47	30	2	20	1.62
8142776--8142824	22	2.2	22	85	0	71	46	38	2	12	1.53
8142797--8142833	15	2.5	15	90	0	56	48	32	2	16	1.60
8148391--8148415	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8154331--8154365	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
8156452--8156508	26	2.2	26	82	14	73	33	5	1	59	1.30
8162826--8162868	21	2.0	22	82	13	54	44	0	6	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162917--8162943	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8165864--8165910	24	2.0	24	83	8	60	14	8	12	63	1.50
8172742--8172775	17	2.1	17	88	5	52	38	5	0	55	1.24
8172901--8172973	32	2.3	32	92	0	119	34	6	12	46	1.68
8174380--8174437	28	2.1	28	100	0	116	43	10	10	36	1.73
8175103--8175630	266	2.0	269	85	4	728	40	5	11	42	1.64
8176153--8176202	18	2.8	18	87	3	75	50	14	10	26	1.73
8181921--8181990	32	2.1	34	81	5	81	50	2	2	44	1.31
8187371--8187412	10	4.3	10	78	3	50	80	7	9	2	0.97
8187371--8187412	20	2.1	20	90	0	66	80	7	9	2	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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